# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 286.338 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.015 0.002 0.001 0.016 0.017 0.033 0.110 0.002 0.001 0.027 0.776 2 G 0.020 0.001 0.001 0.008 0.020 0.029 0.089 0.002 0.001 0.026 0.804 3 K 0.021 0.001 0.001 0.016 0.073 0.049 0.112 0.003 0.001 0.042 0.682 4 S 0.039 0.001 0.001 0.040 0.025 0.049 0.146 0.002 0.001 0.054 0.643 5 I 0.027 0.001 0.001 0.045 0.022 0.033 0.160 0.003 0.001 0.042 0.668 6 S 0.005 0.001 0.001 0.147 0.039 0.042 0.166 0.001 0.001 0.021 0.578 7 R 0.001 0.001 0.001 0.292 0.075 0.155 0.079 0.001 0.001 0.044 0.354 8 L 0.001 0.001 0.001 0.562 0.110 0.167 0.018 0.001 0.001 0.045 0.097 9 I 0.001 0.001 0.001 0.693 0.128 0.099 0.007 0.001 0.001 0.027 0.045 10 V 0.001 0.001 0.001 0.653 0.172 0.108 0.005 0.001 0.001 0.025 0.036 11 V 0.005 0.001 0.001 0.597 0.111 0.153 0.016 0.001 0.001 0.051 0.066 12 A 0.040 0.001 0.001 0.387 0.071 0.158 0.066 0.002 0.001 0.070 0.204 13 S 0.033 0.002 0.001 0.143 0.042 0.155 0.132 0.004 0.001 0.051 0.436 14 L 0.055 0.002 0.001 0.067 0.040 0.062 0.164 0.001 0.001 0.042 0.564 15 I 0.007 0.001 0.001 0.041 0.083 0.089 0.182 0.002 0.001 0.036 0.558 16 D 0.018 0.003 0.001 0.033 0.016 0.020 0.152 0.003 0.001 0.041 0.713 17 K 0.290 0.019 0.003 0.021 0.018 0.014 0.105 0.011 0.002 0.139 0.379 18 P 0.067 0.057 0.002 0.006 0.003 0.005 0.137 0.003 0.001 0.068 0.652 19 T 0.025 0.127 0.001 0.007 0.006 0.018 0.123 0.005 0.001 0.040 0.648 20 N 0.035 0.695 0.001 0.006 0.005 0.010 0.037 0.002 0.001 0.091 0.119 21 L 0.008 0.898 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.038 0.036 22 G 0.008 0.926 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.031 0.023 23 G 0.002 0.204 0.001 0.004 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.761 0.012 24 L 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.008 25 C 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 26 R 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.007 27 T 0.022 0.863 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.054 0.044 28 C 0.051 0.127 0.205 0.002 0.001 0.001 0.023 0.021 0.132 0.345 0.092 29 E 0.429 0.083 0.016 0.003 0.001 0.002 0.065 0.016 0.016 0.147 0.221 30 V 0.065 0.008 0.007 0.006 0.001 0.002 0.117 0.002 0.008 0.056 0.729 31 F 0.043 0.004 0.003 0.017 0.003 0.005 0.247 0.002 0.001 0.054 0.622 32 G 0.019 0.004 0.001 0.063 0.003 0.013 0.223 0.004 0.001 0.064 0.606 33 A 0.011 0.003 0.001 0.070 0.010 0.014 0.167 0.002 0.001 0.066 0.656 34 S 0.002 0.003 0.001 0.583 0.025 0.070 0.049 0.001 0.001 0.080 0.186 35 V 0.002 0.001 0.001 0.463 0.034 0.089 0.035 0.001 0.001 0.079 0.296 36 L 0.001 0.001 0.001 0.806 0.073 0.046 0.009 0.001 0.001 0.018 0.046 37 V 0.001 0.001 0.001 0.708 0.068 0.100 0.017 0.001 0.001 0.033 0.070 38 V 0.025 0.002 0.002 0.534 0.040 0.066 0.052 0.001 0.002 0.039 0.236 39 G 0.165 0.012 0.002 0.154 0.017 0.039 0.127 0.017 0.003 0.055 0.410 40 S 0.210 0.032 0.001 0.029 0.009 0.021 0.122 0.007 0.001 0.053 0.514 41 L 0.052 0.013 0.001 0.032 0.033 0.062 0.125 0.003 0.001 0.029 0.651 42 Q 0.016 0.020 0.002 0.020 0.062 0.085 0.136 0.003 0.001 0.034 0.623 43 C 0.084 0.053 0.003 0.013 0.041 0.037 0.111 0.006 0.002 0.041 0.610 44 I 0.208 0.139 0.003 0.007 0.020 0.019 0.100 0.012 0.002 0.054 0.435 45 S 0.084 0.171 0.003 0.005 0.005 0.010 0.083 0.005 0.001 0.035 0.599 46 D 0.035 0.606 0.003 0.004 0.003 0.005 0.036 0.005 0.001 0.030 0.272 47 K 0.036 0.818 0.002 0.002 0.005 0.005 0.015 0.005 0.001 0.016 0.097 48 Q 0.038 0.794 0.002 0.003 0.004 0.006 0.017 0.006 0.001 0.023 0.107 49 F 0.052 0.331 0.004 0.011 0.020 0.021 0.045 0.007 0.001 0.318 0.190 50 Q 0.055 0.541 0.006 0.011 0.009 0.012 0.051 0.010 0.002 0.135 0.168 51 H 0.116 0.176 0.009 0.024 0.015 0.026 0.063 0.014 0.002 0.347 0.209 52 L 0.035 0.320 0.013 0.040 0.016 0.033 0.068 0.007 0.005 0.095 0.367 53 S 0.133 0.105 0.014 0.015 0.018 0.038 0.090 0.009 0.006 0.072 0.501 54 V 0.077 0.113 0.016 0.028 0.018 0.032 0.084 0.019 0.008 0.086 0.520 55 S 0.283 0.081 0.005 0.008 0.008 0.018 0.099 0.010 0.004 0.046 0.438 56 A 0.121 0.048 0.011 0.029 0.009 0.025 0.098 0.016 0.005 0.064 0.576 57 E 0.125 0.018 0.003 0.020 0.018 0.032 0.130 0.004 0.001 0.044 0.606 58 Q 0.028 0.011 0.003 0.056 0.057 0.085 0.137 0.004 0.001 0.040 0.578 59 W 0.031 0.011 0.002 0.039 0.024 0.040 0.114 0.003 0.001 0.032 0.703 60 L 0.056 0.005 0.002 0.041 0.117 0.117 0.117 0.013 0.001 0.070 0.462 61 P 0.027 0.005 0.002 0.047 0.026 0.059 0.101 0.003 0.001 0.031 0.700 62 L 0.059 0.007 0.002 0.043 0.045 0.088 0.083 0.011 0.001 0.054 0.607 63 V 0.055 0.004 0.001 0.066 0.048 0.070 0.101 0.004 0.001 0.048 0.605 64 E 0.011 0.001 0.001 0.028 0.039 0.060 0.094 0.001 0.001 0.022 0.745 65 V 0.002 0.001 0.001 0.059 0.051 0.046 0.126 0.001 0.001 0.019 0.694 66 K 0.040 0.040 0.001 0.020 0.026 0.022 0.135 0.009 0.001 0.039 0.668 67 P 0.210 0.412 0.002 0.007 0.003 0.002 0.043 0.008 0.001 0.037 0.276 68 P 0.024 0.391 0.002 0.008 0.001 0.003 0.057 0.005 0.001 0.052 0.457 69 Q 0.008 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.019 0.037 70 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 71 I 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.013 72 D 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 73 Y 0.010 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.005 0.011 74 L 0.034 0.795 0.010 0.003 0.001 0.001 0.008 0.014 0.003 0.088 0.043 75 Q 0.054 0.166 0.010 0.003 0.002 0.003 0.035 0.002 0.005 0.552 0.169 76 Q 0.057 0.247 0.034 0.007 0.001 0.004 0.070 0.007 0.016 0.220 0.337 77 K 0.200 0.018 0.126 0.006 0.002 0.005 0.070 0.014 0.067 0.133 0.358 78 K 0.301 0.008 0.003 0.008 0.002 0.005 0.067 0.004 0.003 0.044 0.555 79 T 0.045 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.067 0.001 0.001 0.018 0.861 80 E 0.008 0.001 0.001 0.013 0.003 0.009 0.144 0.001 0.001 0.025 0.795 81 G 0.003 0.001 0.001 0.037 0.013 0.034 0.155 0.001 0.001 0.034 0.721 82 Y 0.002 0.002 0.001 0.186 0.061 0.073 0.088 0.001 0.001 0.059 0.528 83 T 0.001 0.001 0.001 0.542 0.119 0.165 0.021 0.001 0.001 0.071 0.079 84 I 0.001 0.002 0.001 0.375 0.190 0.215 0.017 0.001 0.001 0.054 0.145 85 I 0.001 0.001 0.001 0.519 0.191 0.165 0.014 0.001 0.001 0.027 0.081 86 G 0.004 0.001 0.001 0.244 0.200 0.251 0.023 0.001 0.001 0.155 0.120 87 V 0.010 0.008 0.001 0.225 0.155 0.221 0.056 0.001 0.001 0.087 0.235 88 E 0.105 0.038 0.008 0.086 0.106 0.144 0.102 0.005 0.009 0.067 0.331 89 Q 0.094 0.017 0.009 0.034 0.086 0.094 0.107 0.011 0.008 0.083 0.457 90 T 0.235 0.062 0.002 0.013 0.026 0.044 0.085 0.016 0.002 0.064 0.452 91 A 0.202 0.058 0.008 0.015 0.010 0.023 0.075 0.009 0.003 0.061 0.534 92 K 0.044 0.061 0.004 0.018 0.024 0.050 0.121 0.006 0.001 0.037 0.634 93 S 0.053 0.019 0.002 0.014 0.045 0.068 0.100 0.003 0.001 0.086 0.610 94 L 0.025 0.055 0.004 0.033 0.071 0.075 0.124 0.006 0.001 0.070 0.535 95 D 0.174 0.117 0.008 0.021 0.041 0.078 0.100 0.013 0.004 0.056 0.387 96 L 0.158 0.052 0.012 0.029 0.040 0.077 0.092 0.020 0.005 0.072 0.444 97 T 0.118 0.020 0.001 0.018 0.035 0.098 0.084 0.010 0.001 0.060 0.555 98 Q 0.067 0.004 0.002 0.026 0.023 0.046 0.089 0.002 0.001 0.050 0.690 99 Y 0.011 0.001 0.001 0.020 0.043 0.046 0.111 0.001 0.001 0.027 0.737 100 C 0.017 0.001 0.001 0.008 0.016 0.015 0.090 0.001 0.001 0.021 0.830 101 F 0.041 0.001 0.001 0.015 0.031 0.027 0.176 0.007 0.001 0.069 0.632 102 P 0.101 0.003 0.001 0.027 0.007 0.010 0.164 0.002 0.001 0.060 0.623 103 E 0.017 0.001 0.001 0.047 0.010 0.015 0.185 0.002 0.001 0.026 0.695 104 K 0.003 0.002 0.001 0.230 0.037 0.035 0.143 0.001 0.001 0.044 0.504 105 S 0.001 0.001 0.001 0.719 0.041 0.054 0.030 0.001 0.001 0.064 0.090 106 L 0.001 0.001 0.001 0.839 0.034 0.030 0.010 0.001 0.001 0.030 0.055 107 L 0.001 0.001 0.001 0.878 0.048 0.028 0.006 0.001 0.001 0.014 0.026 108 L 0.001 0.001 0.001 0.858 0.029 0.036 0.012 0.001 0.001 0.020 0.044 109 L 0.008 0.001 0.001 0.729 0.026 0.070 0.032 0.001 0.001 0.046 0.087 110 G 0.028 0.011 0.002 0.304 0.033 0.113 0.148 0.002 0.004 0.110 0.243 111 N 0.116 0.024 0.011 0.093 0.030 0.054 0.195 0.004 0.016 0.087 0.369 112 E 0.229 0.029 0.002 0.024 0.025 0.041 0.143 0.031 0.002 0.098 0.377 113 R 0.285 0.022 0.001 0.009 0.007 0.014 0.131 0.005 0.001 0.052 0.475 114 E 0.014 0.006 0.001 0.012 0.008 0.022 0.150 0.001 0.001 0.025 0.761 115 G 0.009 0.019 0.001 0.010 0.012 0.018 0.167 0.001 0.001 0.064 0.699 116 I 0.008 0.121 0.001 0.006 0.030 0.016 0.129 0.012 0.001 0.085 0.591 117 P 0.043 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.003 0.020 118 A 0.026 0.854 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.053 0.053 119 N 0.019 0.859 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.032 0.066 120 L 0.077 0.809 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.043 0.045 121 I 0.066 0.499 0.062 0.004 0.002 0.003 0.027 0.018 0.035 0.138 0.145 122 Q 0.201 0.293 0.004 0.004 0.003 0.006 0.073 0.006 0.003 0.059 0.346 123 Q 0.048 0.053 0.044 0.012 0.004 0.012 0.085 0.009 0.025 0.141 0.566 124 L 0.146 0.045 0.007 0.020 0.008 0.015 0.190 0.011 0.002 0.118 0.438 125 D 0.028 0.022 0.004 0.064 0.009 0.045 0.118 0.003 0.002 0.136 0.571 126 V 0.012 0.008 0.002 0.061 0.027 0.080 0.135 0.002 0.001 0.121 0.551 127 C 0.009 0.002 0.001 0.126 0.051 0.110 0.089 0.001 0.001 0.135 0.475 128 V 0.003 0.002 0.001 0.153 0.096 0.137 0.074 0.001 0.001 0.046 0.488 129 E 0.016 0.003 0.001 0.133 0.086 0.161 0.080 0.002 0.001 0.095 0.422 130 I 0.046 0.003 0.003 0.086 0.096 0.108 0.105 0.005 0.002 0.104 0.441 131 P 0.109 0.009 0.002 0.048 0.027 0.050 0.104 0.005 0.003 0.055 0.587 132 Q 0.269 0.025 0.002 0.018 0.019 0.032 0.096 0.012 0.001 0.040 0.487 133 Q 0.056 0.017 0.002 0.023 0.019 0.035 0.117 0.006 0.001 0.034 0.690 134 G 0.032 0.044 0.003 0.041 0.046 0.090 0.118 0.005 0.001 0.063 0.557 135 I 0.036 0.101 0.002 0.038 0.100 0.116 0.096 0.004 0.001 0.106 0.400 136 I 0.028 0.236 0.003 0.042 0.060 0.067 0.083 0.002 0.001 0.075 0.402 137 R 0.008 0.568 0.001 0.028 0.048 0.072 0.039 0.002 0.001 0.083 0.150 138 S 0.008 0.856 0.001 0.005 0.009 0.015 0.011 0.001 0.001 0.044 0.051 139 L 0.005 0.879 0.001 0.006 0.008 0.011 0.007 0.001 0.001 0.053 0.028 140 N 0.002 0.633 0.001 0.003 0.006 0.010 0.005 0.001 0.001 0.325 0.015 141 V 0.001 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 142 H 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 143 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 144 S 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 145 G 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 146 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 147 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 148 L 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 149 I 0.002 0.372 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.612 0.004 150 W 0.002 0.844 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.127 0.013 151 E 0.012 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.013 152 Y 0.019 0.834 0.013 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.007 0.044 0.065 153 T 0.123 0.462 0.035 0.002 0.002 0.004 0.040 0.011 0.033 0.088 0.198 154 R 0.249 0.291 0.036 0.004 0.002 0.005 0.033 0.058 0.030 0.075 0.217 155 Q 0.267 0.026 0.016 0.004 0.002 0.005 0.074 0.009 0.019 0.038 0.541 156 Q 0.036 0.008 0.001 0.009 0.003 0.006 0.100 0.001 0.001 0.013 0.822 157 L 0.012 0.007 0.001 0.007 0.002 0.004 0.101 0.001 0.001 0.015 0.848 158 L 0.056 0.004 0.002 0.010 0.012 0.012 0.189 0.028 0.001 0.070 0.617 159 S 0.125 0.014 0.001 0.018 0.004 0.008 0.107 0.006 0.001 0.044 0.672