# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.227 0.114 0.020 0.213 0.010 0.019 0.074 0.058 0.101 0.056 2 D 0.064 0.169 0.101 0.030 0.123 0.039 0.081 0.177 0.101 0.077 0.038 3 C 0.072 0.184 0.091 0.018 0.145 0.010 0.025 0.174 0.127 0.109 0.045 4 M 0.109 0.081 0.028 0.009 0.139 0.014 0.034 0.198 0.191 0.145 0.052 5 R 0.029 0.281 0.090 0.019 0.159 0.018 0.039 0.233 0.085 0.035 0.012 6 K 0.181 0.223 0.069 0.002 0.210 0.003 0.016 0.124 0.033 0.064 0.074 7 L 0.060 0.128 0.036 0.024 0.107 0.021 0.029 0.264 0.138 0.156 0.037 8 D 0.009 0.484 0.259 0.009 0.043 0.002 0.003 0.148 0.026 0.015 0.002 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.835 0.160 0.002 0.001 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.002 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.068 0.010 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.046 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.932 0.055 0.004 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.815 0.140 0.024 0.001 19 S 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.040 0.746 0.165 0.030 0.002 20 E 0.001 0.047 0.015 0.007 0.009 0.046 0.333 0.433 0.078 0.028 0.003 21 N 0.152 0.084 0.023 0.003 0.173 0.002 0.008 0.020 0.027 0.270 0.238 22 S 0.089 0.146 0.060 0.004 0.176 0.003 0.013 0.197 0.139 0.105 0.068 23 R 0.073 0.155 0.041 0.004 0.109 0.011 0.042 0.245 0.104 0.165 0.050 24 L 0.031 0.435 0.172 0.023 0.195 0.008 0.017 0.063 0.015 0.023 0.019 25 T 0.003 0.630 0.273 0.001 0.018 0.001 0.001 0.065 0.004 0.004 0.001 26 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.090 0.002 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.003 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.885 0.090 0.004 0.001 32 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.854 0.088 0.011 0.001 33 L 0.009 0.580 0.108 0.011 0.105 0.007 0.025 0.098 0.030 0.023 0.003 34 N 0.074 0.005 0.004 0.006 0.012 0.013 0.019 0.037 0.026 0.525 0.280 35 T 0.058 0.313 0.161 0.017 0.174 0.012 0.020 0.047 0.026 0.128 0.043 36 T 0.013 0.582 0.258 0.007 0.082 0.001 0.001 0.028 0.007 0.017 0.004 37 R 0.001 0.010 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.771 0.192 0.013 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.025 0.003 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.005 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 43 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.004 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 46 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.002 0.001 48 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.894 0.100 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.087 0.861 0.041 0.005 0.001 50 L 0.001 0.747 0.211 0.008 0.017 0.001 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 51 G 0.060 0.003 0.004 0.010 0.006 0.004 0.002 0.015 0.018 0.493 0.385 52 I 0.066 0.437 0.022 0.004 0.272 0.009 0.019 0.085 0.047 0.030 0.009 53 I 0.492 0.021 0.006 0.005 0.288 0.003 0.002 0.004 0.004 0.011 0.164 54 R 0.009 0.018 0.014 0.115 0.032 0.403 0.359 0.037 0.009 0.002 0.001 55 K 0.309 0.080 0.017 0.004 0.419 0.004 0.007 0.017 0.011 0.033 0.100 56 F 0.262 0.135 0.019 0.004 0.463 0.003 0.002 0.007 0.005 0.022 0.079 57 T 0.167 0.133 0.021 0.002 0.559 0.001 0.003 0.010 0.009 0.038 0.057 58 I 0.148 0.291 0.031 0.003 0.461 0.003 0.005 0.009 0.006 0.009 0.035 59 I 0.234 0.099 0.014 0.001 0.556 0.001 0.003 0.010 0.005 0.018 0.060 60 P 0.051 0.240 0.172 0.021 0.201 0.038 0.102 0.087 0.037 0.032 0.018 61 D 0.256 0.132 0.040 0.001 0.542 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 62 I 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.277 0.668 0.029 0.006 63 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.081 0.518 0.365 0.021 0.002 64 K 0.006 0.004 0.001 0.003 0.004 0.005 0.072 0.448 0.272 0.180 0.004 65 L 0.070 0.360 0.129 0.039 0.157 0.017 0.029 0.035 0.032 0.081 0.050 66 G 0.014 0.017 0.065 0.257 0.008 0.129 0.029 0.039 0.057 0.278 0.106 67 Y 0.156 0.279 0.080 0.007 0.367 0.005 0.009 0.021 0.020 0.031 0.025 68 M 0.336 0.094 0.011 0.003 0.486 0.004 0.004 0.006 0.004 0.008 0.044 69 Y 0.319 0.044 0.006 0.017 0.472 0.037 0.049 0.009 0.004 0.006 0.037 70 A 0.183 0.072 0.005 0.003 0.728 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 71 I 0.284 0.025 0.001 0.001 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 72 V 0.261 0.037 0.002 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 73 L 0.324 0.055 0.004 0.001 0.532 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.069 74 I 0.239 0.160 0.018 0.004 0.507 0.007 0.006 0.003 0.002 0.008 0.046 75 K 0.300 0.075 0.013 0.002 0.453 0.002 0.003 0.003 0.004 0.034 0.111 76 S 0.130 0.243 0.073 0.014 0.332 0.012 0.021 0.027 0.048 0.054 0.046 77 K 0.044 0.175 0.147 0.057 0.131 0.051 0.148 0.084 0.087 0.057 0.019 78 V 0.036 0.446 0.294 0.010 0.135 0.002 0.007 0.028 0.015 0.012 0.015 79 P 0.014 0.119 0.031 0.006 0.050 0.008 0.015 0.426 0.290 0.027 0.014 80 S 0.004 0.024 0.013 0.005 0.011 0.034 0.073 0.536 0.246 0.046 0.007 81 D 0.028 0.049 0.015 0.002 0.024 0.001 0.006 0.414 0.086 0.352 0.024 82 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.829 0.134 0.027 0.002 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.952 0.041 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.053 0.008 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.108 0.003 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.938 0.053 0.001 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.778 0.144 0.051 0.001 89 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.447 0.458 0.060 0.003 90 S 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.009 0.089 0.524 0.358 0.008 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.120 0.824 0.005 92 I 0.191 0.219 0.040 0.002 0.272 0.001 0.007 0.041 0.059 0.037 0.133 93 E 0.002 0.012 0.006 0.004 0.009 0.043 0.113 0.498 0.300 0.010 0.003 94 Y 0.013 0.024 0.006 0.002 0.022 0.001 0.011 0.270 0.267 0.372 0.011 95 V 0.337 0.010 0.002 0.001 0.107 0.003 0.006 0.177 0.106 0.099 0.153 96 K 0.008 0.017 0.004 0.023 0.035 0.102 0.160 0.530 0.097 0.016 0.008 97 S 0.206 0.100 0.020 0.005 0.399 0.002 0.014 0.149 0.033 0.043 0.029 98 V 0.154 0.059 0.012 0.014 0.239 0.026 0.042 0.320 0.061 0.037 0.035 99 E 0.093 0.091 0.024 0.021 0.215 0.019 0.043 0.271 0.084 0.085 0.053 100 K 0.104 0.089 0.031 0.014 0.106 0.028 0.139 0.233 0.086 0.100 0.069 101 G 0.085 0.100 0.053 0.057 0.134 0.063 0.122 0.111 0.074 0.145 0.056 102 V 0.107 0.165 0.060 0.072 0.132 0.059 0.069 0.065 0.061 0.132 0.079 103 G 0.025 0.080 0.188 0.283 0.043 0.060 0.028 0.058 0.077 0.132 0.027 104 R 0.134 0.099 0.041 0.015 0.185 0.024 0.073 0.165 0.118 0.095 0.051 105 Y 0.131 0.174 0.062 0.016 0.277 0.011 0.016 0.079 0.104 0.074 0.056 106 N 0.130 0.018 0.004 0.014 0.115 0.070 0.274 0.221 0.060 0.044 0.049 107 I 0.195 0.159 0.011 0.002 0.594 0.002 0.003 0.006 0.004 0.012 0.012 108 I 0.329 0.021 0.001 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 109 V 0.222 0.035 0.002 0.002 0.719 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 110 R 0.199 0.064 0.002 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 111 L 0.299 0.091 0.007 0.003 0.513 0.005 0.006 0.005 0.001 0.010 0.061 112 L 0.284 0.089 0.025 0.005 0.393 0.004 0.011 0.009 0.009 0.046 0.126 113 L 0.043 0.450 0.227 0.028 0.164 0.008 0.012 0.025 0.013 0.015 0.015 114 P 0.060 0.395 0.120 0.011 0.214 0.009 0.014 0.052 0.050 0.048 0.026 115 K 0.013 0.054 0.035 0.016 0.035 0.095 0.243 0.208 0.222 0.066 0.011 116 D 0.222 0.215 0.086 0.001 0.328 0.001 0.002 0.019 0.008 0.030 0.088 117 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.500 0.441 0.036 0.004 118 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.878 0.103 0.003 0.001 119 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.855 0.075 0.062 0.002 120 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.076 0.014 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.038 0.001 0.001 122 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.020 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.026 0.004 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.070 0.007 0.001 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.060 0.001 0.001 126 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.921 0.046 0.004 0.001 127 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.858 0.097 0.033 0.001 128 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.645 0.306 0.026 0.002 129 Q 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.003 0.037 0.702 0.225 0.014 0.001 130 R 0.010 0.007 0.003 0.002 0.011 0.009 0.100 0.293 0.201 0.343 0.020 131 I 0.157 0.221 0.098 0.004 0.361 0.001 0.004 0.019 0.027 0.044 0.063 132 K 0.002 0.008 0.007 0.015 0.004 0.170 0.380 0.292 0.112 0.009 0.002 133 N 0.057 0.022 0.011 0.005 0.044 0.002 0.008 0.034 0.083 0.604 0.131 134 A 0.296 0.063 0.013 0.005 0.268 0.006 0.005 0.021 0.064 0.101 0.159 135 E 0.012 0.059 0.027 0.042 0.072 0.128 0.243 0.253 0.125 0.032 0.008 136 N 0.447 0.041 0.009 0.003 0.299 0.002 0.009 0.019 0.017 0.051 0.102 137 V 0.291 0.087 0.008 0.004 0.455 0.006 0.006 0.017 0.015 0.050 0.061 138 E 0.227 0.075 0.006 0.007 0.535 0.012 0.023 0.038 0.014 0.023 0.040 139 V 0.373 0.052 0.003 0.002 0.531 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.024 140 I 0.157 0.103 0.007 0.004 0.694 0.006 0.006 0.007 0.001 0.003 0.011 141 L 0.380 0.062 0.006 0.001 0.504 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.034 142 I 0.390 0.058 0.008 0.006 0.338 0.007 0.013 0.023 0.006 0.027 0.123 143 S 0.210 0.202 0.026 0.015 0.366 0.020 0.020 0.041 0.018 0.030 0.051 144 E 0.189 0.176 0.041 0.008 0.376 0.008 0.018 0.068 0.034 0.043 0.039 145 V 0.217 0.182 0.038 0.010 0.350 0.014 0.025 0.080 0.028 0.024 0.031 146 R 0.159 0.227 0.077 0.024 0.300 0.019 0.027 0.086 0.024 0.023 0.033 147 K 0.178 0.129 0.034 0.020 0.238 0.029 0.059 0.155 0.049 0.047 0.061 148 F 0.094 0.208 0.070 0.036 0.220 0.036 0.048 0.136 0.061 0.052 0.040 149 E 0.153 0.158 0.079 0.021 0.250 0.017 0.035 0.115 0.052 0.064 0.055 150 I 0.130 0.192 0.070 0.017 0.218 0.014 0.032 0.166 0.064 0.058 0.039 151 I 0.089 0.210 0.068 0.026 0.180 0.029 0.055 0.174 0.076 0.057 0.036