# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.051 0.013 0.040 0.029 0.050 0.070 0.006 0.742 2 G 0.042 0.012 0.028 0.026 0.059 0.110 0.007 0.714 3 K 0.061 0.015 0.025 0.020 0.040 0.111 0.007 0.721 4 S 0.074 0.023 0.013 0.019 0.029 0.171 0.010 0.660 5 I 0.170 0.023 0.025 0.018 0.037 0.118 0.017 0.592 6 S 0.073 0.031 0.050 0.062 0.049 0.201 0.025 0.509 7 R 0.129 0.012 0.114 0.072 0.070 0.153 0.039 0.411 8 L 0.136 0.005 0.262 0.091 0.130 0.139 0.011 0.227 9 I 0.006 0.001 0.681 0.148 0.132 0.015 0.001 0.017 10 V 0.001 0.001 0.690 0.117 0.137 0.007 0.001 0.047 11 V 0.001 0.001 0.900 0.040 0.056 0.001 0.001 0.004 12 A 0.001 0.001 0.796 0.072 0.102 0.005 0.001 0.024 13 S 0.001 0.001 0.806 0.056 0.101 0.009 0.001 0.026 14 L 0.004 0.001 0.434 0.059 0.105 0.075 0.003 0.320 15 I 0.012 0.001 0.251 0.033 0.100 0.091 0.004 0.508 16 D 0.011 0.002 0.047 0.017 0.045 0.209 0.007 0.662 17 K 0.051 0.005 0.018 0.011 0.019 0.134 0.007 0.754 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 19 T 0.029 0.017 0.019 0.013 0.019 0.228 0.009 0.667 20 N 0.175 0.058 0.028 0.007 0.008 0.152 0.013 0.559 21 L 0.051 0.375 0.042 0.014 0.021 0.071 0.005 0.422 22 G 0.070 0.323 0.027 0.011 0.024 0.194 0.008 0.341 23 G 0.076 0.463 0.018 0.007 0.010 0.194 0.005 0.227 24 L 0.020 0.871 0.005 0.004 0.007 0.027 0.003 0.064 25 C 0.006 0.957 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.023 26 R 0.003 0.980 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 27 T 0.006 0.975 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 28 C 0.020 0.924 0.004 0.003 0.009 0.003 0.009 0.028 29 E 0.019 0.928 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.032 30 V 0.035 0.918 0.005 0.002 0.002 0.003 0.013 0.022 31 F 0.134 0.752 0.008 0.012 0.005 0.004 0.050 0.036 32 G 0.396 0.155 0.052 0.027 0.013 0.013 0.195 0.150 33 A 0.065 0.041 0.612 0.059 0.060 0.043 0.020 0.100 34 S 0.020 0.026 0.274 0.213 0.191 0.078 0.011 0.188 35 V 0.022 0.006 0.227 0.051 0.111 0.070 0.006 0.507 36 L 0.003 0.002 0.852 0.080 0.043 0.006 0.002 0.012 37 V 0.003 0.002 0.823 0.082 0.053 0.006 0.002 0.030 38 V 0.001 0.001 0.732 0.074 0.131 0.005 0.001 0.054 39 G 0.002 0.001 0.565 0.083 0.165 0.032 0.001 0.150 40 S 0.003 0.001 0.156 0.038 0.095 0.084 0.003 0.619 41 L 0.011 0.001 0.072 0.015 0.041 0.099 0.005 0.755 42 Q 0.099 0.002 0.034 0.017 0.028 0.309 0.011 0.500 43 C 0.155 0.006 0.048 0.023 0.028 0.136 0.012 0.592 44 I 0.044 0.018 0.057 0.047 0.055 0.110 0.005 0.664 45 S 0.019 0.011 0.021 0.015 0.030 0.108 0.004 0.793 46 D 0.056 0.025 0.023 0.014 0.044 0.180 0.007 0.651 47 K 0.047 0.027 0.012 0.006 0.013 0.167 0.006 0.722 48 Q 0.037 0.032 0.005 0.003 0.005 0.634 0.006 0.278 49 F 0.211 0.294 0.017 0.008 0.017 0.193 0.010 0.249 50 Q 0.038 0.756 0.020 0.015 0.024 0.029 0.005 0.112 51 H 0.032 0.627 0.025 0.025 0.041 0.029 0.011 0.210 52 L 0.061 0.676 0.052 0.028 0.060 0.020 0.013 0.090 53 S 0.085 0.628 0.016 0.032 0.064 0.034 0.022 0.119 54 V 0.206 0.308 0.063 0.034 0.064 0.052 0.036 0.238 55 S 0.142 0.325 0.018 0.027 0.024 0.085 0.031 0.349 56 A 0.192 0.269 0.062 0.015 0.045 0.074 0.031 0.311 57 E 0.060 0.381 0.018 0.020 0.035 0.116 0.018 0.352 58 Q 0.188 0.257 0.016 0.024 0.028 0.088 0.061 0.338 59 W 0.274 0.249 0.041 0.018 0.030 0.040 0.076 0.271 60 L 0.177 0.168 0.099 0.173 0.129 0.033 0.029 0.192 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 62 L 0.008 0.005 0.029 0.050 0.140 0.065 0.003 0.700 63 V 0.285 0.022 0.166 0.255 0.137 0.023 0.010 0.101 64 E 0.064 0.006 0.050 0.057 0.090 0.030 0.006 0.697 65 V 0.032 0.005 0.407 0.168 0.148 0.015 0.004 0.220 66 K 0.007 0.002 0.028 0.031 0.033 0.041 0.001 0.856 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 69 Q 0.037 0.003 0.003 0.003 0.004 0.194 0.003 0.753 70 L 0.282 0.069 0.011 0.004 0.009 0.074 0.005 0.546 71 I 0.048 0.261 0.011 0.003 0.011 0.077 0.003 0.587 72 D 0.032 0.276 0.003 0.001 0.003 0.161 0.002 0.523 73 Y 0.018 0.858 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.103 74 L 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 75 Q 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 76 Q 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 77 K 0.074 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 78 K 0.103 0.757 0.015 0.005 0.008 0.006 0.035 0.071 79 T 0.076 0.566 0.056 0.008 0.008 0.022 0.048 0.216 80 E 0.181 0.285 0.069 0.015 0.008 0.034 0.118 0.288 81 G 0.528 0.022 0.057 0.008 0.004 0.025 0.153 0.202 82 Y 0.052 0.003 0.794 0.018 0.011 0.033 0.008 0.080 83 T 0.004 0.001 0.647 0.082 0.067 0.034 0.002 0.163 84 I 0.003 0.001 0.464 0.060 0.127 0.022 0.001 0.322 85 I 0.001 0.001 0.840 0.058 0.066 0.007 0.001 0.028 86 G 0.003 0.001 0.635 0.072 0.096 0.026 0.001 0.166 87 V 0.004 0.001 0.627 0.061 0.158 0.030 0.002 0.117 88 E 0.010 0.003 0.181 0.075 0.126 0.155 0.003 0.448 89 Q 0.030 0.005 0.126 0.032 0.108 0.123 0.005 0.570 90 T 0.039 0.010 0.034 0.020 0.061 0.292 0.008 0.536 91 A 0.081 0.022 0.019 0.012 0.035 0.114 0.012 0.706 92 K 0.110 0.059 0.012 0.010 0.018 0.254 0.024 0.513 93 S 0.441 0.077 0.017 0.009 0.013 0.138 0.040 0.264 94 L 0.321 0.153 0.056 0.021 0.023 0.060 0.024 0.342 95 D 0.057 0.086 0.047 0.028 0.042 0.111 0.018 0.609 96 L 0.081 0.072 0.111 0.032 0.087 0.064 0.010 0.544 97 T 0.064 0.080 0.032 0.034 0.070 0.364 0.012 0.343 98 Q 0.188 0.053 0.026 0.022 0.043 0.239 0.022 0.408 99 Y 0.245 0.210 0.054 0.047 0.049 0.072 0.016 0.307 100 C 0.063 0.068 0.044 0.045 0.062 0.102 0.031 0.585 101 F 0.088 0.029 0.034 0.075 0.102 0.061 0.012 0.601 102 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 103 E 0.017 0.003 0.022 0.054 0.119 0.163 0.007 0.616 104 K 0.116 0.004 0.043 0.027 0.024 0.103 0.015 0.669 105 S 0.193 0.006 0.201 0.082 0.106 0.150 0.010 0.252 106 L 0.022 0.003 0.680 0.133 0.113 0.020 0.003 0.027 107 L 0.003 0.001 0.725 0.101 0.140 0.008 0.001 0.021 108 L 0.001 0.001 0.794 0.077 0.105 0.005 0.001 0.016 109 L 0.001 0.001 0.743 0.095 0.108 0.010 0.001 0.041 110 G 0.002 0.001 0.608 0.073 0.147 0.030 0.002 0.136 111 N 0.006 0.001 0.270 0.048 0.126 0.101 0.004 0.445 112 E 0.011 0.001 0.091 0.017 0.064 0.126 0.004 0.685 113 R 0.042 0.003 0.015 0.008 0.019 0.563 0.008 0.342 114 E 0.297 0.014 0.022 0.014 0.014 0.248 0.041 0.349 115 G 0.196 0.024 0.027 0.015 0.010 0.061 0.031 0.635 116 I 0.180 0.021 0.106 0.034 0.049 0.173 0.010 0.427 117 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 118 A 0.001 0.004 0.004 0.004 0.037 0.025 0.001 0.924 119 N 0.027 0.015 0.003 0.002 0.005 0.105 0.002 0.840 120 L 0.125 0.215 0.002 0.002 0.008 0.142 0.004 0.502 121 I 0.020 0.917 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.052 122 Q 0.014 0.933 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.040 123 Q 0.329 0.517 0.004 0.003 0.002 0.004 0.059 0.082 124 L 0.222 0.632 0.028 0.007 0.008 0.006 0.048 0.049 125 D 0.069 0.458 0.105 0.066 0.050 0.035 0.063 0.155 126 V 0.079 0.171 0.256 0.053 0.060 0.066 0.044 0.271 127 C 0.064 0.074 0.372 0.082 0.097 0.080 0.013 0.217 128 V 0.014 0.030 0.498 0.250 0.112 0.015 0.008 0.073 129 E 0.007 0.012 0.391 0.104 0.134 0.015 0.008 0.329 130 I 0.007 0.002 0.459 0.227 0.185 0.014 0.003 0.104 131 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.994 132 Q 0.003 0.001 0.059 0.059 0.294 0.093 0.003 0.488 133 Q 0.068 0.002 0.036 0.021 0.034 0.091 0.008 0.739 134 G 0.147 0.006 0.044 0.073 0.048 0.095 0.019 0.568 135 I 0.106 0.003 0.032 0.017 0.031 0.100 0.004 0.707 136 I 0.038 0.016 0.129 0.101 0.152 0.084 0.003 0.477 137 R 0.022 0.031 0.071 0.134 0.174 0.122 0.006 0.442 138 S 0.034 0.040 0.053 0.046 0.096 0.086 0.007 0.637 139 L 0.080 0.158 0.156 0.125 0.106 0.057 0.012 0.306 140 N 0.040 0.048 0.035 0.025 0.038 0.282 0.013 0.519 141 V 0.075 0.199 0.063 0.037 0.070 0.175 0.009 0.372 142 H 0.020 0.568 0.017 0.014 0.025 0.162 0.004 0.191 143 V 0.053 0.415 0.008 0.007 0.017 0.237 0.012 0.250 144 S 0.006 0.960 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.024 145 G 0.004 0.952 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.029 146 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 147 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 148 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 149 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 150 W 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 E 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 152 Y 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 153 T 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 154 R 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 155 Q 0.013 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 156 Q 0.036 0.910 0.003 0.002 0.002 0.003 0.018 0.026 157 L 0.083 0.808 0.014 0.006 0.005 0.006 0.028 0.049 158 L 0.179 0.478 0.045 0.015 0.017 0.026 0.047 0.192 159 S 0.083 0.186 0.035 0.012 0.014 0.041 0.032 0.598