# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.005 0.003 0.004 0.050 0.063 0.876 2 G 0.007 0.003 0.003 0.012 0.105 0.869 3 K 0.016 0.005 0.023 0.018 0.245 0.694 4 S 0.032 0.007 0.076 0.016 0.346 0.523 5 I 0.081 0.010 0.160 0.014 0.371 0.363 6 S 0.126 0.007 0.037 0.003 0.288 0.538 7 R 0.214 0.002 0.009 0.001 0.263 0.511 8 L 0.730 0.003 0.001 0.001 0.061 0.205 9 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 A 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 13 S 0.793 0.002 0.001 0.003 0.035 0.166 14 L 0.390 0.011 0.002 0.005 0.213 0.379 15 I 0.175 0.034 0.010 0.011 0.370 0.399 16 D 0.069 0.044 0.018 0.019 0.385 0.466 17 K 0.022 0.010 0.020 0.018 0.594 0.335 18 P 0.006 0.004 0.112 0.256 0.459 0.162 19 T 0.010 0.017 0.118 0.355 0.339 0.161 20 N 0.006 0.012 0.078 0.730 0.123 0.051 21 L 0.002 0.001 0.008 0.930 0.032 0.026 22 G 0.001 0.001 0.003 0.978 0.010 0.007 23 G 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 25 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 29 E 0.001 0.001 0.007 0.989 0.004 0.001 30 V 0.001 0.001 0.013 0.977 0.007 0.002 31 F 0.001 0.001 0.022 0.900 0.015 0.062 32 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.988 33 A 0.020 0.002 0.003 0.001 0.103 0.872 34 S 0.156 0.001 0.003 0.001 0.185 0.654 35 V 0.953 0.003 0.001 0.001 0.012 0.032 36 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 37 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 V 0.973 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 39 G 0.750 0.003 0.001 0.002 0.042 0.203 40 S 0.332 0.006 0.007 0.004 0.231 0.419 41 L 0.104 0.018 0.074 0.016 0.422 0.366 42 Q 0.095 0.028 0.101 0.033 0.474 0.269 43 C 0.074 0.038 0.077 0.041 0.503 0.268 44 I 0.043 0.029 0.031 0.034 0.430 0.433 45 S 0.029 0.023 0.019 0.058 0.406 0.464 46 D 0.013 0.007 0.008 0.077 0.321 0.573 47 K 0.002 0.001 0.022 0.882 0.072 0.022 48 Q 0.008 0.002 0.024 0.890 0.058 0.018 49 F 0.020 0.003 0.021 0.893 0.048 0.015 50 Q 0.034 0.002 0.013 0.902 0.030 0.019 51 H 0.027 0.002 0.014 0.919 0.021 0.016 52 L 0.029 0.002 0.012 0.918 0.019 0.021 53 S 0.022 0.002 0.012 0.891 0.034 0.040 54 V 0.039 0.006 0.026 0.768 0.092 0.070 55 S 0.053 0.010 0.058 0.479 0.212 0.188 56 A 0.030 0.008 0.203 0.417 0.192 0.148 57 E 0.030 0.003 0.577 0.146 0.183 0.060 58 Q 0.050 0.004 0.480 0.155 0.233 0.078 59 W 0.123 0.031 0.221 0.131 0.224 0.269 60 L 0.216 0.010 0.033 0.020 0.293 0.427 61 P 0.413 0.006 0.028 0.012 0.157 0.384 62 L 0.794 0.011 0.032 0.011 0.070 0.082 63 V 0.895 0.007 0.007 0.008 0.034 0.050 64 E 0.876 0.012 0.007 0.009 0.031 0.065 65 V 0.521 0.028 0.006 0.005 0.101 0.339 66 K 0.147 0.011 0.007 0.003 0.324 0.508 67 P 0.031 0.007 0.059 0.014 0.444 0.444 68 P 0.009 0.008 0.093 0.036 0.499 0.355 69 Q 0.008 0.009 0.069 0.088 0.445 0.381 70 L 0.001 0.001 0.025 0.949 0.018 0.007 71 I 0.001 0.001 0.008 0.980 0.008 0.003 72 D 0.001 0.001 0.010 0.976 0.011 0.003 73 Y 0.001 0.001 0.009 0.983 0.005 0.002 74 L 0.001 0.001 0.009 0.981 0.006 0.004 75 Q 0.001 0.001 0.011 0.975 0.010 0.004 76 Q 0.001 0.001 0.007 0.964 0.013 0.014 77 K 0.001 0.002 0.013 0.954 0.017 0.013 78 K 0.001 0.001 0.083 0.872 0.029 0.014 79 T 0.001 0.001 0.123 0.837 0.028 0.010 80 E 0.002 0.001 0.130 0.763 0.042 0.061 81 G 0.003 0.001 0.002 0.001 0.063 0.932 82 Y 0.110 0.002 0.001 0.001 0.068 0.819 83 T 0.897 0.002 0.001 0.001 0.011 0.089 84 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 85 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 86 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.010 0.034 87 V 0.842 0.003 0.002 0.004 0.025 0.124 88 E 0.529 0.010 0.006 0.009 0.123 0.323 89 Q 0.194 0.010 0.052 0.037 0.324 0.382 90 T 0.079 0.012 0.166 0.075 0.415 0.254 91 A 0.029 0.004 0.447 0.094 0.361 0.065 92 K 0.033 0.004 0.302 0.112 0.408 0.140 93 S 0.055 0.015 0.115 0.097 0.369 0.348 94 L 0.097 0.036 0.030 0.069 0.213 0.555 95 D 0.103 0.042 0.027 0.054 0.212 0.562 96 L 0.020 0.004 0.550 0.188 0.145 0.093 97 T 0.029 0.002 0.559 0.194 0.136 0.080 98 Q 0.025 0.004 0.682 0.130 0.124 0.036 99 Y 0.048 0.021 0.171 0.213 0.241 0.305 100 C 0.059 0.048 0.046 0.079 0.292 0.476 101 F 0.033 0.015 0.013 0.016 0.393 0.530 102 P 0.039 0.007 0.022 0.010 0.432 0.490 103 E 0.059 0.013 0.030 0.004 0.512 0.382 104 K 0.094 0.002 0.016 0.002 0.516 0.370 105 S 0.653 0.004 0.004 0.001 0.123 0.214 106 L 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.015 107 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 109 L 0.886 0.005 0.001 0.001 0.023 0.084 110 G 0.334 0.007 0.003 0.002 0.157 0.498 111 N 0.081 0.014 0.007 0.002 0.377 0.518 112 E 0.032 0.028 0.083 0.014 0.594 0.249 113 R 0.020 0.008 0.132 0.014 0.710 0.116 114 E 0.012 0.006 0.154 0.032 0.667 0.130 115 G 0.019 0.028 0.032 0.020 0.459 0.443 116 I 0.017 0.053 0.003 0.029 0.191 0.707 117 P 0.009 0.018 0.002 0.112 0.126 0.733 118 A 0.001 0.001 0.011 0.968 0.016 0.005 119 N 0.001 0.001 0.019 0.960 0.018 0.002 120 L 0.001 0.001 0.035 0.937 0.023 0.004 121 I 0.005 0.001 0.032 0.922 0.026 0.014 122 Q 0.008 0.002 0.034 0.850 0.058 0.048 123 Q 0.020 0.004 0.038 0.728 0.090 0.119 124 L 0.069 0.006 0.028 0.443 0.232 0.222 125 D 0.168 0.002 0.020 0.069 0.410 0.331 126 V 0.673 0.002 0.006 0.054 0.093 0.171 127 C 0.901 0.003 0.001 0.033 0.014 0.048 128 V 0.938 0.002 0.001 0.022 0.007 0.031 129 E 0.935 0.003 0.001 0.012 0.008 0.042 130 I 0.725 0.007 0.001 0.007 0.042 0.218 131 P 0.288 0.008 0.004 0.007 0.212 0.480 132 Q 0.069 0.010 0.018 0.011 0.490 0.402 133 Q 0.035 0.008 0.034 0.054 0.644 0.225 134 G 0.022 0.006 0.034 0.093 0.614 0.231 135 I 0.084 0.031 0.031 0.274 0.296 0.284 136 I 0.091 0.030 0.030 0.530 0.107 0.213 137 R 0.051 0.010 0.044 0.645 0.096 0.154 138 S 0.054 0.006 0.038 0.731 0.059 0.113 139 L 0.019 0.003 0.020 0.894 0.033 0.031 140 N 0.007 0.001 0.010 0.950 0.018 0.014 141 V 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.002 142 H 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 143 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 144 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 153 T 0.001 0.001 0.003 0.980 0.006 0.010 154 R 0.001 0.001 0.003 0.979 0.006 0.011 155 Q 0.001 0.001 0.008 0.955 0.016 0.019 156 Q 0.001 0.001 0.013 0.875 0.032 0.079 157 L 0.002 0.002 0.025 0.581 0.081 0.309 158 L 0.002 0.003 0.008 0.223 0.064 0.700 159 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.990