# TARGET T0331 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.003 0.115 0.001 0.014 0.816 0.001 0.001 0.001 0.018 0.031 0.001 0.002 2 E 0.001 0.003 0.059 0.001 0.010 0.901 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 3 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 7 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.911 0.001 0.001 0.001 0.008 0.055 0.001 0.001 8 H 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.856 0.001 0.001 0.001 0.009 0.116 0.001 0.001 9 I 0.001 0.002 0.092 0.001 0.017 0.734 0.001 0.001 0.001 0.038 0.115 0.001 0.001 10 L 0.001 0.007 0.380 0.001 0.030 0.305 0.001 0.001 0.001 0.136 0.126 0.005 0.008 11 E 0.001 0.006 0.293 0.002 0.048 0.081 0.001 0.001 0.001 0.215 0.344 0.003 0.006 12 D 0.001 0.009 0.386 0.006 0.043 0.023 0.001 0.001 0.001 0.381 0.139 0.005 0.007 13 M 0.001 0.004 0.583 0.006 0.025 0.015 0.001 0.001 0.009 0.199 0.139 0.005 0.015 14 K 0.005 0.003 0.361 0.015 0.013 0.002 0.003 0.001 0.045 0.412 0.103 0.025 0.012 15 V 0.028 0.014 0.179 0.002 0.002 0.002 0.027 0.050 0.524 0.045 0.005 0.012 0.111 16 G 0.164 0.005 0.099 0.101 0.001 0.003 0.078 0.073 0.257 0.017 0.003 0.135 0.065 17 V 0.192 0.003 0.078 0.011 0.001 0.004 0.075 0.142 0.262 0.007 0.001 0.062 0.161 18 F 0.379 0.007 0.072 0.039 0.005 0.006 0.073 0.081 0.042 0.009 0.003 0.172 0.114 19 A 0.302 0.004 0.123 0.067 0.008 0.004 0.092 0.017 0.047 0.019 0.007 0.058 0.253 20 T 0.195 0.008 0.212 0.008 0.004 0.003 0.032 0.003 0.086 0.033 0.012 0.225 0.177 21 L 0.194 0.061 0.189 0.006 0.003 0.002 0.022 0.001 0.024 0.068 0.026 0.067 0.338 22 D 0.003 0.025 0.684 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.156 0.039 0.016 0.066 23 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.075 0.896 0.001 0.001 24 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.912 0.001 0.001 25 G 0.001 0.002 0.150 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.653 0.177 0.002 0.004 26 N 0.001 0.025 0.725 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.198 0.018 0.010 0.018 27 P 0.006 0.081 0.393 0.013 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.092 0.081 0.015 0.291 28 H 0.061 0.029 0.276 0.050 0.023 0.008 0.014 0.001 0.002 0.078 0.100 0.271 0.089 29 A 0.111 0.020 0.186 0.014 0.007 0.009 0.015 0.001 0.004 0.063 0.016 0.040 0.514 30 R 0.123 0.003 0.100 0.016 0.001 0.003 0.013 0.001 0.004 0.036 0.002 0.650 0.048 31 H 0.177 0.003 0.067 0.012 0.001 0.005 0.012 0.001 0.008 0.010 0.002 0.017 0.686 32 A 0.360 0.002 0.039 0.061 0.001 0.004 0.011 0.001 0.005 0.006 0.001 0.466 0.044 33 H 0.460 0.002 0.024 0.006 0.002 0.005 0.018 0.002 0.011 0.004 0.001 0.039 0.426 34 I 0.487 0.002 0.033 0.039 0.009 0.010 0.020 0.002 0.005 0.007 0.003 0.257 0.128 35 T 0.373 0.001 0.052 0.092 0.010 0.012 0.022 0.001 0.005 0.013 0.005 0.111 0.303 36 A 0.251 0.006 0.052 0.015 0.020 0.014 0.018 0.001 0.005 0.021 0.018 0.237 0.342 37 A 0.263 0.019 0.102 0.021 0.023 0.023 0.013 0.002 0.003 0.058 0.058 0.084 0.328 38 N 0.032 0.041 0.254 0.011 0.023 0.010 0.003 0.001 0.002 0.129 0.103 0.186 0.205 39 E 0.002 0.003 0.055 0.007 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.195 0.688 0.006 0.015 40 E 0.002 0.001 0.036 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.678 0.007 0.005 41 G 0.181 0.004 0.240 0.011 0.005 0.001 0.007 0.001 0.006 0.206 0.071 0.069 0.199 42 I 0.609 0.006 0.080 0.003 0.001 0.001 0.041 0.005 0.014 0.009 0.001 0.105 0.125 43 F 0.747 0.003 0.016 0.009 0.001 0.001 0.043 0.010 0.009 0.002 0.001 0.057 0.104 44 F 0.799 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.046 0.010 0.006 0.001 0.001 0.050 0.072 45 M 0.708 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 0.015 0.003 0.001 0.101 0.096 46 T 0.397 0.021 0.161 0.012 0.003 0.003 0.013 0.003 0.025 0.032 0.014 0.052 0.263 47 S 0.021 0.020 0.428 0.006 0.015 0.005 0.001 0.001 0.010 0.261 0.110 0.041 0.082 48 P 0.001 0.002 0.032 0.001 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.132 0.799 0.001 0.004 49 E 0.001 0.001 0.054 0.001 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.187 0.703 0.002 0.001 50 T 0.002 0.010 0.359 0.001 0.019 0.068 0.001 0.001 0.001 0.415 0.081 0.004 0.041 51 H 0.007 0.053 0.324 0.002 0.011 0.345 0.001 0.001 0.003 0.141 0.052 0.025 0.035 52 F 0.030 0.028 0.169 0.012 0.009 0.482 0.002 0.001 0.003 0.125 0.038 0.016 0.087 53 Y 0.071 0.009 0.084 0.006 0.024 0.663 0.005 0.001 0.001 0.018 0.011 0.027 0.079 54 D 0.078 0.004 0.078 0.009 0.030 0.641 0.003 0.001 0.006 0.018 0.010 0.085 0.039 55 Q 0.034 0.008 0.029 0.002 0.043 0.679 0.003 0.001 0.004 0.012 0.051 0.019 0.115 56 L 0.011 0.010 0.033 0.033 0.082 0.658 0.002 0.001 0.002 0.029 0.087 0.009 0.043 57 M 0.008 0.003 0.028 0.018 0.095 0.473 0.002 0.001 0.001 0.034 0.302 0.017 0.019 58 G 0.006 0.007 0.062 0.005 0.041 0.299 0.001 0.001 0.001 0.121 0.430 0.006 0.021 59 D 0.001 0.007 0.367 0.004 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.331 0.226 0.014 0.016 60 Q 0.001 0.004 0.247 0.004 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.246 0.438 0.008 0.027 61 R 0.085 0.009 0.202 0.015 0.011 0.009 0.008 0.001 0.011 0.164 0.264 0.104 0.116 62 V 0.371 0.008 0.077 0.001 0.001 0.002 0.023 0.003 0.032 0.020 0.002 0.276 0.183 63 A 0.635 0.002 0.019 0.028 0.001 0.001 0.093 0.010 0.034 0.003 0.001 0.022 0.153 64 M 0.595 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.098 0.017 0.031 0.002 0.001 0.198 0.035 65 T 0.489 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.108 0.028 0.052 0.004 0.001 0.026 0.264 66 A 0.304 0.005 0.089 0.007 0.004 0.002 0.057 0.012 0.056 0.014 0.004 0.335 0.112 67 I 0.119 0.013 0.260 0.012 0.005 0.003 0.022 0.002 0.065 0.075 0.016 0.041 0.365 68 S 0.009 0.024 0.711 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.019 0.086 0.014 0.047 0.080 69 E 0.001 0.006 0.746 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.107 0.066 0.003 0.034 70 E 0.001 0.002 0.114 0.002 0.110 0.067 0.001 0.001 0.001 0.260 0.438 0.004 0.002 71 G 0.001 0.004 0.120 0.001 0.179 0.080 0.001 0.001 0.001 0.177 0.429 0.001 0.009 72 Y 0.001 0.009 0.241 0.002 0.183 0.200 0.001 0.001 0.001 0.180 0.156 0.007 0.020 73 L 0.005 0.035 0.205 0.008 0.161 0.242 0.001 0.001 0.001 0.066 0.224 0.011 0.039 74 I 0.025 0.015 0.201 0.044 0.124 0.103 0.002 0.001 0.003 0.117 0.234 0.028 0.103 75 Q 0.103 0.017 0.220 0.030 0.039 0.049 0.010 0.001 0.006 0.110 0.067 0.147 0.203 76 V 0.179 0.012 0.056 0.017 0.005 0.012 0.016 0.001 0.013 0.016 0.011 0.081 0.580 77 V 0.449 0.003 0.036 0.047 0.003 0.006 0.041 0.001 0.006 0.008 0.003 0.216 0.182 78 R 0.694 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.187 79 V 0.721 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.114 0.124 80 E 0.575 0.001 0.017 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.006 0.002 0.045 0.311 81 G 0.470 0.001 0.028 0.050 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.011 0.003 0.317 0.096 82 T 0.368 0.001 0.041 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.016 0.013 0.001 0.211 0.320 83 A 0.270 0.005 0.078 0.007 0.001 0.002 0.029 0.001 0.028 0.006 0.001 0.094 0.478 84 R 0.129 0.002 0.073 0.012 0.001 0.001 0.025 0.001 0.037 0.013 0.001 0.602 0.103 85 P 0.021 0.007 0.158 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.031 0.009 0.002 0.014 0.742 86 V 0.011 0.009 0.443 0.010 0.001 0.002 0.004 0.001 0.034 0.056 0.001 0.370 0.057 87 E 0.001 0.011 0.613 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.017 0.096 0.002 0.007 0.244 88 N 0.001 0.001 0.095 0.001 0.070 0.742 0.001 0.001 0.001 0.033 0.053 0.001 0.003 89 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 92 K 0.001 0.002 0.017 0.001 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 93 T 0.001 0.002 0.009 0.001 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.024 0.001 0.021 0.882 0.001 0.001 0.001 0.014 0.051 0.001 0.003 96 A 0.001 0.002 0.040 0.001 0.015 0.786 0.001 0.001 0.001 0.031 0.117 0.003 0.005 97 D 0.001 0.003 0.087 0.001 0.008 0.609 0.001 0.001 0.001 0.082 0.205 0.001 0.003 98 N 0.001 0.004 0.465 0.001 0.005 0.141 0.001 0.001 0.001 0.316 0.061 0.004 0.002 99 P 0.001 0.007 0.696 0.001 0.018 0.088 0.001 0.001 0.001 0.084 0.094 0.001 0.010 100 Y 0.001 0.011 0.336 0.002 0.077 0.258 0.001 0.001 0.002 0.110 0.192 0.007 0.006 101 Y 0.001 0.009 0.163 0.001 0.219 0.320 0.001 0.001 0.002 0.119 0.148 0.006 0.012 102 Q 0.005 0.008 0.247 0.004 0.201 0.297 0.001 0.001 0.004 0.102 0.106 0.009 0.016 103 H 0.014 0.014 0.168 0.002 0.177 0.382 0.001 0.001 0.007 0.061 0.116 0.014 0.043 104 I 0.011 0.025 0.159 0.009 0.127 0.398 0.001 0.002 0.009 0.089 0.123 0.014 0.031 105 Y 0.011 0.012 0.200 0.017 0.120 0.292 0.001 0.001 0.005 0.113 0.167 0.032 0.027 106 K 0.013 0.015 0.222 0.005 0.135 0.254 0.002 0.001 0.004 0.126 0.145 0.019 0.059 107 D 0.015 0.036 0.330 0.004 0.083 0.137 0.002 0.001 0.006 0.114 0.172 0.037 0.064 108 E 0.009 0.067 0.374 0.003 0.049 0.115 0.001 0.001 0.007 0.174 0.132 0.021 0.045 109 S 0.002 0.036 0.539 0.004 0.036 0.052 0.001 0.001 0.002 0.200 0.096 0.008 0.025 110 S 0.001 0.002 0.093 0.005 0.118 0.080 0.001 0.001 0.001 0.134 0.560 0.002 0.004 111 D 0.001 0.003 0.070 0.002 0.088 0.085 0.001 0.001 0.001 0.143 0.598 0.003 0.005 112 T 0.006 0.018 0.309 0.002 0.097 0.190 0.001 0.001 0.004 0.193 0.121 0.007 0.052 113 M 0.017 0.024 0.370 0.002 0.017 0.213 0.002 0.001 0.017 0.155 0.025 0.131 0.026 114 Q 0.010 0.039 0.339 0.004 0.016 0.224 0.002 0.001 0.025 0.045 0.030 0.005 0.260 115 V 0.011 0.028 0.299 0.024 0.037 0.406 0.002 0.001 0.019 0.069 0.030 0.055 0.020 116 F 0.005 0.009 0.209 0.002 0.033 0.520 0.001 0.001 0.007 0.121 0.043 0.021 0.029 117 Q 0.001 0.006 0.169 0.001 0.062 0.613 0.001 0.001 0.003 0.061 0.067 0.002 0.017 118 I 0.001 0.001 0.023 0.001 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 119 Y 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 120 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 121 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 122 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 125 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 126 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 127 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.011 0.885 0.001 0.001 0.001 0.017 0.065 0.001 0.001 129 T 0.001 0.003 0.042 0.001 0.049 0.746 0.001 0.001 0.001 0.022 0.133 0.001 0.003 130 Q 0.001 0.002 0.049 0.001 0.089 0.587 0.001 0.001 0.001 0.053 0.214 0.002 0.004 131 G 0.001 0.011 0.119 0.001 0.068 0.453 0.001 0.001 0.001 0.093 0.241 0.003 0.011 132 H 0.001 0.027 0.405 0.001 0.037 0.171 0.001 0.001 0.002 0.186 0.144 0.007 0.021 133 K 0.001 0.008 0.341 0.001 0.029 0.053 0.001 0.001 0.001 0.190 0.366 0.004 0.007 134 Y 0.001 0.006 0.238 0.002 0.043 0.025 0.001 0.001 0.001 0.260 0.416 0.002 0.008 135 I 0.001 0.012 0.335 0.001 0.027 0.018 0.001 0.001 0.003 0.350 0.209 0.032 0.011 136 F 0.001 0.032 0.708 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.005 0.123 0.062 0.004 0.045 137 S 0.001 0.038 0.696 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 0.105 0.014 0.090 0.037 138 I 0.001 0.039 0.804 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.050 0.014 0.005 0.074 139 G 0.001 0.054 0.679 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.179 0.019 0.042 0.012 140 Q 0.001 0.012 0.826 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.083 0.031 0.002 0.025 141 G 0.001 0.008 0.288 0.007 0.105 0.007 0.001 0.001 0.002 0.189 0.371 0.007 0.015 142 E 0.004 0.035 0.194 0.004 0.130 0.014 0.001 0.001 0.004 0.148 0.346 0.056 0.062 143 H 0.013 0.027 0.451 0.006 0.063 0.013 0.001 0.001 0.002 0.121 0.052 0.034 0.214 144 S 0.041 0.019 0.269 0.026 0.040 0.024 0.004 0.001 0.003 0.181 0.143 0.151 0.100 145 E 0.081 0.012 0.204 0.025 0.036 0.022 0.011 0.001 0.007 0.158 0.147 0.099 0.197 146 V 0.195 0.019 0.194 0.008 0.015 0.011 0.048 0.001 0.027 0.050 0.020 0.105 0.306 147 R 0.182 0.021 0.149 0.002 0.002 0.005 0.050 0.002 0.083 0.013 0.005 0.388 0.098 148 A 0.043 0.026 0.361 0.002 0.001 0.002 0.025 0.002 0.073 0.004 0.003 0.021 0.439 149 L 0.005 0.006 0.898 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.005 0.001 0.011 0.056