# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 2 D 0.020 0.016 0.011 0.202 0.008 0.040 0.703 3 C 0.016 0.016 0.033 0.421 0.115 0.097 0.302 4 M 0.015 0.006 0.132 0.361 0.064 0.123 0.300 5 R 0.022 0.005 0.202 0.334 0.115 0.168 0.154 6 K 0.026 0.014 0.133 0.201 0.165 0.158 0.302 7 L 0.010 0.037 0.019 0.109 0.251 0.038 0.535 8 D 0.002 0.014 0.001 0.047 0.053 0.007 0.876 9 R 0.001 0.001 0.010 0.976 0.001 0.012 0.001 10 V 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.006 0.001 11 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.017 0.001 19 S 0.001 0.001 0.010 0.945 0.001 0.042 0.001 20 E 0.001 0.001 0.010 0.775 0.003 0.209 0.002 21 N 0.001 0.001 0.040 0.438 0.036 0.423 0.061 22 S 0.004 0.008 0.059 0.248 0.206 0.235 0.240 23 R 0.013 0.010 0.104 0.148 0.214 0.234 0.277 24 L 0.032 0.035 0.019 0.080 0.438 0.051 0.345 25 T 0.030 0.041 0.007 0.099 0.052 0.020 0.751 26 Y 0.001 0.001 0.015 0.978 0.001 0.004 0.002 27 R 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 31 D 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.017 0.001 32 I 0.001 0.001 0.005 0.939 0.002 0.048 0.004 33 L 0.004 0.006 0.011 0.660 0.033 0.247 0.039 34 N 0.005 0.003 0.009 0.212 0.067 0.586 0.118 35 T 0.014 0.012 0.007 0.084 0.185 0.070 0.627 36 T 0.008 0.009 0.003 0.090 0.116 0.023 0.751 37 R 0.001 0.001 0.003 0.952 0.013 0.008 0.023 38 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 0.001 39 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.002 44 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 49 K 0.001 0.001 0.002 0.937 0.002 0.059 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.294 0.004 0.698 0.002 51 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.957 0.013 52 I 0.082 0.016 0.009 0.009 0.088 0.042 0.754 53 I 0.634 0.029 0.017 0.005 0.056 0.007 0.252 54 R 0.663 0.003 0.021 0.006 0.122 0.034 0.151 55 K 0.785 0.001 0.015 0.004 0.069 0.046 0.078 56 F 0.859 0.003 0.002 0.004 0.009 0.005 0.120 57 T 0.924 0.006 0.001 0.002 0.004 0.003 0.060 58 I 0.931 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.054 59 I 0.817 0.008 0.001 0.004 0.025 0.004 0.141 60 P 0.309 0.046 0.001 0.009 0.204 0.015 0.415 61 D 0.066 0.021 0.001 0.004 0.075 0.004 0.830 62 I 0.002 0.001 0.422 0.504 0.008 0.054 0.009 63 D 0.001 0.001 0.604 0.283 0.006 0.101 0.005 64 K 0.002 0.001 0.648 0.251 0.007 0.083 0.007 65 L 0.021 0.021 0.218 0.202 0.045 0.435 0.057 66 G 0.013 0.001 0.013 0.007 0.095 0.811 0.060 67 Y 0.133 0.008 0.015 0.002 0.203 0.227 0.412 68 M 0.588 0.008 0.002 0.001 0.029 0.004 0.371 69 Y 0.870 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.097 70 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 71 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 74 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 75 K 0.922 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.059 76 S 0.688 0.019 0.001 0.002 0.043 0.011 0.237 77 K 0.138 0.009 0.004 0.002 0.403 0.050 0.395 78 V 0.035 0.013 0.006 0.004 0.380 0.025 0.536 79 P 0.005 0.003 0.270 0.112 0.086 0.237 0.287 80 S 0.002 0.002 0.308 0.180 0.088 0.347 0.074 81 D 0.003 0.006 0.234 0.390 0.088 0.172 0.107 82 A 0.001 0.001 0.017 0.908 0.017 0.020 0.036 83 D 0.001 0.001 0.005 0.976 0.003 0.008 0.008 84 K 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.003 85 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 89 I 0.001 0.001 0.014 0.907 0.004 0.069 0.004 90 S 0.001 0.001 0.017 0.628 0.004 0.347 0.004 91 D 0.001 0.001 0.026 0.367 0.033 0.549 0.025 92 I 0.002 0.001 0.007 0.046 0.441 0.021 0.482 93 E 0.005 0.002 0.079 0.246 0.144 0.301 0.224 94 Y 0.073 0.015 0.098 0.386 0.087 0.243 0.097 95 V 0.234 0.024 0.032 0.521 0.020 0.024 0.146 96 K 0.298 0.004 0.014 0.600 0.017 0.018 0.049 97 S 0.272 0.003 0.017 0.635 0.013 0.026 0.034 98 V 0.222 0.004 0.033 0.598 0.022 0.044 0.076 99 E 0.240 0.011 0.038 0.496 0.068 0.067 0.081 100 K 0.136 0.008 0.045 0.488 0.079 0.158 0.086 101 G 0.099 0.011 0.035 0.297 0.160 0.215 0.183 102 V 0.057 0.019 0.030 0.104 0.197 0.296 0.297 103 G 0.059 0.005 0.027 0.027 0.272 0.284 0.326 104 R 0.085 0.020 0.067 0.017 0.270 0.255 0.286 105 Y 0.177 0.009 0.019 0.002 0.175 0.043 0.574 106 N 0.202 0.002 0.005 0.002 0.431 0.026 0.331 107 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.017 108 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 109 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 110 R 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 111 L 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 112 L 0.837 0.005 0.001 0.005 0.036 0.007 0.109 113 L 0.550 0.015 0.001 0.002 0.095 0.006 0.330 114 P 0.159 0.012 0.007 0.003 0.149 0.039 0.632 115 K 0.036 0.022 0.009 0.010 0.640 0.072 0.211 116 D 0.014 0.011 0.006 0.011 0.284 0.028 0.646 117 I 0.001 0.001 0.076 0.888 0.003 0.026 0.006 118 K 0.001 0.001 0.043 0.940 0.002 0.013 0.001 119 D 0.001 0.001 0.047 0.939 0.001 0.010 0.003 120 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.002 121 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.004 124 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.003 125 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 126 E 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.019 0.001 127 F 0.001 0.001 0.008 0.957 0.001 0.030 0.003 128 L 0.001 0.001 0.034 0.926 0.004 0.031 0.004 129 Q 0.001 0.001 0.096 0.732 0.005 0.162 0.004 130 R 0.001 0.001 0.068 0.577 0.012 0.328 0.013 131 I 0.008 0.008 0.060 0.154 0.350 0.075 0.344 132 K 0.008 0.006 0.157 0.103 0.102 0.510 0.114 133 N 0.015 0.004 0.110 0.033 0.079 0.687 0.073 134 A 0.100 0.018 0.091 0.034 0.153 0.084 0.521 135 E 0.175 0.010 0.067 0.039 0.181 0.151 0.377 136 N 0.344 0.009 0.029 0.019 0.206 0.124 0.269 137 V 0.569 0.012 0.004 0.006 0.074 0.011 0.324 138 E 0.777 0.004 0.001 0.004 0.047 0.005 0.162 139 V 0.925 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.056 140 I 0.963 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.026 141 L 0.978 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.013 142 I 0.958 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.028 143 S 0.907 0.001 0.001 0.007 0.012 0.010 0.063 144 E 0.858 0.002 0.003 0.008 0.037 0.020 0.072 145 V 0.893 0.005 0.002 0.009 0.019 0.010 0.063 146 R 0.864 0.005 0.002 0.015 0.015 0.010 0.089 147 K 0.768 0.005 0.005 0.028 0.037 0.015 0.143 148 F 0.641 0.006 0.014 0.039 0.105 0.030 0.165 149 E 0.464 0.012 0.019 0.030 0.130 0.070 0.276 150 I 0.142 0.012 0.009 0.011 0.021 0.025 0.779 151 I 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.980