# TARGET T0336 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0336.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.1964 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.016 0.024 0.001 0.015 0.007 0.005 0.932 3 M 0.026 0.020 0.021 0.367 0.126 0.094 0.345 4 E 0.023 0.005 0.040 0.337 0.073 0.106 0.415 5 E 0.018 0.004 0.068 0.662 0.062 0.048 0.138 6 E 0.037 0.007 0.043 0.682 0.044 0.048 0.140 7 E 0.062 0.013 0.041 0.629 0.049 0.042 0.165 8 F 0.054 0.017 0.011 0.700 0.038 0.035 0.146 9 D 0.047 0.013 0.009 0.497 0.024 0.033 0.377 10 I 0.002 0.001 0.009 0.938 0.003 0.027 0.020 11 R 0.001 0.001 0.008 0.968 0.004 0.011 0.009 12 E 0.001 0.001 0.023 0.946 0.004 0.012 0.013 13 A 0.001 0.001 0.014 0.957 0.004 0.016 0.008 14 L 0.002 0.003 0.014 0.898 0.011 0.053 0.019 15 A 0.001 0.002 0.016 0.672 0.021 0.258 0.029 16 N 0.001 0.001 0.008 0.404 0.052 0.477 0.056 17 G 0.003 0.002 0.013 0.169 0.230 0.224 0.358 18 E 0.006 0.007 0.029 0.291 0.271 0.102 0.293 19 H 0.021 0.023 0.036 0.274 0.113 0.054 0.479 20 L 0.009 0.005 0.089 0.751 0.019 0.054 0.072 21 E 0.011 0.002 0.081 0.795 0.015 0.048 0.047 22 K 0.023 0.003 0.101 0.757 0.024 0.050 0.043 23 I 0.041 0.005 0.039 0.798 0.021 0.047 0.050 24 L 0.069 0.009 0.024 0.753 0.027 0.070 0.049 25 I 0.063 0.007 0.031 0.714 0.025 0.100 0.061 26 M 0.028 0.004 0.046 0.690 0.022 0.101 0.110 27 A 0.023 0.004 0.044 0.588 0.043 0.156 0.142 28 K 0.017 0.005 0.036 0.616 0.057 0.138 0.132 29 Y 0.021 0.013 0.033 0.561 0.075 0.068 0.229 30 D 0.006 0.002 0.019 0.682 0.022 0.040 0.228 31 E 0.001 0.001 0.019 0.938 0.004 0.033 0.005 32 S 0.001 0.001 0.020 0.941 0.003 0.032 0.003 33 V 0.001 0.001 0.026 0.946 0.001 0.022 0.004 34 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.002 0.004 0.003 35 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 36 K 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.019 0.001 37 L 0.001 0.001 0.004 0.957 0.001 0.034 0.003 38 I 0.001 0.001 0.030 0.938 0.004 0.023 0.004 39 E 0.001 0.001 0.048 0.834 0.005 0.106 0.005 40 L 0.001 0.001 0.050 0.653 0.011 0.261 0.023 41 L 0.005 0.015 0.028 0.396 0.184 0.163 0.209 42 D 0.007 0.009 0.011 0.087 0.124 0.098 0.664 43 D 0.005 0.004 0.094 0.185 0.191 0.339 0.182 44 D 0.010 0.004 0.097 0.197 0.160 0.389 0.144 45 L 0.020 0.010 0.079 0.282 0.160 0.211 0.239 46 W 0.034 0.034 0.012 0.443 0.173 0.041 0.262 47 T 0.039 0.023 0.004 0.623 0.069 0.025 0.216 48 V 0.003 0.001 0.004 0.974 0.003 0.005 0.010 49 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.003 0.004 50 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.003 0.001 51 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.002 52 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 57 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 59 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 60 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.014 0.001 61 K 0.001 0.001 0.002 0.913 0.001 0.081 0.001 62 T 0.001 0.001 0.007 0.771 0.011 0.192 0.018 63 R 0.001 0.002 0.022 0.774 0.030 0.099 0.072 64 E 0.001 0.001 0.198 0.473 0.039 0.202 0.086 65 D 0.003 0.002 0.300 0.423 0.058 0.182 0.032 66 L 0.008 0.006 0.299 0.395 0.039 0.203 0.049 67 Y 0.028 0.010 0.108 0.613 0.045 0.115 0.081 68 E 0.020 0.002 0.080 0.757 0.038 0.046 0.058 69 P 0.013 0.003 0.043 0.860 0.015 0.037 0.028 70 M 0.013 0.003 0.048 0.865 0.007 0.043 0.021 71 L 0.012 0.002 0.030 0.914 0.007 0.012 0.023 72 K 0.006 0.001 0.041 0.928 0.003 0.014 0.007 73 K 0.005 0.001 0.034 0.923 0.004 0.030 0.004 74 L 0.006 0.001 0.018 0.917 0.002 0.048 0.008 75 F 0.012 0.002 0.013 0.928 0.008 0.017 0.019 76 S 0.012 0.001 0.019 0.933 0.005 0.022 0.009 77 L 0.010 0.001 0.019 0.925 0.003 0.038 0.005 78 L 0.019 0.006 0.026 0.856 0.008 0.070 0.015 79 K 0.023 0.004 0.036 0.764 0.017 0.117 0.039 80 K 0.013 0.003 0.029 0.603 0.030 0.254 0.068 81 S 0.007 0.003 0.033 0.237 0.119 0.233 0.369 82 E 0.006 0.004 0.043 0.148 0.216 0.359 0.223 83 A 0.009 0.005 0.060 0.109 0.215 0.344 0.257 84 I 0.011 0.003 0.005 0.024 0.249 0.010 0.698 85 P 0.014 0.008 0.031 0.361 0.041 0.083 0.462 86 L 0.032 0.016 0.026 0.651 0.044 0.109 0.121 87 T 0.022 0.004 0.011 0.828 0.017 0.017 0.100 88 Q 0.012 0.001 0.007 0.948 0.006 0.008 0.019 89 E 0.014 0.001 0.008 0.952 0.005 0.010 0.011 90 I 0.015 0.001 0.015 0.943 0.004 0.014 0.008 91 A 0.015 0.001 0.011 0.945 0.005 0.017 0.005 92 K 0.011 0.001 0.009 0.926 0.003 0.045 0.006 93 A 0.013 0.002 0.012 0.862 0.009 0.065 0.037 94 F 0.015 0.002 0.013 0.829 0.014 0.085 0.042 95 G 0.024 0.005 0.028 0.679 0.033 0.166 0.066 96 Q 0.018 0.005 0.074 0.642 0.038 0.136 0.087 97 M 0.018 0.007 0.063 0.672 0.028 0.157 0.054 98 A 0.015 0.005 0.110 0.528 0.060 0.199 0.084 99 K 0.009 0.005 0.069 0.400 0.057 0.387 0.073 100 E 0.005 0.005 0.048 0.259 0.181 0.381 0.120 101 K 0.007 0.004 0.014 0.082 0.309 0.041 0.543 102 P 0.003 0.003 0.214 0.434 0.042 0.187 0.118 103 E 0.004 0.006 0.222 0.509 0.039 0.182 0.039 104 L 0.003 0.003 0.277 0.607 0.013 0.077 0.020 105 V 0.005 0.002 0.112 0.825 0.010 0.025 0.021 106 K 0.004 0.001 0.099 0.819 0.010 0.061 0.007 107 S 0.005 0.001 0.067 0.800 0.005 0.118 0.004 108 M 0.010 0.002 0.020 0.906 0.003 0.044 0.015 109 I 0.026 0.001 0.011 0.892 0.020 0.011 0.039 110 P 0.033 0.002 0.011 0.906 0.014 0.011 0.024 111 V 0.018 0.001 0.012 0.938 0.006 0.017 0.007 112 L 0.018 0.002 0.020 0.933 0.004 0.017 0.006 113 F 0.022 0.001 0.091 0.845 0.007 0.027 0.006 114 A 0.010 0.001 0.069 0.812 0.004 0.098 0.006 115 N 0.011 0.002 0.074 0.645 0.018 0.232 0.018 116 Y 0.058 0.023 0.011 0.108 0.452 0.041 0.307 117 R 0.073 0.016 0.012 0.011 0.074 0.039 0.776 118 I 0.098 0.022 0.064 0.048 0.176 0.327 0.267 119 G 0.075 0.023 0.056 0.039 0.187 0.312 0.307 120 D 0.047 0.009 0.024 0.010 0.158 0.030 0.721 121 E 0.037 0.010 0.052 0.087 0.194 0.416 0.203 122 K 0.070 0.007 0.060 0.123 0.227 0.369 0.145 123 T 0.263 0.016 0.025 0.187 0.112 0.041 0.356 124 K 0.453 0.029 0.007 0.196 0.040 0.021 0.253 125 I 0.594 0.029 0.004 0.120 0.035 0.010 0.208 126 N 0.379 0.009 0.005 0.252 0.052 0.021 0.282 127 V 0.152 0.002 0.016 0.695 0.024 0.040 0.069 128 S 0.136 0.003 0.014 0.768 0.016 0.024 0.040 129 Y 0.130 0.003 0.026 0.784 0.008 0.023 0.026 130 A 0.092 0.004 0.024 0.809 0.008 0.029 0.035 131 L 0.041 0.001 0.018 0.879 0.008 0.020 0.033 132 E 0.023 0.001 0.021 0.903 0.014 0.025 0.013 133 E 0.012 0.001 0.021 0.931 0.003 0.025 0.007 134 I 0.010 0.002 0.030 0.904 0.004 0.041 0.009 135 A 0.007 0.002 0.033 0.866 0.009 0.073 0.010 136 K 0.003 0.001 0.023 0.754 0.014 0.187 0.019 137 A 0.003 0.003 0.021 0.569 0.088 0.143 0.173 138 N 0.003 0.004 0.014 0.202 0.123 0.043 0.612 139 P 0.001 0.001 0.160 0.650 0.017 0.124 0.047 140 M 0.001 0.001 0.202 0.630 0.020 0.132 0.015 141 L 0.001 0.002 0.251 0.629 0.009 0.089 0.019 142 M 0.001 0.002 0.037 0.902 0.008 0.028 0.023 143 A 0.001 0.001 0.016 0.965 0.002 0.014 0.003 144 S 0.001 0.001 0.012 0.965 0.002 0.020 0.002 145 I 0.001 0.001 0.006 0.974 0.001 0.017 0.003 146 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 147 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 148 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 149 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 150 M 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 151 S 0.001 0.001 0.006 0.959 0.001 0.034 0.001 152 M 0.001 0.001 0.015 0.874 0.002 0.104 0.004 153 L 0.001 0.004 0.057 0.737 0.015 0.156 0.029 154 S 0.001 0.003 0.094 0.384 0.035 0.434 0.048 155 S 0.004 0.002 0.065 0.213 0.236 0.353 0.129 156 K 0.007 0.007 0.042 0.142 0.340 0.234 0.227 157 N 0.009 0.009 0.031 0.051 0.202 0.174 0.523 158 R 0.023 0.017 0.069 0.133 0.185 0.193 0.379 159 E 0.033 0.016 0.121 0.273 0.096 0.202 0.259 160 D 0.047 0.008 0.095 0.289 0.171 0.170 0.221 161 K 0.100 0.009 0.042 0.380 0.154 0.113 0.203 162 L 0.205 0.026 0.018 0.537 0.050 0.038 0.126 163 T 0.268 0.014 0.017 0.490 0.035 0.047 0.128 164 A 0.163 0.004 0.017 0.670 0.029 0.035 0.083 165 L 0.169 0.004 0.013 0.688 0.028 0.015 0.083 166 N 0.102 0.005 0.009 0.779 0.025 0.016 0.065 167 F 0.024 0.001 0.009 0.930 0.006 0.015 0.014 168 I 0.007 0.001 0.008 0.970 0.003 0.006 0.006 169 E 0.006 0.001 0.017 0.957 0.003 0.011 0.007 170 A 0.004 0.001 0.027 0.917 0.005 0.037 0.009 171 M 0.003 0.002 0.040 0.805 0.007 0.126 0.019 172 G 0.004 0.004 0.044 0.632 0.026 0.245 0.045 173 E 0.003 0.002 0.066 0.539 0.057 0.274 0.059 174 N 0.007 0.003 0.065 0.330 0.111 0.307 0.177 175 S 0.008 0.006 0.103 0.300 0.118 0.251 0.215 176 F 0.017 0.006 0.146 0.226 0.149 0.125 0.330 177 K 0.037 0.010 0.203 0.223 0.142 0.148 0.237 178 Y 0.040 0.028 0.220 0.267 0.096 0.175 0.176 179 V 0.051 0.055 0.119 0.262 0.126 0.110 0.278 180 N 0.023 0.011 0.120 0.151 0.077 0.061 0.556 181 P 0.001 0.001 0.223 0.312 0.018 0.426 0.018 182 F 0.001 0.002 0.193 0.360 0.020 0.403 0.021 183 L 0.002 0.003 0.044 0.742 0.079 0.041 0.089 184 P 0.001 0.001 0.016 0.946 0.004 0.017 0.015 185 R 0.002 0.001 0.017 0.949 0.003 0.022 0.005 186 I 0.002 0.001 0.016 0.959 0.002 0.017 0.004 187 I 0.001 0.001 0.010 0.979 0.001 0.007 0.001 188 N 0.001 0.001 0.016 0.948 0.002 0.032 0.001 189 L 0.001 0.001 0.014 0.903 0.001 0.079 0.002 190 L 0.003 0.004 0.035 0.810 0.012 0.113 0.023 191 H 0.006 0.005 0.063 0.616 0.029 0.239 0.042 192 D 0.013 0.003 0.061 0.320 0.098 0.399 0.107 193 G 0.022 0.006 0.062 0.202 0.198 0.265 0.247 194 D 0.036 0.004 0.065 0.107 0.235 0.246 0.307 195 E 0.142 0.010 0.061 0.115 0.275 0.126 0.270 196 I 0.389 0.042 0.044 0.162 0.107 0.064 0.192 197 V 0.476 0.044 0.021 0.142 0.061 0.034 0.222 198 R 0.363 0.016 0.020 0.115 0.065 0.034 0.387 199 A 0.124 0.011 0.041 0.322 0.138 0.107 0.257 200 S 0.052 0.010 0.047 0.273 0.193 0.152 0.272 201 A 0.035 0.009 0.081 0.501 0.094 0.140 0.141 202 V 0.030 0.006 0.085 0.655 0.054 0.100 0.069 203 E 0.025 0.003 0.133 0.644 0.041 0.080 0.072 204 A 0.021 0.004 0.124 0.664 0.043 0.105 0.038 205 L 0.042 0.008 0.090 0.581 0.067 0.128 0.084 206 V 0.118 0.022 0.102 0.387 0.059 0.119 0.193 207 H 0.133 0.019 0.106 0.353 0.063 0.196 0.130 208 L 0.166 0.022 0.073 0.315 0.084 0.159 0.180 209 A 0.108 0.028 0.017 0.132 0.262 0.025 0.430 210 T 0.121 0.091 0.019 0.174 0.089 0.040 0.465 211 L 0.004 0.002 0.062 0.882 0.005 0.025 0.019 212 N 0.001 0.001 0.064 0.922 0.002 0.007 0.005 213 D 0.001 0.001 0.061 0.925 0.002 0.010 0.003 214 K 0.001 0.001 0.053 0.924 0.002 0.019 0.002 215 L 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.009 0.003 216 R 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.007 0.002 217 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 218 V 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.013 0.003 219 V 0.002 0.001 0.003 0.973 0.003 0.015 0.003 220 I 0.002 0.001 0.004 0.954 0.006 0.028 0.006 221 K 0.003 0.001 0.006 0.914 0.010 0.053 0.014 222 R 0.005 0.003 0.011 0.819 0.024 0.068 0.070 223 L 0.003 0.002 0.039 0.830 0.019 0.036 0.071 224 E 0.002 0.001 0.094 0.812 0.024 0.047 0.020 225 E 0.002 0.001 0.112 0.762 0.013 0.082 0.028 226 L 0.002 0.001 0.112 0.734 0.015 0.102 0.034 227 N 0.002 0.002 0.072 0.752 0.021 0.124 0.028 228 D 0.003 0.003 0.084 0.599 0.042 0.200 0.069 229 T 0.003 0.002 0.028 0.682 0.059 0.092 0.133 230 S 0.002 0.001 0.015 0.860 0.035 0.025 0.062 231 S 0.002 0.001 0.009 0.948 0.011 0.016 0.014 232 L 0.001 0.001 0.009 0.972 0.002 0.011 0.004 233 V 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.009 0.003 234 N 0.001 0.001 0.009 0.965 0.002 0.019 0.003 235 K 0.001 0.001 0.005 0.951 0.003 0.037 0.003 236 T 0.001 0.001 0.006 0.929 0.003 0.051 0.009 237 V 0.007 0.002 0.004 0.917 0.017 0.018 0.037 238 K 0.009 0.001 0.007 0.931 0.011 0.014 0.027 239 E 0.009 0.001 0.007 0.942 0.009 0.021 0.011 240 G 0.007 0.001 0.006 0.946 0.005 0.022 0.013 241 I 0.009 0.002 0.009 0.942 0.007 0.014 0.017 242 S 0.012 0.001 0.023 0.884 0.015 0.044 0.021 243 R 0.015 0.001 0.024 0.880 0.007 0.063 0.011 244 L 0.030 0.004 0.032 0.846 0.010 0.055 0.022 245 L 0.050 0.004 0.042 0.713 0.018 0.112 0.062 246 L 0.068 0.007 0.061 0.592 0.033 0.145 0.094 247 L 0.062 0.012 0.066 0.343 0.074 0.109 0.334 248 E 0.046 0.008 0.068 0.203 0.084 0.254 0.338 249 G 0.027 0.010 0.060 0.146 0.152 0.209 0.395 250 H 0.018 0.013 0.044 0.088 0.259 0.127 0.451 251 S 0.013 0.010 0.025 0.057 0.243 0.190 0.462 252 S 0.006 0.004 0.011 0.017 0.038 0.069 0.855 253 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.989