# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 448.202 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.224 0.316 0.068 0.137 0.030 0.054 0.027 0.041 0.021 0.001 2 D 0.198 0.125 0.350 0.070 0.032 0.112 0.060 0.004 0.040 0.004 0.003 3 C 0.442 0.148 0.192 0.128 0.025 0.035 0.007 0.004 0.013 0.004 0.001 4 M 0.494 0.089 0.148 0.160 0.023 0.028 0.027 0.004 0.022 0.003 0.001 5 R 0.536 0.074 0.283 0.025 0.028 0.016 0.013 0.007 0.010 0.007 0.002 6 K 0.518 0.079 0.231 0.069 0.005 0.056 0.014 0.003 0.019 0.001 0.004 7 L 0.413 0.109 0.297 0.095 0.006 0.056 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 8 D 0.408 0.114 0.308 0.021 0.034 0.055 0.017 0.002 0.035 0.005 0.001 9 R 0.977 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.986 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.947 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.850 0.006 0.018 0.116 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.097 0.006 0.030 0.707 0.003 0.021 0.105 0.007 0.024 0.001 0.001 22 S 0.215 0.046 0.419 0.107 0.024 0.037 0.089 0.042 0.015 0.006 0.001 23 R 0.203 0.131 0.150 0.399 0.027 0.026 0.026 0.019 0.007 0.011 0.001 24 L 0.015 0.352 0.516 0.011 0.031 0.039 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 25 T 0.006 0.050 0.880 0.001 0.012 0.044 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 Y 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.253 0.001 0.001 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.944 0.018 0.003 0.001 0.001 35 T 0.088 0.258 0.241 0.309 0.035 0.046 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 36 T 0.084 0.087 0.512 0.032 0.197 0.034 0.005 0.003 0.010 0.035 0.001 37 R 0.968 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 38 Q 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.406 0.001 0.002 0.590 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.191 0.784 0.001 0.007 0.001 52 I 0.273 0.277 0.264 0.071 0.025 0.068 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 53 I 0.035 0.226 0.476 0.004 0.003 0.212 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 54 R 0.533 0.041 0.021 0.386 0.006 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 K 0.011 0.208 0.025 0.044 0.483 0.007 0.185 0.012 0.023 0.001 0.001 56 F 0.010 0.683 0.150 0.013 0.120 0.010 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 57 T 0.010 0.833 0.051 0.011 0.071 0.008 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 58 I 0.007 0.617 0.258 0.006 0.061 0.031 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 59 I 0.001 0.487 0.111 0.001 0.010 0.020 0.004 0.001 0.366 0.001 0.001 60 P 0.064 0.010 0.840 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 61 D 0.006 0.116 0.384 0.006 0.065 0.294 0.002 0.001 0.125 0.001 0.001 62 I 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.947 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.677 0.007 0.008 0.295 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 65 L 0.352 0.018 0.171 0.412 0.005 0.006 0.029 0.002 0.003 0.002 0.001 66 G 0.050 0.003 0.014 0.028 0.016 0.003 0.194 0.632 0.002 0.058 0.001 67 Y 0.084 0.257 0.416 0.108 0.077 0.028 0.009 0.002 0.016 0.003 0.001 68 M 0.079 0.286 0.390 0.105 0.049 0.056 0.016 0.005 0.010 0.002 0.002 69 Y 0.008 0.768 0.122 0.006 0.072 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 A 0.030 0.734 0.145 0.028 0.042 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 71 I 0.001 0.910 0.030 0.001 0.054 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 V 0.001 0.926 0.041 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 L 0.001 0.891 0.071 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 74 I 0.003 0.773 0.111 0.002 0.053 0.032 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 75 K 0.026 0.690 0.152 0.040 0.045 0.026 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 76 S 0.019 0.525 0.255 0.015 0.122 0.038 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 77 K 0.090 0.398 0.329 0.083 0.016 0.040 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 78 V 0.015 0.346 0.468 0.002 0.048 0.013 0.006 0.001 0.097 0.006 0.001 79 P 0.259 0.011 0.614 0.015 0.002 0.033 0.001 0.001 0.002 0.004 0.059 80 S 0.634 0.034 0.100 0.099 0.049 0.012 0.018 0.036 0.004 0.014 0.001 81 D 0.316 0.048 0.164 0.161 0.033 0.145 0.024 0.006 0.085 0.017 0.002 82 A 0.976 0.001 0.005 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.978 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.387 0.001 0.002 0.596 0.001 0.002 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 92 I 0.319 0.035 0.509 0.018 0.001 0.089 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 93 E 0.946 0.003 0.024 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.834 0.012 0.009 0.115 0.007 0.002 0.007 0.010 0.001 0.002 0.001 95 V 0.542 0.136 0.257 0.005 0.004 0.047 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 K 0.949 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.567 0.237 0.027 0.018 0.143 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 98 V 0.751 0.175 0.013 0.037 0.007 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 99 E 0.696 0.140 0.064 0.040 0.017 0.019 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 100 K 0.504 0.132 0.086 0.203 0.031 0.022 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 101 G 0.365 0.087 0.135 0.148 0.067 0.024 0.065 0.051 0.018 0.040 0.001 102 V 0.190 0.203 0.158 0.317 0.059 0.015 0.030 0.002 0.023 0.002 0.001 103 G 0.050 0.010 0.057 0.016 0.158 0.003 0.035 0.271 0.002 0.397 0.001 104 R 0.403 0.094 0.127 0.259 0.032 0.038 0.018 0.007 0.014 0.007 0.003 105 Y 0.195 0.346 0.242 0.076 0.063 0.032 0.017 0.004 0.020 0.004 0.001 106 N 0.296 0.109 0.144 0.318 0.016 0.061 0.027 0.001 0.025 0.001 0.002 107 I 0.009 0.756 0.112 0.006 0.096 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 108 I 0.004 0.800 0.157 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 109 V 0.003 0.863 0.087 0.001 0.024 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 R 0.002 0.757 0.167 0.001 0.022 0.028 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 111 L 0.007 0.681 0.231 0.002 0.010 0.048 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 L 0.014 0.577 0.256 0.014 0.024 0.061 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 113 L 0.005 0.479 0.354 0.002 0.050 0.036 0.006 0.001 0.064 0.001 0.001 114 P 0.019 0.025 0.861 0.003 0.003 0.073 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 115 K 0.796 0.010 0.059 0.100 0.013 0.007 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 116 D 0.211 0.063 0.183 0.198 0.050 0.161 0.021 0.005 0.104 0.004 0.001 117 I 0.831 0.009 0.019 0.125 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 118 K 0.979 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.954 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 F 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.978 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.862 0.005 0.006 0.118 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.477 0.089 0.195 0.129 0.002 0.031 0.006 0.001 0.070 0.001 0.001 132 K 0.503 0.011 0.433 0.028 0.002 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 133 N 0.093 0.002 0.008 0.293 0.005 0.011 0.261 0.320 0.004 0.004 0.001 134 A 0.061 0.142 0.687 0.017 0.005 0.073 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 135 E 0.605 0.070 0.047 0.267 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 N 0.052 0.391 0.105 0.138 0.231 0.016 0.039 0.007 0.020 0.001 0.001 137 V 0.006 0.764 0.167 0.003 0.032 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 138 E 0.015 0.752 0.175 0.004 0.017 0.024 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 139 V 0.014 0.749 0.196 0.002 0.019 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 140 I 0.018 0.824 0.067 0.003 0.035 0.017 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 141 L 0.029 0.539 0.367 0.002 0.011 0.041 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 142 I 0.055 0.716 0.097 0.022 0.039 0.032 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 143 S 0.144 0.426 0.188 0.044 0.164 0.012 0.005 0.002 0.006 0.009 0.001 144 E 0.082 0.516 0.157 0.023 0.147 0.025 0.024 0.003 0.023 0.001 0.001 145 V 0.112 0.474 0.325 0.010 0.016 0.037 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 146 R 0.242 0.465 0.194 0.023 0.018 0.028 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 147 K 0.351 0.287 0.203 0.047 0.036 0.043 0.008 0.002 0.020 0.003 0.001 148 F 0.500 0.167 0.099 0.107 0.048 0.024 0.024 0.005 0.021 0.005 0.001 149 E 0.378 0.138 0.129 0.198 0.054 0.021 0.040 0.008 0.029 0.004 0.001 150 I 0.277 0.134 0.304 0.093 0.060 0.029 0.038 0.021 0.026 0.014 0.004 151 I 0.274 0.215 0.334 0.063 0.036 0.034 0.012 0.004 0.018 0.009 0.002