# TARGET T0332 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.021 0.011 0.051 0.067 0.332 0.517 2 G 0.020 0.009 0.042 0.039 0.326 0.565 3 K 0.028 0.010 0.048 0.031 0.365 0.518 4 S 0.043 0.013 0.073 0.018 0.340 0.514 5 I 0.118 0.031 0.097 0.016 0.314 0.423 6 S 0.169 0.012 0.029 0.004 0.303 0.483 7 R 0.284 0.004 0.008 0.002 0.244 0.458 8 L 0.806 0.004 0.001 0.001 0.040 0.149 9 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 10 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 A 0.959 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 13 S 0.721 0.002 0.001 0.004 0.073 0.199 14 L 0.238 0.008 0.007 0.007 0.362 0.378 15 I 0.130 0.040 0.011 0.015 0.494 0.309 16 D 0.067 0.062 0.011 0.015 0.421 0.424 17 K 0.019 0.011 0.008 0.011 0.717 0.234 18 P 0.004 0.004 0.048 0.104 0.659 0.180 19 T 0.007 0.010 0.040 0.218 0.506 0.220 20 N 0.005 0.010 0.026 0.778 0.110 0.071 21 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.007 0.009 22 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 23 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 25 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 29 E 0.001 0.001 0.009 0.988 0.003 0.001 30 V 0.001 0.001 0.024 0.962 0.010 0.003 31 F 0.001 0.001 0.031 0.820 0.030 0.116 32 G 0.001 0.002 0.005 0.009 0.046 0.937 33 A 0.014 0.003 0.017 0.003 0.263 0.700 34 S 0.138 0.001 0.012 0.003 0.269 0.577 35 V 0.901 0.004 0.004 0.003 0.034 0.054 36 L 0.987 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 37 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 39 G 0.696 0.003 0.001 0.002 0.049 0.248 40 S 0.212 0.008 0.005 0.003 0.345 0.427 41 L 0.062 0.019 0.029 0.010 0.520 0.360 42 Q 0.046 0.022 0.048 0.014 0.604 0.267 43 C 0.065 0.032 0.038 0.016 0.615 0.233 44 I 0.035 0.029 0.033 0.024 0.434 0.446 45 S 0.028 0.028 0.017 0.039 0.385 0.505 46 D 0.013 0.007 0.011 0.098 0.273 0.598 47 K 0.004 0.001 0.022 0.875 0.059 0.040 48 Q 0.016 0.003 0.019 0.888 0.050 0.025 49 F 0.033 0.002 0.017 0.899 0.035 0.014 50 Q 0.080 0.002 0.011 0.862 0.029 0.016 51 H 0.087 0.002 0.011 0.864 0.022 0.014 52 L 0.077 0.002 0.007 0.877 0.017 0.020 53 S 0.070 0.003 0.006 0.817 0.040 0.063 54 V 0.066 0.011 0.019 0.647 0.097 0.160 55 S 0.104 0.016 0.062 0.277 0.224 0.317 56 A 0.059 0.005 0.306 0.330 0.170 0.130 57 E 0.079 0.004 0.552 0.111 0.164 0.090 58 Q 0.130 0.004 0.500 0.093 0.194 0.079 59 W 0.354 0.025 0.151 0.130 0.183 0.158 60 L 0.435 0.013 0.028 0.028 0.206 0.290 61 P 0.598 0.007 0.037 0.015 0.117 0.226 62 L 0.704 0.009 0.085 0.025 0.074 0.103 63 V 0.809 0.009 0.040 0.020 0.045 0.077 64 E 0.778 0.016 0.020 0.021 0.059 0.105 65 V 0.352 0.047 0.009 0.010 0.122 0.461 66 K 0.083 0.019 0.011 0.011 0.527 0.349 67 P 0.019 0.006 0.119 0.025 0.637 0.194 68 P 0.006 0.006 0.088 0.036 0.654 0.212 69 Q 0.008 0.016 0.030 0.042 0.418 0.486 70 L 0.001 0.001 0.017 0.956 0.014 0.012 71 I 0.001 0.001 0.010 0.967 0.013 0.008 72 D 0.001 0.001 0.014 0.966 0.015 0.004 73 Y 0.002 0.001 0.013 0.968 0.008 0.007 74 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 75 Q 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 76 Q 0.001 0.001 0.006 0.971 0.011 0.011 77 K 0.002 0.002 0.015 0.926 0.032 0.023 78 K 0.002 0.001 0.068 0.861 0.051 0.017 79 T 0.003 0.001 0.087 0.846 0.046 0.017 80 E 0.003 0.001 0.070 0.768 0.086 0.072 81 G 0.007 0.001 0.005 0.008 0.117 0.863 82 Y 0.136 0.007 0.001 0.001 0.069 0.786 83 T 0.855 0.005 0.001 0.001 0.022 0.117 84 I 0.970 0.003 0.001 0.001 0.005 0.021 85 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.009 0.025 86 G 0.914 0.001 0.003 0.001 0.020 0.060 87 V 0.736 0.006 0.005 0.003 0.056 0.194 88 E 0.406 0.010 0.013 0.005 0.183 0.384 89 Q 0.115 0.011 0.047 0.020 0.392 0.414 90 T 0.033 0.012 0.133 0.032 0.561 0.228 91 A 0.014 0.005 0.296 0.040 0.559 0.085 92 K 0.020 0.004 0.236 0.046 0.540 0.153 93 S 0.080 0.020 0.115 0.050 0.424 0.309 94 L 0.134 0.052 0.025 0.037 0.212 0.540 95 D 0.144 0.053 0.025 0.029 0.237 0.511 96 L 0.019 0.004 0.574 0.173 0.154 0.075 97 T 0.028 0.002 0.614 0.173 0.124 0.058 98 Q 0.023 0.004 0.696 0.150 0.100 0.027 99 Y 0.056 0.021 0.177 0.262 0.198 0.285 100 C 0.068 0.046 0.059 0.126 0.266 0.436 101 F 0.046 0.029 0.015 0.019 0.365 0.526 102 P 0.047 0.013 0.019 0.009 0.471 0.440 103 E 0.035 0.013 0.019 0.002 0.544 0.385 104 K 0.072 0.004 0.014 0.001 0.555 0.353 105 S 0.558 0.006 0.007 0.001 0.185 0.242 106 L 0.983 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 107 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 108 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 109 L 0.916 0.003 0.001 0.001 0.019 0.060 110 G 0.379 0.008 0.003 0.002 0.159 0.449 111 N 0.111 0.015 0.013 0.003 0.407 0.451 112 E 0.058 0.046 0.051 0.008 0.594 0.243 113 R 0.046 0.023 0.085 0.011 0.684 0.150 114 E 0.025 0.018 0.064 0.025 0.718 0.151 115 G 0.015 0.015 0.019 0.009 0.496 0.445 116 I 0.012 0.036 0.002 0.014 0.202 0.733 117 P 0.008 0.017 0.003 0.127 0.127 0.718 118 A 0.001 0.001 0.012 0.968 0.013 0.006 119 N 0.001 0.001 0.017 0.968 0.011 0.003 120 L 0.002 0.001 0.041 0.934 0.019 0.004 121 I 0.010 0.002 0.030 0.905 0.034 0.019 122 Q 0.014 0.002 0.046 0.831 0.065 0.042 123 Q 0.041 0.008 0.066 0.603 0.147 0.135 124 L 0.085 0.011 0.039 0.231 0.308 0.326 125 D 0.112 0.002 0.014 0.024 0.334 0.515 126 V 0.679 0.003 0.007 0.017 0.089 0.206 127 C 0.958 0.001 0.001 0.005 0.009 0.027 128 V 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 129 E 0.976 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 130 I 0.778 0.003 0.001 0.003 0.025 0.191 131 P 0.315 0.008 0.002 0.004 0.184 0.488 132 Q 0.059 0.008 0.012 0.005 0.514 0.402 133 Q 0.026 0.008 0.017 0.028 0.702 0.220 134 G 0.030 0.013 0.018 0.034 0.630 0.276 135 I 0.114 0.030 0.015 0.059 0.287 0.496 136 I 0.206 0.052 0.024 0.182 0.152 0.384 137 R 0.218 0.013 0.043 0.268 0.166 0.293 138 S 0.292 0.011 0.056 0.360 0.088 0.194 139 L 0.217 0.017 0.047 0.550 0.052 0.118 140 N 0.060 0.006 0.030 0.805 0.018 0.081 141 V 0.003 0.001 0.011 0.978 0.002 0.005 142 H 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 143 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 145 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 151 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 153 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 155 Q 0.001 0.001 0.009 0.972 0.008 0.011 156 Q 0.001 0.001 0.010 0.893 0.022 0.074 157 L 0.001 0.002 0.011 0.411 0.064 0.512 158 L 0.001 0.004 0.002 0.049 0.061 0.881 159 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.970