# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.899 0.003 0.003 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.037 0.037 2 E 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.017 3 L 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.011 4 K 0.010 0.875 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.074 0.029 5 D 0.020 0.716 0.043 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.017 0.121 0.058 6 I 0.100 0.754 0.012 0.001 0.001 0.001 0.012 0.036 0.005 0.026 0.055 7 M 0.143 0.259 0.014 0.003 0.001 0.002 0.040 0.007 0.012 0.115 0.403 8 H 0.037 0.238 0.006 0.004 0.001 0.002 0.091 0.002 0.003 0.049 0.566 9 I 0.061 0.436 0.007 0.003 0.001 0.003 0.053 0.011 0.003 0.041 0.381 10 L 0.285 0.308 0.019 0.004 0.001 0.002 0.044 0.012 0.006 0.057 0.263 11 E 0.048 0.234 0.001 0.006 0.002 0.004 0.060 0.003 0.001 0.040 0.601 12 D 0.079 0.474 0.006 0.005 0.001 0.004 0.044 0.005 0.002 0.053 0.329 13 M 0.111 0.201 0.015 0.024 0.009 0.011 0.088 0.010 0.003 0.188 0.340 14 K 0.046 0.081 0.006 0.031 0.019 0.058 0.102 0.004 0.003 0.231 0.419 15 V 0.061 0.076 0.003 0.071 0.043 0.077 0.119 0.005 0.001 0.149 0.395 16 G 0.014 0.028 0.004 0.182 0.055 0.123 0.113 0.004 0.001 0.208 0.269 17 V 0.012 0.013 0.002 0.141 0.117 0.267 0.076 0.003 0.001 0.169 0.200 18 F 0.006 0.009 0.001 0.121 0.109 0.278 0.068 0.001 0.001 0.070 0.335 19 A 0.004 0.002 0.001 0.092 0.204 0.373 0.043 0.001 0.001 0.047 0.234 20 T 0.005 0.009 0.002 0.074 0.211 0.397 0.058 0.001 0.002 0.071 0.171 21 L 0.013 0.006 0.011 0.084 0.133 0.192 0.083 0.004 0.010 0.032 0.432 22 D 0.767 0.039 0.001 0.006 0.014 0.018 0.018 0.033 0.002 0.038 0.064 23 E 0.554 0.010 0.002 0.007 0.003 0.006 0.041 0.002 0.001 0.043 0.332 24 Y 0.004 0.003 0.003 0.012 0.006 0.024 0.068 0.001 0.001 0.009 0.871 25 G 0.023 0.008 0.002 0.012 0.058 0.060 0.099 0.002 0.001 0.035 0.701 26 N 0.250 0.023 0.001 0.009 0.070 0.029 0.116 0.013 0.001 0.157 0.330 27 P 0.063 0.016 0.002 0.015 0.018 0.029 0.129 0.003 0.001 0.044 0.679 28 H 0.018 0.037 0.001 0.026 0.037 0.075 0.119 0.002 0.001 0.031 0.654 29 A 0.012 0.035 0.001 0.060 0.106 0.119 0.122 0.003 0.001 0.072 0.469 30 R 0.006 0.054 0.001 0.165 0.186 0.265 0.053 0.004 0.001 0.069 0.198 31 H 0.007 0.017 0.001 0.188 0.171 0.208 0.030 0.001 0.001 0.208 0.169 32 A 0.002 0.042 0.002 0.260 0.277 0.216 0.029 0.001 0.001 0.043 0.127 33 H 0.029 0.055 0.006 0.212 0.159 0.223 0.043 0.008 0.002 0.063 0.200 34 I 0.040 0.028 0.004 0.124 0.177 0.183 0.048 0.008 0.003 0.088 0.298 35 T 0.049 0.022 0.003 0.057 0.087 0.188 0.089 0.003 0.003 0.107 0.391 36 A 0.106 0.019 0.019 0.039 0.067 0.109 0.098 0.004 0.012 0.079 0.448 37 A 0.046 0.002 0.011 0.040 0.059 0.106 0.107 0.004 0.010 0.041 0.574 38 N 0.227 0.004 0.002 0.012 0.030 0.048 0.090 0.006 0.002 0.050 0.530 39 E 0.039 0.001 0.001 0.029 0.016 0.028 0.143 0.002 0.001 0.033 0.707 40 E 0.001 0.001 0.001 0.048 0.045 0.130 0.139 0.001 0.001 0.040 0.595 41 G 0.001 0.001 0.001 0.135 0.153 0.392 0.049 0.001 0.001 0.132 0.137 42 I 0.001 0.001 0.001 0.298 0.195 0.215 0.028 0.001 0.001 0.074 0.188 43 F 0.001 0.001 0.001 0.306 0.274 0.337 0.008 0.001 0.001 0.030 0.045 44 F 0.001 0.001 0.001 0.215 0.236 0.338 0.018 0.001 0.001 0.077 0.114 45 M 0.002 0.001 0.001 0.249 0.220 0.311 0.032 0.001 0.001 0.069 0.117 46 T 0.036 0.004 0.001 0.112 0.092 0.200 0.104 0.003 0.002 0.084 0.362 47 S 0.381 0.030 0.003 0.041 0.035 0.039 0.089 0.009 0.004 0.076 0.293 48 P 0.091 0.050 0.003 0.015 0.013 0.018 0.108 0.007 0.002 0.032 0.659 49 E 0.090 0.133 0.002 0.009 0.020 0.027 0.101 0.011 0.001 0.021 0.585 50 T 0.087 0.290 0.002 0.013 0.037 0.036 0.078 0.010 0.001 0.058 0.385 51 H 0.036 0.605 0.003 0.008 0.016 0.019 0.040 0.010 0.001 0.026 0.236 52 F 0.024 0.871 0.002 0.002 0.010 0.012 0.011 0.006 0.001 0.005 0.057 53 Y 0.020 0.876 0.002 0.002 0.008 0.011 0.009 0.005 0.001 0.005 0.062 54 D 0.031 0.763 0.008 0.005 0.014 0.017 0.019 0.008 0.004 0.051 0.081 55 Q 0.107 0.489 0.041 0.006 0.010 0.015 0.036 0.039 0.022 0.092 0.143 56 L 0.486 0.118 0.008 0.007 0.012 0.017 0.045 0.016 0.005 0.059 0.226 57 M 0.043 0.017 0.010 0.016 0.012 0.030 0.092 0.001 0.007 0.031 0.740 58 G 0.008 0.023 0.003 0.015 0.006 0.014 0.083 0.001 0.001 0.013 0.835 59 D 0.189 0.037 0.005 0.011 0.025 0.034 0.126 0.016 0.003 0.126 0.427 60 Q 0.046 0.033 0.003 0.031 0.018 0.035 0.146 0.004 0.001 0.105 0.578 61 R 0.014 0.016 0.002 0.064 0.026 0.093 0.118 0.001 0.001 0.143 0.524 62 V 0.004 0.016 0.001 0.149 0.161 0.250 0.074 0.001 0.001 0.126 0.217 63 A 0.004 0.004 0.001 0.186 0.134 0.316 0.039 0.001 0.001 0.171 0.142 64 M 0.003 0.003 0.001 0.189 0.283 0.306 0.021 0.001 0.001 0.052 0.141 65 T 0.002 0.001 0.001 0.178 0.174 0.401 0.033 0.001 0.001 0.050 0.159 66 A 0.008 0.002 0.001 0.108 0.242 0.329 0.051 0.001 0.001 0.069 0.188 67 I 0.004 0.002 0.002 0.102 0.131 0.229 0.090 0.001 0.003 0.024 0.411 68 S 0.414 0.052 0.005 0.016 0.035 0.042 0.055 0.011 0.009 0.042 0.320 69 E 0.488 0.110 0.004 0.006 0.009 0.009 0.041 0.016 0.003 0.038 0.277 70 E 0.103 0.051 0.005 0.005 0.010 0.021 0.081 0.008 0.002 0.019 0.696 71 G 0.055 0.039 0.004 0.015 0.077 0.186 0.084 0.005 0.001 0.033 0.500 72 Y 0.064 0.005 0.003 0.014 0.198 0.252 0.080 0.004 0.001 0.077 0.301 73 L 0.015 0.002 0.002 0.030 0.193 0.284 0.090 0.001 0.001 0.024 0.357 74 I 0.004 0.002 0.001 0.027 0.166 0.384 0.075 0.001 0.001 0.020 0.320 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.030 0.321 0.499 0.024 0.001 0.001 0.033 0.090 76 V 0.001 0.001 0.001 0.040 0.227 0.593 0.016 0.001 0.001 0.034 0.089 77 V 0.001 0.001 0.001 0.041 0.452 0.447 0.005 0.001 0.001 0.021 0.034 78 R 0.001 0.001 0.001 0.112 0.373 0.384 0.010 0.001 0.001 0.040 0.080 79 V 0.001 0.001 0.001 0.086 0.418 0.378 0.010 0.001 0.001 0.046 0.061 80 E 0.009 0.001 0.001 0.167 0.185 0.328 0.041 0.001 0.001 0.046 0.221 81 G 0.006 0.001 0.001 0.117 0.236 0.345 0.046 0.001 0.001 0.032 0.216 82 T 0.004 0.001 0.001 0.102 0.240 0.382 0.050 0.001 0.001 0.035 0.186 83 A 0.007 0.001 0.001 0.142 0.146 0.186 0.090 0.001 0.001 0.025 0.401 84 R 0.022 0.002 0.001 0.078 0.252 0.214 0.101 0.002 0.001 0.052 0.277 85 P 0.010 0.008 0.001 0.068 0.026 0.040 0.136 0.001 0.001 0.041 0.668 86 V 0.018 0.104 0.002 0.026 0.022 0.023 0.104 0.008 0.001 0.044 0.647 87 E 0.044 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.006 0.054 88 N 0.077 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.037 0.089 89 D 0.012 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.835 0.053 90 Y 0.019 0.610 0.003 0.001 0.002 0.001 0.020 0.007 0.001 0.248 0.087 91 L 0.031 0.879 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.009 0.043 92 K 0.023 0.804 0.003 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.029 0.120 93 T 0.059 0.534 0.018 0.002 0.001 0.003 0.038 0.007 0.012 0.090 0.237 94 V 0.236 0.365 0.019 0.003 0.001 0.002 0.032 0.085 0.007 0.120 0.130 95 F 0.358 0.063 0.011 0.008 0.001 0.004 0.071 0.010 0.011 0.091 0.373 96 A 0.019 0.035 0.002 0.010 0.001 0.003 0.125 0.001 0.001 0.013 0.790 97 D 0.012 0.045 0.003 0.008 0.003 0.005 0.120 0.003 0.001 0.018 0.781 98 N 0.256 0.052 0.006 0.008 0.008 0.008 0.133 0.053 0.003 0.126 0.347 99 P 0.249 0.087 0.005 0.014 0.002 0.005 0.079 0.007 0.004 0.055 0.494 100 Y 0.175 0.167 0.004 0.011 0.003 0.008 0.060 0.006 0.001 0.029 0.537 101 Y 0.146 0.200 0.004 0.018 0.010 0.017 0.079 0.010 0.001 0.034 0.479 102 Q 0.060 0.104 0.003 0.039 0.032 0.054 0.113 0.012 0.001 0.062 0.518 103 H 0.059 0.055 0.005 0.056 0.050 0.076 0.107 0.005 0.002 0.097 0.486 104 I 0.064 0.035 0.003 0.077 0.060 0.085 0.131 0.007 0.001 0.085 0.453 105 Y 0.085 0.022 0.002 0.071 0.038 0.074 0.141 0.004 0.001 0.087 0.473 106 K 0.030 0.005 0.002 0.064 0.032 0.063 0.137 0.002 0.001 0.055 0.609 107 D 0.028 0.007 0.001 0.033 0.032 0.070 0.133 0.003 0.001 0.057 0.635 108 E 0.087 0.006 0.003 0.024 0.016 0.024 0.127 0.004 0.002 0.080 0.627 109 S 0.097 0.031 0.002 0.019 0.014 0.023 0.138 0.010 0.001 0.090 0.574 110 S 0.157 0.042 0.002 0.009 0.005 0.009 0.100 0.003 0.001 0.038 0.633 111 D 0.053 0.055 0.001 0.018 0.028 0.043 0.131 0.012 0.001 0.048 0.610 112 T 0.065 0.247 0.001 0.015 0.021 0.034 0.096 0.005 0.001 0.046 0.470 113 M 0.052 0.292 0.005 0.026 0.049 0.056 0.090 0.010 0.001 0.041 0.378 114 Q 0.021 0.654 0.002 0.012 0.028 0.031 0.038 0.005 0.001 0.012 0.195 115 V 0.037 0.750 0.002 0.007 0.018 0.022 0.021 0.008 0.001 0.019 0.116 116 F 0.019 0.816 0.003 0.010 0.008 0.008 0.016 0.005 0.001 0.038 0.076 117 Q 0.033 0.753 0.014 0.006 0.005 0.007 0.020 0.008 0.004 0.066 0.085 118 I 0.034 0.682 0.007 0.006 0.007 0.007 0.018 0.009 0.002 0.122 0.107 119 Y 0.037 0.730 0.007 0.004 0.003 0.005 0.020 0.006 0.003 0.063 0.122 120 A 0.020 0.823 0.005 0.003 0.001 0.002 0.014 0.004 0.001 0.038 0.087 121 G 0.017 0.875 0.004 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.020 0.063 122 H 0.040 0.830 0.002 0.003 0.002 0.004 0.015 0.004 0.001 0.028 0.072 123 G 0.027 0.691 0.009 0.010 0.003 0.007 0.029 0.005 0.003 0.085 0.131 124 F 0.055 0.710 0.005 0.007 0.002 0.004 0.034 0.008 0.001 0.051 0.122 125 Y 0.051 0.086 0.006 0.013 0.006 0.011 0.031 0.004 0.001 0.682 0.110 126 H 0.025 0.457 0.018 0.017 0.007 0.016 0.061 0.007 0.006 0.152 0.233 127 S 0.233 0.154 0.039 0.012 0.010 0.023 0.058 0.016 0.015 0.084 0.355 128 L 0.129 0.191 0.021 0.016 0.017 0.028 0.066 0.028 0.013 0.068 0.425 129 T 0.246 0.085 0.002 0.002 0.006 0.014 0.052 0.004 0.002 0.014 0.574 130 Q 0.069 0.029 0.016 0.012 0.008 0.023 0.081 0.014 0.006 0.040 0.703 131 G 0.089 0.025 0.004 0.008 0.012 0.025 0.097 0.007 0.002 0.029 0.703 132 H 0.142 0.010 0.007 0.020 0.014 0.026 0.084 0.004 0.002 0.046 0.644 133 K 0.043 0.004 0.001 0.026 0.039 0.050 0.099 0.004 0.001 0.042 0.691 134 Y 0.024 0.001 0.001 0.022 0.017 0.033 0.094 0.002 0.001 0.029 0.778 135 I 0.007 0.001 0.001 0.027 0.085 0.078 0.112 0.004 0.001 0.023 0.663 136 F 0.010 0.001 0.001 0.018 0.030 0.034 0.106 0.001 0.001 0.017 0.782 137 S 0.005 0.001 0.001 0.020 0.090 0.078 0.119 0.004 0.001 0.025 0.657 138 I 0.019 0.002 0.001 0.026 0.016 0.028 0.102 0.002 0.001 0.023 0.781 139 G 0.154 0.008 0.003 0.027 0.027 0.035 0.103 0.009 0.002 0.077 0.555 140 Q 0.101 0.005 0.003 0.014 0.005 0.009 0.089 0.002 0.002 0.051 0.721 141 G 0.033 0.001 0.001 0.011 0.014 0.032 0.105 0.003 0.001 0.043 0.757 142 E 0.064 0.002 0.001 0.018 0.034 0.053 0.127 0.002 0.001 0.065 0.634 143 H 0.012 0.001 0.001 0.034 0.032 0.076 0.155 0.001 0.001 0.048 0.640 144 S 0.003 0.002 0.001 0.044 0.117 0.220 0.112 0.001 0.001 0.062 0.439 145 E 0.001 0.001 0.001 0.068 0.231 0.382 0.054 0.001 0.001 0.075 0.188 146 V 0.001 0.001 0.001 0.113 0.202 0.282 0.047 0.001 0.001 0.051 0.302 147 R 0.001 0.001 0.001 0.124 0.361 0.393 0.014 0.001 0.001 0.039 0.068 148 A 0.003 0.001 0.001 0.126 0.254 0.283 0.036 0.001 0.001 0.063 0.233 149 L 0.004 0.001 0.001 0.159 0.316 0.271 0.042 0.001 0.001 0.039 0.166