# TARGET T0332 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1412 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.313 0.101 0.293 0.215 0.015 0.024 0.016 0.003 0.015 0.003 0.001 2 G 0.146 0.050 0.151 0.069 0.078 0.024 0.118 0.219 0.012 0.134 0.001 3 K 0.308 0.232 0.244 0.111 0.044 0.019 0.010 0.004 0.020 0.007 0.001 4 S 0.207 0.130 0.305 0.129 0.040 0.061 0.065 0.019 0.034 0.008 0.003 5 I 0.193 0.269 0.316 0.080 0.030 0.043 0.022 0.003 0.039 0.003 0.001 6 S 0.260 0.135 0.419 0.078 0.048 0.020 0.012 0.005 0.012 0.006 0.005 7 R 0.082 0.320 0.324 0.071 0.056 0.059 0.033 0.002 0.048 0.001 0.004 8 L 0.008 0.385 0.548 0.005 0.011 0.030 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 9 I 0.014 0.807 0.106 0.005 0.022 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 10 V 0.006 0.698 0.239 0.001 0.008 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 11 V 0.009 0.800 0.078 0.002 0.009 0.041 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 12 A 0.023 0.496 0.259 0.008 0.025 0.135 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 13 S 0.102 0.461 0.145 0.063 0.157 0.029 0.012 0.002 0.025 0.003 0.001 14 L 0.057 0.145 0.163 0.065 0.116 0.093 0.284 0.012 0.055 0.008 0.002 15 I 0.258 0.182 0.354 0.091 0.022 0.067 0.007 0.002 0.013 0.001 0.002 16 D 0.480 0.060 0.043 0.358 0.010 0.026 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 17 K 0.047 0.286 0.237 0.014 0.077 0.029 0.057 0.001 0.247 0.003 0.001 18 P 0.430 0.006 0.453 0.025 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 19 T 0.462 0.053 0.191 0.130 0.057 0.017 0.022 0.034 0.006 0.027 0.002 20 N 0.278 0.023 0.105 0.224 0.028 0.143 0.085 0.042 0.040 0.030 0.002 21 L 0.904 0.011 0.017 0.061 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.961 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.004 0.012 0.001 0.008 0.001 23 G 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 C 0.993 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.956 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.363 0.006 0.010 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.367 0.607 0.001 0.003 0.001 33 A 0.004 0.183 0.737 0.002 0.022 0.048 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 34 S 0.584 0.001 0.001 0.414 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.001 0.702 0.003 0.001 0.291 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 L 0.001 0.882 0.051 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 37 V 0.003 0.791 0.123 0.001 0.010 0.041 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 38 V 0.009 0.627 0.158 0.015 0.032 0.096 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 39 G 0.035 0.173 0.327 0.023 0.229 0.019 0.010 0.010 0.026 0.148 0.001 40 S 0.146 0.160 0.333 0.081 0.117 0.034 0.072 0.003 0.025 0.015 0.015 41 L 0.341 0.059 0.251 0.234 0.021 0.033 0.031 0.010 0.009 0.006 0.007 42 Q 0.231 0.144 0.134 0.221 0.105 0.024 0.050 0.057 0.023 0.011 0.001 43 C 0.175 0.312 0.260 0.082 0.059 0.046 0.016 0.010 0.031 0.008 0.001 44 I 0.115 0.251 0.382 0.070 0.027 0.057 0.031 0.003 0.058 0.004 0.002 45 S 0.203 0.089 0.433 0.157 0.035 0.044 0.010 0.005 0.009 0.009 0.005 46 D 0.083 0.089 0.538 0.042 0.071 0.091 0.017 0.004 0.046 0.018 0.001 47 K 0.889 0.003 0.013 0.061 0.001 0.004 0.015 0.012 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.932 0.009 0.013 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 F 0.853 0.042 0.038 0.045 0.009 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 50 Q 0.931 0.026 0.013 0.018 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 51 H 0.899 0.048 0.027 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 L 0.853 0.038 0.017 0.078 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 53 S 0.628 0.122 0.085 0.067 0.037 0.022 0.012 0.010 0.016 0.002 0.001 54 V 0.438 0.209 0.103 0.195 0.032 0.010 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 55 S 0.281 0.146 0.233 0.101 0.123 0.028 0.025 0.020 0.018 0.025 0.001 56 A 0.705 0.059 0.083 0.055 0.020 0.028 0.022 0.009 0.016 0.003 0.001 57 E 0.808 0.050 0.035 0.082 0.007 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 58 Q 0.649 0.086 0.063 0.133 0.020 0.015 0.021 0.003 0.009 0.001 0.001 59 W 0.472 0.113 0.114 0.219 0.009 0.028 0.022 0.003 0.019 0.001 0.001 60 L 0.059 0.410 0.269 0.003 0.024 0.015 0.016 0.001 0.203 0.001 0.001 61 P 0.084 0.008 0.806 0.005 0.001 0.078 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 62 L 0.152 0.393 0.333 0.039 0.027 0.037 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 63 V 0.140 0.570 0.077 0.093 0.086 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 64 E 0.027 0.538 0.313 0.025 0.026 0.043 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 65 V 0.010 0.598 0.241 0.008 0.046 0.039 0.004 0.001 0.054 0.001 0.001 66 K 0.003 0.180 0.615 0.002 0.007 0.107 0.005 0.001 0.079 0.001 0.001 67 P 0.142 0.012 0.785 0.002 0.005 0.021 0.001 0.002 0.006 0.012 0.012 68 P 0.932 0.001 0.010 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 Q 0.100 0.172 0.201 0.076 0.204 0.096 0.008 0.003 0.136 0.003 0.001 70 L 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 D 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 Q 0.870 0.002 0.003 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.790 0.009 0.034 0.139 0.001 0.011 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 78 K 0.675 0.053 0.121 0.045 0.017 0.025 0.026 0.008 0.011 0.018 0.001 79 T 0.700 0.040 0.082 0.134 0.009 0.016 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 80 E 0.218 0.049 0.166 0.514 0.014 0.008 0.016 0.003 0.010 0.002 0.001 81 G 0.009 0.002 0.009 0.022 0.013 0.002 0.156 0.746 0.004 0.037 0.001 82 Y 0.003 0.278 0.654 0.004 0.026 0.019 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 83 T 0.008 0.335 0.570 0.004 0.005 0.057 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 84 I 0.008 0.586 0.327 0.001 0.007 0.045 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 85 I 0.084 0.486 0.247 0.029 0.007 0.094 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 86 G 0.015 0.314 0.257 0.010 0.308 0.049 0.016 0.007 0.017 0.004 0.001 87 V 0.055 0.684 0.081 0.044 0.089 0.019 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 88 E 0.030 0.461 0.227 0.011 0.181 0.031 0.006 0.001 0.039 0.011 0.001 89 Q 0.344 0.096 0.358 0.079 0.012 0.075 0.011 0.003 0.016 0.003 0.003 90 T 0.207 0.237 0.273 0.085 0.092 0.051 0.009 0.004 0.034 0.007 0.001 91 A 0.582 0.062 0.115 0.137 0.018 0.018 0.042 0.008 0.011 0.005 0.002 92 K 0.360 0.091 0.116 0.244 0.061 0.012 0.062 0.031 0.011 0.011 0.001 93 S 0.196 0.172 0.256 0.170 0.057 0.041 0.056 0.018 0.025 0.007 0.002 94 L 0.064 0.586 0.224 0.016 0.046 0.019 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 95 D 0.040 0.068 0.647 0.009 0.004 0.192 0.008 0.001 0.029 0.001 0.002 96 L 0.723 0.069 0.077 0.067 0.009 0.029 0.006 0.002 0.018 0.001 0.001 97 T 0.703 0.078 0.082 0.098 0.013 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 98 Q 0.348 0.135 0.092 0.301 0.037 0.025 0.024 0.004 0.033 0.001 0.001 99 Y 0.180 0.297 0.284 0.122 0.044 0.030 0.017 0.004 0.020 0.003 0.001 100 C 0.132 0.197 0.168 0.175 0.025 0.144 0.079 0.005 0.072 0.002 0.001 101 F 0.035 0.311 0.323 0.006 0.057 0.036 0.026 0.001 0.200 0.004 0.001 102 P 0.185 0.009 0.618 0.034 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.099 103 E 0.261 0.117 0.347 0.102 0.056 0.031 0.043 0.019 0.016 0.007 0.002 104 K 0.218 0.153 0.281 0.173 0.050 0.054 0.038 0.006 0.021 0.004 0.002 105 S 0.069 0.504 0.138 0.164 0.080 0.019 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 106 L 0.002 0.881 0.050 0.002 0.045 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 107 L 0.002 0.729 0.206 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 108 L 0.006 0.654 0.197 0.003 0.008 0.072 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 109 L 0.049 0.610 0.142 0.043 0.035 0.075 0.002 0.001 0.042 0.001 0.002 110 G 0.020 0.079 0.131 0.018 0.522 0.015 0.021 0.017 0.012 0.164 0.001 111 N 0.152 0.118 0.336 0.178 0.037 0.084 0.028 0.006 0.045 0.006 0.009 112 E 0.421 0.105 0.278 0.100 0.033 0.022 0.013 0.009 0.010 0.006 0.002 113 R 0.568 0.058 0.059 0.186 0.037 0.016 0.027 0.023 0.012 0.013 0.001 114 E 0.241 0.068 0.261 0.349 0.016 0.017 0.028 0.004 0.013 0.003 0.001 115 G 0.013 0.002 0.020 0.022 0.017 0.001 0.050 0.745 0.002 0.128 0.001 116 I 0.005 0.196 0.741 0.001 0.013 0.019 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 117 P 0.003 0.002 0.962 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 118 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 I 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 Q 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.777 0.002 0.001 0.217 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 L 0.691 0.030 0.179 0.057 0.003 0.024 0.006 0.005 0.006 0.001 0.001 125 D 0.863 0.003 0.004 0.124 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 V 0.152 0.576 0.072 0.059 0.119 0.010 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 127 C 0.121 0.641 0.159 0.024 0.019 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 128 V 0.048 0.757 0.068 0.019 0.021 0.023 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 129 E 0.020 0.463 0.298 0.006 0.010 0.119 0.012 0.001 0.071 0.001 0.001 130 I 0.019 0.327 0.297 0.003 0.006 0.096 0.003 0.001 0.248 0.001 0.001 131 P 0.093 0.011 0.803 0.011 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 132 Q 0.167 0.308 0.213 0.065 0.107 0.041 0.031 0.010 0.048 0.009 0.001 133 Q 0.143 0.161 0.336 0.110 0.052 0.035 0.095 0.009 0.038 0.018 0.003 134 G 0.049 0.017 0.062 0.024 0.168 0.004 0.067 0.409 0.003 0.197 0.001 135 I 0.201 0.239 0.161 0.230 0.055 0.043 0.035 0.011 0.018 0.005 0.001 136 I 0.058 0.273 0.515 0.009 0.029 0.081 0.005 0.001 0.026 0.002 0.001 137 R 0.896 0.002 0.006 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.165 0.393 0.035 0.053 0.329 0.003 0.005 0.003 0.007 0.006 0.001 139 L 0.548 0.267 0.092 0.016 0.041 0.010 0.007 0.001 0.014 0.004 0.001 140 N 0.749 0.027 0.047 0.018 0.017 0.092 0.008 0.003 0.030 0.004 0.005 141 V 0.980 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 H 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 T 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 R 0.961 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 Q 0.909 0.006 0.006 0.071 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 156 Q 0.718 0.015 0.017 0.227 0.003 0.006 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 157 L 0.493 0.034 0.075 0.252 0.007 0.037 0.072 0.008 0.019 0.002 0.001 158 L 0.258 0.125 0.251 0.174 0.027 0.051 0.057 0.012 0.037 0.008 0.001 159 S 0.309 0.096 0.196 0.091 0.092 0.024 0.065 0.047 0.015 0.064 0.001