# TARGET T0337 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.124 0.104 0.088 0.159 0.046 0.031 0.072 0.067 0.129 0.074 2 D 0.143 0.153 0.115 0.032 0.211 0.021 0.033 0.095 0.063 0.068 0.066 3 C 0.069 0.188 0.118 0.026 0.151 0.015 0.024 0.165 0.111 0.095 0.039 4 M 0.080 0.169 0.055 0.019 0.196 0.014 0.025 0.187 0.155 0.069 0.031 5 R 0.026 0.129 0.078 0.039 0.067 0.064 0.087 0.287 0.157 0.045 0.020 6 K 0.091 0.152 0.065 0.006 0.137 0.005 0.023 0.147 0.090 0.187 0.097 7 L 0.070 0.259 0.106 0.018 0.122 0.012 0.012 0.101 0.093 0.158 0.049 8 D 0.017 0.527 0.223 0.014 0.112 0.004 0.006 0.055 0.021 0.013 0.007 9 R 0.002 0.008 0.004 0.002 0.009 0.004 0.018 0.657 0.274 0.021 0.002 10 V 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.833 0.113 0.022 0.001 11 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.846 0.116 0.029 0.002 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.064 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.046 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.947 0.035 0.005 0.001 18 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.802 0.157 0.012 0.001 19 S 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.136 0.700 0.109 0.036 0.001 20 E 0.002 0.055 0.025 0.009 0.012 0.054 0.315 0.319 0.117 0.087 0.005 21 N 0.174 0.059 0.016 0.007 0.089 0.004 0.005 0.022 0.050 0.307 0.267 22 S 0.041 0.190 0.081 0.012 0.130 0.011 0.017 0.073 0.191 0.188 0.066 23 R 0.098 0.140 0.022 0.004 0.120 0.010 0.028 0.079 0.104 0.309 0.086 24 L 0.034 0.523 0.118 0.006 0.213 0.007 0.010 0.020 0.018 0.037 0.012 25 T 0.016 0.671 0.255 0.001 0.044 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.004 26 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.712 0.262 0.016 0.002 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.942 0.052 0.001 0.001 28 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.925 0.050 0.013 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.071 0.004 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.895 0.091 0.005 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.819 0.141 0.008 0.001 32 I 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.088 0.766 0.111 0.023 0.001 33 L 0.005 0.736 0.088 0.003 0.096 0.007 0.012 0.019 0.016 0.016 0.001 34 N 0.121 0.007 0.003 0.003 0.023 0.001 0.001 0.006 0.015 0.466 0.354 35 T 0.059 0.336 0.192 0.012 0.191 0.006 0.008 0.023 0.036 0.084 0.052 36 T 0.022 0.515 0.248 0.032 0.128 0.003 0.003 0.013 0.007 0.016 0.015 37 R 0.019 0.072 0.045 0.012 0.048 0.015 0.018 0.430 0.297 0.033 0.010 38 Q 0.001 0.006 0.005 0.003 0.004 0.005 0.014 0.834 0.117 0.008 0.002 39 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.888 0.076 0.018 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.066 0.006 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.041 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.025 0.002 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.036 0.005 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.051 0.002 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.035 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.023 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.040 0.004 0.001 48 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.863 0.114 0.004 0.001 49 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.022 0.891 0.068 0.008 0.001 50 L 0.001 0.669 0.277 0.008 0.021 0.001 0.002 0.010 0.004 0.006 0.001 51 G 0.051 0.019 0.022 0.014 0.016 0.003 0.004 0.036 0.015 0.511 0.309 52 I 0.032 0.287 0.042 0.006 0.157 0.029 0.068 0.277 0.069 0.026 0.007 53 I 0.462 0.034 0.006 0.008 0.289 0.007 0.008 0.043 0.014 0.019 0.110 54 R 0.012 0.085 0.038 0.138 0.045 0.397 0.210 0.049 0.014 0.010 0.003 55 K 0.267 0.082 0.017 0.005 0.410 0.001 0.002 0.019 0.019 0.069 0.109 56 F 0.301 0.076 0.018 0.010 0.449 0.008 0.009 0.014 0.013 0.026 0.077 57 T 0.137 0.165 0.026 0.007 0.542 0.014 0.022 0.023 0.017 0.023 0.024 58 I 0.304 0.083 0.012 0.003 0.480 0.002 0.004 0.011 0.012 0.022 0.067 59 I 0.261 0.110 0.025 0.004 0.482 0.003 0.009 0.019 0.011 0.028 0.048 60 P 0.084 0.303 0.067 0.007 0.385 0.024 0.027 0.019 0.011 0.031 0.042 61 D 0.175 0.247 0.054 0.001 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 62 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.214 0.691 0.046 0.007 63 D 0.002 0.010 0.007 0.004 0.003 0.011 0.100 0.595 0.256 0.012 0.001 64 K 0.006 0.008 0.003 0.004 0.007 0.019 0.190 0.308 0.172 0.277 0.006 65 L 0.035 0.332 0.120 0.042 0.094 0.037 0.054 0.130 0.066 0.062 0.027 66 G 0.023 0.015 0.026 0.062 0.017 0.034 0.019 0.033 0.068 0.566 0.137 67 Y 0.042 0.391 0.176 0.016 0.199 0.009 0.016 0.032 0.029 0.072 0.018 68 M 0.248 0.134 0.032 0.006 0.323 0.006 0.040 0.038 0.031 0.072 0.070 69 Y 0.310 0.096 0.009 0.004 0.513 0.005 0.008 0.007 0.003 0.013 0.033 70 A 0.285 0.057 0.003 0.004 0.612 0.008 0.007 0.002 0.001 0.003 0.019 71 I 0.191 0.044 0.002 0.001 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 V 0.343 0.013 0.001 0.001 0.632 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 73 L 0.217 0.049 0.002 0.001 0.711 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 74 I 0.406 0.031 0.002 0.001 0.487 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 75 K 0.271 0.114 0.016 0.010 0.492 0.011 0.006 0.004 0.003 0.008 0.063 76 S 0.266 0.134 0.037 0.005 0.432 0.003 0.005 0.004 0.005 0.026 0.083 77 K 0.105 0.324 0.200 0.034 0.223 0.014 0.013 0.013 0.014 0.028 0.033 78 V 0.029 0.398 0.307 0.059 0.121 0.017 0.016 0.019 0.013 0.013 0.010 79 P 0.026 0.064 0.027 0.023 0.056 0.040 0.065 0.274 0.335 0.070 0.020 80 S 0.010 0.042 0.035 0.017 0.025 0.032 0.061 0.399 0.239 0.121 0.020 81 D 0.042 0.123 0.042 0.004 0.060 0.003 0.011 0.285 0.139 0.256 0.035 82 A 0.010 0.017 0.006 0.001 0.012 0.002 0.003 0.696 0.206 0.042 0.007 83 D 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.896 0.075 0.003 0.001 84 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.904 0.066 0.012 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.064 0.009 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.073 0.003 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.929 0.061 0.002 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.849 0.127 0.016 0.001 89 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.661 0.304 0.020 0.001 90 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.748 0.219 0.006 0.001 91 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.212 0.149 0.602 0.010 92 I 0.146 0.220 0.037 0.002 0.312 0.002 0.004 0.083 0.068 0.065 0.062 93 E 0.014 0.028 0.009 0.007 0.028 0.025 0.086 0.563 0.213 0.020 0.008 94 Y 0.016 0.045 0.042 0.012 0.045 0.005 0.013 0.313 0.157 0.340 0.012 95 V 0.381 0.026 0.002 0.001 0.272 0.002 0.012 0.162 0.041 0.035 0.066 96 K 0.025 0.084 0.019 0.054 0.131 0.119 0.123 0.355 0.065 0.019 0.006 97 S 0.205 0.048 0.008 0.004 0.400 0.004 0.019 0.149 0.031 0.059 0.072 98 V 0.317 0.032 0.004 0.008 0.366 0.033 0.033 0.088 0.026 0.038 0.054 99 E 0.159 0.128 0.015 0.007 0.474 0.009 0.024 0.078 0.025 0.034 0.047 100 K 0.255 0.106 0.028 0.008 0.297 0.012 0.035 0.088 0.040 0.043 0.088 101 G 0.175 0.087 0.043 0.072 0.168 0.079 0.102 0.083 0.040 0.085 0.067 102 V 0.031 0.157 0.103 0.233 0.077 0.119 0.100 0.051 0.041 0.069 0.019 103 G 0.020 0.070 0.173 0.352 0.035 0.080 0.039 0.046 0.049 0.112 0.023 104 R 0.058 0.118 0.093 0.029 0.106 0.032 0.099 0.137 0.156 0.134 0.038 105 Y 0.206 0.187 0.069 0.010 0.307 0.006 0.012 0.020 0.026 0.068 0.089 106 N 0.164 0.168 0.034 0.021 0.339 0.047 0.113 0.031 0.018 0.034 0.033 107 I 0.264 0.105 0.007 0.001 0.602 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 108 I 0.314 0.038 0.001 0.001 0.629 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 109 V 0.275 0.030 0.001 0.001 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 110 R 0.270 0.060 0.003 0.001 0.628 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 111 L 0.318 0.055 0.004 0.001 0.564 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 112 L 0.341 0.072 0.010 0.007 0.347 0.010 0.010 0.005 0.009 0.048 0.140 113 L 0.055 0.311 0.313 0.045 0.221 0.004 0.003 0.003 0.003 0.017 0.024 114 P 0.052 0.461 0.205 0.021 0.184 0.005 0.006 0.019 0.019 0.014 0.016 115 K 0.006 0.024 0.016 0.016 0.018 0.075 0.166 0.364 0.277 0.034 0.006 116 D 0.081 0.100 0.066 0.007 0.114 0.008 0.018 0.130 0.107 0.290 0.078 117 I 0.021 0.033 0.008 0.002 0.041 0.003 0.005 0.455 0.312 0.104 0.016 118 K 0.001 0.007 0.004 0.002 0.003 0.005 0.015 0.818 0.131 0.013 0.002 119 D 0.002 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.008 0.835 0.096 0.036 0.002 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.079 0.011 0.001 121 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.928 0.057 0.004 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.928 0.049 0.006 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.934 0.040 0.007 0.001 124 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.064 0.008 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.894 0.090 0.007 0.001 126 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.896 0.073 0.003 0.001 127 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.732 0.203 0.035 0.001 128 L 0.012 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.010 0.502 0.363 0.074 0.007 129 Q 0.003 0.007 0.002 0.002 0.006 0.005 0.031 0.558 0.362 0.021 0.002 130 R 0.022 0.012 0.004 0.003 0.019 0.006 0.042 0.281 0.247 0.342 0.022 131 I 0.147 0.196 0.074 0.011 0.277 0.005 0.009 0.072 0.061 0.092 0.054 132 K 0.008 0.026 0.012 0.015 0.020 0.109 0.251 0.323 0.216 0.017 0.004 133 N 0.068 0.015 0.015 0.005 0.039 0.001 0.001 0.019 0.061 0.641 0.136 134 A 0.370 0.052 0.004 0.001 0.407 0.002 0.002 0.011 0.018 0.048 0.085 135 E 0.018 0.045 0.023 0.092 0.076 0.273 0.222 0.155 0.058 0.032 0.005 136 N 0.354 0.033 0.006 0.003 0.328 0.001 0.003 0.019 0.015 0.115 0.123 137 V 0.279 0.102 0.008 0.009 0.504 0.016 0.007 0.014 0.005 0.016 0.039 138 E 0.225 0.107 0.019 0.008 0.522 0.010 0.013 0.025 0.005 0.014 0.051 139 V 0.389 0.064 0.008 0.009 0.376 0.004 0.010 0.020 0.008 0.026 0.086 140 I 0.220 0.131 0.015 0.018 0.518 0.014 0.017 0.020 0.005 0.009 0.034 141 L 0.314 0.105 0.009 0.001 0.526 0.002 0.002 0.010 0.002 0.003 0.026 142 I 0.344 0.095 0.019 0.006 0.400 0.008 0.010 0.021 0.007 0.013 0.077 143 S 0.281 0.083 0.022 0.036 0.236 0.034 0.021 0.087 0.058 0.046 0.096 144 E 0.094 0.190 0.107 0.039 0.213 0.018 0.028 0.137 0.086 0.054 0.034 145 V 0.207 0.132 0.040 0.009 0.321 0.011 0.026 0.106 0.048 0.055 0.045 146 R 0.118 0.248 0.067 0.023 0.301 0.014 0.024 0.092 0.046 0.034 0.033 147 K 0.104 0.184 0.121 0.050 0.164 0.034 0.053 0.122 0.071 0.058 0.038 148 F 0.083 0.169 0.099 0.041 0.151 0.045 0.089 0.150 0.080 0.059 0.033 149 E 0.063 0.175 0.147 0.060 0.131 0.021 0.035 0.069 0.076 0.163 0.060 150 I 0.029 0.176 0.309 0.169 0.076 0.047 0.037 0.063 0.038 0.037 0.018 151 I 0.074 0.215 0.115 0.023 0.173 0.025 0.045 0.141 0.072 0.076 0.041