# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.011 0.034 0.045 0.060 0.008 0.077 0.337 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.034 0.020 0.116 0.068 0.085 0.079 0.001 2 I 0.006 0.006 0.030 0.032 0.042 0.009 0.069 0.346 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.031 0.014 0.181 0.050 0.065 0.101 0.001 3 S 0.004 0.003 0.014 0.023 0.064 0.010 0.106 0.289 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.021 0.126 0.030 0.121 0.157 0.001 4 N 0.001 0.001 0.014 0.009 0.019 0.003 0.055 0.325 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.400 0.053 0.040 0.032 0.001 5 A 0.001 0.001 0.007 0.005 0.006 0.008 0.068 0.742 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.100 0.011 0.023 0.017 0.001 6 K 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.006 0.040 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.055 0.018 0.010 0.014 0.001 7 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.015 0.830 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.099 0.010 0.005 0.008 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.017 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.002 0.002 0.003 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.024 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.874 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.075 0.004 0.004 0.003 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.937 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.004 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.934 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.001 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.021 0.894 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.040 0.003 0.003 0.003 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.018 0.897 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.006 0.006 0.004 0.001 15 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.014 0.035 0.845 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.043 0.007 0.007 0.005 0.001 16 K 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.012 0.048 0.734 0.041 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.098 0.012 0.010 0.007 0.001 17 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.020 0.037 0.807 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.065 0.009 0.011 0.011 0.001 18 K 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.020 0.083 0.247 0.248 0.107 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.166 0.046 0.021 0.025 0.001 19 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.010 0.413 0.022 0.020 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.169 0.015 0.073 0.202 0.001 20 G 0.001 0.001 0.011 0.005 0.013 0.031 0.377 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.082 0.313 0.066 0.067 0.001 21 V 0.001 0.001 0.016 0.012 0.037 0.008 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.093 0.081 0.179 0.333 0.153 0.001 22 I 0.001 0.001 0.027 0.024 0.009 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.068 0.008 0.041 0.019 0.214 0.576 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.005 0.167 0.792 0.001 24 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.927 0.016 0.008 0.013 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.067 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.003 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.003 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.919 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.002 0.003 0.001 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.898 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.012 0.006 0.004 0.001 42 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.830 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.122 0.003 0.005 0.003 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.115 0.651 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.173 0.005 0.003 0.005 0.001 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.123 0.737 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.081 0.022 0.005 0.013 0.001 45 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.022 0.732 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.109 0.081 0.022 0.011 0.001 46 K 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.006 0.023 0.785 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.128 0.004 0.008 0.004 0.001 47 N 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.066 0.199 0.558 0.028 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.066 0.012 0.005 0.012 0.001 48 T 0.002 0.004 0.007 0.021 0.023 0.014 0.211 0.246 0.020 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.008 0.302 0.045 0.026 0.030 0.001 49 L 0.015 0.008 0.031 0.036 0.082 0.005 0.107 0.079 0.031 0.011 0.004 0.005 0.004 0.007 0.019 0.020 0.098 0.114 0.239 0.081 0.003 50 K 0.020 0.014 0.096 0.053 0.052 0.028 0.116 0.044 0.016 0.005 0.002 0.003 0.007 0.024 0.102 0.024 0.264 0.030 0.026 0.072 0.002 51 S 0.019 0.037 0.022 0.101 0.053 0.007 0.140 0.004 0.014 0.017 0.010 0.016 0.040 0.166 0.112 0.045 0.041 0.026 0.057 0.048 0.025 52 V 0.018 0.040 0.017 0.021 0.184 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.028 0.030 0.029 0.069 0.073 0.173 0.010 0.025 0.155 0.062 0.033 53 K 0.072 0.050 0.338 0.088 0.039 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.026 0.018 0.055 0.058 0.140 0.017 0.008 0.017 0.013 0.018 0.033 54 I 0.061 0.053 0.020 0.028 0.215 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 0.031 0.040 0.095 0.042 0.228 0.003 0.004 0.018 0.007 0.115 55 I 0.068 0.073 0.033 0.048 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.201 0.195 0.248 0.020 0.003 0.002 0.010 0.003 0.015 56 D 0.036 0.037 0.052 0.213 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.042 0.029 0.095 0.066 0.106 0.005 0.012 0.086 0.061 0.029 57 P 0.005 0.003 0.014 0.006 0.161 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.086 0.081 0.570 0.009 0.012 0.032 0.001 58 E 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.005 0.845 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.015 0.038 0.014 0.007 0.021 0.001 59 G 0.003 0.003 0.037 0.012 0.036 0.004 0.252 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.026 0.063 0.340 0.074 0.115 0.001 60 N 0.006 0.005 0.167 0.031 0.048 0.010 0.035 0.012 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.043 0.049 0.201 0.061 0.113 0.203 0.002 61 D 0.011 0.017 0.032 0.035 0.235 0.011 0.079 0.015 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.005 0.053 0.059 0.174 0.052 0.102 0.101 0.002 62 V 0.006 0.006 0.090 0.089 0.040 0.002 0.068 0.010 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.194 0.018 0.108 0.060 0.051 0.239 0.001 63 T 0.001 0.001 0.006 0.009 0.043 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.007 0.011 0.256 0.631 0.001 64 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.948 0.019 0.003 0.005 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.334 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.156 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 0.020 0.007 0.008 0.001 67 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.015 0.001 0.015 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.071 0.019 0.052 0.016 0.001 68 K 0.001 0.001 0.008 0.008 0.003 0.001 0.011 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.060 0.003 0.011 0.006 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.016 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.064 0.002 0.001 0.004 0.001 70 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.017 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 0.003 0.002 0.003 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.004 0.033 0.885 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.009 0.006 0.005 0.001 72 R 0.004 0.002 0.016 0.017 0.019 0.011 0.129 0.497 0.075 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.167 0.015 0.012 0.010 0.001 73 N 0.003 0.003 0.007 0.022 0.041 0.007 0.396 0.079 0.063 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 0.220 0.026 0.030 0.053 0.001 74 N 0.002 0.002 0.009 0.015 0.054 0.008 0.409 0.049 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 0.088 0.151 0.068 0.112 0.001 75 K 0.005 0.005 0.044 0.028 0.057 0.006 0.094 0.039 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.021 0.022 0.084 0.368 0.120 0.087 0.002 76 L 0.010 0.013 0.053 0.046 0.157 0.003 0.032 0.030 0.003 0.001 0.005 0.004 0.011 0.008 0.031 0.049 0.058 0.037 0.252 0.194 0.005 77 H 0.012 0.016 0.119 0.080 0.120 0.005 0.023 0.053 0.003 0.001 0.006 0.006 0.012 0.012 0.089 0.026 0.061 0.051 0.154 0.144 0.007 78 L 0.014 0.015 0.055 0.068 0.194 0.005 0.027 0.056 0.004 0.001 0.009 0.006 0.012 0.011 0.062 0.068 0.159 0.037 0.107 0.083 0.007 79 E 0.015 0.019 0.090 0.090 0.091 0.012 0.106 0.112 0.004 0.001 0.005 0.006 0.015 0.017 0.117 0.028 0.094 0.029 0.067 0.078 0.003 80 H 0.011 0.015 0.041 0.074 0.146 0.010 0.101 0.088 0.005 0.002 0.003 0.004 0.007 0.008 0.050 0.053 0.130 0.059 0.090 0.102 0.002 81 H 0.008 0.008 0.061 0.057 0.106 0.009 0.097 0.082 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.065 0.026 0.196 0.059 0.087 0.117 0.001 82 H 0.004 0.005 0.037 0.041 0.080 0.014 0.183 0.079 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.024 0.174 0.079 0.082 0.145 0.001 83 H 0.003 0.003 0.040 0.046 0.073 0.011 0.136 0.055 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.023 0.152 0.078 0.130 0.204 0.001 84 H 0.002 0.003 0.036 0.032 0.090 0.008 0.126 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.024 0.207 0.090 0.106 0.189 0.001 85 H 0.003 0.005 0.056 0.051 0.088 0.008 0.134 0.055 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.036 0.028 0.119 0.090 0.130 0.183 0.001