# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.028 0.004 0.002 0.009 0.016 0.023 0.104 0.005 0.001 0.040 0.769 2 G 0.088 0.004 0.001 0.005 0.009 0.011 0.084 0.002 0.001 0.031 0.764 3 K 0.033 0.001 0.001 0.008 0.024 0.026 0.125 0.005 0.001 0.044 0.733 4 S 0.030 0.001 0.001 0.015 0.013 0.024 0.148 0.002 0.001 0.037 0.730 5 I 0.021 0.001 0.001 0.042 0.023 0.034 0.162 0.002 0.001 0.039 0.675 6 S 0.004 0.001 0.001 0.104 0.059 0.065 0.162 0.001 0.001 0.030 0.574 7 R 0.001 0.001 0.001 0.223 0.093 0.186 0.082 0.001 0.001 0.052 0.361 8 L 0.001 0.001 0.001 0.485 0.133 0.179 0.023 0.001 0.001 0.051 0.128 9 I 0.001 0.001 0.001 0.642 0.144 0.122 0.009 0.001 0.001 0.034 0.049 10 V 0.001 0.001 0.001 0.636 0.163 0.118 0.007 0.001 0.001 0.028 0.046 11 V 0.005 0.001 0.001 0.573 0.128 0.156 0.017 0.001 0.001 0.049 0.071 12 A 0.027 0.001 0.001 0.372 0.088 0.181 0.065 0.002 0.001 0.062 0.201 13 S 0.025 0.002 0.001 0.165 0.043 0.157 0.127 0.003 0.001 0.046 0.430 14 L 0.069 0.003 0.001 0.082 0.041 0.060 0.166 0.001 0.001 0.047 0.530 15 I 0.007 0.001 0.001 0.042 0.065 0.074 0.189 0.002 0.001 0.039 0.580 16 D 0.018 0.004 0.001 0.031 0.015 0.019 0.157 0.003 0.001 0.042 0.711 17 K 0.313 0.031 0.003 0.019 0.014 0.011 0.099 0.011 0.002 0.146 0.351 18 P 0.076 0.089 0.002 0.005 0.002 0.004 0.127 0.003 0.001 0.079 0.611 19 T 0.028 0.226 0.001 0.006 0.005 0.015 0.104 0.005 0.001 0.041 0.570 20 N 0.026 0.754 0.001 0.004 0.004 0.007 0.028 0.002 0.001 0.085 0.090 21 L 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.028 0.022 22 G 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 0.015 23 G 0.002 0.223 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.751 0.009 24 L 0.001 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.007 25 C 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 26 R 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.005 27 T 0.019 0.864 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.058 0.042 28 C 0.055 0.132 0.185 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.119 0.370 0.088 29 E 0.387 0.083 0.025 0.003 0.001 0.001 0.063 0.019 0.025 0.168 0.226 30 V 0.075 0.009 0.006 0.005 0.001 0.002 0.118 0.001 0.008 0.054 0.722 31 F 0.042 0.004 0.003 0.015 0.002 0.005 0.237 0.002 0.001 0.054 0.635 32 G 0.023 0.004 0.001 0.049 0.003 0.010 0.221 0.005 0.001 0.065 0.617 33 A 0.015 0.004 0.001 0.071 0.008 0.013 0.176 0.003 0.001 0.062 0.646 34 S 0.003 0.004 0.001 0.503 0.022 0.071 0.062 0.001 0.001 0.080 0.253 35 V 0.002 0.001 0.001 0.405 0.034 0.097 0.042 0.001 0.001 0.087 0.331 36 L 0.001 0.001 0.001 0.776 0.076 0.057 0.011 0.001 0.001 0.019 0.059 37 V 0.002 0.001 0.001 0.645 0.086 0.125 0.019 0.001 0.001 0.038 0.083 38 V 0.014 0.001 0.002 0.551 0.048 0.068 0.048 0.001 0.002 0.037 0.228 39 G 0.135 0.010 0.001 0.167 0.025 0.063 0.124 0.019 0.002 0.059 0.394 40 S 0.274 0.020 0.001 0.028 0.009 0.018 0.104 0.004 0.001 0.052 0.488 41 L 0.024 0.005 0.001 0.029 0.029 0.057 0.122 0.003 0.001 0.028 0.701 42 Q 0.012 0.008 0.001 0.017 0.029 0.052 0.125 0.002 0.001 0.027 0.726 43 C 0.200 0.038 0.002 0.014 0.039 0.025 0.103 0.004 0.001 0.054 0.521 44 I 0.062 0.048 0.002 0.008 0.012 0.012 0.125 0.004 0.001 0.050 0.676 45 S 0.020 0.270 0.001 0.004 0.004 0.006 0.073 0.005 0.001 0.015 0.603 46 D 0.046 0.871 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.006 0.001 0.008 0.053 47 K 0.024 0.883 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.004 0.001 0.011 0.062 48 Q 0.039 0.799 0.002 0.002 0.003 0.005 0.017 0.007 0.001 0.037 0.088 49 F 0.083 0.161 0.004 0.007 0.009 0.009 0.031 0.008 0.001 0.592 0.096 50 Q 0.048 0.503 0.013 0.014 0.006 0.012 0.053 0.011 0.005 0.174 0.160 51 H 0.175 0.144 0.024 0.021 0.011 0.021 0.080 0.013 0.007 0.124 0.380 52 L 0.039 0.255 0.007 0.027 0.015 0.025 0.068 0.009 0.003 0.053 0.500 53 S 0.145 0.263 0.003 0.004 0.007 0.016 0.067 0.007 0.001 0.021 0.465 54 V 0.034 0.195 0.014 0.022 0.008 0.017 0.072 0.017 0.006 0.073 0.542 55 S 0.220 0.208 0.018 0.007 0.006 0.010 0.092 0.012 0.012 0.089 0.325 56 A 0.382 0.161 0.013 0.011 0.005 0.009 0.053 0.024 0.005 0.069 0.268 57 E 0.299 0.029 0.005 0.014 0.008 0.015 0.094 0.005 0.003 0.044 0.483 58 Q 0.032 0.018 0.003 0.049 0.031 0.069 0.136 0.002 0.001 0.025 0.634 59 W 0.020 0.031 0.003 0.039 0.026 0.059 0.124 0.005 0.001 0.029 0.662 60 L 0.050 0.008 0.007 0.037 0.141 0.135 0.145 0.016 0.002 0.081 0.376 61 P 0.034 0.005 0.002 0.109 0.076 0.268 0.072 0.004 0.001 0.056 0.373 62 L 0.019 0.003 0.001 0.063 0.054 0.208 0.054 0.002 0.001 0.052 0.544 63 V 0.006 0.001 0.001 0.121 0.157 0.161 0.058 0.001 0.001 0.024 0.471 64 E 0.002 0.001 0.001 0.026 0.166 0.137 0.071 0.001 0.001 0.020 0.577 65 V 0.001 0.001 0.001 0.047 0.124 0.075 0.090 0.001 0.001 0.012 0.652 66 K 0.125 0.063 0.002 0.045 0.032 0.035 0.105 0.016 0.002 0.057 0.519 67 P 0.384 0.381 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 0.035 0.163 68 P 0.013 0.189 0.002 0.009 0.002 0.004 0.057 0.004 0.001 0.049 0.670 69 Q 0.008 0.914 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.019 0.047 70 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.008 71 I 0.012 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.018 72 D 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.016 73 Y 0.019 0.926 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.013 0.018 74 L 0.068 0.712 0.016 0.003 0.001 0.001 0.011 0.024 0.007 0.098 0.059 75 Q 0.086 0.182 0.009 0.003 0.002 0.005 0.052 0.002 0.005 0.330 0.323 76 Q 0.044 0.189 0.028 0.009 0.002 0.006 0.083 0.004 0.012 0.142 0.480 77 K 0.154 0.020 0.108 0.006 0.003 0.006 0.077 0.012 0.051 0.121 0.443 78 K 0.359 0.006 0.002 0.005 0.002 0.004 0.053 0.005 0.002 0.046 0.514 79 T 0.073 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 0.021 0.839 80 E 0.008 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.126 0.001 0.001 0.019 0.826 81 G 0.003 0.001 0.001 0.025 0.011 0.022 0.150 0.001 0.001 0.024 0.762 82 Y 0.002 0.002 0.001 0.173 0.073 0.066 0.106 0.001 0.001 0.054 0.523 83 T 0.001 0.001 0.001 0.546 0.098 0.147 0.029 0.001 0.001 0.066 0.112 84 I 0.001 0.001 0.001 0.376 0.166 0.205 0.024 0.001 0.001 0.049 0.178 85 I 0.001 0.001 0.001 0.565 0.156 0.136 0.019 0.001 0.001 0.025 0.095 86 G 0.003 0.001 0.001 0.305 0.181 0.221 0.030 0.001 0.001 0.099 0.159 87 V 0.007 0.006 0.001 0.267 0.114 0.173 0.068 0.001 0.001 0.054 0.307 88 E 0.130 0.045 0.007 0.091 0.080 0.105 0.110 0.007 0.009 0.067 0.349 89 Q 0.126 0.020 0.011 0.031 0.052 0.057 0.108 0.011 0.008 0.110 0.467 90 T 0.203 0.061 0.002 0.013 0.022 0.040 0.091 0.015 0.002 0.076 0.475 91 A 0.212 0.058 0.008 0.015 0.011 0.024 0.075 0.008 0.003 0.065 0.523 92 K 0.050 0.058 0.004 0.020 0.027 0.051 0.127 0.007 0.001 0.043 0.612 93 S 0.051 0.015 0.002 0.012 0.042 0.066 0.100 0.003 0.001 0.081 0.627 94 L 0.025 0.041 0.003 0.031 0.064 0.072 0.128 0.006 0.001 0.066 0.563 95 D 0.160 0.101 0.007 0.021 0.039 0.075 0.111 0.012 0.004 0.056 0.413 96 L 0.151 0.045 0.011 0.029 0.037 0.072 0.097 0.020 0.004 0.075 0.459 97 T 0.113 0.021 0.001 0.020 0.035 0.096 0.087 0.010 0.001 0.064 0.553 98 Q 0.067 0.004 0.002 0.027 0.023 0.049 0.092 0.003 0.001 0.054 0.678 99 Y 0.014 0.001 0.001 0.023 0.044 0.049 0.112 0.001 0.001 0.032 0.723 100 C 0.018 0.001 0.001 0.009 0.015 0.015 0.091 0.001 0.001 0.022 0.827 101 F 0.041 0.001 0.001 0.016 0.031 0.028 0.178 0.007 0.001 0.070 0.627 102 P 0.098 0.003 0.001 0.027 0.007 0.009 0.166 0.002 0.001 0.059 0.627 103 E 0.016 0.001 0.001 0.047 0.010 0.014 0.188 0.002 0.001 0.025 0.695 104 K 0.003 0.002 0.001 0.237 0.035 0.032 0.142 0.001 0.001 0.042 0.506 105 S 0.001 0.001 0.001 0.737 0.036 0.045 0.030 0.001 0.001 0.060 0.090 106 L 0.001 0.001 0.001 0.859 0.029 0.025 0.009 0.001 0.001 0.028 0.049 107 L 0.001 0.001 0.001 0.898 0.038 0.022 0.005 0.001 0.001 0.013 0.023 108 L 0.001 0.001 0.001 0.888 0.022 0.027 0.010 0.001 0.001 0.017 0.035 109 L 0.006 0.001 0.001 0.768 0.021 0.058 0.029 0.001 0.001 0.042 0.073 110 G 0.025 0.009 0.002 0.348 0.028 0.102 0.147 0.001 0.004 0.106 0.229 111 N 0.111 0.022 0.010 0.104 0.027 0.050 0.202 0.004 0.015 0.091 0.366 112 E 0.217 0.028 0.002 0.025 0.023 0.039 0.154 0.030 0.002 0.105 0.375 113 R 0.271 0.022 0.001 0.010 0.007 0.014 0.140 0.005 0.001 0.053 0.478 114 E 0.014 0.005 0.001 0.011 0.008 0.021 0.153 0.001 0.001 0.026 0.759 115 G 0.008 0.016 0.001 0.010 0.012 0.018 0.176 0.001 0.001 0.064 0.695 116 I 0.008 0.131 0.001 0.006 0.027 0.015 0.130 0.011 0.001 0.077 0.593 117 P 0.044 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.020 118 A 0.027 0.844 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.060 0.055 119 N 0.023 0.839 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.040 0.072 120 L 0.093 0.776 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.001 0.051 0.051 121 I 0.080 0.438 0.070 0.004 0.002 0.003 0.030 0.019 0.043 0.148 0.163 122 Q 0.214 0.244 0.004 0.004 0.003 0.007 0.079 0.006 0.002 0.055 0.382 123 Q 0.046 0.045 0.036 0.012 0.004 0.012 0.087 0.008 0.021 0.122 0.607 124 L 0.142 0.036 0.007 0.021 0.007 0.015 0.193 0.011 0.002 0.108 0.458 125 D 0.027 0.019 0.003 0.067 0.008 0.044 0.118 0.003 0.001 0.120 0.590 126 V 0.012 0.007 0.002 0.064 0.027 0.077 0.129 0.002 0.001 0.114 0.567 127 C 0.009 0.002 0.001 0.134 0.050 0.096 0.091 0.001 0.001 0.116 0.500 128 V 0.003 0.001 0.001 0.154 0.093 0.130 0.075 0.001 0.001 0.041 0.501 129 E 0.017 0.003 0.001 0.135 0.079 0.143 0.081 0.002 0.001 0.086 0.452 130 I 0.043 0.003 0.002 0.083 0.096 0.107 0.108 0.005 0.002 0.095 0.456 131 P 0.091 0.008 0.003 0.049 0.027 0.049 0.107 0.004 0.003 0.050 0.608 132 Q 0.282 0.024 0.002 0.019 0.020 0.032 0.093 0.013 0.002 0.040 0.474 133 Q 0.091 0.016 0.002 0.020 0.017 0.028 0.111 0.006 0.001 0.035 0.674 134 G 0.033 0.029 0.002 0.036 0.037 0.075 0.120 0.004 0.001 0.049 0.614 135 I 0.034 0.076 0.002 0.034 0.080 0.105 0.106 0.004 0.001 0.090 0.469 136 I 0.035 0.176 0.003 0.041 0.059 0.061 0.096 0.002 0.001 0.077 0.448 137 R 0.009 0.475 0.001 0.031 0.052 0.075 0.054 0.002 0.001 0.090 0.211 138 S 0.008 0.836 0.001 0.005 0.010 0.016 0.013 0.002 0.001 0.047 0.062 139 L 0.006 0.880 0.001 0.006 0.007 0.009 0.008 0.002 0.001 0.048 0.034 140 N 0.003 0.583 0.001 0.003 0.006 0.010 0.005 0.001 0.001 0.373 0.016 141 V 0.002 0.942 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 142 H 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 143 V 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 144 S 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 145 G 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 146 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 147 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 148 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 149 I 0.002 0.281 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.706 0.004 150 W 0.002 0.769 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.201 0.014 151 E 0.014 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.012 0.014 152 Y 0.025 0.777 0.023 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.012 0.052 0.088 153 T 0.136 0.427 0.023 0.002 0.002 0.004 0.044 0.010 0.023 0.081 0.247 154 R 0.227 0.233 0.040 0.005 0.002 0.007 0.038 0.050 0.033 0.098 0.267 155 Q 0.210 0.016 0.025 0.005 0.002 0.005 0.080 0.008 0.026 0.044 0.580 156 Q 0.048 0.003 0.001 0.008 0.003 0.005 0.090 0.001 0.001 0.016 0.825 157 L 0.011 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.085 0.001 0.001 0.012 0.880 158 L 0.026 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.182 0.019 0.001 0.040 0.711 159 S 0.090 0.005 0.001 0.011 0.004 0.007 0.112 0.006 0.001 0.039 0.725