# TARGET T0336 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.991 2 S 0.004 0.020 0.014 0.130 0.014 0.053 0.764 3 M 0.002 0.003 0.005 0.173 0.216 0.022 0.580 4 E 0.001 0.001 0.019 0.755 0.026 0.089 0.109 5 E 0.001 0.002 0.021 0.853 0.019 0.065 0.038 6 E 0.001 0.001 0.013 0.927 0.011 0.023 0.024 7 E 0.002 0.001 0.003 0.971 0.007 0.007 0.011 8 F 0.002 0.001 0.001 0.983 0.003 0.005 0.005 9 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.005 0.004 10 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 11 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 13 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.002 0.019 0.003 14 L 0.001 0.001 0.001 0.966 0.007 0.019 0.007 15 A 0.001 0.001 0.004 0.938 0.011 0.037 0.008 16 N 0.001 0.001 0.009 0.887 0.012 0.072 0.020 17 G 0.001 0.005 0.015 0.861 0.020 0.052 0.047 18 E 0.002 0.002 0.019 0.802 0.026 0.109 0.039 19 H 0.002 0.002 0.019 0.595 0.031 0.300 0.051 20 L 0.004 0.006 0.013 0.608 0.078 0.145 0.147 21 E 0.011 0.006 0.014 0.656 0.064 0.061 0.189 22 K 0.018 0.003 0.029 0.692 0.066 0.070 0.123 23 I 0.026 0.005 0.057 0.718 0.048 0.061 0.085 24 L 0.041 0.005 0.062 0.729 0.031 0.064 0.069 25 I 0.047 0.005 0.066 0.667 0.030 0.127 0.058 26 M 0.071 0.007 0.062 0.534 0.056 0.166 0.105 27 A 0.091 0.012 0.061 0.409 0.114 0.103 0.211 28 K 0.129 0.026 0.062 0.273 0.147 0.090 0.273 29 Y 0.047 0.013 0.102 0.199 0.144 0.098 0.397 30 D 0.018 0.004 0.110 0.138 0.106 0.109 0.514 31 E 0.003 0.001 0.288 0.340 0.053 0.255 0.060 32 S 0.004 0.005 0.260 0.324 0.050 0.298 0.058 33 V 0.007 0.012 0.167 0.511 0.082 0.095 0.127 34 L 0.006 0.004 0.028 0.785 0.032 0.018 0.127 35 K 0.003 0.001 0.015 0.940 0.007 0.017 0.019 36 K 0.001 0.001 0.011 0.961 0.003 0.019 0.005 37 L 0.001 0.001 0.006 0.972 0.005 0.013 0.003 38 I 0.001 0.001 0.013 0.967 0.002 0.013 0.004 39 E 0.001 0.001 0.019 0.927 0.003 0.048 0.003 40 L 0.001 0.001 0.041 0.835 0.004 0.115 0.004 41 L 0.001 0.007 0.054 0.620 0.049 0.241 0.028 42 D 0.002 0.003 0.062 0.432 0.080 0.333 0.089 43 D 0.002 0.005 0.046 0.259 0.204 0.215 0.269 44 D 0.001 0.004 0.033 0.280 0.259 0.193 0.230 45 L 0.002 0.003 0.020 0.295 0.154 0.127 0.400 46 W 0.001 0.001 0.027 0.829 0.045 0.061 0.037 47 T 0.001 0.001 0.020 0.906 0.014 0.035 0.022 48 V 0.001 0.001 0.013 0.942 0.010 0.017 0.017 49 V 0.001 0.001 0.002 0.980 0.005 0.005 0.007 50 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 51 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 57 M 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.001 58 V 0.001 0.001 0.005 0.964 0.002 0.027 0.001 59 I 0.001 0.001 0.010 0.925 0.006 0.053 0.005 60 A 0.001 0.003 0.011 0.823 0.019 0.129 0.014 61 K 0.002 0.002 0.018 0.492 0.056 0.360 0.068 62 T 0.003 0.007 0.011 0.198 0.344 0.164 0.273 63 R 0.003 0.007 0.012 0.108 0.192 0.047 0.630 64 E 0.001 0.001 0.129 0.675 0.049 0.115 0.030 65 D 0.001 0.001 0.154 0.676 0.031 0.118 0.021 66 L 0.001 0.002 0.179 0.666 0.023 0.098 0.031 67 Y 0.002 0.003 0.075 0.773 0.021 0.080 0.046 68 E 0.003 0.001 0.056 0.805 0.025 0.072 0.038 69 P 0.007 0.001 0.067 0.797 0.023 0.069 0.036 70 M 0.006 0.005 0.078 0.770 0.018 0.077 0.045 71 L 0.010 0.005 0.048 0.774 0.026 0.079 0.058 72 K 0.008 0.002 0.031 0.827 0.025 0.052 0.055 73 K 0.005 0.001 0.016 0.898 0.014 0.037 0.029 74 L 0.002 0.001 0.013 0.923 0.011 0.026 0.025 75 F 0.003 0.001 0.012 0.932 0.014 0.019 0.019 76 S 0.003 0.001 0.023 0.908 0.013 0.039 0.013 77 L 0.003 0.001 0.030 0.863 0.012 0.079 0.013 78 L 0.003 0.003 0.039 0.769 0.029 0.132 0.026 79 K 0.005 0.005 0.037 0.534 0.083 0.259 0.077 80 K 0.005 0.004 0.046 0.336 0.122 0.303 0.183 81 S 0.004 0.007 0.040 0.210 0.196 0.170 0.375 82 E 0.002 0.004 0.042 0.257 0.172 0.220 0.302 83 A 0.002 0.003 0.033 0.391 0.133 0.114 0.325 84 I 0.001 0.002 0.025 0.795 0.049 0.056 0.072 85 P 0.002 0.001 0.010 0.905 0.015 0.035 0.032 86 L 0.001 0.001 0.006 0.948 0.008 0.014 0.022 87 T 0.001 0.001 0.001 0.984 0.005 0.003 0.006 88 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 89 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 90 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.014 0.001 94 F 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.014 0.005 95 G 0.001 0.001 0.007 0.962 0.004 0.023 0.003 96 Q 0.001 0.001 0.014 0.927 0.005 0.049 0.005 97 M 0.001 0.001 0.023 0.896 0.010 0.058 0.012 98 A 0.001 0.003 0.024 0.815 0.020 0.117 0.019 99 K 0.003 0.002 0.036 0.560 0.042 0.314 0.044 100 E 0.003 0.006 0.034 0.391 0.149 0.269 0.146 101 K 0.003 0.010 0.020 0.205 0.166 0.070 0.525 102 P 0.001 0.002 0.088 0.501 0.108 0.122 0.178 103 E 0.001 0.002 0.190 0.532 0.043 0.187 0.044 104 L 0.001 0.002 0.282 0.496 0.035 0.131 0.052 105 V 0.002 0.002 0.206 0.648 0.018 0.070 0.055 106 K 0.002 0.001 0.121 0.749 0.020 0.084 0.023 107 S 0.004 0.002 0.110 0.753 0.013 0.096 0.022 108 M 0.002 0.004 0.051 0.850 0.019 0.048 0.026 109 I 0.002 0.001 0.009 0.943 0.007 0.014 0.024 110 P 0.001 0.001 0.008 0.976 0.002 0.010 0.004 111 V 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.013 0.001 112 L 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.011 0.002 113 F 0.001 0.001 0.013 0.970 0.002 0.012 0.002 114 A 0.001 0.001 0.027 0.925 0.003 0.042 0.003 115 N 0.001 0.001 0.063 0.815 0.003 0.115 0.003 116 Y 0.003 0.010 0.051 0.588 0.077 0.239 0.032 117 R 0.006 0.008 0.038 0.313 0.101 0.395 0.139 118 I 0.005 0.007 0.019 0.123 0.277 0.150 0.418 119 G 0.003 0.005 0.019 0.160 0.292 0.158 0.362 120 D 0.002 0.003 0.015 0.283 0.219 0.081 0.396 121 E 0.001 0.001 0.016 0.917 0.023 0.031 0.013 122 K 0.001 0.001 0.010 0.956 0.005 0.020 0.008 123 T 0.001 0.001 0.007 0.974 0.003 0.010 0.006 124 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 0.003 125 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 126 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 127 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 128 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 132 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.009 0.002 133 E 0.001 0.001 0.006 0.959 0.003 0.029 0.003 134 I 0.001 0.001 0.012 0.920 0.009 0.047 0.010 135 A 0.001 0.003 0.016 0.821 0.018 0.125 0.016 136 K 0.001 0.002 0.017 0.519 0.043 0.376 0.041 137 A 0.002 0.004 0.016 0.275 0.205 0.223 0.274 138 N 0.002 0.006 0.012 0.148 0.145 0.056 0.632 139 P 0.001 0.001 0.072 0.671 0.069 0.110 0.075 140 M 0.001 0.002 0.104 0.717 0.038 0.108 0.031 141 L 0.001 0.002 0.095 0.767 0.026 0.076 0.034 142 M 0.001 0.001 0.027 0.919 0.009 0.024 0.020 143 A 0.002 0.001 0.016 0.940 0.006 0.024 0.012 144 S 0.002 0.001 0.019 0.936 0.004 0.029 0.009 145 I 0.001 0.001 0.012 0.950 0.006 0.021 0.008 146 V 0.001 0.001 0.006 0.969 0.004 0.014 0.006 147 R 0.001 0.001 0.007 0.962 0.003 0.021 0.005 148 D 0.001 0.001 0.008 0.951 0.003 0.030 0.006 149 F 0.001 0.001 0.009 0.945 0.009 0.024 0.010 150 M 0.002 0.001 0.032 0.900 0.010 0.043 0.012 151 S 0.002 0.001 0.043 0.823 0.015 0.103 0.014 152 M 0.002 0.002 0.077 0.715 0.017 0.165 0.023 153 L 0.005 0.010 0.089 0.454 0.086 0.281 0.075 154 S 0.007 0.006 0.087 0.286 0.112 0.347 0.155 155 S 0.006 0.010 0.057 0.188 0.254 0.169 0.317 156 K 0.004 0.006 0.039 0.254 0.230 0.132 0.334 157 N 0.003 0.004 0.024 0.311 0.149 0.102 0.408 158 R 0.001 0.002 0.036 0.758 0.052 0.095 0.055 159 E 0.002 0.002 0.030 0.826 0.024 0.077 0.038 160 D 0.002 0.002 0.018 0.890 0.019 0.031 0.037 161 K 0.003 0.001 0.004 0.943 0.014 0.014 0.021 162 L 0.003 0.001 0.002 0.967 0.005 0.011 0.011 163 T 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.012 0.008 164 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.007 0.006 165 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 166 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 167 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 168 I 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.011 0.004 169 E 0.001 0.001 0.003 0.956 0.005 0.030 0.005 170 A 0.001 0.001 0.008 0.899 0.006 0.076 0.010 171 M 0.001 0.002 0.014 0.825 0.028 0.095 0.034 172 G 0.003 0.003 0.029 0.728 0.039 0.147 0.051 173 E 0.003 0.003 0.043 0.611 0.066 0.203 0.072 174 N 0.003 0.006 0.041 0.507 0.101 0.239 0.104 175 S 0.003 0.007 0.045 0.411 0.109 0.121 0.305 176 F 0.001 0.002 0.108 0.629 0.059 0.132 0.069 177 K 0.002 0.002 0.189 0.574 0.042 0.155 0.037 178 Y 0.002 0.004 0.255 0.498 0.039 0.146 0.057 179 V 0.002 0.004 0.199 0.587 0.022 0.108 0.077 180 N 0.002 0.001 0.188 0.628 0.024 0.112 0.047 181 P 0.002 0.002 0.160 0.624 0.016 0.168 0.028 182 F 0.002 0.005 0.087 0.762 0.024 0.073 0.047 183 L 0.001 0.004 0.013 0.883 0.014 0.019 0.066 184 P 0.001 0.001 0.011 0.966 0.002 0.015 0.006 185 R 0.001 0.001 0.008 0.971 0.002 0.017 0.002 186 I 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.010 0.002 187 I 0.001 0.001 0.010 0.977 0.002 0.008 0.002 188 N 0.001 0.001 0.021 0.941 0.003 0.032 0.003 189 L 0.001 0.001 0.056 0.849 0.002 0.090 0.002 190 L 0.001 0.005 0.055 0.610 0.047 0.266 0.017 191 H 0.002 0.003 0.040 0.355 0.070 0.454 0.077 192 D 0.002 0.006 0.023 0.104 0.247 0.190 0.429 193 G 0.002 0.006 0.023 0.139 0.348 0.142 0.340 194 D 0.002 0.003 0.009 0.173 0.184 0.052 0.577 195 E 0.001 0.001 0.018 0.927 0.018 0.026 0.011 196 I 0.001 0.001 0.010 0.963 0.004 0.016 0.006 197 V 0.001 0.001 0.008 0.975 0.003 0.009 0.005 198 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 199 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 200 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 202 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 203 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 204 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 205 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 206 V 0.001 0.001 0.011 0.962 0.002 0.023 0.002 207 H 0.001 0.001 0.022 0.886 0.003 0.086 0.003 208 L 0.001 0.002 0.029 0.833 0.016 0.108 0.011 209 A 0.005 0.011 0.027 0.632 0.078 0.193 0.054 210 T 0.013 0.008 0.029 0.224 0.163 0.358 0.205 211 L 0.010 0.009 0.008 0.094 0.429 0.154 0.297 212 N 0.011 0.006 0.003 0.078 0.221 0.039 0.643 213 D 0.001 0.001 0.044 0.844 0.035 0.061 0.016 214 K 0.001 0.001 0.037 0.921 0.009 0.026 0.005 215 L 0.001 0.001 0.031 0.943 0.003 0.016 0.005 216 R 0.002 0.001 0.004 0.983 0.002 0.005 0.004 217 K 0.004 0.001 0.003 0.981 0.001 0.007 0.003 218 V 0.004 0.001 0.006 0.973 0.002 0.010 0.004 219 V 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.006 0.002 220 I 0.001 0.001 0.003 0.989 0.002 0.004 0.002 221 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 222 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.009 0.002 223 L 0.001 0.001 0.007 0.977 0.002 0.011 0.002 224 E 0.001 0.001 0.027 0.942 0.002 0.026 0.003 225 E 0.001 0.001 0.030 0.879 0.005 0.082 0.003 226 L 0.001 0.001 0.038 0.582 0.036 0.326 0.017 227 N 0.001 0.009 0.016 0.116 0.179 0.525 0.154 228 D 0.001 0.007 0.014 0.014 0.158 0.104 0.702 229 T 0.003 0.006 0.060 0.046 0.265 0.316 0.305 230 S 0.004 0.004 0.076 0.055 0.270 0.253 0.338 231 S 0.006 0.009 0.044 0.118 0.341 0.078 0.404 232 L 0.008 0.008 0.042 0.606 0.080 0.085 0.172 233 V 0.007 0.005 0.027 0.784 0.030 0.046 0.101 234 N 0.009 0.003 0.009 0.888 0.016 0.027 0.047 235 K 0.015 0.002 0.004 0.915 0.012 0.009 0.043 236 T 0.017 0.002 0.004 0.937 0.007 0.007 0.025 237 V 0.011 0.002 0.005 0.955 0.005 0.010 0.013 238 K 0.005 0.001 0.004 0.967 0.004 0.012 0.006 239 E 0.005 0.001 0.004 0.941 0.007 0.035 0.008 240 G 0.004 0.001 0.005 0.883 0.011 0.074 0.023 241 I 0.005 0.002 0.009 0.893 0.018 0.030 0.043 242 S 0.005 0.001 0.028 0.881 0.020 0.032 0.032 243 R 0.006 0.001 0.056 0.780 0.033 0.094 0.029 244 L 0.006 0.005 0.070 0.713 0.021 0.154 0.032 245 L 0.007 0.010 0.035 0.584 0.039 0.289 0.036 246 L 0.019 0.010 0.013 0.265 0.147 0.343 0.202 247 L 0.017 0.009 0.007 0.042 0.237 0.207 0.482 248 E 0.034 0.025 0.010 0.024 0.303 0.046 0.559 249 G 0.065 0.050 0.028 0.024 0.155 0.065 0.613 250 H 0.077 0.038 0.052 0.028 0.169 0.104 0.532 251 S 0.064 0.041 0.030 0.023 0.260 0.089 0.491 252 S 0.038 0.040 0.020 0.031 0.131 0.086 0.654 253 S 0.003 0.004 0.005 0.012 0.033 0.009 0.934