# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 286.338 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.050 0.036 0.008 0.011 0.015 0.019 0.033 0.005 0.001 0.002 0.822 2 G 0.105 0.010 0.004 0.015 0.023 0.025 0.131 0.010 0.001 0.011 0.667 3 K 0.325 0.008 0.092 0.011 0.010 0.018 0.074 0.001 0.001 0.018 0.442 4 S 0.017 0.006 0.002 0.031 0.039 0.028 0.109 0.002 0.001 0.001 0.765 5 I 0.047 0.004 0.003 0.038 0.024 0.036 0.080 0.001 0.001 0.009 0.759 6 S 0.076 0.008 0.001 0.105 0.092 0.120 0.248 0.002 0.001 0.015 0.332 7 R 0.060 0.003 0.005 0.063 0.032 0.039 0.090 0.001 0.001 0.014 0.693 8 L 0.048 0.002 0.006 0.388 0.145 0.185 0.087 0.001 0.001 0.011 0.128 9 I 0.011 0.001 0.003 0.468 0.214 0.204 0.039 0.001 0.001 0.003 0.057 10 V 0.001 0.001 0.001 0.588 0.181 0.195 0.009 0.001 0.001 0.001 0.025 11 V 0.001 0.001 0.001 0.481 0.189 0.300 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 12 A 0.001 0.001 0.001 0.510 0.158 0.264 0.011 0.001 0.001 0.001 0.055 13 S 0.001 0.001 0.001 0.387 0.161 0.262 0.038 0.001 0.001 0.001 0.148 14 L 0.007 0.001 0.001 0.202 0.106 0.191 0.073 0.001 0.001 0.007 0.411 15 I 0.014 0.002 0.001 0.116 0.070 0.150 0.109 0.001 0.001 0.009 0.528 16 D 0.028 0.003 0.002 0.072 0.076 0.162 0.121 0.001 0.001 0.013 0.522 17 K 0.060 0.004 0.003 0.023 0.044 0.062 0.124 0.001 0.001 0.005 0.674 18 P 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.974 19 T 0.037 0.006 0.002 0.018 0.020 0.054 0.193 0.001 0.001 0.010 0.659 20 N 0.184 0.015 0.001 0.012 0.019 0.024 0.206 0.001 0.001 0.012 0.525 21 L 0.179 0.148 0.004 0.034 0.022 0.042 0.085 0.002 0.001 0.007 0.477 22 G 0.062 0.257 0.005 0.054 0.040 0.074 0.130 0.001 0.001 0.007 0.371 23 G 0.040 0.315 0.002 0.030 0.032 0.049 0.147 0.002 0.001 0.005 0.379 24 L 0.019 0.742 0.003 0.020 0.020 0.057 0.025 0.002 0.001 0.001 0.112 25 C 0.014 0.859 0.001 0.014 0.023 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.037 26 R 0.009 0.905 0.001 0.004 0.005 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 27 T 0.018 0.879 0.002 0.002 0.004 0.007 0.006 0.006 0.001 0.001 0.076 28 C 0.021 0.924 0.002 0.003 0.005 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.033 29 E 0.007 0.937 0.002 0.003 0.004 0.009 0.005 0.005 0.001 0.001 0.027 30 V 0.046 0.876 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.047 31 F 0.071 0.860 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.034 0.001 0.001 0.020 32 G 0.410 0.188 0.031 0.002 0.007 0.005 0.018 0.122 0.001 0.006 0.210 33 A 0.013 0.007 0.910 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.052 34 S 0.007 0.003 0.014 0.341 0.143 0.121 0.072 0.006 0.001 0.002 0.293 35 V 0.033 0.001 0.038 0.383 0.058 0.057 0.023 0.001 0.001 0.003 0.404 36 L 0.001 0.001 0.001 0.783 0.079 0.112 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 37 V 0.003 0.001 0.001 0.732 0.048 0.066 0.022 0.001 0.001 0.001 0.127 38 V 0.002 0.001 0.001 0.792 0.063 0.091 0.012 0.001 0.001 0.001 0.039 39 G 0.002 0.001 0.001 0.368 0.096 0.175 0.062 0.001 0.001 0.003 0.291 40 S 0.004 0.001 0.001 0.132 0.043 0.073 0.073 0.001 0.001 0.005 0.669 41 L 0.008 0.001 0.001 0.045 0.025 0.055 0.131 0.001 0.001 0.009 0.725 42 Q 0.088 0.002 0.001 0.033 0.035 0.048 0.214 0.001 0.001 0.021 0.558 43 C 0.187 0.009 0.004 0.028 0.027 0.043 0.118 0.001 0.001 0.014 0.571 44 I 0.081 0.016 0.003 0.037 0.043 0.068 0.154 0.001 0.001 0.006 0.591 45 S 0.062 0.011 0.002 0.014 0.013 0.024 0.089 0.001 0.001 0.004 0.780 46 D 0.054 0.016 0.002 0.009 0.016 0.025 0.157 0.001 0.001 0.007 0.713 47 K 0.109 0.028 0.003 0.008 0.010 0.018 0.312 0.002 0.001 0.021 0.490 48 Q 0.104 0.085 0.004 0.008 0.008 0.011 0.264 0.002 0.001 0.017 0.496 49 F 0.073 0.195 0.005 0.012 0.016 0.021 0.286 0.003 0.001 0.015 0.373 50 Q 0.071 0.434 0.007 0.011 0.022 0.046 0.143 0.004 0.001 0.008 0.256 51 H 0.040 0.652 0.003 0.020 0.054 0.098 0.024 0.004 0.001 0.003 0.102 52 L 0.021 0.685 0.002 0.005 0.013 0.029 0.014 0.004 0.001 0.001 0.226 53 S 0.071 0.698 0.002 0.006 0.017 0.021 0.013 0.019 0.001 0.001 0.152 54 V 0.082 0.720 0.006 0.011 0.015 0.018 0.015 0.025 0.001 0.002 0.104 55 S 0.074 0.624 0.017 0.008 0.015 0.026 0.080 0.015 0.001 0.005 0.135 56 A 0.065 0.444 0.013 0.010 0.011 0.020 0.052 0.019 0.001 0.002 0.364 57 E 0.219 0.338 0.007 0.011 0.015 0.011 0.038 0.029 0.001 0.007 0.325 58 Q 0.330 0.228 0.056 0.006 0.012 0.017 0.149 0.012 0.001 0.020 0.169 59 W 0.098 0.300 0.066 0.049 0.067 0.102 0.045 0.026 0.001 0.004 0.242 60 L 0.092 0.123 0.011 0.082 0.102 0.135 0.039 0.010 0.001 0.003 0.403 61 P 0.007 0.004 0.003 0.008 0.009 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.950 62 L 0.047 0.008 0.007 0.123 0.106 0.229 0.057 0.004 0.001 0.004 0.415 63 V 0.083 0.008 0.007 0.146 0.073 0.075 0.047 0.002 0.001 0.003 0.557 64 E 0.029 0.010 0.001 0.107 0.069 0.122 0.050 0.001 0.001 0.003 0.607 65 V 0.039 0.005 0.003 0.185 0.137 0.257 0.066 0.002 0.001 0.004 0.303 66 K 0.035 0.006 0.003 0.103 0.036 0.077 0.080 0.002 0.001 0.003 0.656 67 P 0.020 0.002 0.004 0.045 0.020 0.039 0.080 0.001 0.001 0.002 0.786 68 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.982 69 Q 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.302 0.001 0.001 0.002 0.676 70 L 0.299 0.016 0.001 0.006 0.001 0.003 0.105 0.001 0.001 0.007 0.562 71 I 0.049 0.295 0.001 0.006 0.002 0.003 0.086 0.001 0.001 0.001 0.556 72 D 0.048 0.361 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.001 0.001 0.001 0.463 73 Y 0.015 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.095 74 L 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 75 Q 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 76 Q 0.032 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 77 K 0.058 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.021 78 K 0.032 0.883 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.052 79 T 0.077 0.622 0.019 0.001 0.002 0.004 0.013 0.042 0.001 0.001 0.218 80 E 0.271 0.370 0.008 0.005 0.006 0.006 0.029 0.074 0.001 0.002 0.229 81 G 0.618 0.037 0.025 0.013 0.008 0.006 0.052 0.056 0.001 0.016 0.168 82 Y 0.030 0.003 0.806 0.032 0.011 0.008 0.013 0.001 0.001 0.002 0.095 83 T 0.001 0.001 0.007 0.512 0.158 0.142 0.053 0.001 0.001 0.001 0.124 84 I 0.002 0.001 0.002 0.517 0.094 0.185 0.019 0.001 0.001 0.001 0.179 85 I 0.001 0.001 0.001 0.716 0.106 0.158 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 86 G 0.001 0.002 0.001 0.598 0.105 0.160 0.024 0.001 0.001 0.001 0.109 87 V 0.002 0.003 0.001 0.582 0.117 0.217 0.018 0.001 0.001 0.001 0.059 88 E 0.005 0.006 0.001 0.282 0.131 0.307 0.066 0.001 0.001 0.004 0.197 89 Q 0.022 0.014 0.001 0.126 0.141 0.243 0.154 0.003 0.001 0.015 0.281 90 T 0.061 0.029 0.006 0.034 0.052 0.079 0.212 0.004 0.001 0.012 0.510 91 A 0.034 0.033 0.006 0.021 0.032 0.037 0.128 0.004 0.001 0.011 0.695 92 K 0.095 0.040 0.006 0.006 0.016 0.024 0.332 0.003 0.001 0.030 0.449 93 S 0.300 0.099 0.012 0.009 0.023 0.031 0.178 0.008 0.001 0.024 0.317 94 L 0.141 0.202 0.013 0.024 0.040 0.042 0.104 0.008 0.001 0.012 0.416 95 D 0.098 0.082 0.009 0.012 0.038 0.046 0.183 0.005 0.001 0.011 0.517 96 L 0.080 0.081 0.018 0.033 0.054 0.096 0.068 0.005 0.001 0.009 0.556 97 T 0.062 0.073 0.005 0.067 0.100 0.108 0.204 0.006 0.001 0.008 0.369 98 Q 0.153 0.046 0.007 0.027 0.038 0.056 0.136 0.008 0.001 0.014 0.515 99 Y 0.242 0.082 0.011 0.084 0.073 0.126 0.106 0.015 0.001 0.011 0.250 100 C 0.161 0.030 0.018 0.060 0.038 0.056 0.120 0.012 0.001 0.012 0.492 101 F 0.065 0.011 0.014 0.048 0.060 0.072 0.100 0.002 0.001 0.004 0.621 102 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 103 E 0.026 0.001 0.001 0.032 0.033 0.076 0.206 0.001 0.001 0.015 0.610 104 K 0.341 0.002 0.003 0.051 0.033 0.054 0.102 0.001 0.001 0.028 0.385 105 S 0.092 0.004 0.006 0.396 0.148 0.142 0.044 0.001 0.001 0.005 0.162 106 L 0.003 0.001 0.001 0.557 0.203 0.197 0.013 0.001 0.001 0.001 0.025 107 L 0.001 0.001 0.001 0.621 0.176 0.188 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 108 L 0.001 0.001 0.001 0.557 0.177 0.251 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 109 L 0.001 0.001 0.001 0.551 0.153 0.258 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 110 G 0.001 0.001 0.001 0.477 0.162 0.248 0.035 0.001 0.001 0.001 0.075 111 N 0.001 0.001 0.001 0.166 0.074 0.167 0.098 0.001 0.001 0.004 0.488 112 E 0.003 0.001 0.001 0.075 0.044 0.071 0.194 0.001 0.001 0.006 0.605 113 R 0.090 0.006 0.001 0.024 0.029 0.035 0.299 0.001 0.001 0.038 0.477 114 E 0.220 0.036 0.003 0.010 0.005 0.010 0.227 0.002 0.001 0.012 0.475 115 G 0.325 0.033 0.006 0.011 0.008 0.007 0.077 0.004 0.001 0.009 0.521 116 I 0.411 0.034 0.065 0.009 0.005 0.017 0.153 0.001 0.001 0.011 0.295 117 P 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.966 118 A 0.003 0.005 0.001 0.005 0.002 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.956 119 N 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.243 0.001 0.001 0.002 0.721 120 L 0.113 0.534 0.001 0.007 0.005 0.008 0.114 0.003 0.001 0.003 0.213 121 I 0.047 0.903 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 122 Q 0.028 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 123 Q 0.068 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.053 124 L 0.138 0.812 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.025 125 D 0.056 0.550 0.051 0.006 0.013 0.021 0.019 0.079 0.001 0.002 0.202 126 V 0.178 0.254 0.056 0.052 0.044 0.051 0.029 0.052 0.001 0.002 0.282 127 C 0.238 0.135 0.037 0.085 0.049 0.063 0.044 0.026 0.001 0.004 0.318 128 V 0.044 0.056 0.029 0.223 0.198 0.195 0.046 0.008 0.001 0.003 0.198 129 E 0.019 0.024 0.015 0.196 0.085 0.149 0.051 0.005 0.001 0.002 0.454 130 I 0.022 0.008 0.005 0.193 0.167 0.219 0.046 0.002 0.001 0.002 0.335 131 P 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.943 132 Q 0.008 0.001 0.001 0.063 0.064 0.190 0.155 0.001 0.001 0.006 0.513 133 Q 0.081 0.004 0.001 0.021 0.013 0.035 0.078 0.001 0.001 0.012 0.754 134 G 0.103 0.019 0.001 0.025 0.040 0.033 0.107 0.001 0.001 0.007 0.665 135 I 0.193 0.024 0.004 0.012 0.012 0.022 0.137 0.001 0.001 0.010 0.586 136 I 0.055 0.074 0.004 0.032 0.047 0.081 0.123 0.001 0.001 0.004 0.580 137 R 0.041 0.122 0.002 0.017 0.032 0.075 0.155 0.001 0.001 0.004 0.550 138 S 0.102 0.193 0.003 0.008 0.015 0.040 0.132 0.005 0.001 0.006 0.497 139 L 0.147 0.208 0.006 0.006 0.006 0.007 0.068 0.005 0.001 0.004 0.544 140 N 0.164 0.128 0.012 0.003 0.003 0.005 0.285 0.006 0.001 0.014 0.380 141 V 0.092 0.297 0.034 0.005 0.003 0.005 0.187 0.002 0.001 0.006 0.369 142 H 0.008 0.634 0.001 0.003 0.003 0.002 0.082 0.001 0.001 0.001 0.266 143 V 0.003 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.175 144 S 0.005 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.053 145 G 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 146 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 147 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 148 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 E 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 152 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 153 T 0.005 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 154 R 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 155 Q 0.032 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 156 Q 0.061 0.858 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.037 157 L 0.212 0.456 0.026 0.002 0.001 0.001 0.003 0.158 0.001 0.001 0.139 158 L 0.096 0.238 0.404 0.011 0.004 0.005 0.013 0.031 0.001 0.002 0.197 159 S 0.040 0.101 0.022 0.031 0.011 0.013 0.057 0.021 0.001 0.001 0.703