# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 286.338 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.282 0.017 0.097 0.571 0.002 0.005 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 2 G 0.022 0.002 0.014 0.014 0.010 0.001 0.170 0.707 0.001 0.060 0.001 3 K 0.172 0.302 0.401 0.066 0.027 0.016 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 4 S 0.096 0.223 0.437 0.068 0.026 0.079 0.031 0.007 0.029 0.003 0.001 5 I 0.095 0.372 0.343 0.030 0.028 0.045 0.009 0.001 0.076 0.001 0.001 6 S 0.282 0.076 0.515 0.055 0.026 0.021 0.005 0.004 0.006 0.006 0.006 7 R 0.082 0.309 0.306 0.100 0.091 0.049 0.020 0.003 0.034 0.002 0.003 8 L 0.011 0.564 0.348 0.008 0.038 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 9 I 0.004 0.844 0.098 0.001 0.016 0.015 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 10 V 0.003 0.770 0.174 0.001 0.007 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 11 V 0.007 0.771 0.103 0.002 0.011 0.055 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 12 A 0.025 0.575 0.222 0.011 0.045 0.078 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 13 S 0.092 0.335 0.231 0.061 0.183 0.041 0.022 0.003 0.026 0.005 0.001 14 L 0.056 0.129 0.190 0.109 0.106 0.097 0.219 0.023 0.062 0.007 0.002 15 I 0.154 0.205 0.486 0.059 0.017 0.059 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 16 D 0.309 0.108 0.086 0.353 0.020 0.062 0.027 0.004 0.027 0.003 0.001 17 K 0.032 0.306 0.242 0.014 0.072 0.028 0.046 0.001 0.253 0.005 0.001 18 P 0.408 0.009 0.447 0.029 0.001 0.026 0.001 0.002 0.002 0.003 0.070 19 T 0.351 0.084 0.247 0.153 0.077 0.030 0.015 0.018 0.011 0.013 0.001 20 N 0.333 0.029 0.115 0.143 0.025 0.188 0.064 0.013 0.070 0.017 0.002 21 L 0.929 0.004 0.008 0.055 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.982 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 23 G 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 C 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 C 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.364 0.003 0.005 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 G 0.014 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.466 0.482 0.001 0.003 0.001 33 A 0.006 0.227 0.687 0.003 0.021 0.049 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 S 0.453 0.009 0.013 0.518 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.001 0.688 0.009 0.001 0.297 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 L 0.001 0.913 0.037 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 37 V 0.004 0.788 0.135 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 38 V 0.007 0.660 0.127 0.014 0.030 0.081 0.003 0.001 0.077 0.001 0.001 39 G 0.028 0.183 0.306 0.018 0.290 0.023 0.011 0.013 0.020 0.106 0.001 40 S 0.181 0.140 0.308 0.083 0.102 0.057 0.068 0.003 0.034 0.015 0.010 41 L 0.426 0.046 0.164 0.270 0.019 0.025 0.023 0.009 0.006 0.005 0.006 42 Q 0.259 0.166 0.153 0.196 0.081 0.023 0.057 0.033 0.023 0.009 0.001 43 C 0.208 0.242 0.279 0.100 0.059 0.035 0.024 0.011 0.031 0.010 0.002 44 I 0.221 0.246 0.328 0.067 0.030 0.045 0.012 0.002 0.046 0.002 0.002 45 S 0.269 0.086 0.406 0.103 0.031 0.060 0.014 0.005 0.014 0.009 0.003 46 D 0.429 0.062 0.121 0.232 0.025 0.055 0.036 0.008 0.026 0.005 0.001 47 K 0.476 0.093 0.192 0.134 0.036 0.024 0.018 0.007 0.015 0.005 0.001 48 Q 0.844 0.021 0.050 0.057 0.007 0.004 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 49 F 0.747 0.044 0.060 0.108 0.011 0.009 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 50 Q 0.698 0.108 0.090 0.060 0.014 0.015 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 51 H 0.618 0.188 0.076 0.059 0.025 0.014 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 52 L 0.675 0.116 0.119 0.035 0.021 0.015 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 53 S 0.693 0.103 0.091 0.048 0.028 0.018 0.005 0.002 0.009 0.003 0.001 54 V 0.634 0.134 0.057 0.088 0.043 0.017 0.008 0.004 0.012 0.003 0.001 55 S 0.551 0.128 0.084 0.119 0.054 0.022 0.009 0.004 0.018 0.011 0.001 56 A 0.651 0.069 0.080 0.120 0.038 0.013 0.011 0.005 0.009 0.004 0.001 57 E 0.628 0.033 0.056 0.119 0.038 0.011 0.073 0.031 0.004 0.007 0.001 58 Q 0.585 0.091 0.071 0.172 0.035 0.017 0.014 0.006 0.008 0.003 0.001 59 W 0.403 0.188 0.161 0.179 0.018 0.024 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 60 L 0.187 0.316 0.345 0.006 0.029 0.017 0.022 0.001 0.076 0.001 0.001 61 P 0.401 0.015 0.486 0.035 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 62 L 0.186 0.311 0.370 0.045 0.023 0.026 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 63 V 0.286 0.224 0.394 0.026 0.014 0.030 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 64 E 0.172 0.349 0.373 0.040 0.016 0.034 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 65 V 0.114 0.400 0.294 0.056 0.046 0.036 0.009 0.001 0.043 0.001 0.001 66 K 0.010 0.343 0.496 0.001 0.013 0.030 0.003 0.001 0.102 0.001 0.001 67 P 0.034 0.004 0.921 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.006 0.017 68 P 0.912 0.001 0.034 0.037 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 69 Q 0.146 0.112 0.145 0.079 0.144 0.165 0.008 0.003 0.194 0.005 0.001 70 L 0.969 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 Q 0.972 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.921 0.001 0.009 0.059 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 78 K 0.883 0.013 0.044 0.026 0.003 0.013 0.010 0.002 0.003 0.003 0.001 79 T 0.850 0.023 0.022 0.086 0.005 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.232 0.023 0.060 0.666 0.007 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 81 G 0.007 0.001 0.008 0.009 0.009 0.001 0.093 0.835 0.001 0.036 0.001 82 Y 0.007 0.241 0.674 0.009 0.033 0.025 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 83 T 0.008 0.414 0.514 0.004 0.011 0.036 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 84 I 0.010 0.684 0.245 0.001 0.009 0.032 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 85 I 0.029 0.736 0.124 0.016 0.020 0.035 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 86 G 0.014 0.377 0.200 0.011 0.328 0.037 0.013 0.006 0.011 0.004 0.001 87 V 0.052 0.668 0.114 0.032 0.089 0.019 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 88 E 0.056 0.439 0.272 0.026 0.125 0.037 0.007 0.002 0.031 0.006 0.001 89 Q 0.292 0.160 0.312 0.110 0.035 0.051 0.010 0.002 0.021 0.004 0.001 90 T 0.149 0.217 0.387 0.082 0.088 0.034 0.009 0.004 0.023 0.006 0.001 91 A 0.660 0.047 0.096 0.102 0.026 0.012 0.032 0.013 0.007 0.005 0.001 92 K 0.381 0.060 0.079 0.326 0.047 0.008 0.045 0.035 0.010 0.008 0.001 93 S 0.187 0.148 0.333 0.163 0.046 0.046 0.038 0.013 0.017 0.007 0.002 94 L 0.080 0.555 0.232 0.031 0.048 0.016 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 95 D 0.034 0.073 0.644 0.012 0.010 0.179 0.008 0.001 0.036 0.001 0.002 96 L 0.714 0.082 0.067 0.079 0.010 0.026 0.006 0.002 0.013 0.001 0.001 97 T 0.675 0.108 0.054 0.125 0.018 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 98 Q 0.346 0.184 0.127 0.230 0.043 0.024 0.015 0.003 0.027 0.001 0.001 99 Y 0.231 0.271 0.243 0.139 0.050 0.025 0.015 0.004 0.019 0.003 0.001 100 C 0.146 0.199 0.165 0.216 0.026 0.125 0.059 0.003 0.057 0.003 0.001 101 F 0.039 0.326 0.316 0.009 0.058 0.033 0.024 0.001 0.190 0.003 0.001 102 P 0.268 0.011 0.518 0.062 0.001 0.059 0.003 0.002 0.003 0.001 0.072 103 E 0.131 0.248 0.319 0.089 0.086 0.029 0.049 0.017 0.025 0.004 0.001 104 K 0.116 0.219 0.433 0.087 0.047 0.059 0.015 0.005 0.016 0.002 0.003 105 S 0.047 0.589 0.141 0.084 0.095 0.016 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 106 L 0.001 0.881 0.042 0.001 0.062 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 107 L 0.001 0.852 0.110 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 108 L 0.002 0.719 0.138 0.001 0.014 0.066 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 109 L 0.016 0.619 0.174 0.018 0.023 0.078 0.003 0.001 0.067 0.001 0.001 110 G 0.017 0.076 0.158 0.015 0.536 0.019 0.023 0.023 0.011 0.119 0.002 111 N 0.162 0.098 0.258 0.200 0.051 0.113 0.043 0.010 0.049 0.011 0.007 112 E 0.445 0.094 0.277 0.111 0.025 0.022 0.009 0.005 0.007 0.006 0.001 113 R 0.663 0.033 0.038 0.192 0.018 0.009 0.021 0.010 0.008 0.007 0.001 114 E 0.220 0.054 0.220 0.430 0.020 0.008 0.035 0.004 0.007 0.003 0.001 115 G 0.009 0.001 0.013 0.018 0.015 0.001 0.107 0.737 0.001 0.099 0.001 116 I 0.015 0.256 0.647 0.004 0.016 0.029 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 117 P 0.010 0.006 0.918 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 118 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.952 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.950 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.961 0.002 0.006 0.027 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.982 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.655 0.002 0.003 0.333 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 124 L 0.597 0.029 0.241 0.073 0.002 0.035 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 125 D 0.780 0.004 0.010 0.194 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.176 0.569 0.089 0.062 0.078 0.007 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 127 C 0.170 0.582 0.169 0.022 0.012 0.020 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 128 V 0.045 0.710 0.114 0.013 0.020 0.037 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 129 E 0.041 0.418 0.318 0.012 0.011 0.127 0.007 0.001 0.063 0.001 0.001 130 I 0.029 0.338 0.269 0.004 0.009 0.070 0.005 0.001 0.274 0.001 0.001 131 P 0.106 0.010 0.788 0.007 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 132 Q 0.198 0.212 0.225 0.114 0.056 0.077 0.047 0.010 0.053 0.006 0.002 133 Q 0.175 0.123 0.332 0.125 0.045 0.037 0.105 0.017 0.023 0.015 0.003 134 G 0.047 0.013 0.044 0.018 0.178 0.001 0.048 0.479 0.001 0.170 0.001 135 I 0.195 0.199 0.153 0.278 0.071 0.044 0.033 0.009 0.013 0.004 0.002 136 I 0.033 0.314 0.514 0.006 0.024 0.086 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 137 R 0.830 0.010 0.005 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.081 0.547 0.033 0.014 0.315 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 139 L 0.398 0.453 0.075 0.009 0.020 0.013 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 140 N 0.721 0.074 0.054 0.009 0.006 0.076 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 141 V 0.968 0.006 0.003 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 142 H 0.986 0.002 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 R 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.936 0.002 0.002 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Q 0.857 0.006 0.015 0.116 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.280 0.005 0.013 0.342 0.003 0.018 0.296 0.029 0.012 0.001 0.001 158 L 0.122 0.150 0.462 0.143 0.012 0.054 0.020 0.003 0.034 0.001 0.001 159 S 0.233 0.129 0.321 0.079 0.082 0.027 0.038 0.026 0.009 0.055 0.001