# TARGET T0335 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 53 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.811 0.152 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 2 I 0.729 0.166 0.067 0.030 0.007 0.001 0.001 3 S 0.811 0.118 0.042 0.021 0.007 0.001 0.001 4 N 0.857 0.114 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 5 A 0.857 0.123 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.464 0.244 0.139 0.101 0.042 0.008 0.001 7 I 0.267 0.254 0.229 0.178 0.063 0.010 0.001 8 A 0.347 0.411 0.167 0.060 0.013 0.001 0.001 9 R 0.274 0.258 0.220 0.170 0.068 0.011 0.001 10 I 0.495 0.241 0.103 0.082 0.053 0.024 0.002 11 N 0.406 0.213 0.167 0.151 0.054 0.010 0.001 12 E 0.434 0.284 0.162 0.086 0.029 0.005 0.001 13 L 0.469 0.189 0.129 0.134 0.070 0.009 0.001 14 A 0.401 0.267 0.177 0.112 0.036 0.007 0.001 15 A 0.489 0.316 0.139 0.047 0.009 0.001 0.001 16 K 0.509 0.306 0.113 0.056 0.015 0.001 0.001 17 A 0.684 0.222 0.074 0.018 0.002 0.001 0.001 18 K 0.824 0.151 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 19 A 0.771 0.175 0.042 0.011 0.001 0.001 0.001 20 G 0.865 0.114 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 21 V 0.865 0.120 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 22 I 0.691 0.171 0.094 0.040 0.004 0.001 0.001 23 T 0.843 0.132 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.970 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.941 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.844 0.111 0.033 0.011 0.001 0.001 0.001 27 K 0.917 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.914 0.082 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.718 0.194 0.066 0.020 0.002 0.001 0.001 30 Q 0.509 0.267 0.128 0.078 0.017 0.001 0.001 31 Q 0.581 0.321 0.080 0.017 0.001 0.001 0.001 32 K 0.527 0.362 0.093 0.016 0.002 0.001 0.001 33 L 0.158 0.206 0.211 0.270 0.132 0.023 0.001 34 R 0.272 0.236 0.184 0.199 0.094 0.015 0.001 35 Q 0.467 0.381 0.121 0.027 0.004 0.001 0.001 36 E 0.375 0.426 0.167 0.031 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.066 0.073 0.106 0.296 0.344 0.111 0.003 38 L 0.036 0.095 0.201 0.376 0.251 0.040 0.001 39 K 0.347 0.528 0.108 0.015 0.001 0.001 0.001 40 G 0.116 0.311 0.361 0.179 0.030 0.002 0.001 41 F 0.021 0.054 0.070 0.204 0.383 0.257 0.010 42 R 0.022 0.147 0.329 0.361 0.128 0.012 0.001 43 S 0.326 0.530 0.124 0.018 0.002 0.001 0.001 44 S 0.024 0.144 0.408 0.359 0.061 0.004 0.001 45 M 0.026 0.044 0.052 0.177 0.444 0.250 0.008 46 K 0.047 0.284 0.372 0.241 0.053 0.004 0.001 47 N 0.203 0.584 0.161 0.043 0.009 0.001 0.001 48 T 0.007 0.051 0.260 0.461 0.193 0.026 0.001 49 L 0.021 0.065 0.104 0.286 0.403 0.118 0.003 50 K 0.161 0.429 0.273 0.111 0.023 0.003 0.001 51 S 0.255 0.370 0.227 0.111 0.030 0.008 0.001 52 V 0.015 0.035 0.110 0.310 0.383 0.143 0.004 53 K 0.075 0.245 0.299 0.242 0.121 0.018 0.001 54 I 0.102 0.154 0.190 0.241 0.214 0.093 0.005 55 I 0.075 0.150 0.225 0.313 0.190 0.046 0.001 56 D 0.140 0.277 0.280 0.231 0.064 0.008 0.001 57 P 0.570 0.277 0.109 0.034 0.008 0.001 0.001 58 E 0.741 0.193 0.049 0.014 0.003 0.001 0.001 59 G 0.675 0.216 0.075 0.027 0.007 0.001 0.001 60 N 0.381 0.314 0.173 0.100 0.029 0.004 0.001 61 D 0.316 0.319 0.197 0.124 0.036 0.007 0.001 62 V 0.078 0.083 0.139 0.250 0.298 0.139 0.012 63 T 0.170 0.390 0.240 0.140 0.050 0.008 0.001 64 P 0.095 0.188 0.279 0.279 0.124 0.031 0.003 65 E 0.354 0.431 0.146 0.048 0.015 0.006 0.001 66 K 0.054 0.229 0.324 0.261 0.108 0.021 0.002 67 L 0.024 0.053 0.132 0.258 0.339 0.183 0.011 68 K 0.076 0.256 0.294 0.272 0.090 0.011 0.001 69 R 0.386 0.483 0.104 0.022 0.004 0.001 0.001 70 E 0.036 0.132 0.317 0.399 0.107 0.008 0.001 71 Q 0.095 0.178 0.223 0.320 0.166 0.018 0.001 72 R 0.348 0.410 0.181 0.052 0.008 0.001 0.001 73 N 0.689 0.252 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 74 N 0.410 0.369 0.167 0.048 0.006 0.001 0.001 75 K 0.661 0.262 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 76 L 0.539 0.186 0.128 0.100 0.041 0.006 0.001 77 H 0.646 0.221 0.085 0.036 0.011 0.001 0.001 78 L 0.547 0.179 0.129 0.097 0.039 0.007 0.001 79 E 0.693 0.222 0.055 0.021 0.007 0.001 0.001 80 H 0.538 0.244 0.143 0.059 0.014 0.002 0.001 81 H 0.677 0.190 0.073 0.039 0.015 0.004 0.001 82 H 0.692 0.206 0.066 0.026 0.008 0.002 0.001 83 H 0.672 0.188 0.085 0.043 0.010 0.002 0.001 84 H 0.671 0.190 0.072 0.045 0.017 0.004 0.001 85 H 0.692 0.173 0.069 0.043 0.018 0.004 0.001