# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.079 0.007 0.027 0.044 0.051 0.108 0.011 0.002 0.044 0.521 2 D 0.078 0.057 0.003 0.019 0.030 0.047 0.106 0.007 0.001 0.040 0.611 3 C 0.105 0.056 0.003 0.040 0.048 0.065 0.100 0.011 0.001 0.059 0.512 4 M 0.074 0.060 0.002 0.052 0.036 0.064 0.124 0.006 0.001 0.045 0.536 5 R 0.034 0.039 0.001 0.057 0.054 0.073 0.117 0.004 0.001 0.033 0.588 6 K 0.055 0.044 0.002 0.048 0.039 0.044 0.136 0.003 0.001 0.066 0.562 7 L 0.008 0.050 0.001 0.034 0.027 0.023 0.122 0.005 0.001 0.085 0.644 8 D 0.036 0.841 0.001 0.003 0.002 0.003 0.016 0.006 0.001 0.014 0.078 9 R 0.061 0.776 0.005 0.005 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.062 0.076 10 V 0.006 0.565 0.003 0.003 0.002 0.003 0.020 0.002 0.001 0.291 0.105 11 D 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 12 M 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.012 13 Q 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 14 L 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 15 V 0.008 0.811 0.014 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.134 0.016 16 K 0.049 0.639 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.004 0.002 0.233 0.047 17 I 0.064 0.359 0.062 0.006 0.001 0.001 0.041 0.014 0.025 0.218 0.209 18 L 0.264 0.151 0.031 0.011 0.002 0.002 0.095 0.022 0.014 0.154 0.254 19 S 0.138 0.034 0.009 0.019 0.002 0.007 0.106 0.005 0.008 0.081 0.590 20 E 0.054 0.025 0.002 0.010 0.001 0.004 0.107 0.004 0.001 0.030 0.762 21 N 0.140 0.022 0.002 0.012 0.002 0.005 0.132 0.006 0.001 0.093 0.585 22 S 0.056 0.037 0.002 0.017 0.003 0.007 0.147 0.007 0.001 0.070 0.653 23 R 0.069 0.097 0.001 0.014 0.003 0.006 0.100 0.002 0.001 0.048 0.659 24 L 0.032 0.166 0.003 0.038 0.009 0.015 0.115 0.008 0.001 0.100 0.514 25 T 0.019 0.782 0.001 0.007 0.003 0.004 0.026 0.004 0.001 0.040 0.114 26 Y 0.010 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 0.019 27 R 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.011 0.035 28 E 0.011 0.904 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.030 0.034 29 L 0.045 0.791 0.012 0.002 0.001 0.001 0.013 0.017 0.005 0.067 0.045 30 A 0.108 0.118 0.249 0.005 0.002 0.002 0.027 0.030 0.154 0.165 0.140 31 D 0.457 0.063 0.002 0.006 0.003 0.005 0.068 0.009 0.002 0.081 0.304 32 I 0.029 0.016 0.002 0.015 0.001 0.005 0.091 0.002 0.001 0.053 0.784 33 L 0.022 0.014 0.003 0.027 0.003 0.007 0.180 0.002 0.001 0.039 0.703 34 N 0.039 0.030 0.001 0.026 0.010 0.022 0.134 0.004 0.001 0.063 0.671 35 T 0.039 0.057 0.001 0.011 0.004 0.007 0.115 0.005 0.001 0.052 0.709 36 T 0.046 0.687 0.001 0.007 0.002 0.003 0.036 0.004 0.001 0.054 0.158 37 R 0.019 0.909 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 0.045 38 Q 0.011 0.915 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 0.031 39 R 0.005 0.800 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.153 0.026 40 I 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 41 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 42 R 0.001 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.056 0.005 43 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 46 K 0.004 0.905 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.052 0.021 47 L 0.017 0.019 0.562 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.311 0.069 0.009 48 K 0.781 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.005 0.040 0.100 49 K 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.011 0.913 50 L 0.009 0.012 0.003 0.008 0.001 0.002 0.088 0.001 0.001 0.018 0.860 51 G 0.012 0.005 0.002 0.017 0.016 0.044 0.133 0.006 0.001 0.138 0.626 52 I 0.061 0.005 0.002 0.022 0.011 0.019 0.085 0.002 0.001 0.074 0.718 53 I 0.064 0.005 0.002 0.147 0.016 0.039 0.102 0.002 0.001 0.111 0.512 54 R 0.057 0.006 0.001 0.140 0.027 0.044 0.129 0.003 0.001 0.090 0.501 55 K 0.008 0.002 0.001 0.148 0.019 0.037 0.150 0.004 0.001 0.024 0.609 56 F 0.004 0.001 0.001 0.235 0.102 0.114 0.086 0.003 0.001 0.039 0.416 57 T 0.004 0.001 0.001 0.456 0.059 0.116 0.072 0.001 0.001 0.030 0.260 58 I 0.002 0.001 0.001 0.253 0.115 0.129 0.066 0.001 0.001 0.018 0.417 59 I 0.011 0.006 0.001 0.239 0.153 0.136 0.085 0.001 0.001 0.036 0.330 60 P 0.015 0.037 0.002 0.102 0.023 0.033 0.084 0.005 0.001 0.046 0.652 61 D 0.166 0.495 0.014 0.015 0.005 0.006 0.036 0.014 0.013 0.082 0.156 62 I 0.400 0.064 0.077 0.004 0.002 0.002 0.032 0.010 0.024 0.113 0.273 63 D 0.328 0.021 0.003 0.002 0.006 0.009 0.063 0.012 0.002 0.071 0.483 64 K 0.320 0.004 0.001 0.004 0.008 0.016 0.064 0.003 0.001 0.046 0.532 65 L 0.032 0.003 0.003 0.019 0.006 0.013 0.130 0.001 0.001 0.021 0.771 66 G 0.006 0.001 0.001 0.007 0.051 0.068 0.179 0.002 0.001 0.015 0.671 67 Y 0.003 0.001 0.001 0.048 0.082 0.102 0.147 0.001 0.001 0.033 0.583 68 M 0.001 0.001 0.001 0.199 0.102 0.299 0.074 0.001 0.001 0.084 0.240 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.284 0.144 0.365 0.022 0.001 0.001 0.081 0.103 70 A 0.001 0.001 0.001 0.341 0.237 0.332 0.006 0.001 0.001 0.038 0.044 71 I 0.001 0.001 0.001 0.278 0.327 0.296 0.005 0.001 0.001 0.035 0.059 72 V 0.001 0.001 0.001 0.256 0.345 0.333 0.004 0.001 0.001 0.031 0.032 73 L 0.001 0.001 0.001 0.140 0.261 0.470 0.011 0.001 0.001 0.055 0.062 74 I 0.002 0.001 0.001 0.108 0.371 0.407 0.016 0.001 0.001 0.026 0.069 75 K 0.011 0.001 0.001 0.072 0.276 0.375 0.050 0.001 0.001 0.048 0.168 76 S 0.002 0.001 0.001 0.065 0.105 0.157 0.133 0.001 0.001 0.026 0.510 77 K 0.027 0.009 0.001 0.032 0.034 0.040 0.139 0.004 0.002 0.048 0.663 78 V 0.176 0.227 0.004 0.006 0.004 0.003 0.071 0.014 0.002 0.099 0.394 79 P 0.078 0.503 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 0.004 0.001 0.046 0.332 80 S 0.022 0.590 0.002 0.003 0.001 0.003 0.030 0.003 0.001 0.115 0.230 81 D 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.017 82 A 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 83 D 0.005 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.840 0.010 84 K 0.001 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.088 0.019 85 V 0.005 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.008 86 I 0.016 0.302 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.648 0.024 87 S 0.007 0.418 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.005 0.400 0.137 88 E 0.104 0.619 0.024 0.001 0.001 0.001 0.018 0.083 0.005 0.056 0.090 89 I 0.165 0.283 0.132 0.005 0.001 0.001 0.026 0.034 0.112 0.080 0.163 90 S 0.073 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.001 0.002 0.021 0.669 91 D 0.020 0.494 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.001 0.016 0.412 92 I 0.132 0.542 0.012 0.002 0.001 0.001 0.046 0.028 0.003 0.106 0.127 93 E 0.052 0.348 0.010 0.011 0.001 0.001 0.068 0.004 0.004 0.272 0.228 94 Y 0.021 0.757 0.002 0.002 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.038 0.145 95 V 0.058 0.762 0.007 0.007 0.002 0.004 0.020 0.017 0.001 0.042 0.080 96 K 0.055 0.696 0.003 0.021 0.003 0.007 0.025 0.009 0.001 0.062 0.119 97 S 0.069 0.426 0.012 0.019 0.007 0.015 0.055 0.012 0.005 0.134 0.246 98 V 0.150 0.218 0.024 0.039 0.012 0.018 0.085 0.023 0.008 0.147 0.276 99 E 0.134 0.088 0.023 0.045 0.015 0.030 0.115 0.010 0.014 0.133 0.394 100 K 0.059 0.019 0.005 0.024 0.012 0.020 0.130 0.003 0.003 0.048 0.677 101 G 0.109 0.021 0.004 0.033 0.018 0.031 0.133 0.007 0.003 0.077 0.564 102 V 0.104 0.011 0.005 0.027 0.009 0.021 0.154 0.005 0.002 0.065 0.598 103 G 0.070 0.030 0.002 0.030 0.012 0.030 0.127 0.005 0.001 0.045 0.647 104 R 0.065 0.030 0.002 0.025 0.018 0.032 0.134 0.004 0.001 0.042 0.647 105 Y 0.017 0.029 0.002 0.063 0.076 0.124 0.131 0.005 0.001 0.052 0.501 106 N 0.013 0.015 0.002 0.106 0.117 0.248 0.085 0.002 0.001 0.108 0.304 107 I 0.004 0.012 0.001 0.166 0.224 0.309 0.044 0.001 0.001 0.067 0.171 108 I 0.003 0.006 0.001 0.195 0.197 0.356 0.036 0.001 0.001 0.075 0.129 109 V 0.001 0.003 0.001 0.190 0.271 0.375 0.021 0.001 0.001 0.049 0.088 110 R 0.002 0.001 0.001 0.154 0.262 0.421 0.017 0.001 0.001 0.071 0.070 111 L 0.001 0.001 0.001 0.134 0.334 0.303 0.034 0.001 0.001 0.036 0.157 112 L 0.004 0.002 0.001 0.158 0.221 0.354 0.051 0.001 0.001 0.048 0.158 113 L 0.156 0.017 0.001 0.066 0.086 0.114 0.085 0.006 0.002 0.114 0.351 114 P 0.210 0.028 0.003 0.030 0.016 0.020 0.100 0.002 0.002 0.110 0.479 115 K 0.002 0.024 0.001 0.011 0.006 0.010 0.094 0.003 0.001 0.030 0.820 116 D 0.041 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.001 0.008 0.084 117 I 0.079 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.043 0.039 118 K 0.020 0.369 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.002 0.449 0.130 119 D 0.010 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.065 0.029 120 A 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.015 121 E 0.010 0.174 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.775 0.030 122 N 0.002 0.677 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.255 0.053 123 L 0.009 0.907 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.024 0.026 124 I 0.012 0.949 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.002 0.006 0.014 125 S 0.026 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.091 126 E 0.024 0.588 0.028 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.014 0.157 0.143 127 F 0.155 0.508 0.036 0.002 0.001 0.001 0.034 0.067 0.017 0.107 0.073 128 L 0.260 0.183 0.014 0.006 0.001 0.002 0.064 0.008 0.013 0.075 0.375 129 Q 0.041 0.051 0.013 0.007 0.002 0.004 0.169 0.002 0.008 0.046 0.656 130 R 0.064 0.030 0.009 0.013 0.002 0.006 0.132 0.012 0.005 0.054 0.674 131 I 0.535 0.028 0.003 0.006 0.002 0.003 0.058 0.016 0.002 0.066 0.280 132 K 0.061 0.008 0.002 0.011 0.002 0.007 0.109 0.002 0.001 0.037 0.760 133 N 0.021 0.012 0.002 0.018 0.003 0.013 0.075 0.001 0.001 0.027 0.827 134 A 0.047 0.027 0.002 0.028 0.048 0.034 0.123 0.004 0.001 0.056 0.630 135 E 0.028 0.025 0.001 0.061 0.051 0.071 0.104 0.003 0.001 0.048 0.607 136 N 0.028 0.056 0.001 0.084 0.063 0.101 0.097 0.004 0.001 0.081 0.484 137 V 0.025 0.040 0.002 0.115 0.091 0.112 0.127 0.005 0.001 0.066 0.417 138 E 0.012 0.122 0.002 0.167 0.117 0.229 0.070 0.004 0.001 0.049 0.227 139 V 0.006 0.016 0.001 0.114 0.169 0.301 0.030 0.001 0.001 0.245 0.116 140 I 0.002 0.064 0.004 0.148 0.269 0.279 0.028 0.001 0.001 0.070 0.134 141 L 0.031 0.069 0.012 0.066 0.286 0.301 0.030 0.006 0.003 0.053 0.143 142 I 0.041 0.060 0.009 0.067 0.266 0.281 0.029 0.007 0.004 0.048 0.187 143 S 0.074 0.030 0.003 0.023 0.120 0.222 0.058 0.005 0.002 0.054 0.409 144 E 0.069 0.020 0.006 0.036 0.131 0.221 0.070 0.008 0.003 0.048 0.388 145 V 0.036 0.011 0.006 0.029 0.108 0.182 0.086 0.003 0.004 0.021 0.514 146 R 0.050 0.005 0.005 0.025 0.120 0.127 0.069 0.004 0.002 0.028 0.565 147 K 0.056 0.006 0.002 0.021 0.067 0.066 0.079 0.007 0.001 0.036 0.660 148 F 0.052 0.002 0.001 0.012 0.022 0.028 0.088 0.005 0.001 0.023 0.765 149 E 0.025 0.002 0.001 0.022 0.038 0.047 0.088 0.004 0.001 0.024 0.751 150 I 0.009 0.002 0.001 0.017 0.018 0.026 0.092 0.001 0.001 0.014 0.820 151 I 0.019 0.003 0.001 0.030 0.061 0.053 0.115 0.009 0.001 0.029 0.680