# TARGET T0337 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.040 0.015 0.015 0.010 0.016 0.034 0.003 0.001 0.003 0.752 2 D 0.032 0.017 0.007 0.021 0.019 0.031 0.102 0.003 0.001 0.003 0.766 3 C 0.086 0.019 0.006 0.015 0.011 0.017 0.087 0.001 0.001 0.005 0.753 4 M 0.098 0.053 0.003 0.026 0.015 0.028 0.094 0.003 0.001 0.005 0.675 5 R 0.121 0.072 0.005 0.037 0.015 0.034 0.174 0.003 0.001 0.008 0.531 6 K 0.171 0.070 0.004 0.016 0.008 0.012 0.112 0.005 0.001 0.006 0.596 7 L 0.165 0.146 0.029 0.040 0.013 0.032 0.071 0.003 0.001 0.009 0.490 8 D 0.040 0.076 0.003 0.019 0.007 0.013 0.226 0.006 0.001 0.002 0.607 9 R 0.075 0.041 0.006 0.006 0.001 0.001 0.039 0.003 0.001 0.004 0.824 10 V 0.104 0.151 0.015 0.005 0.003 0.005 0.378 0.002 0.001 0.015 0.320 11 D 0.052 0.164 0.003 0.005 0.003 0.005 0.565 0.008 0.001 0.010 0.185 12 M 0.023 0.692 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.004 0.001 0.002 0.249 13 Q 0.007 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.004 0.121 14 L 0.006 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.011 0.001 0.001 0.032 15 V 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 16 K 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 17 I 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 18 L 0.034 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.005 19 S 0.067 0.851 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.025 20 E 0.093 0.581 0.072 0.002 0.001 0.003 0.006 0.060 0.001 0.001 0.183 21 N 0.315 0.212 0.016 0.011 0.004 0.003 0.011 0.135 0.001 0.001 0.292 22 S 0.276 0.074 0.128 0.021 0.003 0.003 0.028 0.012 0.001 0.003 0.451 23 R 0.032 0.021 0.042 0.027 0.003 0.007 0.119 0.005 0.001 0.002 0.743 24 L 0.168 0.027 0.029 0.147 0.011 0.021 0.127 0.002 0.001 0.007 0.462 25 T 0.093 0.023 0.003 0.020 0.002 0.004 0.241 0.001 0.001 0.002 0.611 26 Y 0.019 0.053 0.006 0.035 0.005 0.009 0.066 0.001 0.001 0.003 0.804 27 R 0.019 0.155 0.001 0.015 0.007 0.009 0.173 0.001 0.001 0.006 0.615 28 E 0.019 0.191 0.001 0.003 0.005 0.011 0.570 0.002 0.001 0.016 0.183 29 L 0.019 0.900 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.067 30 A 0.013 0.963 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 31 D 0.006 0.965 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 32 I 0.042 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.017 33 L 0.048 0.850 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.006 34 N 0.371 0.299 0.029 0.003 0.001 0.002 0.007 0.191 0.001 0.002 0.096 35 T 0.010 0.016 0.936 0.004 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.020 36 T 0.046 0.028 0.009 0.043 0.011 0.017 0.396 0.009 0.001 0.002 0.439 37 R 0.008 0.003 0.014 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.953 38 Q 0.004 0.021 0.001 0.013 0.002 0.003 0.366 0.001 0.001 0.003 0.588 39 R 0.031 0.018 0.001 0.006 0.002 0.004 0.776 0.001 0.001 0.025 0.137 40 I 0.057 0.845 0.001 0.011 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.065 41 A 0.012 0.959 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 42 R 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 43 R 0.024 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.033 44 I 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 D 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 46 K 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 47 L 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 K 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 49 K 0.019 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 50 L 0.046 0.774 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.001 0.001 0.043 51 G 0.575 0.185 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.193 0.001 0.001 0.041 52 I 0.010 0.010 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 53 I 0.001 0.011 0.016 0.329 0.154 0.250 0.069 0.003 0.001 0.001 0.167 54 R 0.022 0.009 0.001 0.625 0.044 0.077 0.020 0.001 0.001 0.001 0.200 55 K 0.010 0.012 0.001 0.468 0.060 0.074 0.054 0.001 0.001 0.002 0.319 56 F 0.012 0.002 0.003 0.742 0.059 0.066 0.022 0.001 0.001 0.003 0.090 57 T 0.007 0.001 0.001 0.613 0.069 0.087 0.045 0.001 0.001 0.003 0.173 58 I 0.004 0.001 0.003 0.340 0.103 0.183 0.048 0.001 0.001 0.004 0.314 59 I 0.009 0.001 0.001 0.330 0.156 0.236 0.087 0.001 0.001 0.004 0.176 60 P 0.002 0.001 0.001 0.029 0.007 0.014 0.018 0.001 0.001 0.001 0.927 61 D 0.007 0.001 0.001 0.075 0.061 0.109 0.306 0.001 0.001 0.004 0.437 62 I 0.009 0.001 0.001 0.014 0.005 0.012 0.039 0.001 0.001 0.003 0.918 63 D 0.013 0.007 0.001 0.026 0.032 0.035 0.370 0.001 0.001 0.008 0.507 64 K 0.398 0.018 0.001 0.005 0.007 0.011 0.251 0.001 0.001 0.042 0.267 65 L 0.441 0.239 0.002 0.009 0.012 0.012 0.075 0.010 0.001 0.011 0.188 66 G 0.465 0.086 0.010 0.005 0.017 0.014 0.099 0.014 0.001 0.030 0.261 67 Y 0.082 0.014 0.173 0.009 0.016 0.019 0.036 0.002 0.001 0.007 0.643 68 M 0.015 0.003 0.013 0.100 0.111 0.138 0.085 0.002 0.001 0.003 0.530 69 Y 0.044 0.002 0.018 0.202 0.144 0.171 0.047 0.001 0.001 0.006 0.366 70 A 0.002 0.001 0.001 0.456 0.193 0.289 0.019 0.001 0.001 0.001 0.038 71 I 0.001 0.001 0.001 0.580 0.130 0.237 0.011 0.001 0.001 0.001 0.039 72 V 0.001 0.001 0.001 0.692 0.124 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 73 L 0.001 0.001 0.001 0.521 0.155 0.269 0.011 0.001 0.001 0.001 0.041 74 I 0.001 0.002 0.001 0.434 0.218 0.267 0.015 0.001 0.001 0.001 0.061 75 K 0.003 0.002 0.001 0.236 0.174 0.346 0.035 0.001 0.001 0.003 0.201 76 S 0.007 0.003 0.002 0.105 0.102 0.253 0.066 0.001 0.001 0.004 0.457 77 K 0.021 0.004 0.004 0.096 0.074 0.186 0.080 0.002 0.001 0.008 0.525 78 V 0.033 0.003 0.004 0.017 0.017 0.039 0.090 0.001 0.001 0.003 0.793 79 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.984 80 S 0.025 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.165 0.001 0.001 0.003 0.791 81 D 0.307 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.140 0.001 0.001 0.004 0.535 82 A 0.246 0.138 0.003 0.007 0.002 0.003 0.113 0.001 0.001 0.005 0.484 83 D 0.013 0.145 0.001 0.002 0.001 0.001 0.196 0.001 0.001 0.002 0.638 84 K 0.021 0.298 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.001 0.001 0.003 0.367 85 V 0.022 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.001 0.001 0.069 86 I 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.011 87 S 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 88 E 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 89 I 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 90 S 0.035 0.946 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 91 D 0.041 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.036 92 I 0.318 0.615 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.038 93 E 0.052 0.236 0.055 0.003 0.002 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.622 94 Y 0.046 0.139 0.035 0.030 0.015 0.023 0.071 0.021 0.001 0.001 0.620 95 V 0.292 0.161 0.016 0.050 0.014 0.037 0.036 0.009 0.001 0.003 0.382 96 K 0.077 0.291 0.008 0.152 0.085 0.104 0.044 0.003 0.001 0.002 0.235 97 S 0.030 0.120 0.004 0.067 0.062 0.116 0.049 0.002 0.001 0.002 0.547 98 V 0.062 0.113 0.005 0.181 0.141 0.192 0.033 0.004 0.001 0.002 0.268 99 E 0.039 0.116 0.004 0.142 0.117 0.229 0.059 0.004 0.001 0.004 0.287 100 K 0.031 0.072 0.005 0.086 0.146 0.231 0.074 0.007 0.001 0.005 0.344 101 G 0.106 0.073 0.008 0.061 0.122 0.170 0.086 0.008 0.001 0.006 0.360 102 V 0.041 0.040 0.008 0.032 0.062 0.095 0.073 0.004 0.001 0.005 0.641 103 G 0.045 0.016 0.006 0.025 0.057 0.085 0.115 0.004 0.001 0.010 0.638 104 R 0.138 0.014 0.017 0.017 0.045 0.051 0.095 0.002 0.001 0.015 0.607 105 Y 0.064 0.016 0.008 0.068 0.106 0.127 0.101 0.002 0.001 0.008 0.500 106 N 0.033 0.008 0.005 0.083 0.157 0.227 0.092 0.001 0.001 0.007 0.387 107 I 0.017 0.006 0.002 0.217 0.300 0.328 0.038 0.001 0.001 0.003 0.089 108 I 0.009 0.006 0.002 0.180 0.203 0.394 0.038 0.001 0.001 0.003 0.165 109 V 0.002 0.001 0.001 0.374 0.322 0.276 0.008 0.001 0.001 0.001 0.015 110 R 0.002 0.001 0.001 0.287 0.215 0.351 0.030 0.001 0.001 0.001 0.112 111 L 0.002 0.001 0.001 0.341 0.233 0.330 0.016 0.001 0.001 0.001 0.075 112 L 0.002 0.001 0.001 0.303 0.200 0.344 0.038 0.001 0.001 0.002 0.108 113 L 0.008 0.001 0.002 0.120 0.108 0.162 0.101 0.001 0.001 0.004 0.493 114 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.961 115 K 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.027 0.235 0.001 0.001 0.003 0.711 116 D 0.071 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.388 0.001 0.001 0.019 0.511 117 I 0.337 0.034 0.001 0.008 0.002 0.002 0.128 0.001 0.001 0.011 0.476 118 K 0.100 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.206 0.001 0.001 0.006 0.607 119 D 0.032 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.001 0.001 0.003 0.517 120 A 0.056 0.694 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.002 0.001 0.002 0.221 121 E 0.009 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.042 122 N 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.055 123 L 0.016 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 124 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 S 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 126 E 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 127 F 0.025 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 128 L 0.039 0.910 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.024 129 Q 0.038 0.860 0.015 0.002 0.002 0.003 0.004 0.033 0.001 0.001 0.043 130 R 0.160 0.672 0.013 0.002 0.001 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.102 131 I 0.384 0.351 0.038 0.007 0.004 0.004 0.008 0.053 0.001 0.001 0.150 132 K 0.018 0.032 0.043 0.010 0.004 0.004 0.011 0.006 0.001 0.001 0.870 133 N 0.022 0.014 0.006 0.019 0.011 0.014 0.109 0.005 0.001 0.002 0.798 134 A 0.382 0.049 0.016 0.032 0.008 0.018 0.069 0.003 0.001 0.011 0.412 135 E 0.084 0.154 0.004 0.079 0.033 0.049 0.195 0.003 0.001 0.006 0.393 136 N 0.092 0.096 0.004 0.033 0.017 0.030 0.118 0.002 0.001 0.007 0.601 137 V 0.139 0.288 0.008 0.064 0.037 0.058 0.047 0.003 0.001 0.006 0.351 138 E 0.038 0.311 0.006 0.057 0.083 0.147 0.107 0.004 0.001 0.008 0.239 139 V 0.034 0.345 0.008 0.039 0.085 0.177 0.053 0.004 0.001 0.005 0.250 140 I 0.030 0.539 0.003 0.060 0.089 0.149 0.019 0.004 0.001 0.002 0.105 141 L 0.022 0.612 0.003 0.029 0.055 0.077 0.022 0.004 0.001 0.001 0.173 142 I 0.020 0.608 0.006 0.035 0.073 0.146 0.015 0.003 0.001 0.001 0.092 143 S 0.015 0.614 0.004 0.038 0.068 0.169 0.014 0.006 0.001 0.001 0.073 144 E 0.047 0.583 0.003 0.023 0.052 0.084 0.015 0.014 0.001 0.001 0.177 145 V 0.121 0.488 0.019 0.013 0.031 0.067 0.024 0.015 0.001 0.003 0.219 146 R 0.083 0.342 0.027 0.022 0.050 0.069 0.028 0.023 0.001 0.002 0.352 147 K 0.093 0.225 0.025 0.024 0.040 0.076 0.039 0.015 0.001 0.004 0.460 148 F 0.066 0.128 0.019 0.022 0.037 0.072 0.034 0.009 0.001 0.002 0.610 149 E 0.083 0.079 0.006 0.028 0.044 0.050 0.040 0.009 0.001 0.002 0.659 150 I 0.119 0.062 0.016 0.028 0.038 0.058 0.052 0.004 0.001 0.005 0.618 151 I 0.040 0.051 0.009 0.043 0.072 0.117 0.088 0.002 0.001 0.003 0.573