# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 448.202 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.052 0.005 0.061 0.080 0.105 0.122 0.008 0.002 0.043 0.468 2 D 0.060 0.052 0.003 0.048 0.050 0.091 0.119 0.007 0.001 0.058 0.510 3 C 0.080 0.046 0.003 0.088 0.088 0.107 0.103 0.010 0.001 0.075 0.398 4 M 0.051 0.048 0.002 0.087 0.059 0.119 0.124 0.005 0.001 0.048 0.456 5 R 0.028 0.032 0.002 0.083 0.084 0.111 0.111 0.004 0.001 0.038 0.507 6 K 0.065 0.042 0.003 0.076 0.052 0.066 0.134 0.004 0.001 0.084 0.475 7 L 0.010 0.045 0.002 0.044 0.033 0.032 0.121 0.005 0.001 0.114 0.592 8 D 0.043 0.782 0.001 0.005 0.003 0.005 0.022 0.007 0.001 0.020 0.110 9 R 0.073 0.724 0.007 0.006 0.001 0.001 0.013 0.004 0.001 0.076 0.094 10 V 0.006 0.493 0.003 0.003 0.002 0.003 0.025 0.002 0.001 0.331 0.130 11 D 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 12 M 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.011 13 Q 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 14 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 15 V 0.007 0.851 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.106 0.013 16 K 0.039 0.653 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.004 0.002 0.244 0.038 17 I 0.053 0.440 0.047 0.005 0.001 0.001 0.035 0.013 0.017 0.218 0.171 18 L 0.239 0.197 0.036 0.011 0.002 0.002 0.084 0.023 0.015 0.168 0.223 19 S 0.147 0.045 0.013 0.020 0.002 0.007 0.107 0.006 0.012 0.097 0.543 20 E 0.063 0.037 0.002 0.009 0.001 0.004 0.104 0.004 0.001 0.030 0.745 21 N 0.154 0.029 0.003 0.012 0.002 0.004 0.129 0.007 0.002 0.101 0.558 22 S 0.066 0.049 0.002 0.018 0.003 0.007 0.151 0.009 0.001 0.074 0.620 23 R 0.072 0.092 0.002 0.015 0.003 0.007 0.101 0.002 0.001 0.049 0.657 24 L 0.032 0.152 0.003 0.041 0.010 0.016 0.118 0.007 0.001 0.094 0.527 25 T 0.022 0.752 0.001 0.009 0.003 0.004 0.030 0.004 0.001 0.039 0.135 26 Y 0.014 0.942 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.025 27 R 0.010 0.920 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.013 0.043 28 E 0.013 0.894 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.002 0.031 0.039 29 L 0.052 0.778 0.012 0.002 0.001 0.001 0.014 0.019 0.005 0.064 0.050 30 A 0.118 0.137 0.209 0.006 0.002 0.003 0.032 0.030 0.128 0.172 0.164 31 D 0.410 0.075 0.003 0.007 0.003 0.006 0.073 0.010 0.002 0.088 0.325 32 I 0.033 0.020 0.003 0.018 0.002 0.006 0.096 0.002 0.002 0.063 0.756 33 L 0.027 0.016 0.004 0.031 0.004 0.009 0.184 0.002 0.001 0.045 0.676 34 N 0.043 0.030 0.001 0.029 0.011 0.024 0.132 0.004 0.001 0.061 0.664 35 T 0.041 0.049 0.001 0.012 0.005 0.009 0.120 0.005 0.001 0.051 0.708 36 T 0.051 0.628 0.001 0.009 0.002 0.004 0.044 0.005 0.001 0.057 0.197 37 R 0.023 0.887 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.014 0.058 38 Q 0.012 0.903 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.028 0.038 39 R 0.005 0.812 0.001 0.003 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.136 0.029 40 I 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 41 A 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 42 R 0.001 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.006 43 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 46 K 0.004 0.904 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.053 0.020 47 L 0.016 0.018 0.561 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.320 0.065 0.009 48 K 0.791 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.005 0.038 0.097 49 K 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.011 0.914 50 L 0.008 0.010 0.002 0.008 0.001 0.002 0.086 0.001 0.001 0.016 0.866 51 G 0.011 0.005 0.002 0.016 0.016 0.045 0.133 0.006 0.001 0.131 0.634 52 I 0.057 0.004 0.002 0.021 0.011 0.019 0.083 0.002 0.001 0.072 0.728 53 I 0.065 0.005 0.002 0.145 0.016 0.040 0.101 0.001 0.001 0.108 0.516 54 R 0.058 0.005 0.001 0.134 0.027 0.043 0.125 0.003 0.001 0.087 0.514 55 K 0.008 0.002 0.001 0.143 0.018 0.036 0.149 0.004 0.001 0.023 0.617 56 F 0.004 0.001 0.001 0.235 0.103 0.112 0.085 0.004 0.001 0.038 0.419 57 T 0.004 0.001 0.001 0.460 0.060 0.110 0.071 0.001 0.001 0.030 0.264 58 I 0.001 0.001 0.001 0.250 0.115 0.130 0.064 0.001 0.001 0.017 0.421 59 I 0.010 0.007 0.001 0.232 0.179 0.140 0.077 0.001 0.001 0.031 0.320 60 P 0.018 0.058 0.002 0.098 0.024 0.038 0.080 0.007 0.001 0.025 0.647 61 D 0.189 0.506 0.011 0.017 0.005 0.006 0.032 0.012 0.012 0.070 0.140 62 I 0.399 0.081 0.083 0.004 0.002 0.002 0.035 0.010 0.030 0.100 0.254 63 D 0.389 0.031 0.002 0.002 0.008 0.012 0.059 0.015 0.001 0.047 0.433 64 K 0.228 0.006 0.002 0.007 0.012 0.024 0.073 0.003 0.001 0.048 0.596 65 L 0.034 0.006 0.003 0.024 0.014 0.028 0.152 0.002 0.001 0.024 0.713 66 G 0.007 0.001 0.001 0.010 0.052 0.084 0.160 0.002 0.001 0.021 0.662 67 Y 0.007 0.002 0.001 0.047 0.147 0.138 0.121 0.001 0.001 0.042 0.494 68 M 0.001 0.002 0.001 0.222 0.104 0.294 0.070 0.001 0.001 0.071 0.233 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.182 0.171 0.367 0.030 0.001 0.001 0.074 0.173 70 A 0.001 0.001 0.001 0.414 0.244 0.246 0.010 0.001 0.001 0.040 0.046 71 I 0.001 0.001 0.001 0.269 0.336 0.290 0.006 0.001 0.001 0.042 0.057 72 V 0.001 0.001 0.001 0.351 0.269 0.255 0.010 0.001 0.001 0.037 0.076 73 L 0.002 0.001 0.001 0.207 0.281 0.357 0.018 0.001 0.001 0.062 0.071 74 I 0.010 0.002 0.001 0.104 0.253 0.430 0.030 0.001 0.001 0.062 0.107 75 K 0.029 0.001 0.001 0.116 0.189 0.257 0.086 0.001 0.001 0.047 0.273 76 S 0.007 0.001 0.001 0.068 0.144 0.243 0.121 0.001 0.001 0.041 0.374 77 K 0.006 0.006 0.001 0.037 0.028 0.040 0.141 0.001 0.001 0.027 0.712 78 V 0.177 0.221 0.003 0.006 0.014 0.012 0.080 0.023 0.003 0.087 0.374 79 P 0.074 0.592 0.002 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.044 0.258 80 S 0.018 0.642 0.002 0.002 0.001 0.002 0.030 0.002 0.001 0.115 0.186 81 D 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.016 82 A 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.010 83 D 0.005 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.861 0.007 84 K 0.001 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.089 0.021 85 V 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.007 86 I 0.016 0.322 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.625 0.025 87 S 0.008 0.423 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.005 0.400 0.132 88 E 0.113 0.605 0.024 0.001 0.001 0.001 0.018 0.082 0.006 0.060 0.091 89 I 0.164 0.264 0.137 0.005 0.001 0.001 0.027 0.032 0.120 0.080 0.170 90 S 0.067 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.001 0.002 0.019 0.682 91 D 0.019 0.511 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.009 0.001 0.015 0.398 92 I 0.131 0.557 0.011 0.002 0.001 0.001 0.044 0.027 0.003 0.101 0.122 93 E 0.049 0.355 0.010 0.010 0.001 0.001 0.065 0.004 0.004 0.280 0.220 94 Y 0.021 0.770 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.003 0.001 0.038 0.135 95 V 0.054 0.774 0.006 0.007 0.002 0.004 0.018 0.016 0.001 0.043 0.075 96 K 0.049 0.719 0.003 0.020 0.003 0.006 0.024 0.007 0.001 0.059 0.109 97 S 0.064 0.461 0.011 0.019 0.007 0.014 0.051 0.012 0.004 0.126 0.230 98 V 0.146 0.240 0.024 0.038 0.012 0.017 0.082 0.024 0.008 0.148 0.261 99 E 0.136 0.101 0.024 0.046 0.016 0.030 0.113 0.010 0.014 0.139 0.372 100 K 0.064 0.021 0.005 0.024 0.012 0.019 0.130 0.004 0.003 0.050 0.669 101 G 0.108 0.021 0.004 0.036 0.019 0.031 0.137 0.007 0.003 0.076 0.557 102 V 0.106 0.012 0.005 0.030 0.010 0.024 0.158 0.005 0.003 0.068 0.579 103 G 0.067 0.022 0.003 0.034 0.014 0.036 0.133 0.005 0.002 0.048 0.636 104 R 0.059 0.030 0.002 0.028 0.022 0.041 0.139 0.004 0.001 0.043 0.630 105 Y 0.015 0.016 0.002 0.075 0.091 0.165 0.128 0.004 0.001 0.055 0.449 106 N 0.007 0.011 0.002 0.115 0.137 0.311 0.072 0.002 0.001 0.092 0.252 107 I 0.004 0.006 0.001 0.152 0.249 0.343 0.036 0.001 0.001 0.063 0.145 108 I 0.002 0.003 0.001 0.199 0.220 0.361 0.031 0.001 0.001 0.054 0.129 109 V 0.001 0.001 0.001 0.170 0.279 0.415 0.016 0.001 0.001 0.048 0.069 110 R 0.003 0.001 0.001 0.159 0.262 0.377 0.026 0.001 0.001 0.056 0.116 111 L 0.001 0.001 0.001 0.101 0.352 0.322 0.038 0.001 0.001 0.024 0.161 112 L 0.005 0.002 0.001 0.126 0.187 0.319 0.071 0.001 0.001 0.043 0.244 113 L 0.075 0.013 0.001 0.068 0.076 0.097 0.110 0.007 0.002 0.072 0.479 114 P 0.349 0.060 0.003 0.021 0.011 0.014 0.086 0.003 0.002 0.073 0.377 115 K 0.005 0.042 0.001 0.013 0.005 0.007 0.093 0.003 0.001 0.034 0.798 116 D 0.032 0.807 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.009 0.001 0.011 0.117 117 I 0.077 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.041 0.036 118 K 0.018 0.403 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.002 0.441 0.106 119 D 0.011 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.062 0.029 120 A 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.017 121 E 0.010 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.760 0.027 122 N 0.003 0.615 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.317 0.053 123 L 0.009 0.909 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.026 0.027 124 I 0.013 0.944 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.008 0.015 125 S 0.029 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.008 0.088 126 E 0.029 0.601 0.023 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.012 0.141 0.148 127 F 0.146 0.518 0.035 0.002 0.001 0.001 0.036 0.063 0.017 0.101 0.081 128 L 0.249 0.186 0.015 0.006 0.001 0.002 0.070 0.008 0.013 0.070 0.380 129 Q 0.042 0.050 0.013 0.008 0.002 0.004 0.170 0.002 0.008 0.047 0.653 130 R 0.063 0.034 0.008 0.013 0.002 0.006 0.138 0.012 0.004 0.052 0.666 131 I 0.515 0.034 0.004 0.007 0.002 0.004 0.062 0.016 0.002 0.068 0.285 132 K 0.066 0.010 0.002 0.012 0.003 0.008 0.113 0.003 0.001 0.041 0.741 133 N 0.025 0.015 0.002 0.020 0.004 0.017 0.080 0.002 0.001 0.033 0.802 134 A 0.049 0.034 0.002 0.029 0.046 0.035 0.119 0.004 0.001 0.060 0.621 135 E 0.027 0.030 0.001 0.061 0.057 0.080 0.103 0.003 0.001 0.051 0.585 136 N 0.026 0.058 0.001 0.077 0.065 0.107 0.095 0.004 0.001 0.085 0.481 137 V 0.021 0.042 0.002 0.108 0.098 0.121 0.122 0.004 0.001 0.077 0.402 138 E 0.011 0.135 0.002 0.154 0.125 0.238 0.066 0.003 0.001 0.054 0.211 139 V 0.005 0.016 0.001 0.103 0.171 0.318 0.026 0.001 0.001 0.263 0.096 140 I 0.002 0.070 0.003 0.147 0.273 0.283 0.025 0.001 0.001 0.074 0.121 141 L 0.028 0.073 0.010 0.073 0.303 0.294 0.029 0.005 0.003 0.052 0.131 142 I 0.029 0.067 0.007 0.076 0.292 0.292 0.026 0.006 0.003 0.043 0.159 143 S 0.059 0.051 0.002 0.024 0.138 0.239 0.055 0.007 0.002 0.049 0.375 144 E 0.057 0.036 0.004 0.033 0.191 0.288 0.056 0.006 0.002 0.038 0.288 145 V 0.020 0.028 0.012 0.030 0.156 0.279 0.077 0.002 0.007 0.018 0.369 146 R 0.063 0.012 0.013 0.026 0.179 0.185 0.057 0.008 0.006 0.032 0.418 147 K 0.233 0.013 0.002 0.018 0.059 0.063 0.058 0.014 0.001 0.055 0.484 148 F 0.077 0.003 0.001 0.013 0.019 0.037 0.083 0.003 0.001 0.028 0.736 149 E 0.006 0.002 0.001 0.021 0.021 0.045 0.077 0.001 0.001 0.012 0.815 150 I 0.010 0.004 0.001 0.012 0.036 0.033 0.094 0.002 0.001 0.018 0.789 151 I 0.061 0.006 0.001 0.015 0.079 0.038 0.125 0.016 0.001 0.051 0.608