# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.3373 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.358 0.016 0.019 0.029 0.091 0.092 0.355 2 I 0.067 0.621 0.010 0.015 0.013 0.037 0.076 0.162 3 S 0.020 0.856 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.067 4 N 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.026 5 A 0.003 0.937 0.002 0.002 0.001 0.006 0.030 0.020 6 K 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 7 I 0.012 0.410 0.001 0.001 0.001 0.003 0.567 0.007 8 A 0.001 0.822 0.003 0.001 0.001 0.002 0.164 0.007 9 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 10 I 0.002 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 11 N 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 12 E 0.008 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 13 L 0.013 0.963 0.007 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 14 A 0.085 0.791 0.030 0.001 0.001 0.006 0.052 0.034 15 A 0.125 0.558 0.046 0.001 0.001 0.016 0.079 0.174 16 K 0.162 0.274 0.071 0.001 0.001 0.031 0.104 0.356 17 A 0.209 0.053 0.027 0.002 0.002 0.051 0.107 0.548 18 K 0.194 0.019 0.005 0.002 0.002 0.042 0.027 0.711 19 A 0.026 0.003 0.005 0.001 0.002 0.063 0.027 0.873 20 G 0.012 0.013 0.024 0.006 0.010 0.159 0.032 0.743 21 V 0.011 0.022 0.019 0.012 0.018 0.156 0.011 0.751 22 I 0.009 0.027 0.019 0.009 0.006 0.096 0.011 0.823 23 T 0.059 0.854 0.004 0.002 0.002 0.010 0.033 0.036 24 E 0.029 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.018 25 E 0.014 0.926 0.003 0.001 0.001 0.006 0.013 0.035 26 E 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.014 27 K 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.009 28 A 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.011 29 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 30 Q 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 31 Q 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 32 K 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.013 33 L 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 34 R 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 35 Q 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 36 E 0.009 0.855 0.006 0.001 0.001 0.009 0.084 0.035 37 Y 0.018 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.016 38 L 0.027 0.915 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.024 39 K 0.013 0.687 0.008 0.001 0.001 0.017 0.156 0.116 40 G 0.009 0.272 0.009 0.001 0.001 0.020 0.634 0.054 41 F 0.016 0.859 0.005 0.001 0.001 0.007 0.089 0.023 42 R 0.043 0.857 0.005 0.001 0.001 0.008 0.024 0.061 43 S 0.022 0.359 0.012 0.003 0.004 0.051 0.204 0.346 44 S 0.013 0.214 0.018 0.003 0.003 0.050 0.594 0.104 45 M 0.053 0.570 0.008 0.004 0.003 0.025 0.228 0.110 46 K 0.111 0.410 0.016 0.007 0.013 0.053 0.093 0.298 47 N 0.023 0.089 0.066 0.022 0.032 0.117 0.229 0.421 48 T 0.067 0.073 0.085 0.031 0.048 0.113 0.279 0.305 49 L 0.116 0.026 0.084 0.026 0.030 0.108 0.156 0.454 50 K 0.013 0.007 0.081 0.033 0.051 0.177 0.050 0.588 51 S 0.013 0.004 0.142 0.028 0.086 0.123 0.048 0.556 52 V 0.006 0.004 0.195 0.124 0.191 0.093 0.048 0.338 53 K 0.007 0.003 0.446 0.154 0.182 0.036 0.027 0.146 54 I 0.002 0.001 0.303 0.210 0.201 0.044 0.053 0.187 55 I 0.005 0.001 0.428 0.094 0.066 0.053 0.034 0.318 56 D 0.851 0.002 0.040 0.010 0.009 0.015 0.041 0.033 57 P 0.204 0.003 0.021 0.007 0.009 0.105 0.051 0.601 58 E 0.011 0.001 0.007 0.002 0.010 0.078 0.006 0.885 59 G 0.018 0.002 0.016 0.013 0.040 0.122 0.048 0.741 60 N 0.012 0.011 0.041 0.123 0.097 0.141 0.063 0.512 61 D 0.012 0.022 0.035 0.035 0.058 0.095 0.019 0.722 62 V 0.010 0.037 0.044 0.069 0.039 0.084 0.018 0.699 63 T 0.071 0.781 0.014 0.007 0.006 0.013 0.030 0.078 64 P 0.064 0.906 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 65 E 0.017 0.909 0.008 0.003 0.002 0.006 0.009 0.045 66 K 0.020 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 67 L 0.041 0.903 0.004 0.001 0.001 0.006 0.021 0.023 68 K 0.024 0.887 0.002 0.001 0.002 0.006 0.032 0.045 69 R 0.050 0.449 0.006 0.003 0.003 0.016 0.304 0.170 70 E 0.026 0.193 0.012 0.007 0.007 0.041 0.586 0.128 71 Q 0.116 0.202 0.024 0.014 0.012 0.061 0.213 0.358 72 R 0.328 0.081 0.006 0.005 0.006 0.050 0.023 0.501 73 N 0.063 0.029 0.007 0.004 0.006 0.076 0.028 0.787 74 N 0.026 0.042 0.016 0.010 0.020 0.140 0.021 0.725 75 K 0.036 0.038 0.029 0.019 0.029 0.125 0.034 0.690 76 L 0.037 0.043 0.055 0.057 0.034 0.134 0.046 0.594 77 H 0.108 0.110 0.073 0.039 0.054 0.087 0.094 0.435 78 L 0.120 0.094 0.051 0.039 0.044 0.078 0.102 0.472 79 E 0.077 0.052 0.060 0.047 0.051 0.094 0.069 0.547 80 H 0.134 0.038 0.027 0.031 0.043 0.092 0.076 0.560 81 H 0.091 0.021 0.021 0.025 0.038 0.119 0.060 0.625 82 H 0.102 0.011 0.014 0.017 0.030 0.100 0.044 0.681 83 H 0.089 0.010 0.008 0.017 0.024 0.104 0.045 0.704 84 H 0.031 0.008 0.011 0.016 0.029 0.117 0.032 0.756 85 H 0.041 0.010 0.018 0.026 0.051 0.112 0.044 0.699