# TARGET T0335 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.382 0.109 0.088 0.096 0.064 0.056 0.069 0.047 0.045 0.027 0.017 2 I 0.146 0.183 0.075 0.109 0.095 0.098 0.119 0.064 0.055 0.034 0.023 3 S 0.142 0.232 0.127 0.193 0.114 0.081 0.063 0.024 0.014 0.007 0.003 4 N 0.490 0.198 0.097 0.114 0.061 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 5 A 0.341 0.179 0.233 0.139 0.056 0.029 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 6 K 0.038 0.050 0.086 0.132 0.124 0.167 0.222 0.093 0.056 0.024 0.008 7 I 0.015 0.022 0.112 0.068 0.057 0.110 0.309 0.142 0.094 0.051 0.019 8 A 0.022 0.078 0.601 0.210 0.064 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.013 0.044 0.239 0.156 0.138 0.167 0.168 0.047 0.021 0.007 0.002 10 I 0.006 0.012 0.258 0.064 0.039 0.040 0.139 0.119 0.150 0.109 0.063 11 N 0.008 0.017 0.320 0.070 0.071 0.138 0.277 0.065 0.023 0.008 0.002 12 E 0.001 0.014 0.603 0.247 0.094 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.004 0.015 0.495 0.039 0.029 0.046 0.160 0.077 0.075 0.042 0.017 14 A 0.003 0.009 0.234 0.107 0.097 0.107 0.211 0.102 0.076 0.041 0.013 15 A 0.004 0.028 0.610 0.127 0.085 0.067 0.055 0.014 0.007 0.002 0.001 16 K 0.009 0.041 0.495 0.215 0.127 0.063 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 17 A 0.087 0.102 0.284 0.097 0.102 0.127 0.139 0.036 0.019 0.007 0.002 18 K 0.042 0.092 0.339 0.116 0.082 0.093 0.136 0.047 0.030 0.015 0.008 19 A 0.070 0.119 0.448 0.168 0.090 0.051 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 20 G 0.206 0.221 0.266 0.159 0.074 0.039 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 21 V 0.253 0.166 0.154 0.148 0.118 0.082 0.054 0.014 0.007 0.002 0.001 22 I 0.014 0.027 0.035 0.031 0.026 0.039 0.097 0.096 0.154 0.208 0.272 23 T 0.026 0.442 0.247 0.147 0.067 0.038 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 24 E 0.920 0.043 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.576 0.109 0.158 0.084 0.039 0.021 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 26 E 0.006 0.005 0.056 0.029 0.049 0.162 0.387 0.161 0.091 0.040 0.015 27 K 0.011 0.021 0.358 0.323 0.136 0.088 0.054 0.007 0.002 0.001 0.001 28 A 0.004 0.022 0.900 0.048 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.005 0.017 0.445 0.056 0.068 0.128 0.181 0.056 0.031 0.010 0.003 30 Q 0.001 0.004 0.296 0.043 0.060 0.108 0.319 0.102 0.045 0.017 0.004 31 Q 0.001 0.007 0.936 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.015 0.693 0.196 0.070 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.003 0.012 0.365 0.016 0.015 0.032 0.188 0.125 0.139 0.075 0.030 34 R 0.001 0.003 0.325 0.094 0.131 0.154 0.226 0.048 0.015 0.004 0.001 35 Q 0.001 0.011 0.887 0.067 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.014 0.039 0.519 0.189 0.123 0.079 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.009 0.194 0.018 0.019 0.046 0.256 0.152 0.173 0.096 0.036 38 L 0.001 0.009 0.286 0.071 0.069 0.106 0.255 0.101 0.060 0.031 0.011 39 K 0.004 0.026 0.810 0.124 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.064 0.098 0.420 0.128 0.113 0.101 0.064 0.009 0.003 0.001 0.001 41 F 0.005 0.015 0.076 0.031 0.030 0.056 0.210 0.160 0.193 0.145 0.079 42 R 0.007 0.032 0.136 0.075 0.111 0.201 0.317 0.078 0.031 0.010 0.003 43 S 0.067 0.069 0.731 0.101 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.053 0.088 0.266 0.180 0.155 0.136 0.096 0.016 0.007 0.002 0.001 45 M 0.004 0.008 0.030 0.018 0.017 0.033 0.155 0.167 0.226 0.204 0.138 46 K 0.012 0.032 0.182 0.286 0.252 0.153 0.067 0.011 0.004 0.001 0.001 47 N 0.051 0.080 0.685 0.114 0.040 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 48 T 0.005 0.016 0.089 0.090 0.132 0.203 0.295 0.089 0.050 0.021 0.009 49 L 0.001 0.004 0.022 0.013 0.012 0.029 0.168 0.175 0.216 0.199 0.159 50 K 0.024 0.072 0.434 0.290 0.123 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 51 S 0.068 0.218 0.391 0.200 0.079 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 52 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.062 0.105 0.231 0.289 0.291 53 K 0.100 0.307 0.144 0.234 0.123 0.057 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 54 I 0.007 0.029 0.034 0.068 0.076 0.100 0.177 0.153 0.171 0.115 0.070 55 I 0.014 0.036 0.039 0.122 0.162 0.180 0.190 0.090 0.079 0.049 0.039 56 D 0.040 0.104 0.037 0.185 0.185 0.154 0.165 0.067 0.037 0.017 0.009 57 P 0.376 0.138 0.055 0.145 0.104 0.078 0.058 0.023 0.013 0.007 0.003 58 E 0.594 0.214 0.057 0.084 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 59 G 0.227 0.144 0.040 0.147 0.125 0.107 0.096 0.045 0.035 0.021 0.012 60 N 0.192 0.264 0.078 0.182 0.125 0.076 0.048 0.016 0.011 0.005 0.002 61 D 0.158 0.179 0.093 0.231 0.142 0.096 0.064 0.021 0.011 0.004 0.002 62 V 0.004 0.004 0.004 0.016 0.041 0.082 0.210 0.210 0.199 0.147 0.084 63 T 0.020 0.576 0.126 0.188 0.053 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 64 P 0.106 0.064 0.038 0.164 0.235 0.194 0.136 0.040 0.016 0.005 0.001 65 E 0.898 0.066 0.019 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.014 0.058 0.124 0.361 0.197 0.131 0.088 0.020 0.006 0.001 0.001 67 L 0.003 0.004 0.014 0.016 0.021 0.049 0.163 0.184 0.228 0.197 0.121 68 K 0.008 0.036 0.294 0.223 0.182 0.149 0.080 0.018 0.007 0.002 0.001 69 R 0.014 0.042 0.699 0.167 0.050 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 70 E 0.017 0.020 0.051 0.051 0.081 0.170 0.312 0.142 0.092 0.045 0.020 71 Q 0.013 0.016 0.080 0.047 0.052 0.097 0.259 0.172 0.144 0.081 0.037 72 R 0.016 0.053 0.500 0.140 0.102 0.083 0.069 0.020 0.010 0.005 0.002 73 N 0.050 0.117 0.559 0.153 0.067 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 74 N 0.145 0.111 0.098 0.108 0.099 0.122 0.163 0.068 0.050 0.026 0.009 75 K 0.383 0.196 0.102 0.140 0.079 0.046 0.033 0.012 0.007 0.003 0.001 76 L 0.062 0.062 0.065 0.081 0.090 0.114 0.188 0.124 0.114 0.066 0.033 77 H 0.103 0.218 0.163 0.203 0.129 0.082 0.057 0.022 0.014 0.006 0.002 78 L 0.186 0.130 0.104 0.130 0.111 0.104 0.108 0.055 0.043 0.021 0.008 79 E 0.277 0.182 0.129 0.165 0.105 0.064 0.044 0.016 0.010 0.005 0.002 80 H 0.196 0.154 0.090 0.147 0.106 0.090 0.091 0.052 0.040 0.022 0.011 81 H 0.234 0.120 0.063 0.109 0.099 0.103 0.116 0.064 0.049 0.029 0.014 82 H 0.246 0.174 0.125 0.126 0.089 0.074 0.072 0.037 0.030 0.017 0.008 83 H 0.209 0.137 0.086 0.130 0.093 0.082 0.095 0.059 0.055 0.036 0.018 84 H 0.433 0.187 0.059 0.111 0.070 0.048 0.039 0.021 0.017 0.010 0.005 85 H 0.476 0.157 0.050 0.093 0.064 0.050 0.045 0.025 0.021 0.012 0.006