# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.070 0.052 0.088 0.075 0.085 0.107 0.091 0.090 0.069 0.052 2 D 0.387 0.256 0.080 0.122 0.064 0.032 0.028 0.014 0.009 0.005 0.002 3 C 0.172 0.178 0.067 0.146 0.132 0.103 0.092 0.051 0.033 0.017 0.008 4 M 0.128 0.089 0.032 0.100 0.111 0.108 0.140 0.104 0.085 0.061 0.043 5 R 0.176 0.114 0.127 0.197 0.149 0.096 0.080 0.030 0.019 0.009 0.004 6 K 0.180 0.161 0.141 0.274 0.132 0.059 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 7 L 0.006 0.015 0.017 0.027 0.028 0.053 0.143 0.188 0.219 0.178 0.126 8 D 0.016 0.049 0.067 0.121 0.165 0.205 0.209 0.088 0.051 0.020 0.010 9 R 0.353 0.164 0.265 0.146 0.044 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.005 0.021 0.056 0.108 0.130 0.197 0.261 0.113 0.065 0.031 0.015 11 D 0.001 0.002 0.011 0.008 0.011 0.028 0.155 0.203 0.251 0.194 0.137 12 M 0.006 0.013 0.083 0.209 0.233 0.222 0.154 0.050 0.020 0.008 0.002 13 Q 0.005 0.029 0.416 0.254 0.161 0.087 0.037 0.008 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.011 0.099 0.151 0.258 0.274 0.195 15 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.025 0.204 0.194 0.210 0.199 0.153 16 K 0.001 0.005 0.605 0.243 0.100 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 17 I 0.001 0.002 0.030 0.044 0.137 0.304 0.346 0.094 0.030 0.011 0.003 18 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.024 0.072 0.233 0.328 0.332 19 S 0.001 0.002 0.019 0.044 0.137 0.208 0.372 0.136 0.058 0.018 0.006 20 E 0.023 0.044 0.741 0.135 0.038 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.018 0.045 0.056 0.087 0.142 0.188 0.272 0.106 0.052 0.026 0.008 22 S 0.095 0.063 0.032 0.029 0.019 0.030 0.103 0.138 0.178 0.174 0.137 23 R 0.301 0.149 0.124 0.146 0.115 0.078 0.053 0.016 0.010 0.005 0.003 24 L 0.150 0.096 0.123 0.100 0.088 0.096 0.132 0.084 0.068 0.042 0.021 25 T 0.020 0.185 0.061 0.144 0.112 0.101 0.112 0.082 0.071 0.062 0.050 26 Y 0.027 0.018 0.026 0.034 0.057 0.107 0.194 0.135 0.158 0.127 0.117 27 R 0.323 0.109 0.183 0.166 0.101 0.061 0.042 0.010 0.004 0.001 0.001 28 E 0.012 0.040 0.172 0.372 0.222 0.107 0.056 0.013 0.004 0.002 0.001 29 L 0.001 0.002 0.017 0.007 0.007 0.009 0.039 0.078 0.201 0.289 0.352 30 A 0.001 0.001 0.017 0.025 0.068 0.159 0.355 0.191 0.120 0.044 0.019 31 D 0.023 0.034 0.775 0.132 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.001 0.006 0.014 0.030 0.109 0.265 0.414 0.102 0.040 0.016 0.005 33 L 0.005 0.004 0.008 0.006 0.005 0.009 0.049 0.105 0.213 0.280 0.316 34 N 0.450 0.224 0.118 0.093 0.055 0.031 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 35 T 0.050 0.085 0.158 0.130 0.126 0.118 0.157 0.089 0.051 0.025 0.010 36 T 0.074 0.420 0.119 0.108 0.066 0.060 0.068 0.035 0.021 0.016 0.012 37 R 0.062 0.091 0.134 0.195 0.202 0.166 0.109 0.023 0.011 0.004 0.002 38 Q 0.794 0.108 0.060 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.010 0.044 0.072 0.274 0.222 0.213 0.126 0.028 0.008 0.002 0.001 40 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.090 0.165 0.257 0.272 0.199 41 A 0.001 0.003 0.112 0.191 0.217 0.283 0.148 0.031 0.010 0.003 0.001 42 R 0.001 0.017 0.540 0.295 0.106 0.029 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.032 0.241 0.246 0.215 0.163 0.090 44 I 0.001 0.001 0.008 0.003 0.007 0.019 0.186 0.188 0.226 0.213 0.149 45 D 0.001 0.004 0.738 0.138 0.073 0.029 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 46 K 0.001 0.006 0.084 0.255 0.320 0.240 0.082 0.011 0.002 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.035 0.090 0.296 0.308 0.262 48 K 0.001 0.001 0.018 0.078 0.172 0.255 0.333 0.100 0.030 0.010 0.003 49 K 0.008 0.027 0.905 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.010 0.023 0.156 0.217 0.287 0.216 0.066 0.016 0.007 0.001 51 G 0.459 0.231 0.066 0.059 0.045 0.042 0.049 0.023 0.015 0.007 0.004 52 I 0.002 0.026 0.052 0.136 0.169 0.171 0.196 0.098 0.074 0.044 0.032 53 I 0.001 0.003 0.006 0.009 0.015 0.024 0.100 0.144 0.227 0.252 0.218 54 R 0.021 0.072 0.068 0.296 0.237 0.132 0.108 0.038 0.018 0.006 0.005 55 K 0.158 0.173 0.093 0.217 0.133 0.093 0.074 0.030 0.017 0.008 0.004 56 F 0.004 0.006 0.005 0.025 0.041 0.076 0.161 0.187 0.221 0.160 0.114 57 T 0.067 0.151 0.071 0.252 0.166 0.108 0.095 0.040 0.027 0.015 0.009 58 I 0.004 0.006 0.004 0.014 0.018 0.026 0.089 0.138 0.214 0.260 0.227 59 I 0.019 0.064 0.042 0.198 0.192 0.172 0.159 0.072 0.047 0.021 0.012 60 P 0.016 0.016 0.008 0.028 0.044 0.067 0.143 0.161 0.204 0.174 0.139 61 D 0.096 0.258 0.075 0.233 0.139 0.079 0.061 0.027 0.017 0.009 0.005 62 I 0.072 0.042 0.023 0.085 0.125 0.144 0.181 0.123 0.107 0.063 0.035 63 D 0.570 0.181 0.072 0.117 0.038 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 K 0.034 0.083 0.070 0.204 0.172 0.169 0.160 0.059 0.032 0.012 0.006 65 L 0.012 0.011 0.008 0.026 0.038 0.069 0.143 0.162 0.193 0.175 0.163 66 G 0.328 0.235 0.082 0.152 0.082 0.054 0.037 0.013 0.008 0.005 0.003 67 Y 0.027 0.047 0.051 0.124 0.161 0.168 0.188 0.093 0.076 0.044 0.022 68 M 0.011 0.010 0.007 0.033 0.040 0.056 0.149 0.162 0.193 0.181 0.159 69 Y 0.008 0.024 0.028 0.121 0.162 0.214 0.206 0.103 0.072 0.040 0.021 70 A 0.002 0.002 0.004 0.009 0.010 0.018 0.093 0.163 0.244 0.279 0.177 71 I 0.002 0.004 0.010 0.045 0.057 0.101 0.147 0.179 0.169 0.163 0.124 72 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.014 0.080 0.164 0.280 0.278 0.165 73 L 0.004 0.013 0.025 0.137 0.175 0.165 0.194 0.136 0.085 0.043 0.024 74 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.062 0.109 0.253 0.317 0.235 75 K 0.014 0.053 0.038 0.338 0.322 0.128 0.076 0.020 0.008 0.002 0.001 76 S 0.004 0.006 0.003 0.013 0.020 0.038 0.152 0.185 0.254 0.209 0.115 77 K 0.115 0.228 0.109 0.276 0.168 0.059 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 78 V 0.145 0.268 0.050 0.170 0.115 0.098 0.087 0.036 0.018 0.009 0.003 79 P 0.446 0.151 0.037 0.121 0.095 0.058 0.047 0.021 0.014 0.006 0.003 80 S 0.677 0.196 0.033 0.055 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 D 0.044 0.326 0.070 0.178 0.126 0.113 0.082 0.029 0.017 0.009 0.004 82 A 0.009 0.013 0.007 0.036 0.089 0.180 0.242 0.169 0.132 0.077 0.045 83 D 0.423 0.182 0.138 0.148 0.065 0.027 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 84 K 0.015 0.061 0.191 0.421 0.209 0.074 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 85 V 0.001 0.002 0.006 0.005 0.006 0.012 0.066 0.142 0.246 0.279 0.235 86 I 0.001 0.001 0.013 0.042 0.121 0.219 0.338 0.141 0.077 0.034 0.014 87 S 0.009 0.019 0.873 0.079 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.017 0.035 0.089 0.301 0.429 0.090 0.025 0.009 0.003 89 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.047 0.124 0.256 0.291 0.270 90 S 0.010 0.027 0.188 0.241 0.240 0.164 0.093 0.024 0.008 0.004 0.002 91 D 0.074 0.129 0.687 0.084 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.004 0.006 0.015 0.037 0.100 0.325 0.193 0.158 0.102 0.060 93 E 0.661 0.183 0.061 0.052 0.020 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.043 0.095 0.103 0.199 0.179 0.164 0.137 0.043 0.022 0.011 0.004 95 V 0.003 0.005 0.010 0.015 0.021 0.046 0.147 0.169 0.221 0.203 0.161 96 K 0.014 0.033 0.050 0.207 0.210 0.178 0.143 0.075 0.051 0.027 0.014 97 S 0.019 0.058 0.080 0.181 0.185 0.169 0.162 0.076 0.042 0.020 0.008 98 V 0.008 0.011 0.036 0.044 0.036 0.040 0.108 0.164 0.222 0.198 0.133 99 E 0.009 0.014 0.023 0.083 0.130 0.178 0.268 0.138 0.088 0.046 0.025 100 K 0.026 0.077 0.168 0.277 0.169 0.105 0.079 0.044 0.030 0.017 0.008 101 G 0.020 0.030 0.030 0.080 0.108 0.147 0.215 0.147 0.122 0.069 0.034 102 V 0.113 0.133 0.050 0.116 0.084 0.080 0.137 0.104 0.092 0.056 0.035 103 G 0.188 0.103 0.036 0.135 0.117 0.112 0.120 0.073 0.056 0.038 0.023 104 R 0.123 0.237 0.100 0.221 0.158 0.093 0.046 0.012 0.006 0.003 0.001 105 Y 0.011 0.011 0.007 0.037 0.045 0.055 0.167 0.178 0.203 0.182 0.104 106 N 0.013 0.039 0.035 0.142 0.184 0.227 0.171 0.077 0.058 0.033 0.020 107 I 0.001 0.003 0.004 0.012 0.014 0.026 0.145 0.222 0.251 0.215 0.107 108 I 0.001 0.002 0.005 0.024 0.038 0.074 0.145 0.192 0.183 0.178 0.159 109 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.007 0.040 0.105 0.247 0.336 0.250 110 R 0.002 0.006 0.018 0.108 0.157 0.140 0.202 0.170 0.123 0.053 0.020 111 L 0.001 0.002 0.007 0.006 0.006 0.014 0.078 0.124 0.287 0.293 0.182 112 L 0.005 0.016 0.026 0.152 0.205 0.157 0.203 0.123 0.078 0.028 0.007 113 L 0.010 0.036 0.014 0.045 0.052 0.084 0.214 0.193 0.175 0.120 0.058 114 P 0.096 0.085 0.067 0.170 0.180 0.135 0.132 0.071 0.043 0.016 0.005 115 K 0.415 0.197 0.049 0.121 0.089 0.055 0.041 0.018 0.008 0.004 0.001 116 D 0.079 0.350 0.061 0.162 0.103 0.073 0.069 0.042 0.029 0.021 0.010 117 I 0.048 0.046 0.031 0.096 0.130 0.180 0.205 0.118 0.088 0.040 0.019 118 K 0.742 0.146 0.063 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.035 0.101 0.146 0.283 0.180 0.133 0.086 0.025 0.008 0.002 0.001 120 A 0.002 0.002 0.007 0.010 0.017 0.047 0.152 0.169 0.230 0.213 0.150 121 E 0.011 0.019 0.121 0.152 0.172 0.232 0.212 0.051 0.021 0.007 0.002 122 N 0.008 0.031 0.614 0.241 0.071 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 123 L 0.001 0.002 0.013 0.021 0.044 0.120 0.290 0.201 0.147 0.106 0.056 124 I 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.011 0.107 0.165 0.275 0.252 0.178 125 S 0.001 0.002 0.141 0.168 0.291 0.232 0.125 0.027 0.009 0.003 0.001 126 E 0.010 0.037 0.515 0.246 0.113 0.055 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 127 F 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.035 0.207 0.226 0.262 0.167 0.079 128 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.012 0.085 0.143 0.227 0.271 0.250 129 Q 0.002 0.013 0.398 0.255 0.216 0.076 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 130 R 0.009 0.062 0.335 0.196 0.157 0.141 0.077 0.014 0.006 0.002 0.001 131 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.032 0.173 0.221 0.232 0.180 0.140 132 K 0.652 0.204 0.035 0.063 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 133 N 0.315 0.236 0.119 0.173 0.089 0.043 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 134 A 0.008 0.005 0.003 0.009 0.011 0.019 0.060 0.100 0.193 0.239 0.352 135 E 0.077 0.194 0.110 0.260 0.161 0.110 0.061 0.015 0.007 0.003 0.002 136 N 0.151 0.245 0.123 0.227 0.133 0.067 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 137 V 0.018 0.009 0.007 0.023 0.030 0.053 0.134 0.171 0.197 0.186 0.172 138 E 0.054 0.152 0.092 0.288 0.233 0.108 0.051 0.012 0.006 0.002 0.001 139 V 0.006 0.011 0.009 0.026 0.027 0.041 0.123 0.154 0.226 0.208 0.170 140 I 0.018 0.036 0.039 0.166 0.180 0.196 0.176 0.087 0.053 0.031 0.017 141 L 0.012 0.017 0.021 0.033 0.035 0.050 0.149 0.175 0.221 0.178 0.108 142 I 0.014 0.033 0.056 0.147 0.136 0.132 0.163 0.113 0.099 0.066 0.040 143 S 0.024 0.033 0.060 0.073 0.075 0.089 0.188 0.154 0.153 0.100 0.049 144 E 0.070 0.088 0.135 0.265 0.185 0.113 0.083 0.033 0.018 0.007 0.003 145 V 0.089 0.094 0.137 0.126 0.102 0.104 0.143 0.085 0.066 0.037 0.015 146 R 0.100 0.106 0.121 0.188 0.149 0.111 0.104 0.057 0.035 0.021 0.009 147 K 0.073 0.122 0.102 0.147 0.126 0.111 0.140 0.083 0.053 0.032 0.013 148 F 0.133 0.121 0.165 0.191 0.143 0.092 0.076 0.038 0.024 0.012 0.005 149 E 0.246 0.163 0.163 0.165 0.101 0.063 0.053 0.023 0.014 0.007 0.003 150 I 0.179 0.145 0.109 0.142 0.101 0.078 0.094 0.059 0.047 0.031 0.015 151 I 0.283 0.139 0.078 0.102 0.086 0.074 0.082 0.055 0.049 0.033 0.018