# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.062 0.006 0.017 0.030 0.030 0.096 0.012 0.002 0.049 0.515 2 D 0.055 0.034 0.002 0.014 0.017 0.030 0.103 0.005 0.001 0.029 0.709 3 C 0.079 0.046 0.002 0.035 0.041 0.061 0.097 0.009 0.001 0.052 0.577 4 M 0.063 0.047 0.002 0.052 0.043 0.062 0.124 0.006 0.001 0.046 0.554 5 R 0.027 0.030 0.001 0.054 0.059 0.071 0.115 0.003 0.001 0.029 0.610 6 K 0.051 0.039 0.002 0.058 0.043 0.046 0.136 0.003 0.001 0.063 0.559 7 L 0.007 0.040 0.001 0.038 0.026 0.023 0.125 0.005 0.001 0.078 0.658 8 D 0.037 0.842 0.001 0.004 0.002 0.003 0.016 0.006 0.001 0.014 0.075 9 R 0.063 0.768 0.005 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.063 0.079 10 V 0.006 0.556 0.003 0.003 0.002 0.003 0.021 0.002 0.001 0.298 0.106 11 D 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 12 M 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.012 13 Q 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 14 L 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 15 V 0.008 0.809 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.136 0.016 16 K 0.047 0.647 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.002 0.229 0.046 17 I 0.065 0.351 0.065 0.006 0.001 0.001 0.041 0.014 0.026 0.219 0.210 18 L 0.264 0.150 0.031 0.011 0.002 0.002 0.094 0.022 0.014 0.153 0.256 19 S 0.141 0.033 0.009 0.018 0.002 0.006 0.104 0.005 0.008 0.079 0.595 20 E 0.055 0.025 0.002 0.010 0.001 0.004 0.105 0.004 0.001 0.030 0.764 21 N 0.133 0.020 0.002 0.012 0.002 0.004 0.132 0.006 0.001 0.092 0.596 22 S 0.054 0.037 0.002 0.016 0.003 0.007 0.146 0.007 0.001 0.069 0.658 23 R 0.070 0.100 0.001 0.014 0.003 0.006 0.099 0.002 0.001 0.048 0.657 24 L 0.032 0.169 0.003 0.038 0.009 0.015 0.115 0.008 0.001 0.099 0.513 25 T 0.019 0.788 0.001 0.007 0.003 0.003 0.025 0.004 0.001 0.038 0.112 26 Y 0.011 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 0.019 27 R 0.009 0.933 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.011 0.036 28 E 0.011 0.901 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.031 0.036 29 L 0.047 0.786 0.013 0.002 0.001 0.001 0.013 0.018 0.006 0.067 0.046 30 A 0.112 0.118 0.244 0.005 0.002 0.003 0.028 0.030 0.151 0.163 0.145 31 D 0.451 0.062 0.002 0.006 0.003 0.005 0.068 0.009 0.002 0.080 0.312 32 I 0.029 0.016 0.002 0.015 0.001 0.005 0.091 0.002 0.001 0.053 0.784 33 L 0.022 0.013 0.003 0.027 0.003 0.007 0.179 0.002 0.001 0.039 0.703 34 N 0.039 0.029 0.001 0.026 0.010 0.022 0.133 0.004 0.001 0.062 0.673 35 T 0.039 0.056 0.001 0.011 0.004 0.007 0.116 0.005 0.001 0.052 0.709 36 T 0.047 0.681 0.001 0.007 0.002 0.003 0.037 0.004 0.001 0.055 0.162 37 R 0.020 0.908 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 0.046 38 Q 0.011 0.914 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 0.032 39 R 0.005 0.800 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.153 0.027 40 I 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 41 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 42 R 0.001 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.005 43 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 46 K 0.004 0.906 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.052 0.021 47 L 0.017 0.019 0.563 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.311 0.069 0.009 48 K 0.782 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.005 0.040 0.099 49 K 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.011 0.913 50 L 0.009 0.012 0.003 0.008 0.001 0.002 0.088 0.001 0.001 0.018 0.861 51 G 0.012 0.006 0.003 0.016 0.016 0.044 0.132 0.006 0.001 0.139 0.625 52 I 0.062 0.004 0.002 0.021 0.011 0.019 0.085 0.002 0.001 0.074 0.720 53 I 0.065 0.005 0.002 0.141 0.015 0.039 0.102 0.002 0.001 0.109 0.520 54 R 0.058 0.005 0.001 0.135 0.027 0.043 0.129 0.003 0.001 0.088 0.510 55 K 0.007 0.002 0.001 0.139 0.018 0.035 0.150 0.004 0.001 0.024 0.621 56 F 0.004 0.001 0.001 0.231 0.103 0.113 0.086 0.004 0.001 0.039 0.420 57 T 0.004 0.001 0.001 0.461 0.059 0.113 0.071 0.001 0.001 0.030 0.261 58 I 0.001 0.001 0.001 0.255 0.116 0.130 0.065 0.001 0.001 0.018 0.414 59 I 0.011 0.006 0.001 0.249 0.153 0.134 0.084 0.001 0.001 0.035 0.325 60 P 0.015 0.035 0.002 0.107 0.023 0.034 0.084 0.005 0.001 0.045 0.650 61 D 0.170 0.485 0.013 0.016 0.005 0.006 0.037 0.014 0.013 0.082 0.159 62 I 0.390 0.063 0.078 0.004 0.002 0.002 0.033 0.010 0.025 0.114 0.278 63 D 0.326 0.021 0.003 0.002 0.006 0.010 0.064 0.012 0.002 0.071 0.484 64 K 0.320 0.004 0.001 0.004 0.008 0.016 0.064 0.003 0.001 0.047 0.531 65 L 0.033 0.003 0.003 0.019 0.006 0.014 0.131 0.001 0.001 0.021 0.769 66 G 0.005 0.001 0.001 0.007 0.051 0.070 0.178 0.002 0.001 0.015 0.670 67 Y 0.003 0.001 0.001 0.047 0.083 0.104 0.148 0.001 0.001 0.033 0.580 68 M 0.001 0.001 0.001 0.195 0.105 0.310 0.072 0.001 0.001 0.084 0.233 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.276 0.145 0.372 0.022 0.001 0.001 0.080 0.104 70 A 0.001 0.001 0.001 0.329 0.243 0.339 0.006 0.001 0.001 0.038 0.043 71 I 0.001 0.001 0.001 0.267 0.333 0.302 0.005 0.001 0.001 0.035 0.058 72 V 0.001 0.001 0.001 0.242 0.354 0.340 0.003 0.001 0.001 0.030 0.030 73 L 0.001 0.001 0.001 0.137 0.262 0.471 0.011 0.001 0.001 0.054 0.063 74 I 0.002 0.001 0.001 0.103 0.377 0.406 0.016 0.001 0.001 0.026 0.069 75 K 0.012 0.001 0.001 0.070 0.272 0.362 0.052 0.001 0.001 0.047 0.184 76 S 0.002 0.001 0.001 0.059 0.104 0.153 0.133 0.001 0.001 0.024 0.523 77 K 0.026 0.009 0.001 0.033 0.034 0.041 0.140 0.004 0.002 0.047 0.664 78 V 0.170 0.216 0.004 0.006 0.004 0.003 0.074 0.014 0.002 0.100 0.406 79 P 0.085 0.502 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 0.004 0.001 0.047 0.325 80 S 0.022 0.564 0.002 0.003 0.002 0.003 0.032 0.003 0.001 0.121 0.248 81 D 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.017 82 A 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 83 D 0.005 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.842 0.010 84 K 0.001 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.087 0.019 85 V 0.005 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.008 86 I 0.016 0.297 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.655 0.023 87 S 0.007 0.418 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.004 0.402 0.137 88 E 0.101 0.626 0.024 0.001 0.001 0.001 0.018 0.084 0.005 0.053 0.087 89 I 0.160 0.289 0.133 0.005 0.001 0.001 0.025 0.035 0.114 0.080 0.160 90 S 0.076 0.111 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 0.001 0.002 0.022 0.667 91 D 0.021 0.480 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.010 0.001 0.017 0.422 92 I 0.139 0.528 0.013 0.002 0.001 0.001 0.048 0.030 0.003 0.104 0.133 93 E 0.056 0.333 0.010 0.011 0.001 0.002 0.073 0.004 0.004 0.260 0.245 94 Y 0.022 0.735 0.002 0.002 0.001 0.002 0.031 0.003 0.001 0.039 0.162 95 V 0.064 0.736 0.007 0.008 0.003 0.004 0.023 0.018 0.001 0.046 0.090 96 K 0.059 0.672 0.003 0.023 0.003 0.007 0.028 0.009 0.001 0.064 0.129 97 S 0.072 0.402 0.011 0.021 0.008 0.016 0.058 0.012 0.005 0.133 0.261 98 V 0.144 0.207 0.024 0.042 0.013 0.020 0.088 0.022 0.007 0.143 0.290 99 E 0.129 0.086 0.022 0.047 0.017 0.033 0.116 0.009 0.013 0.130 0.396 100 K 0.059 0.018 0.005 0.025 0.013 0.022 0.128 0.004 0.003 0.049 0.675 101 G 0.111 0.019 0.004 0.034 0.020 0.034 0.132 0.008 0.003 0.077 0.559 102 V 0.104 0.009 0.005 0.027 0.010 0.023 0.152 0.005 0.003 0.064 0.599 103 G 0.064 0.017 0.002 0.031 0.014 0.036 0.131 0.005 0.001 0.045 0.653 104 R 0.059 0.018 0.002 0.026 0.021 0.039 0.140 0.003 0.001 0.042 0.649 105 Y 0.013 0.010 0.001 0.068 0.092 0.166 0.132 0.004 0.001 0.049 0.463 106 N 0.007 0.007 0.002 0.105 0.132 0.306 0.078 0.001 0.001 0.088 0.273 107 I 0.003 0.004 0.001 0.148 0.250 0.359 0.036 0.001 0.001 0.056 0.143 108 I 0.002 0.002 0.001 0.177 0.212 0.391 0.031 0.001 0.001 0.055 0.128 109 V 0.001 0.001 0.001 0.155 0.295 0.434 0.013 0.001 0.001 0.038 0.063 110 R 0.002 0.001 0.001 0.135 0.282 0.410 0.020 0.001 0.001 0.050 0.101 111 L 0.001 0.001 0.001 0.098 0.383 0.323 0.031 0.001 0.001 0.023 0.140 112 L 0.006 0.001 0.001 0.131 0.192 0.325 0.063 0.001 0.001 0.046 0.232 113 L 0.117 0.010 0.001 0.058 0.075 0.091 0.103 0.007 0.002 0.091 0.444 114 P 0.213 0.030 0.003 0.024 0.012 0.015 0.098 0.002 0.002 0.093 0.508 115 K 0.003 0.027 0.001 0.012 0.006 0.009 0.095 0.003 0.001 0.030 0.815 116 D 0.042 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.001 0.009 0.081 117 I 0.082 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.039 0.037 118 K 0.018 0.384 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.443 0.121 119 D 0.011 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.071 0.029 120 A 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.016 121 E 0.010 0.181 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.770 0.028 122 N 0.002 0.644 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.288 0.052 123 L 0.008 0.909 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.025 0.025 124 I 0.011 0.952 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.006 0.013 125 S 0.026 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.007 0.085 126 E 0.023 0.604 0.026 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.013 0.152 0.139 127 F 0.146 0.523 0.036 0.002 0.001 0.001 0.032 0.068 0.017 0.106 0.069 128 L 0.260 0.188 0.014 0.006 0.001 0.002 0.063 0.008 0.013 0.079 0.365 129 Q 0.038 0.053 0.014 0.007 0.002 0.004 0.172 0.002 0.008 0.047 0.654 130 R 0.063 0.029 0.010 0.013 0.002 0.006 0.130 0.011 0.005 0.052 0.679 131 I 0.554 0.028 0.003 0.006 0.002 0.003 0.055 0.016 0.002 0.068 0.263 132 K 0.064 0.007 0.002 0.010 0.002 0.006 0.105 0.002 0.001 0.037 0.764 133 N 0.020 0.012 0.002 0.017 0.003 0.011 0.073 0.001 0.001 0.026 0.835 134 A 0.048 0.028 0.002 0.026 0.045 0.031 0.123 0.004 0.001 0.055 0.639 135 E 0.029 0.025 0.001 0.059 0.049 0.067 0.103 0.003 0.001 0.048 0.615 136 N 0.029 0.056 0.001 0.081 0.061 0.096 0.098 0.004 0.001 0.080 0.492 137 V 0.025 0.040 0.002 0.115 0.089 0.108 0.129 0.005 0.001 0.065 0.421 138 E 0.012 0.120 0.002 0.176 0.112 0.223 0.071 0.004 0.001 0.050 0.229 139 V 0.006 0.015 0.001 0.117 0.166 0.299 0.030 0.001 0.001 0.250 0.115 140 I 0.002 0.064 0.004 0.153 0.268 0.275 0.028 0.001 0.001 0.069 0.135 141 L 0.030 0.071 0.011 0.069 0.288 0.297 0.030 0.006 0.003 0.053 0.142 142 I 0.040 0.064 0.009 0.070 0.267 0.275 0.029 0.007 0.004 0.048 0.186 143 S 0.075 0.034 0.003 0.023 0.121 0.221 0.058 0.006 0.002 0.053 0.404 144 E 0.069 0.027 0.005 0.035 0.138 0.225 0.068 0.008 0.003 0.045 0.378 145 V 0.033 0.017 0.007 0.029 0.115 0.187 0.090 0.003 0.004 0.021 0.493 146 R 0.050 0.010 0.006 0.024 0.130 0.136 0.069 0.005 0.003 0.029 0.538 147 K 0.095 0.011 0.002 0.019 0.066 0.066 0.076 0.009 0.001 0.043 0.611 148 F 0.056 0.004 0.001 0.014 0.025 0.038 0.089 0.005 0.001 0.028 0.738 149 E 0.025 0.004 0.001 0.022 0.027 0.044 0.083 0.003 0.001 0.023 0.768 150 I 0.016 0.005 0.001 0.015 0.025 0.030 0.093 0.002 0.001 0.020 0.793 151 I 0.030 0.006 0.001 0.021 0.048 0.042 0.116 0.009 0.001 0.032 0.694