# TARGET T0337 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0337.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.724 0.178 0.059 0.027 0.009 0.002 0.001 2 D 0.807 0.140 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 3 C 0.582 0.259 0.107 0.043 0.008 0.001 0.001 4 M 0.254 0.251 0.229 0.186 0.068 0.011 0.001 5 R 0.415 0.285 0.183 0.089 0.025 0.003 0.001 6 K 0.326 0.398 0.202 0.060 0.012 0.002 0.001 7 L 0.040 0.060 0.131 0.318 0.337 0.109 0.004 8 D 0.078 0.210 0.279 0.256 0.138 0.037 0.002 9 R 0.292 0.413 0.196 0.070 0.023 0.006 0.001 10 V 0.027 0.079 0.189 0.341 0.259 0.097 0.007 11 D 0.012 0.026 0.046 0.134 0.338 0.401 0.044 12 M 0.032 0.144 0.292 0.321 0.162 0.046 0.002 13 Q 0.049 0.232 0.363 0.250 0.088 0.017 0.001 14 L 0.004 0.008 0.023 0.082 0.282 0.533 0.069 15 V 0.004 0.012 0.029 0.130 0.349 0.428 0.048 16 K 0.040 0.278 0.347 0.236 0.078 0.020 0.002 17 I 0.014 0.052 0.206 0.431 0.246 0.049 0.002 18 L 0.008 0.009 0.012 0.041 0.214 0.618 0.098 19 S 0.020 0.069 0.193 0.374 0.280 0.062 0.002 20 E 0.227 0.432 0.222 0.087 0.027 0.006 0.001 21 N 0.142 0.215 0.259 0.245 0.107 0.029 0.003 22 S 0.089 0.090 0.106 0.232 0.275 0.188 0.021 23 R 0.231 0.332 0.220 0.127 0.063 0.023 0.004 24 L 0.256 0.231 0.174 0.155 0.117 0.053 0.014 25 T 0.093 0.205 0.217 0.214 0.151 0.094 0.027 26 Y 0.071 0.089 0.129 0.271 0.286 0.132 0.022 27 R 0.185 0.376 0.263 0.124 0.039 0.011 0.002 28 E 0.124 0.305 0.298 0.192 0.065 0.014 0.002 29 L 0.021 0.020 0.043 0.163 0.378 0.333 0.043 30 A 0.045 0.096 0.205 0.362 0.237 0.053 0.003 31 D 0.300 0.489 0.158 0.042 0.009 0.002 0.001 32 I 0.156 0.230 0.269 0.232 0.089 0.022 0.002 33 L 0.108 0.099 0.141 0.209 0.246 0.173 0.024 34 N 0.491 0.289 0.123 0.063 0.025 0.008 0.001 35 T 0.422 0.243 0.146 0.107 0.057 0.022 0.003 36 T 0.279 0.243 0.199 0.168 0.082 0.026 0.003 37 R 0.334 0.307 0.196 0.109 0.042 0.011 0.001 38 Q 0.625 0.239 0.081 0.034 0.016 0.005 0.001 39 R 0.279 0.291 0.233 0.135 0.048 0.013 0.002 40 I 0.062 0.059 0.095 0.238 0.322 0.202 0.022 41 A 0.108 0.222 0.285 0.257 0.100 0.026 0.002 42 R 0.159 0.483 0.233 0.091 0.026 0.007 0.001 43 R 0.014 0.037 0.139 0.345 0.359 0.103 0.004 44 I 0.013 0.019 0.055 0.196 0.438 0.264 0.014 45 D 0.199 0.514 0.220 0.058 0.008 0.001 0.001 46 K 0.080 0.420 0.347 0.135 0.017 0.001 0.001 47 L 0.017 0.032 0.101 0.355 0.410 0.085 0.001 48 K 0.245 0.370 0.242 0.117 0.025 0.002 0.001 49 K 0.727 0.224 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 50 L 0.231 0.335 0.294 0.117 0.021 0.002 0.001 51 G 0.168 0.360 0.280 0.147 0.038 0.006 0.001 52 I 0.057 0.101 0.168 0.292 0.283 0.095 0.004 53 I 0.015 0.032 0.075 0.191 0.378 0.280 0.028 54 R 0.091 0.246 0.260 0.233 0.115 0.048 0.007 55 K 0.127 0.273 0.256 0.199 0.100 0.039 0.005 56 F 0.040 0.073 0.131 0.231 0.286 0.205 0.033 57 T 0.052 0.138 0.220 0.272 0.198 0.101 0.019 58 I 0.015 0.021 0.038 0.115 0.277 0.434 0.099 59 I 0.032 0.100 0.178 0.267 0.245 0.148 0.030 60 P 0.043 0.073 0.111 0.204 0.270 0.246 0.053 61 D 0.143 0.260 0.232 0.191 0.106 0.055 0.013 62 I 0.101 0.162 0.226 0.256 0.176 0.069 0.009 63 D 0.380 0.345 0.163 0.072 0.028 0.010 0.002 64 K 0.226 0.288 0.218 0.159 0.080 0.026 0.003 65 L 0.083 0.103 0.152 0.246 0.261 0.136 0.019 66 G 0.110 0.255 0.248 0.204 0.116 0.055 0.012 67 Y 0.038 0.124 0.202 0.246 0.200 0.141 0.049 68 M 0.004 0.012 0.028 0.090 0.238 0.441 0.187 69 Y 0.003 0.020 0.066 0.169 0.318 0.283 0.141 70 A 0.001 0.002 0.008 0.027 0.089 0.423 0.451 71 I 0.001 0.003 0.008 0.031 0.117 0.393 0.448 72 V 0.001 0.002 0.005 0.018 0.079 0.387 0.509 73 L 0.001 0.006 0.047 0.211 0.363 0.294 0.078 74 I 0.001 0.002 0.007 0.044 0.250 0.576 0.122 75 K 0.005 0.090 0.259 0.374 0.207 0.060 0.004 76 S 0.012 0.075 0.173 0.297 0.319 0.120 0.005 77 K 0.129 0.376 0.330 0.132 0.028 0.005 0.001 78 V 0.293 0.350 0.219 0.108 0.026 0.003 0.001 79 P 0.555 0.294 0.110 0.033 0.008 0.001 0.001 80 S 0.646 0.267 0.064 0.017 0.005 0.001 0.001 81 D 0.092 0.354 0.336 0.167 0.045 0.006 0.001 82 A 0.013 0.042 0.121 0.390 0.356 0.076 0.002 83 D 0.135 0.453 0.315 0.084 0.012 0.001 0.001 84 K 0.055 0.339 0.423 0.159 0.023 0.001 0.001 85 V 0.002 0.003 0.012 0.111 0.467 0.394 0.011 86 I 0.002 0.030 0.167 0.434 0.312 0.054 0.001 87 S 0.106 0.620 0.225 0.043 0.006 0.001 0.001 88 E 0.003 0.060 0.292 0.461 0.162 0.022 0.001 89 I 0.001 0.003 0.016 0.116 0.478 0.371 0.014 90 S 0.038 0.275 0.401 0.222 0.057 0.007 0.001 91 D 0.224 0.538 0.179 0.048 0.009 0.002 0.001 92 I 0.004 0.028 0.158 0.422 0.329 0.058 0.001 93 E 0.179 0.410 0.253 0.114 0.034 0.008 0.001 94 Y 0.065 0.269 0.295 0.232 0.106 0.031 0.003 95 V 0.006 0.019 0.057 0.228 0.410 0.259 0.022 96 K 0.047 0.222 0.281 0.251 0.129 0.056 0.014 97 S 0.054 0.188 0.241 0.241 0.155 0.099 0.021 98 V 0.019 0.032 0.054 0.144 0.279 0.367 0.104 99 E 0.075 0.161 0.222 0.269 0.184 0.075 0.014 100 K 0.246 0.303 0.183 0.120 0.077 0.055 0.015 101 G 0.090 0.141 0.193 0.248 0.199 0.111 0.016 102 V 0.079 0.142 0.196 0.224 0.201 0.123 0.036 103 G 0.137 0.168 0.175 0.205 0.173 0.113 0.029 104 R 0.155 0.294 0.262 0.160 0.082 0.036 0.012 105 Y 0.014 0.035 0.075 0.186 0.326 0.280 0.084 106 N 0.024 0.089 0.171 0.271 0.257 0.141 0.047 107 I 0.005 0.010 0.021 0.062 0.174 0.464 0.264 108 I 0.006 0.024 0.055 0.113 0.192 0.326 0.285 109 V 0.001 0.003 0.009 0.032 0.105 0.384 0.466 110 R 0.002 0.013 0.052 0.168 0.280 0.302 0.181 111 L 0.003 0.010 0.018 0.051 0.165 0.510 0.243 112 L 0.009 0.059 0.125 0.258 0.286 0.226 0.036 113 L 0.014 0.067 0.155 0.274 0.303 0.170 0.017 114 P 0.099 0.185 0.251 0.259 0.158 0.045 0.003 115 K 0.430 0.389 0.128 0.039 0.010 0.003 0.001 116 D 0.337 0.291 0.182 0.128 0.049 0.011 0.001 117 I 0.091 0.216 0.307 0.252 0.110 0.023 0.001 118 K 0.641 0.272 0.063 0.017 0.005 0.001 0.001 119 D 0.226 0.338 0.266 0.129 0.034 0.007 0.001 120 A 0.034 0.039 0.077 0.233 0.404 0.204 0.010 121 E 0.049 0.215 0.312 0.310 0.096 0.017 0.001 122 N 0.150 0.470 0.270 0.089 0.018 0.003 0.001 123 L 0.017 0.034 0.125 0.299 0.389 0.131 0.005 124 I 0.013 0.013 0.023 0.071 0.281 0.535 0.063 125 S 0.030 0.138 0.317 0.345 0.138 0.031 0.002 126 E 0.065 0.356 0.330 0.183 0.055 0.009 0.001 127 F 0.003 0.023 0.097 0.333 0.391 0.147 0.007 128 L 0.004 0.010 0.032 0.170 0.471 0.293 0.019 129 Q 0.143 0.454 0.286 0.095 0.020 0.002 0.001 130 R 0.222 0.425 0.228 0.101 0.021 0.003 0.001 131 I 0.030 0.086 0.201 0.352 0.252 0.076 0.003 132 K 0.373 0.356 0.175 0.073 0.020 0.004 0.001 133 N 0.383 0.333 0.171 0.082 0.025 0.005 0.001 134 A 0.070 0.086 0.141 0.276 0.289 0.129 0.009 135 E 0.192 0.354 0.257 0.134 0.045 0.015 0.002 136 N 0.163 0.286 0.241 0.179 0.090 0.035 0.006 137 V 0.039 0.063 0.124 0.245 0.311 0.191 0.027 138 E 0.069 0.145 0.199 0.227 0.194 0.132 0.034 139 V 0.026 0.040 0.067 0.133 0.228 0.354 0.152 140 I 0.026 0.058 0.111 0.199 0.253 0.266 0.087 141 L 0.036 0.045 0.065 0.121 0.211 0.357 0.165 142 I 0.063 0.081 0.094 0.159 0.225 0.277 0.102 143 S 0.064 0.064 0.108 0.215 0.288 0.222 0.039 144 E 0.225 0.293 0.225 0.152 0.073 0.026 0.006 145 V 0.266 0.299 0.207 0.141 0.064 0.021 0.002 146 R 0.203 0.215 0.216 0.209 0.120 0.035 0.002 147 K 0.400 0.253 0.161 0.112 0.055 0.018 0.001 148 F 0.647 0.189 0.089 0.050 0.020 0.004 0.001 149 E 0.671 0.217 0.076 0.027 0.008 0.002 0.001 150 I 0.641 0.185 0.098 0.053 0.018 0.005 0.001 151 I 0.699 0.159 0.077 0.042 0.017 0.005 0.001