# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.649 0.010 0.006 0.006 0.009 0.033 0.011 0.002 0.061 0.182 2 I 0.038 0.739 0.012 0.003 0.003 0.004 0.015 0.011 0.003 0.033 0.138 3 S 0.024 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.006 0.046 4 N 0.032 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.021 0.056 5 A 0.008 0.893 0.008 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.035 0.038 6 K 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.016 0.040 7 I 0.018 0.635 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.272 0.053 8 A 0.004 0.905 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.050 0.027 9 R 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.012 10 I 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 11 N 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 12 E 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 13 L 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.010 14 A 0.017 0.786 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.002 0.118 0.051 15 A 0.030 0.623 0.010 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.003 0.198 0.102 16 K 0.061 0.340 0.125 0.004 0.001 0.002 0.038 0.014 0.063 0.186 0.167 17 A 0.331 0.099 0.045 0.004 0.002 0.004 0.051 0.020 0.026 0.077 0.341 18 K 0.217 0.055 0.003 0.004 0.001 0.004 0.037 0.007 0.003 0.032 0.636 19 A 0.059 0.016 0.001 0.003 0.001 0.003 0.050 0.002 0.001 0.014 0.851 20 G 0.026 0.009 0.001 0.010 0.003 0.007 0.076 0.002 0.001 0.021 0.845 21 V 0.010 0.010 0.001 0.008 0.006 0.007 0.103 0.001 0.001 0.022 0.832 22 I 0.002 0.026 0.001 0.018 0.008 0.008 0.096 0.003 0.001 0.020 0.819 23 T 0.026 0.906 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.008 0.042 24 E 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.017 25 E 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.021 0.024 26 E 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.032 0.015 27 K 0.009 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.012 28 A 0.009 0.802 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.146 0.029 29 E 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.023 30 Q 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 31 Q 0.005 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.011 32 K 0.005 0.819 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.147 0.020 33 L 0.005 0.938 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.032 0.013 34 R 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.010 35 Q 0.010 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.090 0.050 36 E 0.011 0.877 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.052 0.041 37 Y 0.014 0.899 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.002 0.031 0.029 38 L 0.041 0.894 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.016 0.031 39 K 0.040 0.711 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.060 0.163 40 G 0.016 0.483 0.031 0.005 0.001 0.001 0.048 0.005 0.008 0.227 0.176 41 F 0.043 0.827 0.006 0.003 0.001 0.001 0.020 0.012 0.001 0.030 0.057 42 R 0.049 0.807 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.019 0.099 43 S 0.059 0.536 0.002 0.006 0.001 0.002 0.042 0.003 0.001 0.100 0.247 44 S 0.012 0.318 0.010 0.010 0.002 0.003 0.040 0.004 0.003 0.439 0.159 45 M 0.055 0.790 0.010 0.002 0.002 0.003 0.018 0.025 0.001 0.025 0.069 46 K 0.084 0.533 0.008 0.010 0.002 0.005 0.024 0.008 0.003 0.061 0.262 47 N 0.080 0.107 0.038 0.013 0.005 0.009 0.084 0.006 0.020 0.268 0.372 48 T 0.269 0.123 0.006 0.015 0.004 0.011 0.098 0.024 0.003 0.106 0.340 49 L 0.171 0.043 0.023 0.031 0.006 0.014 0.104 0.016 0.012 0.074 0.506 50 K 0.044 0.025 0.003 0.076 0.015 0.021 0.159 0.002 0.001 0.024 0.631 51 S 0.007 0.006 0.001 0.059 0.015 0.042 0.123 0.004 0.001 0.042 0.701 52 V 0.026 0.009 0.001 0.119 0.040 0.035 0.132 0.007 0.001 0.064 0.565 53 K 0.029 0.003 0.001 0.473 0.040 0.060 0.070 0.002 0.001 0.054 0.269 54 I 0.006 0.002 0.001 0.143 0.039 0.068 0.082 0.001 0.001 0.036 0.623 55 I 0.002 0.002 0.002 0.258 0.034 0.054 0.120 0.004 0.002 0.017 0.506 56 D 0.670 0.023 0.006 0.039 0.009 0.010 0.033 0.011 0.005 0.048 0.144 57 P 0.243 0.015 0.006 0.036 0.002 0.005 0.064 0.004 0.003 0.089 0.533 58 E 0.031 0.006 0.001 0.012 0.003 0.010 0.074 0.002 0.001 0.014 0.846 59 G 0.106 0.033 0.002 0.025 0.022 0.034 0.095 0.006 0.001 0.047 0.631 60 N 0.063 0.005 0.001 0.008 0.057 0.038 0.131 0.003 0.001 0.042 0.652 61 D 0.007 0.004 0.001 0.012 0.048 0.061 0.111 0.001 0.001 0.013 0.744 62 V 0.013 0.033 0.001 0.014 0.025 0.025 0.124 0.002 0.001 0.012 0.750 63 T 0.115 0.476 0.002 0.007 0.027 0.018 0.071 0.033 0.001 0.029 0.219 64 P 0.104 0.753 0.002 0.003 0.001 0.002 0.015 0.006 0.001 0.008 0.106 65 E 0.051 0.734 0.002 0.007 0.009 0.015 0.019 0.006 0.001 0.017 0.140 66 K 0.014 0.821 0.004 0.004 0.009 0.011 0.017 0.002 0.001 0.016 0.100 67 L 0.055 0.791 0.006 0.004 0.014 0.011 0.015 0.015 0.001 0.010 0.080 68 K 0.074 0.702 0.002 0.007 0.012 0.011 0.017 0.011 0.001 0.033 0.130 69 R 0.053 0.405 0.014 0.009 0.012 0.022 0.049 0.006 0.006 0.081 0.343 70 E 0.087 0.385 0.053 0.015 0.012 0.029 0.045 0.011 0.015 0.108 0.240 71 Q 0.181 0.164 0.037 0.007 0.019 0.032 0.058 0.015 0.020 0.077 0.389 72 R 0.192 0.102 0.005 0.005 0.010 0.013 0.047 0.005 0.003 0.022 0.595 73 N 0.081 0.090 0.001 0.005 0.005 0.010 0.060 0.005 0.001 0.017 0.724 74 N 0.050 0.055 0.002 0.006 0.012 0.023 0.099 0.013 0.001 0.024 0.715 75 K 0.084 0.135 0.004 0.013 0.015 0.028 0.076 0.005 0.001 0.026 0.611 76 L 0.077 0.153 0.004 0.014 0.037 0.051 0.072 0.006 0.001 0.029 0.556 77 H 0.095 0.252 0.004 0.013 0.030 0.044 0.066 0.008 0.002 0.030 0.455 78 L 0.149 0.201 0.006 0.011 0.034 0.043 0.063 0.008 0.003 0.029 0.453 79 E 0.072 0.131 0.006 0.011 0.032 0.055 0.074 0.008 0.003 0.032 0.576 80 H 0.104 0.050 0.008 0.008 0.021 0.038 0.060 0.007 0.003 0.038 0.664 81 H 0.132 0.014 0.004 0.008 0.021 0.029 0.055 0.006 0.001 0.050 0.680 82 H 0.051 0.004 0.001 0.005 0.012 0.017 0.057 0.002 0.001 0.030 0.821 83 H 0.022 0.003 0.001 0.006 0.012 0.013 0.067 0.001 0.001 0.021 0.854 84 H 0.013 0.002 0.001 0.005 0.019 0.014 0.110 0.003 0.001 0.020 0.813 85 H 0.023 0.003 0.001 0.007 0.027 0.022 0.142 0.007 0.001 0.029 0.737