# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1361 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.279 0.303 0.062 0.096 0.023 0.029 0.011 0.028 0.019 0.001 2 D 0.266 0.083 0.374 0.080 0.029 0.082 0.045 0.007 0.022 0.007 0.003 3 C 0.470 0.131 0.156 0.130 0.035 0.027 0.019 0.007 0.019 0.005 0.001 4 M 0.532 0.079 0.171 0.137 0.019 0.024 0.015 0.006 0.013 0.003 0.002 5 R 0.504 0.145 0.205 0.045 0.044 0.015 0.015 0.006 0.014 0.007 0.001 6 K 0.402 0.072 0.302 0.103 0.008 0.052 0.027 0.007 0.019 0.003 0.005 7 L 0.309 0.160 0.355 0.078 0.015 0.052 0.010 0.003 0.015 0.001 0.001 8 D 0.266 0.138 0.411 0.013 0.053 0.070 0.010 0.002 0.029 0.008 0.001 9 R 0.979 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.871 0.003 0.006 0.112 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.677 0.015 0.061 0.222 0.004 0.010 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 21 N 0.088 0.012 0.044 0.547 0.006 0.057 0.189 0.012 0.044 0.001 0.001 22 S 0.217 0.081 0.377 0.079 0.038 0.055 0.077 0.042 0.027 0.006 0.001 23 R 0.287 0.145 0.197 0.249 0.026 0.036 0.031 0.010 0.012 0.006 0.001 24 L 0.061 0.374 0.458 0.017 0.037 0.031 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 25 T 0.016 0.081 0.829 0.002 0.017 0.045 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 26 Y 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.326 0.001 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.925 0.046 0.004 0.001 0.001 35 T 0.084 0.298 0.225 0.319 0.034 0.028 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 36 T 0.035 0.102 0.638 0.010 0.160 0.031 0.001 0.002 0.006 0.013 0.001 37 R 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.427 0.001 0.002 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.009 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.142 0.820 0.001 0.018 0.001 52 I 0.336 0.223 0.221 0.101 0.025 0.070 0.013 0.001 0.008 0.002 0.001 53 I 0.020 0.177 0.510 0.003 0.002 0.264 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 54 R 0.587 0.018 0.011 0.378 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 K 0.008 0.186 0.017 0.013 0.680 0.005 0.071 0.006 0.013 0.001 0.001 56 F 0.008 0.733 0.107 0.015 0.105 0.010 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 57 T 0.010 0.780 0.051 0.008 0.116 0.008 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 58 I 0.008 0.573 0.309 0.005 0.029 0.052 0.002 0.001 0.019 0.002 0.001 59 I 0.002 0.418 0.124 0.001 0.006 0.035 0.007 0.001 0.407 0.001 0.001 60 P 0.057 0.011 0.813 0.010 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 61 D 0.004 0.118 0.432 0.005 0.041 0.264 0.003 0.001 0.130 0.002 0.001 62 I 0.965 0.002 0.003 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.950 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.588 0.008 0.008 0.372 0.004 0.005 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 65 L 0.322 0.050 0.211 0.366 0.006 0.010 0.022 0.004 0.007 0.002 0.001 66 G 0.081 0.006 0.030 0.021 0.050 0.002 0.112 0.491 0.002 0.204 0.001 67 Y 0.124 0.223 0.247 0.234 0.084 0.041 0.016 0.007 0.015 0.008 0.002 68 M 0.022 0.619 0.235 0.022 0.059 0.024 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 69 Y 0.023 0.716 0.128 0.020 0.092 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 70 A 0.001 0.823 0.062 0.001 0.102 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 I 0.001 0.892 0.065 0.001 0.024 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 V 0.001 0.899 0.051 0.001 0.027 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 L 0.002 0.760 0.171 0.001 0.015 0.028 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 74 I 0.010 0.771 0.138 0.005 0.018 0.026 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 75 K 0.012 0.621 0.232 0.007 0.044 0.045 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 76 S 0.088 0.419 0.324 0.048 0.049 0.045 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 77 K 0.189 0.250 0.268 0.155 0.039 0.058 0.009 0.001 0.031 0.002 0.001 78 V 0.021 0.250 0.550 0.003 0.040 0.028 0.008 0.001 0.092 0.007 0.001 79 P 0.618 0.005 0.270 0.033 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 80 S 0.662 0.031 0.067 0.120 0.027 0.014 0.026 0.039 0.004 0.008 0.001 81 D 0.371 0.045 0.116 0.195 0.028 0.125 0.026 0.007 0.075 0.011 0.002 82 A 0.982 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.964 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.966 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.273 0.001 0.002 0.701 0.001 0.004 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 92 I 0.129 0.043 0.712 0.012 0.001 0.072 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 93 E 0.906 0.005 0.039 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.457 0.088 0.040 0.255 0.074 0.010 0.036 0.027 0.005 0.006 0.001 95 V 0.071 0.215 0.631 0.002 0.007 0.068 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 K 0.904 0.001 0.001 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.053 0.484 0.013 0.005 0.442 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 98 V 0.127 0.738 0.030 0.020 0.027 0.011 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 99 E 0.188 0.541 0.092 0.026 0.062 0.043 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 100 K 0.210 0.349 0.155 0.129 0.073 0.036 0.017 0.002 0.027 0.002 0.001 101 G 0.194 0.118 0.193 0.098 0.145 0.021 0.048 0.050 0.025 0.109 0.001 102 V 0.205 0.202 0.186 0.256 0.090 0.012 0.026 0.002 0.016 0.005 0.001 103 G 0.079 0.013 0.061 0.019 0.160 0.003 0.038 0.247 0.003 0.377 0.001 104 R 0.372 0.109 0.162 0.239 0.029 0.033 0.020 0.009 0.017 0.006 0.004 105 Y 0.156 0.383 0.263 0.048 0.066 0.037 0.013 0.005 0.022 0.006 0.001 106 N 0.416 0.090 0.095 0.301 0.010 0.043 0.023 0.001 0.017 0.001 0.003 107 I 0.011 0.782 0.089 0.007 0.093 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 108 I 0.003 0.816 0.146 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 109 V 0.002 0.882 0.059 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 110 R 0.002 0.820 0.127 0.001 0.019 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 L 0.007 0.730 0.174 0.002 0.014 0.043 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 112 L 0.026 0.649 0.204 0.013 0.017 0.050 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 113 L 0.007 0.425 0.265 0.001 0.044 0.045 0.018 0.001 0.195 0.001 0.001 114 P 0.213 0.021 0.671 0.020 0.002 0.042 0.002 0.001 0.002 0.002 0.023 115 K 0.296 0.149 0.187 0.232 0.054 0.040 0.021 0.012 0.007 0.003 0.001 116 D 0.021 0.143 0.349 0.021 0.103 0.206 0.006 0.001 0.142 0.008 0.001 117 I 0.976 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.969 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 I 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 F 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.973 0.004 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.802 0.004 0.003 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.365 0.089 0.268 0.174 0.003 0.036 0.011 0.002 0.052 0.001 0.001 132 K 0.498 0.026 0.319 0.063 0.008 0.014 0.040 0.007 0.006 0.019 0.001 133 N 0.129 0.004 0.013 0.221 0.011 0.028 0.362 0.216 0.009 0.007 0.001 134 A 0.165 0.193 0.492 0.058 0.010 0.063 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 135 E 0.721 0.059 0.051 0.152 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 136 N 0.103 0.270 0.089 0.242 0.149 0.032 0.072 0.010 0.030 0.002 0.001 137 V 0.009 0.670 0.256 0.007 0.027 0.009 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 138 E 0.013 0.733 0.166 0.002 0.041 0.026 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 139 V 0.010 0.749 0.193 0.002 0.018 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 140 I 0.020 0.825 0.056 0.005 0.035 0.016 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 141 L 0.020 0.424 0.467 0.001 0.010 0.065 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 142 I 0.057 0.700 0.080 0.028 0.046 0.036 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 143 S 0.082 0.466 0.139 0.046 0.236 0.012 0.005 0.002 0.008 0.005 0.001 144 E 0.063 0.546 0.167 0.024 0.129 0.018 0.024 0.002 0.025 0.001 0.001 145 V 0.123 0.440 0.320 0.015 0.017 0.048 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 146 R 0.220 0.294 0.352 0.034 0.010 0.061 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 147 K 0.215 0.365 0.216 0.055 0.043 0.052 0.013 0.003 0.034 0.003 0.001 148 F 0.279 0.244 0.220 0.103 0.057 0.039 0.020 0.006 0.026 0.005 0.001 149 E 0.251 0.312 0.159 0.095 0.111 0.021 0.015 0.005 0.025 0.004 0.001 150 I 0.247 0.232 0.277 0.082 0.048 0.044 0.024 0.006 0.032 0.006 0.002 151 I 0.234 0.263 0.275 0.087 0.040 0.049 0.011 0.003 0.033 0.005 0.001