# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 286.338 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.055 0.020 0.040 0.053 0.068 0.079 0.011 0.675 2 G 0.185 0.017 0.033 0.068 0.099 0.108 0.022 0.469 3 K 0.113 0.019 0.109 0.077 0.106 0.103 0.008 0.464 4 S 0.024 0.019 0.018 0.067 0.100 0.136 0.006 0.629 5 I 0.101 0.020 0.043 0.054 0.134 0.112 0.013 0.523 6 S 0.033 0.020 0.038 0.077 0.069 0.179 0.017 0.568 7 R 0.100 0.008 0.072 0.068 0.060 0.157 0.043 0.492 8 L 0.181 0.004 0.221 0.089 0.109 0.186 0.014 0.195 9 I 0.007 0.001 0.633 0.173 0.150 0.018 0.002 0.018 10 V 0.001 0.001 0.636 0.142 0.178 0.007 0.001 0.036 11 V 0.001 0.001 0.865 0.049 0.079 0.001 0.001 0.005 12 A 0.001 0.001 0.798 0.073 0.105 0.005 0.001 0.018 13 S 0.001 0.001 0.732 0.078 0.137 0.015 0.001 0.036 14 L 0.007 0.001 0.401 0.055 0.119 0.078 0.005 0.334 15 I 0.021 0.002 0.256 0.034 0.101 0.113 0.005 0.469 16 D 0.016 0.003 0.049 0.020 0.046 0.234 0.010 0.622 17 K 0.064 0.008 0.021 0.014 0.023 0.131 0.009 0.731 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 19 T 0.028 0.019 0.022 0.015 0.023 0.235 0.010 0.648 20 N 0.176 0.062 0.036 0.010 0.011 0.145 0.016 0.544 21 L 0.054 0.294 0.055 0.020 0.030 0.085 0.006 0.456 22 G 0.095 0.232 0.040 0.019 0.035 0.221 0.010 0.347 23 G 0.105 0.357 0.039 0.014 0.020 0.201 0.007 0.257 24 L 0.034 0.744 0.018 0.014 0.023 0.049 0.006 0.112 25 C 0.011 0.893 0.014 0.009 0.012 0.008 0.003 0.049 26 R 0.008 0.930 0.009 0.009 0.012 0.007 0.003 0.022 27 T 0.014 0.913 0.008 0.009 0.012 0.003 0.006 0.035 28 C 0.032 0.816 0.016 0.012 0.039 0.009 0.014 0.061 29 E 0.027 0.824 0.006 0.009 0.013 0.024 0.015 0.082 30 V 0.084 0.796 0.010 0.006 0.008 0.014 0.025 0.058 31 F 0.179 0.657 0.013 0.031 0.015 0.008 0.046 0.052 32 G 0.333 0.129 0.060 0.054 0.029 0.019 0.200 0.178 33 A 0.069 0.025 0.539 0.083 0.091 0.049 0.020 0.123 34 S 0.015 0.012 0.254 0.290 0.247 0.055 0.008 0.120 35 V 0.016 0.003 0.206 0.059 0.154 0.058 0.004 0.500 36 L 0.001 0.001 0.882 0.069 0.036 0.003 0.001 0.007 37 V 0.002 0.001 0.826 0.080 0.052 0.006 0.001 0.033 38 V 0.001 0.001 0.811 0.051 0.100 0.003 0.001 0.032 39 G 0.001 0.001 0.598 0.067 0.145 0.036 0.001 0.151 40 S 0.003 0.001 0.150 0.030 0.088 0.092 0.003 0.633 41 L 0.016 0.001 0.070 0.013 0.039 0.130 0.005 0.726 42 Q 0.109 0.003 0.033 0.017 0.026 0.332 0.013 0.466 43 C 0.173 0.008 0.047 0.026 0.031 0.158 0.014 0.543 44 I 0.073 0.028 0.060 0.045 0.067 0.129 0.007 0.591 45 S 0.020 0.019 0.020 0.021 0.040 0.081 0.004 0.795 46 D 0.045 0.034 0.019 0.015 0.043 0.137 0.007 0.700 47 K 0.077 0.045 0.013 0.009 0.021 0.300 0.013 0.522 48 Q 0.118 0.080 0.012 0.008 0.012 0.300 0.016 0.455 49 F 0.151 0.289 0.017 0.014 0.015 0.156 0.016 0.343 50 Q 0.175 0.356 0.047 0.024 0.048 0.111 0.016 0.224 51 H 0.069 0.443 0.055 0.054 0.093 0.046 0.008 0.233 52 L 0.045 0.337 0.064 0.071 0.139 0.035 0.012 0.297 53 S 0.043 0.378 0.059 0.079 0.113 0.036 0.017 0.276 54 V 0.100 0.270 0.060 0.049 0.107 0.050 0.022 0.343 55 S 0.110 0.204 0.039 0.042 0.091 0.232 0.023 0.259 56 A 0.269 0.174 0.027 0.021 0.059 0.098 0.026 0.326 57 E 0.164 0.176 0.015 0.015 0.019 0.087 0.029 0.496 58 Q 0.352 0.089 0.019 0.010 0.018 0.152 0.048 0.312 59 W 0.218 0.278 0.033 0.023 0.039 0.063 0.041 0.304 60 L 0.117 0.145 0.047 0.070 0.102 0.064 0.025 0.430 61 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.985 62 L 0.097 0.072 0.066 0.073 0.156 0.106 0.016 0.414 63 V 0.068 0.090 0.075 0.096 0.057 0.044 0.013 0.557 64 E 0.028 0.029 0.041 0.028 0.055 0.040 0.009 0.770 65 V 0.133 0.058 0.151 0.118 0.122 0.061 0.015 0.342 66 K 0.038 0.025 0.032 0.032 0.033 0.051 0.008 0.782 67 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.986 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 69 Q 0.016 0.006 0.004 0.005 0.011 0.168 0.002 0.788 70 L 0.245 0.082 0.011 0.004 0.012 0.066 0.005 0.575 71 I 0.054 0.311 0.011 0.004 0.009 0.075 0.003 0.533 72 D 0.044 0.371 0.003 0.001 0.003 0.159 0.003 0.416 73 Y 0.019 0.888 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.078 74 L 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 75 Q 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 76 Q 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 77 K 0.044 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 78 K 0.073 0.820 0.008 0.004 0.005 0.005 0.027 0.058 79 T 0.073 0.697 0.032 0.006 0.005 0.016 0.045 0.126 80 E 0.206 0.396 0.054 0.014 0.007 0.024 0.130 0.170 81 G 0.534 0.035 0.059 0.011 0.005 0.019 0.166 0.171 82 Y 0.047 0.004 0.785 0.021 0.015 0.034 0.008 0.087 83 T 0.005 0.002 0.609 0.113 0.086 0.034 0.002 0.150 84 I 0.004 0.001 0.443 0.068 0.143 0.023 0.001 0.317 85 I 0.001 0.001 0.808 0.073 0.085 0.007 0.001 0.024 86 G 0.003 0.002 0.578 0.109 0.126 0.027 0.001 0.154 87 V 0.005 0.002 0.511 0.080 0.223 0.031 0.002 0.146 88 E 0.010 0.005 0.173 0.094 0.160 0.136 0.003 0.418 89 Q 0.043 0.009 0.119 0.047 0.140 0.150 0.009 0.482 90 T 0.056 0.017 0.039 0.026 0.075 0.221 0.011 0.555 91 A 0.071 0.028 0.019 0.013 0.037 0.085 0.012 0.734 92 K 0.110 0.055 0.013 0.011 0.018 0.265 0.028 0.500 93 S 0.470 0.073 0.016 0.010 0.013 0.136 0.042 0.240 94 L 0.314 0.140 0.056 0.023 0.025 0.060 0.024 0.358 95 D 0.046 0.075 0.053 0.034 0.047 0.115 0.016 0.613 96 L 0.070 0.062 0.101 0.035 0.093 0.067 0.009 0.563 97 T 0.065 0.077 0.034 0.042 0.085 0.373 0.013 0.311 98 Q 0.199 0.052 0.027 0.026 0.053 0.237 0.021 0.385 99 Y 0.222 0.218 0.058 0.063 0.062 0.070 0.015 0.292 100 C 0.055 0.061 0.041 0.050 0.068 0.085 0.029 0.611 101 F 0.083 0.026 0.035 0.087 0.116 0.056 0.011 0.586 102 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 103 E 0.014 0.003 0.018 0.051 0.124 0.154 0.006 0.630 104 K 0.110 0.004 0.036 0.026 0.023 0.104 0.014 0.683 105 S 0.221 0.007 0.145 0.075 0.099 0.171 0.010 0.272 106 L 0.036 0.004 0.622 0.148 0.129 0.025 0.003 0.033 107 L 0.004 0.002 0.670 0.122 0.164 0.010 0.002 0.025 108 L 0.001 0.001 0.729 0.100 0.139 0.007 0.001 0.020 109 L 0.001 0.002 0.680 0.120 0.139 0.011 0.001 0.046 110 G 0.003 0.001 0.555 0.089 0.174 0.031 0.003 0.143 111 N 0.007 0.002 0.259 0.054 0.135 0.101 0.005 0.437 112 E 0.014 0.002 0.088 0.018 0.068 0.123 0.005 0.684 113 R 0.048 0.004 0.016 0.009 0.023 0.529 0.008 0.363 114 E 0.261 0.015 0.025 0.016 0.016 0.242 0.040 0.385 115 G 0.190 0.023 0.026 0.014 0.010 0.059 0.031 0.647 116 I 0.191 0.023 0.108 0.034 0.047 0.155 0.010 0.431 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 118 A 0.001 0.004 0.003 0.003 0.027 0.020 0.001 0.941 119 N 0.027 0.017 0.003 0.002 0.005 0.107 0.002 0.836 120 L 0.135 0.223 0.003 0.002 0.008 0.131 0.004 0.494 121 I 0.019 0.922 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.048 122 Q 0.016 0.929 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.041 123 Q 0.306 0.546 0.004 0.003 0.002 0.004 0.056 0.078 124 L 0.204 0.657 0.026 0.007 0.007 0.006 0.045 0.049 125 D 0.073 0.462 0.109 0.062 0.047 0.036 0.064 0.147 126 V 0.081 0.191 0.263 0.053 0.058 0.063 0.044 0.248 127 C 0.062 0.080 0.371 0.078 0.098 0.078 0.014 0.219 128 V 0.015 0.033 0.487 0.255 0.112 0.015 0.009 0.074 129 E 0.008 0.014 0.398 0.105 0.133 0.015 0.008 0.319 130 I 0.007 0.003 0.442 0.227 0.194 0.015 0.003 0.108 131 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.992 132 Q 0.003 0.001 0.057 0.063 0.287 0.094 0.003 0.492 133 Q 0.068 0.003 0.037 0.024 0.037 0.097 0.009 0.725 134 G 0.170 0.007 0.044 0.087 0.055 0.100 0.022 0.514 135 I 0.099 0.003 0.037 0.022 0.039 0.096 0.004 0.700 136 I 0.031 0.015 0.129 0.142 0.202 0.081 0.003 0.397 137 R 0.025 0.031 0.089 0.191 0.240 0.107 0.006 0.312 138 S 0.029 0.045 0.077 0.078 0.156 0.078 0.006 0.531 139 L 0.050 0.134 0.168 0.183 0.153 0.047 0.010 0.257 140 N 0.040 0.041 0.042 0.034 0.053 0.233 0.013 0.545 141 V 0.072 0.162 0.080 0.049 0.085 0.168 0.010 0.375 142 H 0.021 0.522 0.023 0.022 0.036 0.158 0.004 0.213 143 V 0.049 0.350 0.010 0.010 0.025 0.238 0.013 0.305 144 S 0.007 0.940 0.003 0.003 0.002 0.008 0.001 0.036 145 G 0.005 0.938 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.038 146 A 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 147 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 148 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 149 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 150 W 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 151 E 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 152 Y 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 153 T 0.007 0.970 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 154 R 0.007 0.967 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.014 155 Q 0.013 0.948 0.005 0.002 0.003 0.003 0.007 0.019 156 Q 0.021 0.921 0.006 0.010 0.005 0.003 0.013 0.021 157 L 0.072 0.634 0.030 0.022 0.016 0.012 0.046 0.168 158 L 0.222 0.283 0.118 0.056 0.064 0.032 0.038 0.187 159 S 0.030 0.072 0.029 0.023 0.027 0.054 0.011 0.755