# TARGET T0335 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0335.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.359 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.070 0.039 0.012 0.046 0.013 0.035 0.572 0.098 0.071 0.018 2 I 0.038 0.128 0.052 0.011 0.054 0.014 0.031 0.477 0.089 0.075 0.031 3 S 0.010 0.155 0.089 0.019 0.035 0.016 0.026 0.513 0.096 0.035 0.006 4 N 0.005 0.025 0.018 0.006 0.010 0.008 0.014 0.707 0.126 0.072 0.009 5 A 0.003 0.016 0.007 0.001 0.008 0.002 0.009 0.866 0.072 0.013 0.003 6 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.045 0.016 0.001 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.049 0.003 0.001 8 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.021 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.024 0.004 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.037 0.007 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.017 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.022 0.003 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.060 0.006 0.001 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.915 0.072 0.004 0.001 16 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.899 0.055 0.013 0.001 17 A 0.007 0.076 0.049 0.006 0.025 0.007 0.049 0.663 0.087 0.026 0.004 18 K 0.020 0.012 0.009 0.009 0.010 0.013 0.051 0.551 0.164 0.129 0.031 19 A 0.011 0.218 0.053 0.048 0.056 0.047 0.138 0.276 0.103 0.042 0.008 20 G 0.020 0.122 0.041 0.020 0.060 0.021 0.042 0.164 0.153 0.297 0.061 21 V 0.076 0.151 0.053 0.002 0.094 0.006 0.028 0.116 0.093 0.325 0.055 22 I 0.175 0.256 0.040 0.005 0.352 0.003 0.005 0.020 0.009 0.043 0.091 23 T 0.003 0.620 0.341 0.003 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.814 0.181 0.003 0.001 25 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.002 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.023 0.014 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.010 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 31 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.003 0.001 34 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.026 0.001 0.001 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.953 0.023 0.002 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.042 0.020 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.077 0.005 0.001 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.940 0.044 0.001 0.001 40 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.940 0.036 0.007 0.001 41 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.871 0.079 0.035 0.001 42 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.896 0.079 0.009 0.001 43 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.933 0.044 0.002 0.001 44 S 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.009 0.919 0.040 0.020 0.001 45 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.833 0.116 0.040 0.002 46 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.825 0.148 0.006 0.001 47 N 0.005 0.007 0.004 0.002 0.009 0.003 0.030 0.766 0.135 0.035 0.003 48 T 0.005 0.011 0.006 0.003 0.013 0.009 0.063 0.627 0.149 0.111 0.003 49 L 0.271 0.044 0.010 0.003 0.161 0.002 0.008 0.152 0.112 0.123 0.114 50 K 0.003 0.024 0.010 0.018 0.013 0.144 0.274 0.396 0.093 0.023 0.003 51 S 0.131 0.072 0.024 0.002 0.162 0.001 0.005 0.034 0.051 0.435 0.081 52 V 0.399 0.098 0.014 0.001 0.409 0.001 0.002 0.009 0.012 0.011 0.046 53 K 0.057 0.348 0.041 0.002 0.510 0.003 0.006 0.013 0.007 0.005 0.008 54 I 0.366 0.100 0.011 0.001 0.451 0.001 0.002 0.004 0.001 0.008 0.057 55 I 0.034 0.405 0.099 0.017 0.339 0.025 0.023 0.019 0.009 0.018 0.012 56 D 0.083 0.220 0.389 0.004 0.270 0.001 0.002 0.014 0.005 0.003 0.011 57 P 0.004 0.014 0.016 0.004 0.004 0.008 0.044 0.650 0.240 0.015 0.003 58 E 0.002 0.458 0.197 0.057 0.026 0.034 0.116 0.071 0.019 0.018 0.003 59 G 0.057 0.160 0.079 0.031 0.090 0.004 0.003 0.003 0.007 0.268 0.297 60 N 0.059 0.170 0.126 0.024 0.109 0.018 0.036 0.087 0.080 0.155 0.133 61 D 0.166 0.168 0.046 0.004 0.284 0.006 0.013 0.049 0.051 0.123 0.090 62 V 0.123 0.360 0.106 0.006 0.309 0.003 0.007 0.015 0.015 0.030 0.026 63 T 0.018 0.536 0.353 0.004 0.066 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.004 64 P 0.005 0.041 0.022 0.002 0.014 0.001 0.002 0.752 0.149 0.011 0.002 65 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.059 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.024 0.007 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.023 0.006 0.001 68 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.033 0.004 0.001 69 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.022 0.005 0.001 70 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.952 0.027 0.005 0.001 71 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.935 0.037 0.010 0.001 72 R 0.003 0.014 0.009 0.004 0.005 0.007 0.023 0.877 0.049 0.008 0.001 73 N 0.007 0.015 0.010 0.008 0.010 0.009 0.030 0.801 0.061 0.041 0.008 74 N 0.025 0.271 0.084 0.013 0.099 0.012 0.023 0.372 0.047 0.043 0.012 75 K 0.069 0.034 0.013 0.007 0.051 0.009 0.020 0.500 0.089 0.146 0.062 76 L 0.077 0.097 0.029 0.010 0.103 0.014 0.030 0.493 0.070 0.050 0.026 77 H 0.069 0.115 0.053 0.021 0.114 0.014 0.022 0.425 0.074 0.063 0.030 78 L 0.052 0.068 0.025 0.010 0.079 0.009 0.020 0.520 0.144 0.053 0.019 79 E 0.035 0.058 0.025 0.010 0.057 0.020 0.059 0.549 0.126 0.044 0.016 80 H 0.063 0.071 0.041 0.015 0.089 0.013 0.044 0.379 0.121 0.131 0.034 81 H 0.071 0.093 0.038 0.015 0.100 0.020 0.046 0.363 0.125 0.097 0.034 82 H 0.060 0.079 0.036 0.023 0.075 0.026 0.048 0.243 0.147 0.211 0.052 83 H 0.093 0.125 0.062 0.022 0.154 0.018 0.034 0.192 0.115 0.137 0.047 84 H 0.063 0.103 0.054 0.021 0.101 0.023 0.043 0.246 0.164 0.142 0.040 85 H 0.096 0.132 0.067 0.024 0.146 0.019 0.050 0.182 0.102 0.131 0.053