# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.055 0.017 0.007 0.013 0.015 0.019 0.028 0.003 0.001 0.002 0.842 2 G 0.053 0.005 0.004 0.012 0.016 0.022 0.076 0.003 0.001 0.004 0.805 3 K 0.103 0.004 0.011 0.013 0.012 0.022 0.079 0.001 0.001 0.007 0.747 4 S 0.035 0.003 0.001 0.015 0.018 0.015 0.106 0.001 0.001 0.002 0.803 5 I 0.125 0.005 0.003 0.023 0.014 0.020 0.096 0.001 0.001 0.014 0.700 6 S 0.100 0.006 0.002 0.061 0.056 0.060 0.313 0.001 0.001 0.016 0.386 7 R 0.063 0.002 0.006 0.055 0.025 0.030 0.091 0.001 0.001 0.012 0.716 8 L 0.034 0.001 0.005 0.386 0.152 0.194 0.096 0.001 0.001 0.008 0.123 9 I 0.008 0.001 0.003 0.502 0.200 0.189 0.037 0.001 0.001 0.002 0.059 10 V 0.001 0.001 0.001 0.623 0.161 0.179 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 11 V 0.001 0.001 0.001 0.551 0.168 0.257 0.007 0.001 0.001 0.001 0.018 12 A 0.001 0.001 0.001 0.585 0.132 0.209 0.010 0.001 0.001 0.001 0.062 13 S 0.001 0.001 0.001 0.473 0.143 0.220 0.029 0.001 0.001 0.001 0.133 14 L 0.004 0.001 0.001 0.232 0.102 0.198 0.063 0.001 0.001 0.005 0.395 15 I 0.008 0.001 0.001 0.114 0.060 0.140 0.087 0.001 0.001 0.007 0.583 16 D 0.023 0.002 0.001 0.070 0.071 0.164 0.117 0.001 0.001 0.012 0.540 17 K 0.056 0.003 0.002 0.020 0.033 0.050 0.117 0.001 0.001 0.004 0.714 18 P 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.973 19 T 0.044 0.007 0.002 0.014 0.013 0.038 0.184 0.001 0.001 0.009 0.690 20 N 0.168 0.018 0.001 0.008 0.012 0.015 0.211 0.001 0.001 0.008 0.556 21 L 0.162 0.191 0.004 0.021 0.012 0.025 0.080 0.002 0.001 0.005 0.499 22 G 0.045 0.373 0.003 0.022 0.015 0.027 0.123 0.001 0.001 0.004 0.387 23 G 0.030 0.423 0.001 0.007 0.007 0.012 0.150 0.001 0.001 0.003 0.366 24 L 0.012 0.883 0.002 0.004 0.003 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.071 25 C 0.009 0.954 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 26 R 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 27 T 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 28 C 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 29 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 30 V 0.020 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.020 31 F 0.063 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.012 32 G 0.486 0.210 0.031 0.001 0.002 0.001 0.007 0.126 0.001 0.003 0.135 33 A 0.005 0.005 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 34 S 0.007 0.003 0.013 0.348 0.106 0.091 0.067 0.008 0.001 0.001 0.354 35 V 0.045 0.001 0.035 0.359 0.034 0.033 0.020 0.001 0.001 0.003 0.469 36 L 0.001 0.001 0.001 0.823 0.061 0.085 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 37 V 0.003 0.001 0.001 0.776 0.036 0.047 0.021 0.001 0.001 0.001 0.115 38 V 0.002 0.001 0.001 0.820 0.050 0.073 0.012 0.001 0.001 0.001 0.042 39 G 0.002 0.001 0.001 0.404 0.089 0.169 0.057 0.001 0.001 0.002 0.275 40 S 0.005 0.001 0.001 0.166 0.050 0.081 0.071 0.001 0.001 0.005 0.621 41 L 0.006 0.001 0.001 0.044 0.024 0.053 0.097 0.001 0.001 0.007 0.768 42 Q 0.059 0.001 0.001 0.036 0.044 0.061 0.187 0.001 0.001 0.016 0.594 43 C 0.201 0.007 0.003 0.029 0.013 0.028 0.120 0.001 0.001 0.016 0.583 44 I 0.174 0.015 0.005 0.042 0.035 0.056 0.176 0.002 0.001 0.009 0.487 45 S 0.048 0.004 0.003 0.011 0.008 0.011 0.061 0.001 0.001 0.003 0.851 46 D 0.069 0.006 0.002 0.008 0.005 0.011 0.279 0.001 0.001 0.008 0.612 47 K 0.064 0.008 0.004 0.005 0.002 0.002 0.122 0.001 0.001 0.011 0.782 48 Q 0.012 0.019 0.001 0.002 0.002 0.003 0.679 0.001 0.001 0.008 0.274 49 F 0.043 0.096 0.001 0.010 0.012 0.030 0.577 0.003 0.001 0.028 0.199 50 Q 0.037 0.816 0.001 0.013 0.009 0.019 0.036 0.002 0.001 0.003 0.065 51 H 0.015 0.828 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.005 0.001 0.001 0.115 52 L 0.041 0.902 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.037 53 S 0.043 0.915 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.020 54 V 0.042 0.780 0.014 0.004 0.008 0.009 0.008 0.044 0.001 0.001 0.089 55 S 0.181 0.502 0.012 0.005 0.008 0.008 0.026 0.037 0.001 0.002 0.219 56 A 0.151 0.465 0.067 0.007 0.006 0.006 0.041 0.010 0.001 0.003 0.244 57 E 0.045 0.400 0.011 0.026 0.024 0.034 0.079 0.018 0.001 0.005 0.358 58 Q 0.186 0.238 0.011 0.021 0.024 0.036 0.157 0.029 0.001 0.017 0.282 59 W 0.403 0.258 0.018 0.025 0.015 0.029 0.030 0.028 0.001 0.007 0.188 60 L 0.218 0.132 0.048 0.077 0.070 0.090 0.037 0.017 0.001 0.005 0.306 61 P 0.003 0.002 0.004 0.011 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.955 62 L 0.022 0.004 0.004 0.088 0.082 0.228 0.053 0.002 0.001 0.002 0.515 63 V 0.146 0.008 0.004 0.202 0.127 0.140 0.045 0.003 0.001 0.004 0.322 64 E 0.036 0.009 0.002 0.100 0.065 0.110 0.061 0.002 0.001 0.003 0.613 65 V 0.022 0.003 0.004 0.169 0.177 0.284 0.053 0.001 0.001 0.003 0.284 66 K 0.016 0.002 0.002 0.132 0.055 0.110 0.099 0.001 0.001 0.003 0.580 67 P 0.007 0.001 0.002 0.029 0.012 0.025 0.045 0.001 0.001 0.002 0.877 68 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.007 0.029 0.001 0.001 0.001 0.947 69 Q 0.015 0.001 0.001 0.008 0.003 0.008 0.281 0.001 0.001 0.004 0.678 70 L 0.165 0.012 0.001 0.008 0.002 0.004 0.100 0.001 0.001 0.006 0.702 71 I 0.044 0.121 0.001 0.007 0.004 0.004 0.108 0.001 0.001 0.002 0.709 72 D 0.060 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.001 0.001 0.002 0.545 73 Y 0.020 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.141 74 L 0.017 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 75 Q 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 76 Q 0.035 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.023 77 K 0.069 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.022 78 K 0.036 0.879 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.026 0.001 0.001 0.046 79 T 0.085 0.569 0.026 0.002 0.002 0.006 0.016 0.044 0.001 0.001 0.249 80 E 0.252 0.337 0.008 0.007 0.007 0.008 0.033 0.066 0.001 0.002 0.281 81 G 0.601 0.027 0.017 0.013 0.008 0.007 0.064 0.054 0.001 0.017 0.193 82 Y 0.037 0.002 0.792 0.030 0.009 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 0.104 83 T 0.002 0.001 0.009 0.443 0.150 0.125 0.074 0.001 0.001 0.001 0.196 84 I 0.002 0.001 0.002 0.412 0.075 0.137 0.023 0.001 0.001 0.001 0.347 85 I 0.001 0.001 0.001 0.659 0.112 0.183 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 86 G 0.002 0.001 0.001 0.534 0.102 0.152 0.030 0.001 0.001 0.001 0.177 87 V 0.003 0.002 0.001 0.528 0.108 0.214 0.030 0.001 0.001 0.002 0.114 88 E 0.007 0.003 0.001 0.260 0.131 0.259 0.083 0.001 0.001 0.005 0.251 89 Q 0.015 0.006 0.001 0.109 0.095 0.160 0.129 0.001 0.001 0.010 0.473 90 T 0.039 0.014 0.002 0.038 0.056 0.102 0.262 0.002 0.001 0.016 0.469 91 A 0.063 0.026 0.004 0.018 0.030 0.038 0.164 0.003 0.001 0.017 0.639 92 K 0.116 0.056 0.005 0.008 0.022 0.027 0.295 0.003 0.001 0.023 0.445 93 S 0.234 0.092 0.009 0.009 0.026 0.040 0.206 0.006 0.001 0.025 0.352 94 L 0.120 0.182 0.013 0.021 0.052 0.056 0.111 0.006 0.001 0.011 0.427 95 D 0.091 0.088 0.008 0.010 0.041 0.053 0.175 0.005 0.001 0.010 0.519 96 L 0.085 0.092 0.017 0.026 0.064 0.110 0.070 0.005 0.001 0.009 0.523 97 T 0.067 0.084 0.004 0.054 0.098 0.113 0.183 0.006 0.001 0.008 0.383 98 Q 0.157 0.051 0.008 0.024 0.040 0.059 0.135 0.010 0.001 0.014 0.504 99 Y 0.269 0.079 0.012 0.069 0.066 0.111 0.099 0.017 0.001 0.011 0.268 100 C 0.166 0.031 0.020 0.059 0.041 0.057 0.118 0.014 0.001 0.012 0.481 101 F 0.063 0.011 0.013 0.042 0.066 0.072 0.107 0.003 0.001 0.004 0.620 102 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 103 E 0.025 0.001 0.001 0.031 0.034 0.072 0.229 0.001 0.001 0.015 0.591 104 K 0.373 0.001 0.003 0.050 0.029 0.041 0.105 0.001 0.001 0.031 0.366 105 S 0.081 0.002 0.008 0.410 0.128 0.124 0.049 0.001 0.001 0.005 0.192 106 L 0.002 0.001 0.001 0.601 0.186 0.173 0.014 0.001 0.001 0.001 0.022 107 L 0.001 0.001 0.001 0.677 0.148 0.159 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 108 L 0.001 0.001 0.001 0.605 0.156 0.223 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 109 L 0.001 0.001 0.001 0.581 0.144 0.237 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 110 G 0.001 0.001 0.001 0.498 0.153 0.231 0.033 0.001 0.001 0.001 0.083 111 N 0.001 0.001 0.001 0.176 0.078 0.170 0.094 0.001 0.001 0.004 0.476 112 E 0.003 0.001 0.001 0.076 0.043 0.070 0.180 0.001 0.001 0.006 0.621 113 R 0.074 0.004 0.001 0.024 0.029 0.037 0.318 0.001 0.001 0.039 0.473 114 E 0.240 0.026 0.002 0.011 0.005 0.010 0.228 0.002 0.001 0.013 0.463 115 G 0.350 0.028 0.006 0.011 0.007 0.006 0.085 0.004 0.001 0.010 0.494 116 I 0.396 0.027 0.066 0.010 0.005 0.016 0.173 0.001 0.001 0.012 0.293 117 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.971 118 A 0.002 0.004 0.001 0.006 0.002 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.953 119 N 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.223 0.001 0.001 0.002 0.751 120 L 0.123 0.468 0.001 0.007 0.005 0.008 0.157 0.003 0.001 0.003 0.225 121 I 0.057 0.886 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 122 Q 0.031 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 123 Q 0.062 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.054 124 L 0.143 0.807 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.026 125 D 0.055 0.586 0.048 0.005 0.012 0.019 0.019 0.078 0.001 0.002 0.176 126 V 0.175 0.288 0.049 0.047 0.040 0.048 0.025 0.057 0.001 0.002 0.269 127 C 0.245 0.148 0.036 0.080 0.047 0.060 0.038 0.030 0.001 0.004 0.312 128 V 0.045 0.060 0.030 0.211 0.197 0.197 0.044 0.009 0.001 0.003 0.204 129 E 0.020 0.025 0.016 0.179 0.086 0.151 0.050 0.005 0.001 0.002 0.467 130 I 0.022 0.009 0.006 0.197 0.163 0.214 0.046 0.002 0.001 0.002 0.338 131 P 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.946 132 Q 0.008 0.001 0.001 0.067 0.065 0.192 0.148 0.001 0.001 0.006 0.513 133 Q 0.076 0.004 0.001 0.021 0.013 0.035 0.077 0.001 0.001 0.011 0.761 134 G 0.086 0.015 0.001 0.024 0.036 0.031 0.095 0.001 0.001 0.006 0.705 135 I 0.172 0.020 0.004 0.012 0.012 0.023 0.133 0.001 0.001 0.009 0.615 136 I 0.063 0.068 0.004 0.032 0.044 0.079 0.129 0.001 0.001 0.004 0.575 137 R 0.045 0.109 0.002 0.015 0.027 0.060 0.149 0.001 0.001 0.004 0.586 138 S 0.103 0.180 0.003 0.008 0.015 0.037 0.141 0.005 0.001 0.006 0.502 139 L 0.135 0.191 0.006 0.005 0.006 0.006 0.076 0.004 0.001 0.004 0.566 140 N 0.141 0.128 0.011 0.002 0.003 0.004 0.325 0.004 0.001 0.014 0.368 141 V 0.079 0.299 0.026 0.004 0.003 0.005 0.185 0.003 0.001 0.006 0.390 142 H 0.010 0.667 0.001 0.003 0.002 0.002 0.083 0.001 0.001 0.001 0.230 143 V 0.003 0.818 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.138 144 S 0.005 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.053 145 G 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 146 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 147 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 148 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 E 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 152 Y 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 153 T 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 154 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 155 Q 0.019 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 156 Q 0.040 0.909 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.023 157 L 0.146 0.681 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.068 158 L 0.083 0.464 0.184 0.004 0.002 0.002 0.008 0.054 0.001 0.001 0.199 159 S 0.090 0.221 0.023 0.010 0.004 0.004 0.024 0.057 0.001 0.001 0.567