# TARGET T0332 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1073 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.077 0.014 0.011 0.019 0.268 0.611 2 G 0.137 0.037 0.018 0.021 0.310 0.478 3 K 0.164 0.039 0.025 0.021 0.293 0.458 4 S 0.114 0.028 0.029 0.022 0.322 0.485 5 I 0.110 0.034 0.021 0.011 0.341 0.483 6 S 0.088 0.014 0.014 0.006 0.396 0.482 7 R 0.121 0.004 0.008 0.003 0.331 0.534 8 L 0.674 0.009 0.003 0.003 0.102 0.209 9 I 0.956 0.004 0.001 0.001 0.009 0.030 10 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 11 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 12 A 0.887 0.004 0.002 0.002 0.021 0.083 13 S 0.441 0.005 0.009 0.005 0.172 0.368 14 L 0.123 0.019 0.009 0.004 0.481 0.365 15 I 0.031 0.038 0.007 0.005 0.639 0.280 16 D 0.014 0.032 0.007 0.007 0.642 0.298 17 K 0.005 0.030 0.005 0.011 0.679 0.269 18 P 0.004 0.009 0.027 0.323 0.490 0.147 19 T 0.004 0.006 0.018 0.544 0.258 0.170 20 N 0.001 0.002 0.003 0.973 0.014 0.008 21 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 22 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 29 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 30 V 0.001 0.001 0.008 0.974 0.012 0.005 31 F 0.001 0.001 0.009 0.885 0.035 0.068 32 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.068 0.922 33 A 0.024 0.001 0.002 0.002 0.152 0.818 34 S 0.223 0.004 0.007 0.002 0.149 0.616 35 V 0.932 0.003 0.003 0.001 0.020 0.039 36 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 37 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 38 V 0.907 0.004 0.001 0.002 0.026 0.060 39 G 0.449 0.019 0.008 0.004 0.238 0.282 40 S 0.048 0.005 0.038 0.010 0.665 0.233 41 L 0.025 0.006 0.084 0.017 0.688 0.180 42 Q 0.051 0.033 0.074 0.018 0.621 0.203 43 C 0.092 0.048 0.051 0.025 0.461 0.323 44 I 0.073 0.017 0.036 0.028 0.459 0.388 45 S 0.022 0.019 0.058 0.062 0.542 0.297 46 D 0.011 0.014 0.031 0.106 0.425 0.413 47 K 0.012 0.008 0.011 0.159 0.263 0.546 48 Q 0.001 0.001 0.009 0.958 0.018 0.014 49 F 0.003 0.001 0.010 0.967 0.015 0.005 50 Q 0.003 0.001 0.017 0.961 0.016 0.003 51 H 0.004 0.001 0.016 0.957 0.017 0.005 52 L 0.005 0.001 0.015 0.930 0.038 0.012 53 S 0.004 0.001 0.015 0.908 0.048 0.025 54 V 0.004 0.002 0.018 0.824 0.077 0.075 55 S 0.009 0.007 0.041 0.669 0.158 0.116 56 A 0.010 0.003 0.057 0.475 0.279 0.175 57 E 0.017 0.003 0.041 0.103 0.439 0.398 58 Q 0.114 0.011 0.045 0.064 0.447 0.319 59 W 0.310 0.020 0.042 0.046 0.303 0.279 60 L 0.445 0.014 0.040 0.053 0.213 0.235 61 P 0.641 0.013 0.020 0.023 0.111 0.193 62 L 0.590 0.006 0.010 0.013 0.122 0.260 63 V 0.560 0.005 0.009 0.010 0.110 0.305 64 E 0.788 0.006 0.007 0.007 0.056 0.137 65 V 0.784 0.010 0.007 0.006 0.064 0.130 66 K 0.778 0.015 0.004 0.004 0.059 0.140 67 P 0.369 0.020 0.008 0.007 0.190 0.407 68 P 0.081 0.023 0.005 0.010 0.201 0.680 69 Q 0.022 0.009 0.003 0.013 0.128 0.825 70 L 0.001 0.001 0.011 0.957 0.021 0.010 71 I 0.001 0.001 0.004 0.979 0.014 0.002 72 D 0.001 0.001 0.004 0.986 0.010 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 74 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.977 0.016 0.003 76 Q 0.001 0.001 0.004 0.976 0.015 0.005 77 K 0.001 0.001 0.012 0.956 0.024 0.007 78 K 0.001 0.001 0.036 0.915 0.037 0.011 79 T 0.002 0.001 0.045 0.851 0.072 0.030 80 E 0.010 0.001 0.033 0.613 0.161 0.182 81 G 0.011 0.001 0.001 0.006 0.117 0.864 82 Y 0.218 0.003 0.001 0.001 0.094 0.682 83 T 0.847 0.005 0.001 0.001 0.033 0.114 84 I 0.969 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 85 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 86 G 0.950 0.002 0.001 0.001 0.011 0.035 87 V 0.875 0.004 0.002 0.002 0.032 0.084 88 E 0.633 0.009 0.003 0.003 0.108 0.243 89 Q 0.266 0.027 0.010 0.009 0.299 0.389 90 T 0.066 0.017 0.017 0.009 0.739 0.152 91 A 0.046 0.009 0.049 0.016 0.793 0.088 92 K 0.035 0.005 0.026 0.014 0.767 0.153 93 S 0.209 0.044 0.018 0.017 0.491 0.221 94 L 0.315 0.072 0.009 0.029 0.175 0.401 95 D 0.360 0.056 0.019 0.034 0.172 0.359 96 L 0.195 0.015 0.278 0.072 0.277 0.163 97 T 0.145 0.011 0.374 0.071 0.256 0.143 98 Q 0.173 0.012 0.325 0.076 0.269 0.146 99 Y 0.197 0.038 0.109 0.088 0.293 0.275 100 C 0.123 0.022 0.048 0.035 0.425 0.346 101 F 0.056 0.015 0.056 0.037 0.537 0.300 102 P 0.047 0.022 0.049 0.015 0.584 0.283 103 E 0.072 0.007 0.015 0.005 0.605 0.295 104 K 0.190 0.002 0.006 0.002 0.294 0.507 105 S 0.907 0.007 0.001 0.001 0.025 0.060 106 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 107 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 108 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 109 L 0.845 0.004 0.001 0.001 0.024 0.125 110 G 0.272 0.006 0.002 0.002 0.177 0.541 111 N 0.128 0.022 0.004 0.003 0.322 0.521 112 E 0.052 0.049 0.028 0.008 0.402 0.461 113 R 0.019 0.039 0.047 0.009 0.783 0.104 114 E 0.014 0.006 0.044 0.008 0.852 0.076 115 G 0.004 0.003 0.012 0.004 0.808 0.169 116 I 0.006 0.057 0.002 0.004 0.540 0.390 117 P 0.001 0.005 0.001 0.009 0.083 0.901 118 A 0.001 0.001 0.008 0.893 0.043 0.055 119 N 0.001 0.001 0.012 0.927 0.047 0.012 120 L 0.001 0.002 0.033 0.924 0.036 0.003 121 I 0.002 0.001 0.069 0.898 0.026 0.004 122 Q 0.002 0.001 0.102 0.825 0.059 0.012 123 Q 0.007 0.003 0.105 0.644 0.187 0.053 124 L 0.034 0.007 0.031 0.191 0.449 0.288 125 D 0.038 0.001 0.016 0.048 0.392 0.504 126 V 0.710 0.006 0.006 0.013 0.106 0.159 127 C 0.936 0.010 0.001 0.002 0.016 0.034 128 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 129 E 0.961 0.002 0.001 0.001 0.006 0.030 130 I 0.835 0.021 0.001 0.001 0.020 0.122 131 P 0.390 0.008 0.008 0.006 0.370 0.218 132 Q 0.081 0.006 0.027 0.013 0.690 0.183 133 Q 0.043 0.015 0.021 0.020 0.765 0.136 134 G 0.028 0.007 0.025 0.039 0.796 0.105 135 I 0.078 0.017 0.022 0.165 0.387 0.331 136 I 0.137 0.048 0.033 0.346 0.252 0.185 137 R 0.140 0.015 0.031 0.415 0.187 0.211 138 S 0.151 0.018 0.022 0.480 0.112 0.218 139 L 0.054 0.008 0.011 0.826 0.044 0.057 140 N 0.016 0.001 0.005 0.942 0.014 0.023 141 V 0.007 0.001 0.002 0.983 0.003 0.004 142 H 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 143 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 151 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.004 152 Y 0.003 0.001 0.007 0.966 0.014 0.009 153 T 0.006 0.001 0.012 0.929 0.031 0.021 154 R 0.006 0.002 0.025 0.867 0.060 0.039 155 Q 0.006 0.001 0.031 0.806 0.096 0.061 156 Q 0.006 0.003 0.038 0.756 0.101 0.096 157 L 0.006 0.006 0.027 0.182 0.177 0.602 158 L 0.003 0.002 0.010 0.068 0.114 0.802 159 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.978