# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.903 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.009 0.005 2 D 0.001 0.013 0.787 0.001 0.020 0.046 0.001 0.001 0.003 0.054 0.044 0.004 0.026 3 C 0.001 0.023 0.445 0.002 0.071 0.116 0.001 0.001 0.004 0.174 0.132 0.018 0.012 4 M 0.001 0.018 0.421 0.001 0.097 0.182 0.001 0.001 0.003 0.114 0.125 0.004 0.033 5 R 0.002 0.007 0.371 0.002 0.058 0.150 0.001 0.001 0.003 0.263 0.094 0.035 0.015 6 K 0.001 0.033 0.673 0.001 0.019 0.106 0.001 0.001 0.003 0.051 0.068 0.007 0.038 7 L 0.001 0.024 0.778 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 0.002 0.102 0.020 0.006 0.006 8 D 0.001 0.002 0.799 0.001 0.001 0.107 0.001 0.001 0.001 0.084 0.002 0.001 0.004 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.645 0.001 0.001 0.001 0.012 0.329 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.163 0.001 0.035 0.118 0.001 0.001 0.001 0.087 0.596 0.001 0.001 22 S 0.001 0.006 0.308 0.001 0.072 0.026 0.001 0.001 0.001 0.208 0.379 0.001 0.001 23 R 0.001 0.011 0.264 0.001 0.065 0.015 0.001 0.001 0.003 0.225 0.414 0.001 0.002 24 L 0.001 0.035 0.314 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.006 0.599 0.022 0.006 0.002 25 T 0.001 0.028 0.869 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.061 0.007 0.001 0.016 26 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 32 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 33 L 0.001 0.002 0.017 0.001 0.016 0.466 0.001 0.001 0.001 0.064 0.434 0.001 0.001 34 N 0.001 0.002 0.089 0.002 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.060 0.811 0.001 0.001 35 T 0.001 0.017 0.759 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.004 0.162 0.033 0.002 0.006 36 T 0.001 0.031 0.782 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.010 0.125 0.022 0.003 0.004 37 R 0.001 0.001 0.060 0.001 0.016 0.840 0.001 0.001 0.001 0.041 0.039 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.259 0.001 0.001 0.001 0.014 0.722 0.001 0.001 51 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 52 I 0.002 0.030 0.816 0.001 0.005 0.007 0.002 0.002 0.011 0.048 0.033 0.021 0.023 53 I 0.010 0.058 0.410 0.002 0.014 0.008 0.014 0.013 0.162 0.022 0.013 0.036 0.237 54 R 0.018 0.003 0.089 0.695 0.014 0.004 0.016 0.011 0.056 0.024 0.013 0.030 0.029 55 K 0.043 0.002 0.105 0.062 0.037 0.007 0.053 0.013 0.183 0.101 0.064 0.193 0.137 56 F 0.042 0.003 0.108 0.017 0.017 0.005 0.075 0.027 0.310 0.027 0.009 0.028 0.332 57 T 0.055 0.003 0.038 0.012 0.001 0.002 0.053 0.025 0.379 0.014 0.002 0.382 0.033 58 I 0.051 0.004 0.066 0.003 0.001 0.002 0.054 0.025 0.413 0.009 0.002 0.011 0.359 59 I 0.030 0.010 0.174 0.017 0.001 0.002 0.031 0.011 0.413 0.036 0.003 0.245 0.027 60 P 0.009 0.052 0.430 0.003 0.001 0.003 0.010 0.003 0.135 0.078 0.005 0.017 0.254 61 D 0.001 0.028 0.793 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.038 0.073 0.007 0.015 0.034 62 I 0.001 0.001 0.022 0.001 0.464 0.306 0.001 0.001 0.001 0.028 0.173 0.001 0.003 63 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.559 0.272 0.001 0.001 0.001 0.017 0.138 0.001 0.001 64 K 0.001 0.002 0.012 0.002 0.594 0.243 0.001 0.001 0.001 0.015 0.128 0.001 0.002 65 L 0.001 0.019 0.072 0.016 0.135 0.305 0.001 0.001 0.002 0.093 0.341 0.002 0.013 66 G 0.006 0.006 0.090 0.050 0.031 0.027 0.001 0.001 0.001 0.054 0.702 0.019 0.013 67 Y 0.097 0.017 0.184 0.024 0.027 0.016 0.012 0.002 0.008 0.098 0.091 0.038 0.387 68 M 0.165 0.006 0.187 0.039 0.005 0.004 0.022 0.001 0.016 0.045 0.010 0.306 0.195 69 Y 0.277 0.003 0.090 0.088 0.005 0.003 0.078 0.006 0.029 0.054 0.009 0.101 0.257 70 A 0.447 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.159 0.014 0.033 0.007 0.001 0.186 0.118 71 I 0.735 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.112 0.014 0.010 0.001 0.001 0.034 0.086 72 V 0.804 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.082 0.013 0.010 0.002 0.001 0.041 0.031 73 L 0.804 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.091 0.010 0.010 0.001 0.001 0.039 0.039 74 I 0.693 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.104 0.014 0.032 0.003 0.001 0.032 0.103 75 K 0.510 0.003 0.038 0.004 0.001 0.001 0.078 0.005 0.045 0.008 0.003 0.226 0.079 76 S 0.091 0.022 0.202 0.004 0.002 0.001 0.030 0.004 0.091 0.063 0.011 0.040 0.440 77 K 0.016 0.015 0.457 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.026 0.259 0.024 0.137 0.053 78 V 0.001 0.021 0.614 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.283 0.021 0.006 0.042 79 P 0.001 0.004 0.291 0.001 0.126 0.047 0.001 0.001 0.001 0.138 0.388 0.001 0.004 80 S 0.001 0.006 0.154 0.001 0.150 0.110 0.001 0.001 0.001 0.247 0.328 0.003 0.001 81 D 0.001 0.014 0.289 0.001 0.158 0.227 0.001 0.001 0.001 0.161 0.145 0.001 0.004 82 A 0.001 0.002 0.092 0.001 0.029 0.827 0.001 0.001 0.001 0.021 0.026 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 0.919 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 90 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.043 0.617 0.001 0.001 0.001 0.007 0.325 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.018 0.001 0.028 0.425 0.001 0.001 0.001 0.019 0.509 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.458 0.001 0.015 0.139 0.001 0.001 0.001 0.351 0.035 0.001 0.001 93 E 0.001 0.006 0.268 0.002 0.135 0.283 0.001 0.001 0.001 0.074 0.227 0.001 0.003 94 Y 0.001 0.008 0.122 0.003 0.180 0.379 0.001 0.001 0.011 0.112 0.148 0.011 0.023 95 V 0.007 0.006 0.100 0.006 0.138 0.577 0.002 0.002 0.025 0.026 0.023 0.013 0.075 96 K 0.029 0.003 0.051 0.175 0.034 0.536 0.007 0.008 0.024 0.022 0.033 0.044 0.035 97 S 0.081 0.003 0.033 0.003 0.030 0.528 0.012 0.008 0.032 0.012 0.042 0.146 0.069 98 V 0.085 0.003 0.044 0.003 0.030 0.506 0.015 0.011 0.026 0.016 0.030 0.019 0.213 99 E 0.213 0.013 0.047 0.039 0.012 0.271 0.021 0.008 0.026 0.024 0.042 0.221 0.062 100 K 0.131 0.007 0.068 0.006 0.015 0.194 0.014 0.004 0.011 0.066 0.170 0.038 0.276 101 G 0.042 0.006 0.216 0.008 0.013 0.063 0.004 0.001 0.005 0.201 0.229 0.156 0.056 102 V 0.008 0.011 0.242 0.008 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.235 0.388 0.017 0.061 103 G 0.005 0.005 0.216 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.400 0.308 0.022 0.027 104 R 0.014 0.019 0.257 0.003 0.028 0.014 0.001 0.001 0.001 0.300 0.244 0.045 0.073 105 Y 0.040 0.016 0.214 0.010 0.033 0.014 0.003 0.001 0.002 0.290 0.173 0.062 0.143 106 N 0.123 0.003 0.273 0.144 0.010 0.004 0.008 0.001 0.002 0.174 0.038 0.041 0.179 107 I 0.621 0.003 0.030 0.002 0.001 0.001 0.074 0.003 0.006 0.007 0.002 0.150 0.099 108 I 0.687 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.089 0.005 0.004 0.002 0.001 0.052 0.149 109 V 0.760 0.001 0.017 0.048 0.001 0.002 0.065 0.006 0.005 0.003 0.001 0.039 0.054 110 R 0.789 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.091 0.010 0.006 0.001 0.001 0.069 0.027 111 L 0.641 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.149 0.011 0.011 0.002 0.001 0.021 0.150 112 L 0.592 0.003 0.030 0.016 0.001 0.002 0.118 0.007 0.020 0.005 0.002 0.146 0.061 113 L 0.132 0.009 0.204 0.030 0.002 0.002 0.029 0.004 0.068 0.062 0.011 0.088 0.358 114 P 0.013 0.008 0.557 0.015 0.013 0.003 0.003 0.001 0.021 0.158 0.075 0.035 0.097 115 K 0.002 0.028 0.248 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.007 0.543 0.113 0.022 0.014 116 D 0.001 0.017 0.640 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.004 0.283 0.022 0.001 0.012 117 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.083 0.846 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 127 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 0.772 0.001 0.001 0.001 0.005 0.182 0.001 0.001 130 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.035 0.668 0.001 0.001 0.001 0.012 0.272 0.001 0.001 131 I 0.001 0.004 0.392 0.001 0.063 0.292 0.001 0.001 0.002 0.168 0.077 0.001 0.001 132 K 0.001 0.005 0.082 0.003 0.226 0.133 0.001 0.001 0.001 0.075 0.472 0.001 0.001 133 N 0.001 0.003 0.066 0.005 0.186 0.058 0.001 0.001 0.003 0.081 0.589 0.002 0.006 134 A 0.001 0.012 0.336 0.002 0.320 0.102 0.001 0.002 0.021 0.068 0.079 0.009 0.048 135 E 0.004 0.021 0.143 0.090 0.130 0.087 0.002 0.005 0.028 0.192 0.216 0.060 0.022 136 N 0.014 0.007 0.153 0.056 0.083 0.054 0.006 0.006 0.058 0.141 0.265 0.029 0.128 137 V 0.051 0.008 0.309 0.055 0.020 0.025 0.028 0.018 0.143 0.070 0.026 0.070 0.175 138 E 0.177 0.010 0.080 0.011 0.005 0.011 0.065 0.022 0.111 0.030 0.012 0.314 0.152 139 V 0.300 0.003 0.063 0.011 0.002 0.010 0.078 0.027 0.071 0.015 0.003 0.052 0.364 140 I 0.328 0.002 0.052 0.076 0.003 0.015 0.062 0.018 0.049 0.021 0.005 0.317 0.053 141 L 0.476 0.001 0.029 0.011 0.003 0.013 0.083 0.006 0.023 0.010 0.007 0.041 0.296 142 I 0.580 0.002 0.025 0.016 0.002 0.014 0.080 0.007 0.017 0.004 0.007 0.140 0.105 143 S 0.556 0.002 0.045 0.014 0.003 0.012 0.051 0.005 0.014 0.010 0.009 0.092 0.188 144 E 0.442 0.002 0.055 0.007 0.004 0.017 0.039 0.003 0.022 0.027 0.012 0.196 0.176 145 V 0.234 0.005 0.122 0.020 0.005 0.017 0.025 0.001 0.029 0.032 0.011 0.191 0.307 146 R 0.173 0.009 0.141 0.026 0.004 0.017 0.030 0.001 0.026 0.021 0.011 0.147 0.394 147 K 0.145 0.015 0.134 0.014 0.007 0.027 0.026 0.001 0.019 0.027 0.016 0.256 0.313 148 F 0.084 0.009 0.279 0.037 0.013 0.027 0.016 0.001 0.013 0.077 0.024 0.107 0.315 149 E 0.031 0.009 0.376 0.014 0.014 0.040 0.008 0.001 0.013 0.125 0.047 0.200 0.122 150 I 0.015 0.016 0.590 0.006 0.007 0.025 0.004 0.001 0.011 0.054 0.036 0.027 0.208 151 I 0.002 0.007 0.905 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.015 0.003 0.032 0.024