# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.018 0.771 0.002 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.124 0.029 0.009 0.008 2 D 0.001 0.013 0.699 0.002 0.028 0.033 0.001 0.001 0.001 0.131 0.076 0.004 0.012 3 C 0.001 0.013 0.442 0.001 0.086 0.091 0.001 0.001 0.002 0.186 0.167 0.005 0.007 4 M 0.001 0.012 0.393 0.001 0.103 0.122 0.001 0.001 0.002 0.165 0.190 0.003 0.009 5 R 0.001 0.012 0.269 0.002 0.094 0.131 0.001 0.001 0.002 0.276 0.191 0.010 0.010 6 K 0.001 0.037 0.491 0.001 0.052 0.135 0.001 0.001 0.006 0.117 0.133 0.008 0.020 7 L 0.001 0.043 0.603 0.001 0.011 0.075 0.001 0.001 0.003 0.201 0.054 0.004 0.006 8 D 0.001 0.003 0.644 0.001 0.002 0.195 0.001 0.001 0.001 0.145 0.008 0.001 0.003 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.607 0.001 0.001 0.001 0.007 0.375 0.001 0.001 21 N 0.001 0.002 0.155 0.001 0.014 0.148 0.001 0.001 0.001 0.127 0.553 0.001 0.001 22 S 0.001 0.005 0.229 0.001 0.033 0.029 0.001 0.001 0.002 0.275 0.426 0.001 0.001 23 R 0.001 0.013 0.358 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.005 0.248 0.347 0.001 0.002 24 L 0.001 0.053 0.566 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.349 0.005 0.007 0.001 25 T 0.001 0.035 0.909 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 0.013 26 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 32 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.006 0.261 0.001 0.001 0.001 0.056 0.651 0.001 0.001 34 N 0.001 0.003 0.151 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.115 0.715 0.001 0.001 35 T 0.001 0.027 0.764 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.159 0.032 0.001 0.003 36 T 0.001 0.050 0.661 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.011 0.226 0.027 0.002 0.003 37 R 0.001 0.002 0.109 0.001 0.021 0.799 0.001 0.001 0.002 0.040 0.026 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.337 0.001 0.001 0.001 0.005 0.653 0.001 0.001 51 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.961 0.001 0.001 52 I 0.001 0.015 0.750 0.001 0.013 0.025 0.001 0.001 0.020 0.063 0.098 0.003 0.012 53 I 0.002 0.044 0.467 0.003 0.018 0.024 0.005 0.010 0.253 0.053 0.032 0.033 0.057 54 R 0.015 0.009 0.204 0.152 0.050 0.029 0.029 0.028 0.180 0.110 0.067 0.055 0.072 55 K 0.019 0.007 0.107 0.082 0.048 0.027 0.034 0.022 0.229 0.198 0.085 0.083 0.060 56 F 0.020 0.004 0.157 0.027 0.007 0.011 0.061 0.076 0.455 0.052 0.019 0.026 0.083 57 T 0.027 0.007 0.105 0.019 0.001 0.006 0.065 0.051 0.568 0.023 0.006 0.084 0.038 58 I 0.026 0.009 0.089 0.001 0.001 0.003 0.060 0.044 0.614 0.008 0.002 0.025 0.119 59 I 0.007 0.017 0.228 0.017 0.001 0.002 0.015 0.010 0.552 0.058 0.005 0.059 0.028 60 P 0.001 0.043 0.585 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.174 0.107 0.005 0.014 0.058 61 D 0.001 0.021 0.783 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.034 0.117 0.007 0.004 0.025 62 I 0.001 0.003 0.023 0.001 0.333 0.425 0.001 0.001 0.001 0.033 0.177 0.001 0.001 63 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.418 0.459 0.001 0.001 0.001 0.009 0.097 0.001 0.001 64 K 0.001 0.002 0.042 0.001 0.407 0.439 0.001 0.001 0.001 0.015 0.089 0.001 0.002 65 L 0.001 0.012 0.101 0.005 0.107 0.243 0.001 0.001 0.001 0.064 0.454 0.003 0.009 66 G 0.001 0.003 0.046 0.016 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.028 0.867 0.006 0.004 67 Y 0.089 0.014 0.181 0.010 0.035 0.020 0.004 0.001 0.002 0.064 0.223 0.042 0.315 68 M 0.169 0.010 0.141 0.022 0.007 0.006 0.012 0.001 0.008 0.052 0.020 0.296 0.258 69 Y 0.265 0.002 0.060 0.055 0.004 0.003 0.052 0.002 0.023 0.040 0.023 0.146 0.324 70 A 0.546 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.101 0.003 0.024 0.005 0.002 0.171 0.123 71 I 0.802 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.075 0.003 0.006 0.001 0.001 0.038 0.071 72 V 0.823 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.054 0.002 0.004 0.002 0.001 0.057 0.042 73 L 0.850 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.064 0.002 0.004 0.001 0.001 0.036 0.039 74 I 0.748 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.096 0.004 0.011 0.002 0.001 0.041 0.083 75 K 0.539 0.002 0.047 0.005 0.001 0.001 0.094 0.003 0.033 0.012 0.006 0.170 0.089 76 S 0.109 0.019 0.300 0.005 0.002 0.001 0.038 0.004 0.047 0.054 0.020 0.028 0.374 77 K 0.016 0.021 0.455 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.209 0.026 0.220 0.032 78 V 0.001 0.012 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.168 0.010 0.003 0.041 79 P 0.001 0.005 0.179 0.001 0.213 0.089 0.001 0.001 0.001 0.100 0.409 0.002 0.002 80 S 0.001 0.007 0.091 0.001 0.252 0.191 0.001 0.001 0.001 0.108 0.346 0.001 0.002 81 D 0.001 0.008 0.182 0.001 0.266 0.335 0.001 0.001 0.001 0.064 0.140 0.001 0.003 82 A 0.001 0.002 0.047 0.001 0.031 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 89 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.023 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.001 0.001 90 S 0.001 0.002 0.011 0.001 0.036 0.628 0.001 0.001 0.001 0.008 0.313 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.021 0.001 0.024 0.405 0.001 0.001 0.001 0.034 0.514 0.001 0.001 92 I 0.001 0.002 0.563 0.001 0.009 0.091 0.001 0.001 0.001 0.310 0.023 0.001 0.001 93 E 0.001 0.003 0.261 0.001 0.131 0.240 0.001 0.001 0.002 0.060 0.299 0.001 0.002 94 Y 0.001 0.012 0.132 0.001 0.220 0.310 0.001 0.001 0.009 0.090 0.207 0.004 0.013 95 V 0.007 0.012 0.126 0.009 0.203 0.479 0.002 0.002 0.031 0.041 0.045 0.009 0.034 96 K 0.017 0.009 0.080 0.046 0.088 0.494 0.008 0.004 0.032 0.048 0.080 0.045 0.048 97 S 0.056 0.008 0.068 0.003 0.092 0.453 0.010 0.012 0.034 0.029 0.097 0.068 0.070 98 V 0.054 0.012 0.087 0.004 0.076 0.398 0.011 0.032 0.055 0.033 0.077 0.033 0.128 99 E 0.079 0.018 0.101 0.028 0.040 0.262 0.012 0.009 0.028 0.077 0.116 0.144 0.087 100 K 0.042 0.015 0.123 0.026 0.040 0.160 0.007 0.003 0.013 0.150 0.273 0.037 0.112 101 G 0.015 0.014 0.311 0.008 0.021 0.039 0.002 0.001 0.009 0.262 0.177 0.095 0.046 102 V 0.007 0.022 0.284 0.013 0.014 0.014 0.001 0.001 0.003 0.258 0.292 0.014 0.078 103 G 0.013 0.027 0.300 0.005 0.016 0.010 0.001 0.001 0.004 0.280 0.234 0.051 0.059 104 R 0.024 0.024 0.253 0.016 0.034 0.014 0.002 0.001 0.003 0.215 0.259 0.057 0.097 105 Y 0.046 0.018 0.242 0.030 0.048 0.019 0.006 0.001 0.006 0.197 0.174 0.059 0.156 106 N 0.157 0.003 0.186 0.107 0.020 0.005 0.013 0.001 0.004 0.176 0.088 0.092 0.147 107 I 0.642 0.003 0.027 0.004 0.002 0.001 0.057 0.004 0.008 0.012 0.010 0.123 0.106 108 I 0.689 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.101 0.005 0.006 0.002 0.001 0.047 0.132 109 V 0.711 0.001 0.016 0.042 0.001 0.001 0.100 0.007 0.006 0.003 0.001 0.059 0.053 110 R 0.758 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.104 0.006 0.011 0.002 0.001 0.055 0.051 111 L 0.565 0.002 0.025 0.002 0.001 0.001 0.146 0.004 0.016 0.004 0.002 0.049 0.184 112 L 0.339 0.004 0.139 0.019 0.001 0.001 0.063 0.002 0.030 0.022 0.003 0.272 0.105 113 L 0.015 0.007 0.514 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.028 0.110 0.007 0.035 0.272 114 P 0.001 0.011 0.419 0.006 0.069 0.020 0.001 0.001 0.004 0.187 0.242 0.016 0.024 115 K 0.001 0.024 0.236 0.001 0.056 0.030 0.001 0.001 0.004 0.399 0.235 0.008 0.007 116 D 0.001 0.015 0.651 0.001 0.018 0.049 0.001 0.001 0.002 0.228 0.030 0.001 0.006 117 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.022 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 118 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 127 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 0.738 0.001 0.001 0.001 0.006 0.221 0.001 0.001 130 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.036 0.569 0.001 0.001 0.001 0.014 0.359 0.001 0.001 131 I 0.001 0.004 0.686 0.001 0.017 0.061 0.001 0.001 0.001 0.214 0.017 0.001 0.001 132 K 0.001 0.001 0.054 0.001 0.115 0.031 0.001 0.001 0.001 0.042 0.756 0.001 0.001 133 N 0.001 0.001 0.025 0.001 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 0.880 0.001 0.001 134 A 0.001 0.016 0.613 0.002 0.138 0.024 0.001 0.001 0.023 0.072 0.053 0.005 0.050 135 E 0.007 0.025 0.252 0.067 0.065 0.031 0.007 0.003 0.078 0.180 0.107 0.136 0.042 136 N 0.025 0.014 0.166 0.030 0.078 0.034 0.011 0.014 0.100 0.127 0.099 0.079 0.223 137 V 0.067 0.008 0.231 0.067 0.024 0.017 0.023 0.020 0.114 0.059 0.024 0.123 0.224 138 E 0.191 0.006 0.075 0.029 0.006 0.011 0.049 0.019 0.094 0.031 0.012 0.306 0.170 139 V 0.293 0.003 0.035 0.009 0.002 0.009 0.050 0.013 0.054 0.006 0.003 0.069 0.455 140 I 0.442 0.001 0.028 0.123 0.002 0.013 0.058 0.011 0.029 0.010 0.007 0.192 0.083 141 L 0.556 0.002 0.016 0.008 0.002 0.009 0.064 0.005 0.015 0.008 0.006 0.080 0.230 142 I 0.546 0.003 0.027 0.016 0.002 0.020 0.056 0.006 0.017 0.008 0.018 0.127 0.155 143 S 0.541 0.002 0.040 0.016 0.002 0.013 0.035 0.002 0.011 0.016 0.021 0.110 0.191 144 E 0.479 0.002 0.056 0.017 0.002 0.014 0.029 0.002 0.013 0.024 0.021 0.170 0.169 145 V 0.379 0.004 0.063 0.007 0.002 0.010 0.022 0.001 0.012 0.029 0.010 0.217 0.245 146 R 0.288 0.010 0.073 0.028 0.003 0.009 0.029 0.001 0.010 0.018 0.007 0.130 0.395 147 K 0.188 0.011 0.088 0.021 0.008 0.021 0.026 0.001 0.009 0.023 0.018 0.305 0.281 148 F 0.131 0.014 0.154 0.049 0.016 0.029 0.016 0.001 0.008 0.049 0.042 0.151 0.343 149 E 0.044 0.015 0.305 0.021 0.018 0.037 0.009 0.001 0.008 0.093 0.106 0.199 0.144 150 I 0.015 0.017 0.544 0.011 0.009 0.024 0.004 0.001 0.005 0.089 0.093 0.033 0.157 151 I 0.003 0.013 0.836 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.048 0.013 0.042 0.029