# TARGET T0335 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.259 0.118 0.108 0.129 0.134 0.094 0.065 0.044 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 2 I 0.157 0.135 0.150 0.189 0.147 0.099 0.061 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 S 0.397 0.196 0.130 0.109 0.078 0.044 0.021 0.010 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 N 0.424 0.232 0.159 0.097 0.052 0.018 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 A 0.610 0.202 0.097 0.047 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 K 0.171 0.140 0.154 0.174 0.199 0.089 0.037 0.019 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.054 0.037 0.055 0.135 0.201 0.193 0.143 0.108 0.043 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 8 A 0.393 0.250 0.142 0.100 0.058 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.193 0.160 0.183 0.154 0.132 0.082 0.047 0.024 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 10 I 0.034 0.027 0.048 0.095 0.187 0.220 0.170 0.110 0.063 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 11 N 0.094 0.101 0.125 0.184 0.177 0.126 0.090 0.049 0.028 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 12 E 0.251 0.149 0.136 0.132 0.121 0.083 0.053 0.035 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 13 L 0.064 0.049 0.069 0.129 0.181 0.166 0.122 0.098 0.065 0.033 0.015 0.005 0.003 0.001 14 A 0.058 0.058 0.101 0.174 0.190 0.161 0.127 0.060 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 15 A 0.351 0.188 0.144 0.120 0.091 0.049 0.027 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 16 K 0.294 0.177 0.148 0.155 0.110 0.057 0.030 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 17 A 0.318 0.158 0.145 0.144 0.121 0.057 0.027 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.332 0.165 0.147 0.154 0.114 0.046 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.451 0.172 0.135 0.107 0.069 0.036 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.497 0.171 0.111 0.100 0.069 0.030 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.406 0.170 0.138 0.122 0.092 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.083 0.046 0.061 0.142 0.212 0.198 0.104 0.082 0.041 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 23 T 0.285 0.168 0.149 0.170 0.118 0.053 0.029 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 24 E 0.708 0.147 0.073 0.040 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.542 0.222 0.115 0.061 0.036 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.245 0.147 0.143 0.182 0.160 0.068 0.027 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.664 0.188 0.087 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 A 0.759 0.131 0.068 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.235 0.134 0.114 0.242 0.186 0.062 0.014 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.350 0.213 0.097 0.192 0.092 0.033 0.010 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.781 0.185 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.537 0.276 0.146 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.047 0.036 0.079 0.166 0.303 0.230 0.085 0.037 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 R 0.212 0.233 0.143 0.217 0.125 0.035 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.760 0.213 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 E 0.324 0.407 0.203 0.041 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.043 0.040 0.085 0.128 0.251 0.228 0.131 0.066 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.024 0.045 0.048 0.180 0.315 0.202 0.095 0.039 0.036 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 39 K 0.626 0.284 0.066 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.308 0.271 0.263 0.076 0.047 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 F 0.016 0.016 0.043 0.102 0.241 0.253 0.181 0.094 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 42 R 0.080 0.121 0.178 0.211 0.221 0.109 0.047 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.780 0.147 0.043 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.174 0.200 0.204 0.194 0.130 0.056 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 M 0.027 0.023 0.048 0.112 0.216 0.241 0.162 0.091 0.059 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 46 K 0.257 0.252 0.199 0.159 0.082 0.029 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 N 0.712 0.186 0.068 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.097 0.129 0.153 0.180 0.229 0.113 0.054 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.017 0.028 0.051 0.109 0.217 0.183 0.171 0.134 0.050 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 50 K 0.269 0.146 0.125 0.129 0.101 0.089 0.068 0.031 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 51 S 0.075 0.059 0.104 0.137 0.181 0.139 0.106 0.056 0.058 0.037 0.027 0.012 0.004 0.003 52 V 0.025 0.012 0.021 0.037 0.069 0.111 0.111 0.143 0.135 0.137 0.084 0.069 0.038 0.008 53 K 0.059 0.083 0.093 0.182 0.160 0.113 0.108 0.095 0.050 0.028 0.015 0.008 0.003 0.002 54 I 0.030 0.023 0.035 0.071 0.103 0.154 0.139 0.143 0.115 0.097 0.057 0.023 0.007 0.003 55 I 0.054 0.053 0.081 0.135 0.179 0.179 0.120 0.091 0.056 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 56 D 0.163 0.146 0.143 0.183 0.151 0.086 0.051 0.033 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 57 P 0.310 0.185 0.148 0.144 0.104 0.053 0.024 0.013 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 E 0.520 0.258 0.111 0.063 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 G 0.474 0.245 0.156 0.058 0.033 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 N 0.437 0.191 0.135 0.089 0.079 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 D 0.463 0.197 0.135 0.082 0.071 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.153 0.085 0.102 0.153 0.176 0.142 0.087 0.061 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 63 T 0.231 0.158 0.152 0.172 0.136 0.078 0.038 0.014 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 64 P 0.417 0.170 0.128 0.128 0.070 0.040 0.022 0.010 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 65 E 0.730 0.199 0.050 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.273 0.214 0.217 0.127 0.092 0.042 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.093 0.055 0.084 0.139 0.234 0.178 0.113 0.067 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 68 K 0.474 0.219 0.141 0.094 0.046 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 R 0.780 0.140 0.049 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.364 0.193 0.158 0.136 0.094 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.595 0.160 0.110 0.066 0.043 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.639 0.155 0.081 0.068 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 N 0.674 0.159 0.083 0.046 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.456 0.161 0.127 0.117 0.084 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.599 0.166 0.102 0.062 0.041 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.281 0.113 0.127 0.156 0.155 0.085 0.042 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 H 0.351 0.139 0.128 0.135 0.116 0.064 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.397 0.143 0.115 0.140 0.105 0.049 0.022 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 E 0.591 0.172 0.090 0.072 0.039 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.430 0.169 0.144 0.116 0.078 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 H 0.416 0.137 0.122 0.125 0.094 0.055 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 H 0.570 0.167 0.108 0.073 0.047 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 H 0.540 0.153 0.107 0.089 0.060 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 H 0.478 0.169 0.122 0.097 0.071 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 H 0.449 0.164 0.128 0.099 0.074 0.042 0.022 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001