# TARGET T0332 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0332.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1414 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.053 0.016 0.007 0.013 0.015 0.019 0.028 0.003 0.001 0.002 0.845 2 G 0.052 0.005 0.003 0.012 0.015 0.021 0.077 0.003 0.001 0.004 0.806 3 K 0.106 0.004 0.011 0.013 0.012 0.022 0.079 0.001 0.001 0.007 0.744 4 S 0.035 0.003 0.001 0.015 0.019 0.015 0.107 0.001 0.001 0.002 0.801 5 I 0.123 0.005 0.003 0.024 0.014 0.020 0.097 0.001 0.001 0.014 0.700 6 S 0.099 0.006 0.002 0.061 0.056 0.061 0.307 0.001 0.001 0.016 0.390 7 R 0.063 0.002 0.006 0.055 0.026 0.031 0.092 0.001 0.001 0.012 0.712 8 L 0.036 0.001 0.005 0.378 0.153 0.195 0.096 0.001 0.001 0.009 0.127 9 I 0.008 0.001 0.003 0.494 0.202 0.192 0.037 0.001 0.001 0.002 0.060 10 V 0.001 0.001 0.001 0.613 0.165 0.184 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 11 V 0.001 0.001 0.001 0.543 0.171 0.261 0.007 0.001 0.001 0.001 0.018 12 A 0.001 0.001 0.001 0.574 0.135 0.215 0.011 0.001 0.001 0.001 0.065 13 S 0.001 0.001 0.001 0.465 0.144 0.224 0.029 0.001 0.001 0.001 0.136 14 L 0.004 0.001 0.001 0.226 0.101 0.196 0.065 0.001 0.001 0.005 0.401 15 I 0.008 0.001 0.001 0.112 0.059 0.138 0.087 0.001 0.001 0.007 0.586 16 D 0.023 0.002 0.001 0.069 0.070 0.162 0.119 0.001 0.001 0.012 0.541 17 K 0.057 0.004 0.002 0.020 0.033 0.050 0.118 0.001 0.001 0.004 0.712 18 P 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.973 19 T 0.044 0.007 0.002 0.014 0.014 0.038 0.187 0.001 0.001 0.009 0.685 20 N 0.168 0.019 0.001 0.008 0.013 0.016 0.214 0.001 0.001 0.008 0.552 21 L 0.162 0.193 0.004 0.021 0.013 0.025 0.080 0.002 0.001 0.005 0.496 22 G 0.046 0.371 0.003 0.022 0.015 0.028 0.123 0.001 0.001 0.004 0.385 23 G 0.030 0.419 0.001 0.008 0.008 0.012 0.152 0.001 0.001 0.003 0.365 24 L 0.012 0.879 0.002 0.004 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.072 25 C 0.009 0.953 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 26 R 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 27 T 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 28 C 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 29 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 30 V 0.021 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.020 31 F 0.063 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.012 32 G 0.478 0.218 0.031 0.001 0.002 0.001 0.007 0.123 0.001 0.003 0.137 33 A 0.006 0.005 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 34 S 0.008 0.004 0.014 0.337 0.108 0.094 0.066 0.008 0.001 0.001 0.360 35 V 0.045 0.001 0.038 0.366 0.036 0.035 0.020 0.001 0.001 0.003 0.455 36 L 0.001 0.001 0.001 0.812 0.064 0.091 0.014 0.001 0.001 0.001 0.016 37 V 0.003 0.001 0.001 0.778 0.039 0.051 0.019 0.001 0.001 0.001 0.107 38 V 0.001 0.001 0.001 0.807 0.053 0.078 0.012 0.001 0.001 0.001 0.047 39 G 0.002 0.001 0.001 0.419 0.096 0.179 0.052 0.001 0.001 0.002 0.248 40 S 0.005 0.001 0.001 0.161 0.053 0.090 0.077 0.001 0.001 0.004 0.609 41 L 0.006 0.001 0.001 0.042 0.025 0.057 0.094 0.001 0.001 0.006 0.769 42 Q 0.059 0.002 0.001 0.036 0.037 0.059 0.188 0.001 0.001 0.015 0.601 43 C 0.196 0.008 0.003 0.019 0.009 0.019 0.114 0.001 0.001 0.012 0.617 44 I 0.154 0.018 0.006 0.029 0.018 0.034 0.108 0.002 0.001 0.007 0.625 45 S 0.074 0.009 0.003 0.011 0.009 0.015 0.093 0.001 0.001 0.004 0.780 46 D 0.081 0.013 0.002 0.007 0.004 0.008 0.170 0.001 0.001 0.006 0.708 47 K 0.024 0.019 0.002 0.003 0.002 0.002 0.092 0.001 0.001 0.004 0.852 48 Q 0.011 0.038 0.001 0.002 0.003 0.005 0.664 0.001 0.001 0.008 0.269 49 F 0.049 0.266 0.001 0.009 0.012 0.031 0.427 0.006 0.001 0.022 0.179 50 Q 0.021 0.923 0.001 0.004 0.003 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.029 51 H 0.010 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.049 52 L 0.032 0.934 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.020 53 S 0.038 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.012 54 V 0.035 0.824 0.015 0.003 0.005 0.005 0.005 0.045 0.001 0.001 0.063 55 S 0.181 0.530 0.013 0.004 0.005 0.005 0.022 0.036 0.001 0.002 0.202 56 A 0.148 0.480 0.072 0.006 0.005 0.006 0.037 0.009 0.001 0.003 0.233 57 E 0.046 0.416 0.012 0.025 0.022 0.030 0.073 0.020 0.001 0.005 0.352 58 Q 0.192 0.239 0.012 0.020 0.022 0.031 0.149 0.030 0.001 0.017 0.288 59 W 0.399 0.259 0.018 0.025 0.015 0.028 0.030 0.029 0.001 0.007 0.190 60 L 0.218 0.130 0.050 0.077 0.068 0.088 0.037 0.017 0.001 0.005 0.310 61 P 0.003 0.002 0.004 0.011 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.956 62 L 0.022 0.004 0.004 0.087 0.082 0.227 0.053 0.002 0.001 0.002 0.518 63 V 0.145 0.008 0.004 0.201 0.127 0.139 0.045 0.003 0.001 0.004 0.325 64 E 0.036 0.010 0.002 0.103 0.065 0.111 0.061 0.001 0.001 0.003 0.608 65 V 0.022 0.003 0.004 0.171 0.177 0.286 0.053 0.001 0.001 0.003 0.280 66 K 0.016 0.002 0.002 0.134 0.056 0.111 0.100 0.001 0.001 0.003 0.575 67 P 0.007 0.001 0.002 0.029 0.012 0.025 0.044 0.001 0.001 0.002 0.878 68 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.007 0.029 0.001 0.001 0.001 0.947 69 Q 0.016 0.001 0.001 0.008 0.003 0.009 0.286 0.001 0.001 0.004 0.672 70 L 0.172 0.012 0.001 0.008 0.002 0.004 0.101 0.001 0.001 0.006 0.694 71 I 0.044 0.127 0.001 0.008 0.004 0.004 0.107 0.001 0.001 0.002 0.702 72 D 0.058 0.220 0.001 0.001 0.001 0.002 0.174 0.001 0.001 0.002 0.542 73 Y 0.020 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.142 74 L 0.017 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 75 Q 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 76 Q 0.035 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.024 77 K 0.070 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.023 78 K 0.038 0.875 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.026 0.001 0.001 0.048 79 T 0.085 0.571 0.028 0.002 0.002 0.006 0.016 0.043 0.001 0.001 0.246 80 E 0.242 0.339 0.007 0.007 0.008 0.007 0.032 0.064 0.001 0.002 0.292 81 G 0.598 0.028 0.016 0.013 0.008 0.007 0.062 0.053 0.001 0.016 0.199 82 Y 0.041 0.003 0.776 0.031 0.010 0.007 0.016 0.001 0.001 0.002 0.112 83 T 0.002 0.001 0.010 0.432 0.149 0.124 0.076 0.001 0.001 0.001 0.207 84 I 0.003 0.001 0.002 0.394 0.074 0.134 0.024 0.001 0.001 0.001 0.367 85 I 0.001 0.001 0.001 0.651 0.114 0.185 0.014 0.001 0.001 0.001 0.033 86 G 0.002 0.001 0.001 0.518 0.102 0.151 0.032 0.001 0.001 0.002 0.192 87 V 0.003 0.002 0.001 0.519 0.109 0.216 0.031 0.001 0.001 0.002 0.119 88 E 0.007 0.002 0.001 0.261 0.131 0.256 0.085 0.001 0.001 0.005 0.252 89 Q 0.014 0.005 0.001 0.104 0.087 0.147 0.121 0.001 0.001 0.010 0.511 90 T 0.035 0.012 0.002 0.039 0.055 0.102 0.258 0.002 0.001 0.015 0.480 91 A 0.065 0.024 0.003 0.018 0.030 0.039 0.169 0.003 0.001 0.018 0.631 92 K 0.119 0.059 0.005 0.009 0.023 0.028 0.287 0.003 0.001 0.023 0.444 93 S 0.230 0.097 0.008 0.009 0.029 0.043 0.202 0.006 0.001 0.024 0.351 94 L 0.122 0.188 0.012 0.021 0.053 0.059 0.108 0.006 0.001 0.011 0.419 95 D 0.094 0.093 0.008 0.010 0.043 0.056 0.169 0.005 0.001 0.010 0.512 96 L 0.083 0.092 0.018 0.026 0.066 0.112 0.069 0.005 0.001 0.009 0.520 97 T 0.063 0.081 0.005 0.056 0.106 0.119 0.186 0.006 0.001 0.008 0.371 98 Q 0.149 0.050 0.008 0.025 0.041 0.061 0.132 0.009 0.001 0.014 0.511 99 Y 0.253 0.080 0.011 0.073 0.074 0.121 0.102 0.016 0.001 0.011 0.257 100 C 0.166 0.032 0.019 0.061 0.043 0.062 0.121 0.014 0.001 0.012 0.470 101 F 0.062 0.011 0.013 0.045 0.075 0.079 0.106 0.003 0.001 0.005 0.600 102 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 103 E 0.026 0.001 0.001 0.032 0.034 0.071 0.212 0.001 0.001 0.015 0.609 104 K 0.351 0.001 0.003 0.053 0.030 0.040 0.107 0.001 0.001 0.030 0.383 105 S 0.075 0.001 0.009 0.412 0.124 0.120 0.051 0.001 0.001 0.005 0.202 106 L 0.001 0.001 0.001 0.616 0.179 0.167 0.014 0.001 0.001 0.001 0.021 107 L 0.001 0.001 0.001 0.694 0.139 0.152 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 108 L 0.001 0.001 0.001 0.628 0.148 0.210 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 109 L 0.001 0.001 0.001 0.599 0.139 0.225 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 110 G 0.001 0.001 0.001 0.507 0.149 0.226 0.032 0.001 0.001 0.001 0.083 111 N 0.001 0.001 0.001 0.179 0.078 0.171 0.093 0.001 0.001 0.004 0.474 112 E 0.003 0.001 0.001 0.076 0.044 0.071 0.182 0.001 0.001 0.006 0.619 113 R 0.077 0.004 0.001 0.024 0.029 0.037 0.315 0.001 0.001 0.039 0.472 114 E 0.239 0.027 0.002 0.010 0.005 0.010 0.229 0.002 0.001 0.013 0.463 115 G 0.349 0.028 0.006 0.010 0.007 0.006 0.085 0.004 0.001 0.010 0.494 116 I 0.394 0.028 0.067 0.010 0.005 0.017 0.172 0.001 0.001 0.012 0.295 117 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.971 118 A 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.955 119 N 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.218 0.001 0.001 0.002 0.756 120 L 0.128 0.457 0.001 0.007 0.005 0.008 0.158 0.003 0.001 0.003 0.229 121 I 0.058 0.884 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.041 122 Q 0.032 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 123 Q 0.065 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.055 124 L 0.147 0.801 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.028 125 D 0.057 0.577 0.048 0.005 0.012 0.020 0.019 0.078 0.001 0.002 0.181 126 V 0.176 0.275 0.050 0.049 0.042 0.050 0.026 0.057 0.001 0.002 0.273 127 C 0.242 0.140 0.037 0.083 0.049 0.062 0.039 0.029 0.001 0.004 0.316 128 V 0.044 0.055 0.029 0.215 0.199 0.198 0.043 0.009 0.001 0.002 0.206 129 E 0.019 0.023 0.015 0.180 0.087 0.153 0.050 0.005 0.001 0.002 0.467 130 I 0.021 0.008 0.006 0.198 0.165 0.216 0.046 0.002 0.001 0.002 0.336 131 P 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.945 132 Q 0.008 0.001 0.001 0.067 0.066 0.195 0.147 0.001 0.001 0.006 0.509 133 Q 0.073 0.004 0.001 0.021 0.014 0.036 0.076 0.001 0.001 0.011 0.764 134 G 0.083 0.014 0.001 0.024 0.037 0.031 0.095 0.001 0.001 0.006 0.708 135 I 0.172 0.019 0.004 0.012 0.012 0.023 0.132 0.001 0.001 0.009 0.616 136 I 0.064 0.066 0.004 0.032 0.044 0.078 0.130 0.001 0.001 0.004 0.578 137 R 0.045 0.105 0.002 0.015 0.027 0.060 0.150 0.001 0.001 0.004 0.590 138 S 0.103 0.174 0.003 0.008 0.015 0.037 0.141 0.005 0.001 0.006 0.509 139 L 0.135 0.184 0.006 0.005 0.006 0.006 0.076 0.004 0.001 0.004 0.574 140 N 0.136 0.125 0.010 0.002 0.003 0.004 0.328 0.004 0.001 0.013 0.373 141 V 0.078 0.296 0.024 0.004 0.003 0.005 0.185 0.003 0.001 0.006 0.396 142 H 0.010 0.668 0.001 0.003 0.002 0.002 0.083 0.001 0.001 0.001 0.229 143 V 0.003 0.820 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.136 144 S 0.005 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 145 G 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 146 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 147 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 148 L 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 I 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 W 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 E 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 152 Y 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 153 T 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 154 R 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 155 Q 0.020 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 156 Q 0.041 0.905 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.024 157 L 0.149 0.671 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 0.071 158 L 0.081 0.451 0.192 0.004 0.002 0.003 0.008 0.055 0.001 0.001 0.203 159 S 0.095 0.217 0.024 0.011 0.005 0.005 0.029 0.059 0.001 0.002 0.554