# TARGET T0337 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 2 D 0.021 0.015 0.021 0.235 0.009 0.061 0.638 3 C 0.014 0.015 0.053 0.421 0.120 0.135 0.242 4 M 0.012 0.005 0.171 0.386 0.054 0.097 0.274 5 R 0.020 0.005 0.255 0.331 0.074 0.161 0.154 6 K 0.029 0.015 0.179 0.208 0.141 0.173 0.255 7 L 0.012 0.040 0.028 0.122 0.280 0.050 0.467 8 D 0.002 0.014 0.001 0.044 0.070 0.007 0.861 9 R 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.013 0.002 10 V 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.006 0.001 11 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.016 0.001 19 S 0.001 0.001 0.010 0.946 0.001 0.041 0.001 20 E 0.001 0.001 0.009 0.771 0.003 0.214 0.002 21 N 0.001 0.001 0.038 0.428 0.034 0.442 0.057 22 S 0.004 0.008 0.055 0.233 0.219 0.229 0.252 23 R 0.013 0.010 0.098 0.137 0.220 0.226 0.296 24 L 0.032 0.036 0.018 0.075 0.431 0.049 0.359 25 T 0.031 0.042 0.007 0.095 0.050 0.019 0.756 26 Y 0.001 0.001 0.015 0.978 0.001 0.004 0.002 27 R 0.001 0.001 0.015 0.982 0.001 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 31 D 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.017 0.001 32 I 0.001 0.001 0.005 0.939 0.002 0.048 0.004 33 L 0.004 0.006 0.011 0.655 0.033 0.251 0.039 34 N 0.005 0.003 0.009 0.199 0.069 0.589 0.126 35 T 0.014 0.012 0.006 0.077 0.184 0.065 0.642 36 T 0.008 0.009 0.003 0.084 0.116 0.022 0.759 37 R 0.001 0.001 0.003 0.953 0.013 0.008 0.023 38 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 0.001 39 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 44 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 49 K 0.001 0.001 0.002 0.936 0.001 0.059 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.298 0.004 0.694 0.002 51 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.957 0.013 52 I 0.081 0.016 0.009 0.009 0.089 0.043 0.753 53 I 0.629 0.030 0.017 0.005 0.057 0.007 0.255 54 R 0.654 0.003 0.022 0.006 0.125 0.036 0.154 55 K 0.772 0.001 0.016 0.004 0.073 0.051 0.082 56 F 0.849 0.003 0.002 0.004 0.009 0.005 0.128 57 T 0.918 0.006 0.001 0.002 0.005 0.003 0.065 58 I 0.926 0.004 0.001 0.003 0.008 0.001 0.058 59 I 0.807 0.008 0.001 0.004 0.026 0.005 0.150 60 P 0.289 0.047 0.001 0.009 0.210 0.015 0.429 61 D 0.061 0.021 0.001 0.004 0.075 0.004 0.834 62 I 0.002 0.001 0.400 0.530 0.007 0.052 0.008 63 D 0.001 0.001 0.587 0.304 0.005 0.098 0.005 64 K 0.002 0.002 0.629 0.272 0.007 0.082 0.007 65 L 0.019 0.022 0.207 0.218 0.041 0.440 0.053 66 G 0.012 0.001 0.013 0.008 0.086 0.820 0.059 67 Y 0.122 0.008 0.015 0.002 0.198 0.219 0.436 68 M 0.558 0.008 0.002 0.001 0.031 0.004 0.396 69 Y 0.853 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.107 70 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 71 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 74 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 75 K 0.919 0.002 0.001 0.001 0.013 0.004 0.060 76 S 0.685 0.018 0.001 0.002 0.046 0.011 0.237 77 K 0.139 0.009 0.004 0.002 0.400 0.050 0.396 78 V 0.036 0.013 0.006 0.005 0.368 0.025 0.546 79 P 0.005 0.003 0.274 0.115 0.086 0.222 0.295 80 S 0.002 0.002 0.315 0.183 0.087 0.336 0.075 81 D 0.003 0.006 0.239 0.386 0.087 0.171 0.108 82 A 0.001 0.001 0.018 0.905 0.018 0.020 0.037 83 D 0.001 0.001 0.005 0.976 0.003 0.007 0.007 84 K 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.003 85 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.019 0.001 89 I 0.001 0.001 0.014 0.907 0.004 0.070 0.004 90 S 0.001 0.001 0.017 0.623 0.004 0.351 0.004 91 D 0.001 0.001 0.027 0.352 0.033 0.562 0.025 92 I 0.002 0.001 0.008 0.042 0.441 0.021 0.485 93 E 0.005 0.002 0.085 0.231 0.145 0.306 0.226 94 Y 0.075 0.016 0.107 0.360 0.089 0.252 0.100 95 V 0.255 0.025 0.034 0.482 0.021 0.025 0.158 96 K 0.347 0.004 0.016 0.543 0.018 0.018 0.055 97 S 0.329 0.003 0.017 0.574 0.014 0.026 0.036 98 V 0.260 0.005 0.032 0.558 0.023 0.044 0.078 99 E 0.272 0.011 0.036 0.463 0.069 0.066 0.084 100 K 0.159 0.009 0.042 0.460 0.082 0.154 0.094 101 G 0.115 0.012 0.034 0.275 0.164 0.208 0.192 102 V 0.063 0.019 0.028 0.097 0.198 0.294 0.301 103 G 0.062 0.005 0.025 0.025 0.270 0.282 0.330 104 R 0.089 0.021 0.060 0.015 0.272 0.244 0.299 105 Y 0.185 0.009 0.018 0.002 0.170 0.041 0.574 106 N 0.218 0.002 0.005 0.002 0.417 0.026 0.329 107 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.018 108 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 109 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 110 R 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 111 L 0.950 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.041 112 L 0.821 0.006 0.002 0.006 0.038 0.011 0.116 113 L 0.460 0.013 0.001 0.002 0.133 0.007 0.382 114 P 0.135 0.013 0.006 0.003 0.132 0.036 0.675 115 K 0.029 0.019 0.012 0.015 0.572 0.095 0.257 116 D 0.013 0.013 0.009 0.018 0.255 0.047 0.645 117 I 0.001 0.001 0.061 0.904 0.003 0.025 0.006 118 K 0.001 0.001 0.032 0.953 0.001 0.012 0.001 119 D 0.001 0.001 0.039 0.947 0.001 0.009 0.003 120 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.003 124 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 125 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 126 E 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 127 F 0.001 0.001 0.008 0.960 0.001 0.028 0.002 128 L 0.001 0.001 0.030 0.931 0.004 0.030 0.004 129 Q 0.001 0.001 0.085 0.744 0.005 0.161 0.004 130 R 0.001 0.001 0.062 0.593 0.012 0.319 0.013 131 I 0.008 0.008 0.057 0.169 0.349 0.071 0.338 132 K 0.008 0.007 0.153 0.116 0.103 0.499 0.114 133 N 0.014 0.003 0.097 0.032 0.074 0.708 0.072 134 A 0.093 0.017 0.082 0.033 0.140 0.081 0.554 135 E 0.179 0.010 0.064 0.039 0.175 0.141 0.392 136 N 0.357 0.009 0.027 0.018 0.205 0.109 0.274 137 V 0.575 0.011 0.004 0.005 0.071 0.011 0.323 138 E 0.775 0.004 0.001 0.004 0.050 0.005 0.161 139 V 0.927 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.054 140 I 0.965 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.026 141 L 0.979 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.013 142 I 0.959 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.028 143 S 0.908 0.001 0.001 0.006 0.012 0.009 0.063 144 E 0.863 0.002 0.002 0.008 0.036 0.019 0.070 145 V 0.891 0.005 0.002 0.009 0.019 0.010 0.064 146 R 0.860 0.005 0.002 0.014 0.015 0.011 0.093 147 K 0.766 0.005 0.005 0.030 0.037 0.014 0.143 148 F 0.647 0.007 0.013 0.040 0.100 0.028 0.166 149 E 0.444 0.013 0.017 0.034 0.128 0.066 0.298 150 I 0.139 0.014 0.013 0.018 0.029 0.034 0.753 151 I 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.976