# TARGET T0332 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1073 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.667 0.226 0.074 0.027 0.005 0.001 0.001 2 G 0.551 0.281 0.105 0.049 0.013 0.002 0.001 3 K 0.417 0.254 0.156 0.112 0.050 0.010 0.001 4 S 0.538 0.276 0.108 0.055 0.019 0.004 0.001 5 I 0.410 0.300 0.173 0.090 0.024 0.003 0.001 6 S 0.347 0.352 0.174 0.098 0.025 0.004 0.001 7 R 0.099 0.417 0.306 0.143 0.030 0.004 0.001 8 L 0.006 0.023 0.067 0.249 0.418 0.223 0.014 9 I 0.005 0.027 0.083 0.197 0.362 0.294 0.032 10 V 0.003 0.005 0.014 0.054 0.147 0.489 0.288 11 V 0.005 0.018 0.047 0.139 0.260 0.398 0.133 12 A 0.002 0.005 0.015 0.045 0.156 0.485 0.293 13 S 0.010 0.044 0.097 0.219 0.295 0.256 0.079 14 L 0.062 0.180 0.221 0.253 0.195 0.078 0.011 15 I 0.045 0.116 0.189 0.274 0.236 0.120 0.019 16 D 0.221 0.290 0.202 0.149 0.090 0.042 0.006 17 K 0.135 0.168 0.208 0.220 0.160 0.094 0.016 18 P 0.108 0.137 0.149 0.217 0.217 0.142 0.030 19 T 0.134 0.193 0.197 0.189 0.167 0.093 0.029 20 N 0.044 0.065 0.097 0.180 0.243 0.247 0.125 21 L 0.041 0.045 0.058 0.097 0.166 0.342 0.252 22 G 0.028 0.045 0.070 0.146 0.209 0.276 0.225 23 G 0.017 0.027 0.045 0.089 0.189 0.338 0.294 24 L 0.006 0.008 0.010 0.030 0.096 0.334 0.516 25 C 0.003 0.006 0.015 0.045 0.105 0.291 0.535 26 R 0.013 0.027 0.043 0.082 0.139 0.267 0.429 27 T 0.009 0.017 0.027 0.060 0.138 0.332 0.417 28 C 0.006 0.008 0.013 0.043 0.120 0.372 0.438 29 E 0.019 0.055 0.077 0.136 0.160 0.250 0.304 30 V 0.020 0.029 0.040 0.083 0.160 0.318 0.349 31 F 0.006 0.010 0.017 0.047 0.163 0.434 0.323 32 G 0.016 0.052 0.103 0.209 0.251 0.271 0.098 33 A 0.009 0.017 0.039 0.091 0.192 0.378 0.273 34 S 0.014 0.080 0.137 0.227 0.232 0.218 0.093 35 V 0.005 0.015 0.039 0.104 0.221 0.420 0.195 36 L 0.001 0.002 0.008 0.031 0.110 0.465 0.382 37 V 0.001 0.005 0.017 0.063 0.179 0.487 0.247 38 V 0.002 0.002 0.008 0.027 0.138 0.504 0.319 39 G 0.009 0.051 0.142 0.295 0.302 0.170 0.032 40 S 0.071 0.210 0.297 0.248 0.122 0.044 0.007 41 L 0.139 0.246 0.216 0.194 0.139 0.059 0.007 42 Q 0.157 0.263 0.241 0.196 0.101 0.039 0.004 43 C 0.072 0.089 0.155 0.244 0.266 0.158 0.015 44 I 0.241 0.247 0.203 0.160 0.098 0.046 0.005 45 S 0.215 0.212 0.199 0.193 0.122 0.052 0.007 46 D 0.215 0.224 0.192 0.180 0.128 0.052 0.008 47 K 0.254 0.261 0.221 0.160 0.074 0.025 0.005 48 Q 0.440 0.296 0.132 0.081 0.035 0.013 0.003 49 F 0.271 0.271 0.202 0.138 0.078 0.032 0.007 50 Q 0.098 0.124 0.164 0.234 0.231 0.127 0.023 51 H 0.127 0.190 0.193 0.219 0.161 0.089 0.021 52 L 0.172 0.188 0.176 0.181 0.148 0.102 0.032 53 S 0.124 0.123 0.134 0.171 0.201 0.179 0.069 54 V 0.085 0.083 0.098 0.164 0.213 0.238 0.119 55 S 0.122 0.123 0.135 0.166 0.172 0.183 0.101 56 A 0.172 0.169 0.150 0.170 0.160 0.129 0.050 57 E 0.170 0.185 0.152 0.165 0.143 0.122 0.062 58 Q 0.113 0.113 0.119 0.157 0.188 0.210 0.100 59 W 0.144 0.142 0.144 0.188 0.178 0.151 0.052 60 L 0.157 0.193 0.181 0.194 0.149 0.098 0.028 61 P 0.122 0.159 0.183 0.208 0.182 0.118 0.027 62 L 0.072 0.086 0.117 0.206 0.266 0.207 0.046 63 V 0.121 0.205 0.206 0.209 0.144 0.095 0.021 64 E 0.042 0.060 0.096 0.191 0.279 0.282 0.051 65 V 0.051 0.112 0.145 0.213 0.251 0.193 0.035 66 K 0.069 0.202 0.255 0.247 0.150 0.069 0.009 67 P 0.043 0.116 0.203 0.281 0.239 0.109 0.009 68 P 0.330 0.371 0.180 0.071 0.030 0.016 0.002 69 Q 0.047 0.264 0.316 0.256 0.093 0.020 0.003 70 L 0.006 0.022 0.070 0.199 0.421 0.265 0.018 71 I 0.117 0.412 0.331 0.113 0.023 0.004 0.001 72 D 0.089 0.506 0.305 0.082 0.015 0.002 0.001 73 Y 0.003 0.009 0.032 0.155 0.483 0.309 0.009 74 L 0.002 0.018 0.113 0.410 0.365 0.089 0.003 75 Q 0.179 0.645 0.140 0.028 0.006 0.001 0.001 76 Q 0.031 0.235 0.469 0.229 0.034 0.003 0.001 77 K 0.008 0.027 0.071 0.314 0.465 0.112 0.002 78 K 0.187 0.425 0.277 0.092 0.017 0.002 0.001 79 T 0.726 0.220 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 80 E 0.129 0.395 0.337 0.119 0.018 0.001 0.001 81 G 0.164 0.492 0.242 0.083 0.017 0.002 0.001 82 Y 0.002 0.010 0.043 0.188 0.437 0.301 0.019 83 T 0.001 0.014 0.068 0.272 0.392 0.235 0.018 84 I 0.001 0.001 0.004 0.020 0.111 0.554 0.311 85 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.058 0.426 0.502 86 G 0.001 0.002 0.006 0.027 0.099 0.431 0.434 87 V 0.001 0.002 0.008 0.027 0.123 0.460 0.379 88 E 0.005 0.040 0.110 0.221 0.311 0.262 0.052 89 Q 0.015 0.083 0.185 0.307 0.280 0.115 0.014 90 T 0.189 0.300 0.227 0.165 0.083 0.031 0.004 91 A 0.425 0.302 0.153 0.079 0.031 0.009 0.001 92 K 0.415 0.301 0.161 0.082 0.030 0.010 0.001 93 S 0.276 0.280 0.205 0.144 0.071 0.022 0.002 94 L 0.191 0.258 0.243 0.190 0.091 0.025 0.002 95 D 0.176 0.287 0.242 0.183 0.084 0.025 0.002 96 L 0.032 0.053 0.119 0.265 0.328 0.179 0.023 97 T 0.114 0.231 0.244 0.225 0.134 0.046 0.006 98 Q 0.141 0.286 0.258 0.188 0.088 0.034 0.005 99 Y 0.035 0.084 0.151 0.292 0.293 0.135 0.011 100 C 0.180 0.354 0.231 0.149 0.064 0.019 0.002 101 F 0.035 0.079 0.166 0.337 0.300 0.078 0.004 102 P 0.290 0.401 0.199 0.086 0.021 0.003 0.001 103 E 0.126 0.425 0.286 0.129 0.030 0.003 0.001 104 K 0.010 0.127 0.286 0.378 0.173 0.027 0.001 105 S 0.001 0.006 0.032 0.172 0.435 0.340 0.013 106 L 0.001 0.001 0.003 0.020 0.127 0.581 0.269 107 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.313 0.647 108 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.212 0.760 109 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.321 0.615 110 G 0.001 0.004 0.017 0.065 0.201 0.434 0.279 111 N 0.003 0.020 0.060 0.153 0.325 0.315 0.124 112 E 0.009 0.049 0.114 0.188 0.289 0.277 0.075 113 R 0.033 0.107 0.163 0.259 0.259 0.162 0.018 114 E 0.107 0.214 0.236 0.220 0.138 0.076 0.009 115 G 0.172 0.246 0.217 0.179 0.118 0.058 0.009 116 I 0.042 0.084 0.152 0.290 0.317 0.106 0.010 117 P 0.150 0.349 0.305 0.145 0.042 0.008 0.001 118 A 0.598 0.319 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 119 N 0.261 0.420 0.224 0.074 0.018 0.003 0.001 120 L 0.027 0.054 0.131 0.321 0.358 0.105 0.005 121 I 0.045 0.220 0.319 0.276 0.113 0.025 0.002 122 Q 0.356 0.456 0.136 0.038 0.010 0.002 0.001 123 Q 0.039 0.156 0.300 0.305 0.153 0.044 0.004 124 L 0.006 0.012 0.032 0.132 0.373 0.401 0.044 125 D 0.027 0.122 0.240 0.294 0.218 0.087 0.014 126 V 0.064 0.243 0.255 0.214 0.141 0.075 0.008 127 C 0.010 0.044 0.133 0.291 0.306 0.189 0.028 128 V 0.002 0.004 0.010 0.050 0.215 0.518 0.200 129 E 0.027 0.100 0.176 0.255 0.241 0.162 0.039 130 I 0.016 0.021 0.040 0.100 0.185 0.410 0.228 131 P 0.049 0.103 0.134 0.209 0.228 0.215 0.062 132 Q 0.055 0.106 0.153 0.241 0.268 0.151 0.026 133 Q 0.136 0.241 0.227 0.206 0.128 0.053 0.009 134 G 0.215 0.269 0.200 0.168 0.099 0.041 0.009 135 I 0.191 0.278 0.232 0.166 0.083 0.040 0.010 136 I 0.030 0.063 0.111 0.228 0.313 0.214 0.039 137 R 0.052 0.128 0.183 0.238 0.238 0.132 0.029 138 S 0.026 0.046 0.062 0.123 0.219 0.372 0.152 139 L 0.014 0.016 0.028 0.073 0.183 0.420 0.266 140 N 0.017 0.027 0.042 0.098 0.202 0.366 0.247 141 V 0.007 0.011 0.022 0.059 0.142 0.352 0.405 142 H 0.013 0.017 0.018 0.042 0.113 0.323 0.475 143 V 0.007 0.018 0.028 0.070 0.121 0.294 0.461 144 S 0.004 0.009 0.019 0.048 0.108 0.298 0.515 145 G 0.002 0.005 0.011 0.031 0.085 0.278 0.589 146 A 0.004 0.006 0.011 0.027 0.086 0.301 0.563 147 L 0.005 0.006 0.014 0.038 0.100 0.299 0.539 148 L 0.007 0.012 0.019 0.041 0.083 0.287 0.551 149 I 0.011 0.014 0.019 0.047 0.082 0.270 0.557 150 W 0.048 0.041 0.045 0.097 0.198 0.360 0.212 151 E 0.067 0.056 0.069 0.128 0.225 0.306 0.148 152 Y 0.091 0.076 0.121 0.177 0.217 0.237 0.081 153 T 0.133 0.100 0.137 0.192 0.204 0.184 0.050 154 R 0.193 0.129 0.141 0.199 0.203 0.116 0.018 155 Q 0.349 0.167 0.149 0.137 0.128 0.064 0.006 156 Q 0.390 0.227 0.147 0.126 0.075 0.032 0.003 157 L 0.562 0.207 0.121 0.072 0.029 0.009 0.001 158 L 0.536 0.185 0.122 0.098 0.048 0.011 0.001 159 S 0.793 0.145 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001