# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 448.202 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.064 0.018 0.017 0.009 0.016 0.031 0.005 0.001 0.004 0.720 2 D 0.051 0.021 0.007 0.019 0.022 0.027 0.148 0.006 0.001 0.004 0.696 3 C 0.140 0.023 0.024 0.020 0.010 0.018 0.054 0.002 0.001 0.006 0.704 4 M 0.041 0.039 0.003 0.042 0.020 0.039 0.113 0.003 0.001 0.003 0.697 5 R 0.109 0.042 0.005 0.041 0.015 0.033 0.128 0.002 0.001 0.007 0.618 6 K 0.147 0.090 0.003 0.027 0.010 0.017 0.083 0.004 0.001 0.004 0.616 7 L 0.116 0.158 0.017 0.049 0.019 0.043 0.093 0.003 0.001 0.009 0.493 8 D 0.049 0.114 0.003 0.026 0.009 0.019 0.207 0.005 0.001 0.003 0.565 9 R 0.097 0.087 0.005 0.009 0.002 0.003 0.049 0.005 0.001 0.004 0.739 10 V 0.147 0.260 0.020 0.005 0.003 0.006 0.267 0.003 0.001 0.016 0.272 11 D 0.049 0.244 0.005 0.005 0.003 0.006 0.468 0.010 0.001 0.008 0.203 12 M 0.021 0.686 0.002 0.003 0.001 0.001 0.023 0.005 0.001 0.002 0.257 13 Q 0.008 0.753 0.002 0.001 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 0.005 0.136 14 L 0.006 0.839 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.011 0.001 0.002 0.035 15 V 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 16 K 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 17 I 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 18 L 0.032 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.005 19 S 0.060 0.866 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.022 20 E 0.085 0.604 0.063 0.001 0.001 0.002 0.005 0.058 0.001 0.001 0.179 21 N 0.310 0.253 0.017 0.010 0.004 0.003 0.011 0.133 0.001 0.001 0.258 22 S 0.286 0.099 0.122 0.020 0.004 0.004 0.030 0.014 0.001 0.003 0.418 23 R 0.042 0.035 0.053 0.030 0.004 0.008 0.134 0.008 0.001 0.002 0.684 24 L 0.185 0.038 0.035 0.150 0.013 0.023 0.121 0.004 0.001 0.008 0.423 25 T 0.098 0.030 0.004 0.022 0.003 0.005 0.295 0.001 0.001 0.003 0.539 26 Y 0.017 0.050 0.007 0.031 0.005 0.008 0.067 0.001 0.001 0.003 0.811 27 R 0.017 0.148 0.001 0.016 0.007 0.010 0.192 0.001 0.001 0.007 0.602 28 E 0.016 0.143 0.001 0.003 0.005 0.010 0.647 0.002 0.001 0.018 0.156 29 L 0.021 0.895 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.068 30 A 0.013 0.964 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 31 D 0.006 0.963 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 32 I 0.047 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.018 33 L 0.049 0.852 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.006 34 N 0.323 0.332 0.030 0.003 0.001 0.003 0.008 0.189 0.001 0.002 0.109 35 T 0.015 0.026 0.899 0.006 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.033 36 T 0.054 0.033 0.011 0.053 0.015 0.023 0.380 0.010 0.001 0.003 0.419 37 R 0.011 0.004 0.017 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.942 38 Q 0.005 0.023 0.001 0.019 0.003 0.005 0.356 0.001 0.001 0.003 0.585 39 R 0.046 0.024 0.001 0.009 0.003 0.006 0.676 0.001 0.001 0.026 0.209 40 I 0.063 0.801 0.001 0.015 0.003 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.086 41 A 0.017 0.934 0.001 0.003 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.031 42 R 0.017 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.058 43 R 0.030 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.045 44 I 0.006 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 45 D 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.035 46 K 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 47 L 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 48 K 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 49 K 0.018 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 50 L 0.043 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.001 0.001 0.042 51 G 0.550 0.210 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.192 0.001 0.001 0.042 52 I 0.012 0.014 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 53 I 0.002 0.016 0.017 0.303 0.164 0.267 0.067 0.003 0.001 0.001 0.161 54 R 0.022 0.013 0.001 0.617 0.047 0.083 0.019 0.001 0.001 0.001 0.195 55 K 0.011 0.016 0.001 0.435 0.063 0.078 0.055 0.001 0.001 0.002 0.338 56 F 0.013 0.003 0.004 0.736 0.066 0.074 0.021 0.001 0.001 0.003 0.079 57 T 0.007 0.001 0.002 0.612 0.075 0.090 0.042 0.001 0.001 0.002 0.169 58 I 0.004 0.001 0.003 0.349 0.113 0.196 0.044 0.001 0.001 0.004 0.284 59 I 0.009 0.001 0.001 0.324 0.177 0.257 0.077 0.001 0.001 0.003 0.150 60 P 0.002 0.001 0.001 0.032 0.006 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.928 61 D 0.007 0.001 0.001 0.088 0.058 0.107 0.331 0.001 0.001 0.004 0.404 62 I 0.008 0.001 0.001 0.013 0.003 0.008 0.035 0.001 0.001 0.003 0.929 63 D 0.012 0.007 0.001 0.028 0.023 0.028 0.351 0.001 0.001 0.007 0.543 64 K 0.394 0.019 0.001 0.005 0.005 0.011 0.249 0.001 0.001 0.041 0.272 65 L 0.374 0.296 0.001 0.007 0.009 0.008 0.071 0.006 0.001 0.006 0.223 66 G 0.409 0.136 0.008 0.004 0.013 0.012 0.076 0.013 0.001 0.025 0.302 67 Y 0.176 0.050 0.259 0.007 0.012 0.019 0.037 0.002 0.001 0.008 0.428 68 M 0.013 0.015 0.012 0.053 0.081 0.096 0.068 0.003 0.001 0.002 0.656 69 Y 0.062 0.014 0.015 0.153 0.156 0.209 0.053 0.002 0.001 0.008 0.329 70 A 0.008 0.018 0.002 0.360 0.178 0.331 0.032 0.001 0.001 0.002 0.069 71 I 0.003 0.012 0.001 0.481 0.170 0.277 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 72 V 0.002 0.010 0.001 0.564 0.145 0.233 0.006 0.001 0.001 0.001 0.039 73 L 0.001 0.009 0.001 0.379 0.247 0.330 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 74 I 0.003 0.012 0.001 0.334 0.229 0.342 0.014 0.001 0.001 0.001 0.062 75 K 0.005 0.009 0.002 0.207 0.224 0.421 0.023 0.002 0.001 0.002 0.103 76 S 0.015 0.014 0.005 0.162 0.157 0.312 0.061 0.005 0.001 0.005 0.264 77 K 0.016 0.008 0.012 0.112 0.077 0.172 0.060 0.004 0.001 0.005 0.533 78 V 0.029 0.005 0.009 0.045 0.041 0.088 0.137 0.002 0.001 0.004 0.640 79 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 80 S 0.020 0.002 0.001 0.011 0.003 0.010 0.180 0.001 0.001 0.003 0.770 81 D 0.276 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.137 0.001 0.001 0.004 0.571 82 A 0.260 0.089 0.003 0.009 0.002 0.003 0.117 0.001 0.001 0.005 0.511 83 D 0.011 0.093 0.001 0.002 0.001 0.001 0.206 0.001 0.001 0.002 0.684 84 K 0.019 0.210 0.001 0.001 0.001 0.001 0.382 0.001 0.001 0.003 0.383 85 V 0.025 0.843 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.085 86 I 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.011 87 S 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 88 E 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 89 I 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 90 S 0.037 0.944 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 91 D 0.039 0.864 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.038 92 I 0.313 0.618 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.039 93 E 0.056 0.249 0.060 0.003 0.002 0.002 0.008 0.022 0.001 0.001 0.598 94 Y 0.048 0.147 0.037 0.034 0.017 0.025 0.070 0.022 0.001 0.001 0.599 95 V 0.282 0.169 0.017 0.057 0.015 0.040 0.034 0.009 0.001 0.003 0.373 96 K 0.068 0.281 0.008 0.166 0.092 0.109 0.042 0.003 0.001 0.002 0.229 97 S 0.027 0.120 0.004 0.076 0.068 0.127 0.052 0.002 0.001 0.002 0.524 98 V 0.054 0.112 0.005 0.195 0.140 0.197 0.033 0.003 0.001 0.002 0.257 99 E 0.035 0.121 0.003 0.156 0.116 0.237 0.061 0.004 0.001 0.004 0.264 100 K 0.030 0.079 0.004 0.086 0.140 0.225 0.077 0.007 0.001 0.005 0.347 101 G 0.113 0.091 0.008 0.060 0.114 0.157 0.086 0.008 0.001 0.006 0.356 102 V 0.046 0.056 0.008 0.031 0.060 0.095 0.077 0.005 0.001 0.006 0.616 103 G 0.053 0.022 0.007 0.023 0.053 0.079 0.113 0.005 0.001 0.010 0.634 104 R 0.156 0.018 0.021 0.016 0.043 0.048 0.091 0.002 0.001 0.015 0.590 105 Y 0.067 0.021 0.010 0.070 0.108 0.129 0.100 0.002 0.001 0.008 0.484 106 N 0.033 0.011 0.006 0.091 0.173 0.236 0.085 0.001 0.001 0.007 0.357 107 I 0.013 0.007 0.001 0.234 0.306 0.336 0.034 0.001 0.001 0.002 0.065 108 I 0.009 0.007 0.002 0.192 0.197 0.404 0.034 0.001 0.001 0.002 0.154 109 V 0.002 0.001 0.001 0.385 0.309 0.282 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 110 R 0.002 0.001 0.001 0.296 0.221 0.325 0.030 0.001 0.001 0.001 0.123 111 L 0.002 0.001 0.002 0.352 0.229 0.309 0.014 0.001 0.001 0.001 0.090 112 L 0.001 0.001 0.001 0.260 0.219 0.365 0.040 0.001 0.001 0.002 0.112 113 L 0.008 0.001 0.002 0.127 0.133 0.206 0.079 0.001 0.001 0.005 0.438 114 P 0.002 0.001 0.001 0.034 0.016 0.029 0.036 0.001 0.001 0.001 0.881 115 K 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.021 0.118 0.001 0.001 0.002 0.837 116 D 0.039 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.385 0.001 0.001 0.019 0.538 117 I 0.435 0.015 0.001 0.007 0.002 0.002 0.152 0.001 0.001 0.016 0.369 118 K 0.145 0.054 0.002 0.002 0.001 0.001 0.219 0.001 0.001 0.007 0.570 119 D 0.039 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.001 0.001 0.004 0.589 120 A 0.042 0.419 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 0.003 0.451 121 E 0.015 0.746 0.001 0.001 0.001 0.003 0.115 0.003 0.001 0.005 0.111 122 N 0.018 0.835 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.010 0.001 0.001 0.093 123 L 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 124 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 S 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 126 E 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 127 F 0.019 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 128 L 0.026 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.014 129 Q 0.043 0.868 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 0.029 130 R 0.160 0.674 0.022 0.001 0.001 0.002 0.003 0.055 0.001 0.001 0.081 131 I 0.344 0.354 0.053 0.008 0.004 0.005 0.008 0.068 0.001 0.001 0.155 132 K 0.012 0.019 0.037 0.009 0.002 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.906 133 N 0.020 0.013 0.005 0.020 0.009 0.011 0.126 0.004 0.001 0.002 0.790 134 A 0.414 0.055 0.014 0.030 0.006 0.013 0.061 0.002 0.001 0.010 0.395 135 E 0.084 0.213 0.003 0.077 0.026 0.040 0.177 0.003 0.001 0.005 0.370 136 N 0.100 0.125 0.004 0.028 0.012 0.024 0.121 0.002 0.001 0.006 0.579 137 V 0.148 0.384 0.007 0.043 0.024 0.035 0.037 0.002 0.001 0.004 0.316 138 E 0.031 0.473 0.006 0.039 0.051 0.103 0.084 0.003 0.001 0.006 0.202 139 V 0.025 0.507 0.006 0.024 0.059 0.129 0.042 0.004 0.001 0.003 0.200 140 I 0.024 0.739 0.002 0.030 0.040 0.071 0.012 0.004 0.001 0.001 0.077 141 L 0.017 0.813 0.002 0.012 0.020 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.096 142 I 0.014 0.835 0.004 0.013 0.024 0.055 0.007 0.002 0.001 0.001 0.044 143 S 0.008 0.829 0.003 0.016 0.026 0.072 0.006 0.004 0.001 0.001 0.035 144 E 0.031 0.807 0.002 0.010 0.020 0.028 0.006 0.010 0.001 0.001 0.085 145 V 0.084 0.727 0.014 0.006 0.012 0.027 0.011 0.011 0.001 0.001 0.107 146 R 0.068 0.604 0.028 0.013 0.029 0.042 0.014 0.022 0.001 0.001 0.179 147 K 0.084 0.455 0.031 0.017 0.027 0.059 0.021 0.017 0.001 0.003 0.287 148 F 0.059 0.271 0.016 0.018 0.028 0.063 0.023 0.017 0.001 0.001 0.505 149 E 0.118 0.118 0.006 0.018 0.027 0.026 0.023 0.022 0.001 0.001 0.641 150 I 0.190 0.097 0.041 0.025 0.024 0.038 0.042 0.007 0.001 0.005 0.531 151 I 0.034 0.046 0.014 0.034 0.051 0.074 0.090 0.003 0.001 0.002 0.651