# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.187 0.390 0.063 0.065 0.036 0.032 0.010 0.054 0.014 0.001 2 D 0.462 0.043 0.264 0.126 0.016 0.038 0.028 0.006 0.008 0.005 0.004 3 C 0.372 0.125 0.169 0.189 0.049 0.027 0.029 0.014 0.018 0.008 0.001 4 M 0.435 0.104 0.195 0.173 0.023 0.025 0.021 0.006 0.014 0.003 0.001 5 R 0.533 0.124 0.220 0.041 0.031 0.015 0.012 0.005 0.015 0.005 0.001 6 K 0.406 0.099 0.300 0.088 0.009 0.054 0.015 0.004 0.020 0.001 0.003 7 L 0.322 0.149 0.332 0.089 0.009 0.066 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 8 D 0.309 0.141 0.379 0.017 0.036 0.059 0.011 0.001 0.040 0.005 0.001 9 R 0.977 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.987 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.971 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.932 0.002 0.005 0.056 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.826 0.008 0.025 0.129 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.086 0.005 0.025 0.697 0.003 0.021 0.133 0.009 0.020 0.001 0.001 22 S 0.149 0.062 0.489 0.093 0.029 0.039 0.080 0.034 0.019 0.005 0.001 23 R 0.166 0.154 0.192 0.351 0.031 0.032 0.030 0.021 0.008 0.013 0.001 24 L 0.011 0.364 0.518 0.008 0.029 0.038 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 25 T 0.005 0.053 0.881 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 Y 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 I 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.222 0.001 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.946 0.021 0.002 0.001 0.001 35 T 0.072 0.260 0.282 0.272 0.038 0.051 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 36 T 0.066 0.083 0.547 0.024 0.196 0.035 0.004 0.003 0.010 0.031 0.001 37 R 0.976 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 38 Q 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.393 0.001 0.002 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.196 0.782 0.001 0.006 0.001 52 I 0.278 0.267 0.268 0.073 0.024 0.071 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 53 I 0.038 0.235 0.466 0.005 0.003 0.212 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 54 R 0.508 0.048 0.021 0.402 0.008 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 K 0.012 0.207 0.028 0.045 0.473 0.008 0.188 0.013 0.026 0.001 0.001 56 F 0.012 0.670 0.159 0.016 0.116 0.011 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 57 T 0.011 0.811 0.057 0.012 0.082 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 58 I 0.009 0.593 0.276 0.007 0.065 0.029 0.002 0.001 0.014 0.004 0.001 59 I 0.002 0.499 0.106 0.001 0.012 0.020 0.004 0.001 0.356 0.001 0.001 60 P 0.084 0.012 0.813 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 61 D 0.010 0.120 0.381 0.008 0.060 0.295 0.003 0.001 0.120 0.002 0.001 62 I 0.979 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 D 0.927 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.672 0.011 0.011 0.286 0.003 0.004 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 65 L 0.319 0.040 0.199 0.381 0.006 0.013 0.029 0.003 0.007 0.001 0.002 66 G 0.060 0.006 0.027 0.025 0.065 0.002 0.123 0.525 0.002 0.164 0.001 67 Y 0.134 0.187 0.235 0.258 0.092 0.048 0.024 0.006 0.010 0.005 0.001 68 M 0.037 0.562 0.268 0.025 0.067 0.027 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 69 Y 0.097 0.612 0.102 0.087 0.077 0.011 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 70 A 0.002 0.842 0.066 0.001 0.082 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 I 0.002 0.892 0.071 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 V 0.001 0.905 0.049 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 L 0.002 0.696 0.230 0.001 0.016 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 I 0.011 0.721 0.179 0.007 0.021 0.032 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 75 K 0.015 0.536 0.277 0.012 0.060 0.057 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 76 S 0.087 0.367 0.368 0.046 0.053 0.049 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 77 K 0.135 0.249 0.289 0.151 0.040 0.067 0.013 0.002 0.050 0.002 0.002 78 V 0.018 0.203 0.617 0.004 0.024 0.027 0.007 0.001 0.092 0.006 0.001 79 P 0.463 0.010 0.437 0.019 0.002 0.023 0.001 0.002 0.002 0.004 0.038 80 S 0.711 0.019 0.058 0.104 0.032 0.010 0.018 0.036 0.003 0.010 0.001 81 D 0.375 0.039 0.094 0.202 0.028 0.124 0.022 0.006 0.099 0.011 0.001 82 A 0.980 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.981 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 S 0.978 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.416 0.001 0.002 0.567 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 92 I 0.314 0.039 0.507 0.022 0.001 0.086 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 93 E 0.931 0.004 0.036 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.803 0.012 0.010 0.133 0.008 0.002 0.011 0.016 0.001 0.002 0.001 95 V 0.479 0.151 0.296 0.006 0.004 0.054 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 K 0.938 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.527 0.261 0.034 0.018 0.151 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 98 V 0.703 0.206 0.017 0.045 0.009 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 99 E 0.623 0.173 0.079 0.050 0.022 0.024 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 100 K 0.436 0.149 0.101 0.226 0.036 0.024 0.011 0.003 0.014 0.001 0.001 101 G 0.317 0.096 0.150 0.132 0.080 0.023 0.070 0.058 0.019 0.053 0.001 102 V 0.192 0.202 0.176 0.286 0.061 0.017 0.035 0.002 0.025 0.003 0.001 103 G 0.051 0.011 0.058 0.017 0.163 0.003 0.033 0.273 0.002 0.389 0.001 104 R 0.374 0.117 0.136 0.254 0.036 0.036 0.017 0.006 0.014 0.007 0.002 105 Y 0.171 0.369 0.237 0.069 0.073 0.032 0.017 0.004 0.022 0.005 0.001 106 N 0.276 0.117 0.156 0.303 0.016 0.069 0.029 0.001 0.029 0.001 0.003 107 I 0.009 0.754 0.120 0.006 0.089 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 108 I 0.004 0.756 0.198 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 109 V 0.003 0.862 0.085 0.001 0.026 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 110 R 0.002 0.779 0.156 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 111 L 0.008 0.657 0.254 0.002 0.008 0.052 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 L 0.021 0.549 0.255 0.015 0.027 0.071 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 113 L 0.009 0.461 0.318 0.002 0.055 0.036 0.011 0.001 0.106 0.002 0.001 114 P 0.085 0.031 0.763 0.012 0.004 0.072 0.002 0.001 0.004 0.001 0.026 115 K 0.439 0.071 0.129 0.253 0.069 0.017 0.009 0.006 0.004 0.003 0.001 116 D 0.021 0.143 0.309 0.025 0.135 0.192 0.007 0.001 0.164 0.005 0.001 117 I 0.959 0.002 0.004 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 D 0.953 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 F 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.982 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.982 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.847 0.004 0.004 0.138 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.425 0.088 0.222 0.142 0.002 0.034 0.007 0.001 0.080 0.001 0.001 132 K 0.514 0.014 0.402 0.039 0.003 0.007 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 133 N 0.082 0.002 0.009 0.284 0.005 0.013 0.290 0.306 0.004 0.004 0.001 134 A 0.072 0.142 0.666 0.023 0.005 0.075 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 135 E 0.533 0.113 0.071 0.262 0.009 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 136 N 0.052 0.374 0.138 0.141 0.195 0.025 0.040 0.007 0.025 0.002 0.001 137 V 0.007 0.756 0.165 0.005 0.038 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 138 E 0.010 0.762 0.163 0.004 0.021 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 139 V 0.009 0.700 0.253 0.001 0.014 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 140 I 0.009 0.837 0.060 0.002 0.029 0.016 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 141 L 0.015 0.355 0.566 0.001 0.005 0.049 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 142 I 0.049 0.705 0.106 0.024 0.044 0.035 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 143 S 0.108 0.472 0.151 0.049 0.187 0.012 0.005 0.002 0.006 0.008 0.001 144 E 0.055 0.533 0.149 0.033 0.165 0.019 0.021 0.003 0.022 0.001 0.001 145 V 0.055 0.559 0.289 0.012 0.024 0.026 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 146 R 0.123 0.371 0.398 0.015 0.013 0.048 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 147 K 0.187 0.392 0.249 0.049 0.036 0.051 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 148 F 0.294 0.256 0.193 0.107 0.062 0.037 0.018 0.004 0.025 0.004 0.001 149 E 0.244 0.299 0.167 0.118 0.095 0.022 0.018 0.005 0.027 0.004 0.001 150 I 0.198 0.242 0.298 0.113 0.040 0.044 0.017 0.005 0.037 0.003 0.002 151 I 0.201 0.228 0.325 0.075 0.062 0.033 0.022 0.011 0.024 0.019 0.001