# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.5033 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.061 0.071 0.059 0.053 0.069 0.134 0.131 0.138 0.105 0.068 2 E 0.089 0.226 0.143 0.203 0.116 0.090 0.067 0.029 0.019 0.012 0.006 3 L 0.043 0.054 0.127 0.110 0.117 0.153 0.183 0.094 0.068 0.035 0.015 4 K 0.407 0.108 0.229 0.138 0.059 0.028 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 5 D 0.025 0.049 0.321 0.286 0.164 0.088 0.047 0.012 0.005 0.002 0.001 6 I 0.004 0.006 0.059 0.022 0.028 0.058 0.190 0.185 0.203 0.160 0.085 7 M 0.005 0.008 0.193 0.170 0.195 0.184 0.165 0.050 0.021 0.007 0.002 8 H 0.010 0.029 0.819 0.086 0.035 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.004 0.015 0.065 0.071 0.114 0.225 0.291 0.105 0.060 0.034 0.016 10 L 0.007 0.011 0.046 0.025 0.035 0.053 0.182 0.173 0.205 0.163 0.101 11 E 0.219 0.154 0.451 0.111 0.043 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.114 0.159 0.349 0.191 0.098 0.047 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 13 M 0.023 0.022 0.021 0.033 0.047 0.067 0.153 0.148 0.181 0.163 0.142 14 K 0.174 0.194 0.141 0.197 0.132 0.082 0.051 0.014 0.008 0.004 0.003 15 V 0.008 0.007 0.016 0.025 0.032 0.049 0.139 0.165 0.214 0.197 0.149 16 G 0.006 0.007 0.009 0.028 0.040 0.078 0.181 0.194 0.193 0.148 0.116 17 V 0.002 0.006 0.008 0.024 0.029 0.057 0.155 0.176 0.210 0.176 0.157 18 F 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.015 0.054 0.114 0.203 0.284 0.312 19 A 0.001 0.002 0.002 0.008 0.014 0.028 0.091 0.150 0.245 0.239 0.221 20 T 0.003 0.012 0.009 0.041 0.054 0.068 0.157 0.174 0.201 0.164 0.116 21 L 0.002 0.006 0.005 0.027 0.046 0.071 0.143 0.169 0.202 0.172 0.159 22 D 0.032 0.078 0.053 0.203 0.216 0.154 0.138 0.067 0.034 0.016 0.009 23 E 0.464 0.179 0.063 0.148 0.077 0.036 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 24 Y 0.206 0.130 0.045 0.160 0.118 0.101 0.108 0.053 0.037 0.023 0.016 25 G 0.375 0.165 0.034 0.109 0.086 0.070 0.063 0.036 0.027 0.020 0.015 26 N 0.067 0.223 0.049 0.204 0.178 0.132 0.086 0.030 0.018 0.009 0.006 27 P 0.009 0.007 0.003 0.014 0.023 0.041 0.100 0.137 0.222 0.237 0.207 28 H 0.043 0.054 0.029 0.158 0.192 0.175 0.170 0.076 0.053 0.029 0.020 29 A 0.007 0.011 0.009 0.031 0.037 0.051 0.126 0.162 0.213 0.203 0.149 30 R 0.007 0.012 0.014 0.059 0.077 0.126 0.193 0.167 0.159 0.113 0.072 31 H 0.010 0.013 0.017 0.047 0.053 0.080 0.173 0.172 0.181 0.153 0.102 32 A 0.011 0.011 0.032 0.042 0.040 0.051 0.124 0.154 0.202 0.189 0.143 33 H 0.008 0.014 0.028 0.076 0.077 0.098 0.193 0.156 0.159 0.115 0.077 34 I 0.003 0.006 0.023 0.024 0.023 0.030 0.076 0.123 0.217 0.258 0.218 35 T 0.009 0.021 0.068 0.119 0.133 0.151 0.197 0.121 0.098 0.053 0.029 36 A 0.041 0.041 0.095 0.114 0.094 0.115 0.171 0.110 0.106 0.069 0.042 37 A 0.026 0.027 0.029 0.058 0.064 0.109 0.202 0.152 0.144 0.115 0.073 38 N 0.128 0.196 0.105 0.184 0.104 0.087 0.087 0.043 0.035 0.020 0.011 39 E 0.067 0.041 0.039 0.059 0.068 0.081 0.140 0.124 0.137 0.119 0.125 40 E 0.279 0.224 0.098 0.190 0.097 0.049 0.039 0.013 0.006 0.003 0.001 41 G 0.026 0.054 0.032 0.169 0.210 0.199 0.168 0.074 0.040 0.020 0.008 42 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.023 0.080 0.155 0.242 0.266 0.214 43 F 0.001 0.002 0.004 0.025 0.063 0.127 0.241 0.219 0.165 0.099 0.056 44 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.023 0.110 0.191 0.255 0.243 0.153 45 M 0.004 0.006 0.005 0.047 0.066 0.089 0.205 0.197 0.185 0.126 0.071 46 T 0.001 0.003 0.001 0.011 0.021 0.034 0.117 0.185 0.274 0.212 0.141 47 S 0.105 0.264 0.062 0.268 0.160 0.071 0.043 0.016 0.007 0.003 0.001 48 P 0.258 0.154 0.055 0.166 0.132 0.095 0.084 0.033 0.015 0.007 0.002 49 E 0.454 0.180 0.048 0.127 0.077 0.045 0.038 0.015 0.009 0.005 0.002 50 T 0.169 0.216 0.078 0.214 0.127 0.081 0.063 0.027 0.016 0.007 0.003 51 H 0.176 0.206 0.081 0.172 0.119 0.099 0.073 0.036 0.021 0.011 0.005 52 F 0.022 0.052 0.039 0.113 0.139 0.180 0.199 0.117 0.078 0.042 0.018 53 Y 0.014 0.012 0.018 0.043 0.076 0.115 0.237 0.176 0.163 0.097 0.049 54 D 0.062 0.088 0.216 0.343 0.164 0.069 0.034 0.012 0.007 0.003 0.001 55 Q 0.021 0.057 0.109 0.164 0.153 0.153 0.171 0.085 0.049 0.026 0.012 56 L 0.008 0.008 0.028 0.025 0.027 0.041 0.102 0.133 0.198 0.213 0.218 57 M 0.016 0.040 0.113 0.165 0.178 0.160 0.188 0.071 0.040 0.020 0.009 58 G 0.079 0.141 0.330 0.209 0.112 0.064 0.039 0.013 0.007 0.004 0.002 59 D 0.046 0.080 0.058 0.155 0.160 0.136 0.164 0.091 0.053 0.035 0.021 60 Q 0.396 0.141 0.046 0.109 0.087 0.071 0.072 0.036 0.023 0.012 0.008 61 R 0.035 0.087 0.068 0.212 0.211 0.176 0.126 0.042 0.023 0.011 0.007 62 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.108 0.232 0.308 0.296 63 A 0.006 0.015 0.017 0.077 0.097 0.149 0.242 0.152 0.124 0.067 0.054 64 M 0.001 0.003 0.004 0.007 0.007 0.015 0.062 0.121 0.219 0.294 0.267 65 T 0.002 0.005 0.005 0.030 0.048 0.083 0.166 0.193 0.202 0.152 0.113 66 A 0.005 0.010 0.007 0.026 0.035 0.047 0.118 0.170 0.222 0.213 0.148 67 I 0.010 0.022 0.016 0.092 0.127 0.125 0.184 0.153 0.131 0.087 0.053 68 S 0.044 0.074 0.038 0.153 0.164 0.149 0.168 0.098 0.066 0.032 0.014 69 E 0.409 0.187 0.065 0.163 0.079 0.045 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 70 E 0.487 0.182 0.058 0.114 0.057 0.036 0.030 0.015 0.011 0.006 0.003 71 G 0.316 0.163 0.043 0.106 0.073 0.072 0.086 0.054 0.042 0.027 0.019 72 Y 0.072 0.098 0.042 0.132 0.142 0.160 0.181 0.082 0.052 0.026 0.011 73 L 0.073 0.060 0.063 0.127 0.105 0.118 0.158 0.106 0.090 0.060 0.039 74 I 0.052 0.066 0.086 0.218 0.203 0.135 0.106 0.060 0.042 0.023 0.010 75 Q 0.029 0.039 0.054 0.160 0.155 0.163 0.198 0.107 0.059 0.027 0.009 76 V 0.008 0.020 0.062 0.107 0.118 0.145 0.187 0.134 0.111 0.073 0.035 77 V 0.004 0.005 0.018 0.017 0.023 0.039 0.163 0.208 0.215 0.185 0.123 78 R 0.005 0.029 0.084 0.331 0.269 0.136 0.073 0.038 0.021 0.012 0.004 79 V 0.003 0.006 0.015 0.013 0.017 0.025 0.087 0.129 0.237 0.252 0.216 80 E 0.032 0.085 0.151 0.365 0.229 0.078 0.043 0.013 0.004 0.001 0.001 81 G 0.035 0.043 0.038 0.057 0.077 0.122 0.268 0.150 0.112 0.069 0.029 82 T 0.067 0.220 0.178 0.357 0.134 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 83 A 0.005 0.003 0.003 0.005 0.009 0.014 0.070 0.108 0.261 0.267 0.258 84 R 0.119 0.225 0.139 0.317 0.134 0.041 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 85 P 0.259 0.210 0.053 0.140 0.108 0.091 0.090 0.028 0.014 0.005 0.001 86 V 0.015 0.018 0.010 0.023 0.034 0.062 0.115 0.137 0.163 0.212 0.210 87 E 0.078 0.701 0.084 0.095 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 N 0.401 0.156 0.060 0.171 0.119 0.055 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 89 D 0.904 0.059 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.011 0.018 0.070 0.170 0.152 0.202 0.240 0.077 0.040 0.015 0.006 91 L 0.006 0.006 0.031 0.024 0.035 0.084 0.234 0.228 0.187 0.116 0.048 92 K 0.003 0.014 0.468 0.252 0.138 0.083 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 93 T 0.010 0.038 0.713 0.124 0.060 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 94 V 0.003 0.008 0.032 0.045 0.074 0.145 0.304 0.163 0.125 0.070 0.032 95 F 0.005 0.009 0.031 0.023 0.040 0.074 0.267 0.208 0.183 0.107 0.053 96 A 0.022 0.070 0.377 0.223 0.157 0.075 0.049 0.016 0.007 0.003 0.001 97 D 0.371 0.169 0.265 0.115 0.049 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 98 N 0.019 0.063 0.027 0.090 0.120 0.145 0.237 0.144 0.093 0.046 0.015 99 P 0.262 0.138 0.039 0.080 0.079 0.086 0.099 0.073 0.066 0.048 0.030 100 Y 0.072 0.096 0.049 0.111 0.126 0.141 0.184 0.093 0.068 0.040 0.019 101 Y 0.083 0.064 0.052 0.116 0.106 0.109 0.150 0.111 0.103 0.068 0.037 102 Q 0.155 0.116 0.121 0.219 0.128 0.096 0.071 0.038 0.030 0.016 0.010 103 H 0.046 0.067 0.093 0.159 0.148 0.160 0.147 0.085 0.055 0.028 0.013 104 I 0.019 0.019 0.039 0.037 0.043 0.064 0.155 0.179 0.190 0.155 0.100 105 Y 0.028 0.043 0.105 0.156 0.139 0.137 0.190 0.091 0.061 0.035 0.016 106 K 0.044 0.071 0.232 0.199 0.147 0.100 0.098 0.048 0.035 0.018 0.007 107 D 0.184 0.149 0.145 0.155 0.105 0.083 0.078 0.040 0.033 0.018 0.009 108 E 0.190 0.104 0.084 0.109 0.092 0.109 0.129 0.074 0.057 0.038 0.015 109 S 0.354 0.228 0.061 0.086 0.054 0.049 0.061 0.038 0.034 0.023 0.012 110 S 0.516 0.192 0.082 0.095 0.054 0.028 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 111 D 0.192 0.119 0.051 0.110 0.098 0.096 0.125 0.074 0.059 0.045 0.031 112 T 0.066 0.099 0.068 0.150 0.142 0.128 0.141 0.083 0.064 0.039 0.020 113 M 0.186 0.074 0.083 0.154 0.155 0.136 0.116 0.054 0.028 0.011 0.004 114 Q 0.062 0.120 0.192 0.270 0.159 0.096 0.062 0.022 0.011 0.005 0.002 115 V 0.009 0.013 0.045 0.037 0.036 0.053 0.132 0.161 0.207 0.183 0.124 116 F 0.029 0.023 0.088 0.131 0.147 0.142 0.181 0.107 0.082 0.047 0.022 117 Q 0.032 0.094 0.426 0.188 0.102 0.068 0.051 0.020 0.012 0.005 0.003 118 I 0.010 0.025 0.106 0.087 0.096 0.137 0.210 0.129 0.106 0.066 0.030 119 Y 0.142 0.065 0.120 0.105 0.088 0.095 0.143 0.088 0.077 0.050 0.026 120 A 0.080 0.106 0.238 0.166 0.115 0.092 0.095 0.044 0.033 0.020 0.011 121 G 0.079 0.083 0.172 0.105 0.083 0.103 0.135 0.086 0.077 0.050 0.025 122 H 0.059 0.059 0.109 0.158 0.134 0.133 0.152 0.082 0.061 0.036 0.017 123 G 0.119 0.096 0.339 0.111 0.081 0.073 0.078 0.040 0.031 0.020 0.013 124 F 0.027 0.059 0.109 0.162 0.144 0.128 0.141 0.083 0.073 0.047 0.025 125 Y 0.025 0.021 0.046 0.041 0.046 0.065 0.144 0.147 0.197 0.165 0.102 126 H 0.036 0.050 0.232 0.203 0.163 0.123 0.099 0.041 0.030 0.015 0.008 127 S 0.070 0.101 0.291 0.168 0.123 0.091 0.081 0.033 0.023 0.012 0.006 128 L 0.018 0.018 0.033 0.046 0.053 0.094 0.188 0.164 0.161 0.136 0.089 129 T 0.167 0.145 0.164 0.171 0.120 0.085 0.082 0.033 0.020 0.009 0.004 130 Q 0.138 0.120 0.323 0.143 0.087 0.065 0.057 0.028 0.020 0.011 0.008 131 G 0.295 0.236 0.112 0.150 0.088 0.050 0.038 0.014 0.009 0.005 0.003 132 H 0.074 0.040 0.022 0.040 0.049 0.072 0.131 0.132 0.169 0.154 0.118 133 K 0.320 0.297 0.097 0.129 0.076 0.037 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 134 Y 0.248 0.103 0.070 0.126 0.106 0.096 0.097 0.057 0.046 0.030 0.020 135 I 0.124 0.107 0.051 0.128 0.128 0.116 0.138 0.087 0.060 0.038 0.023 136 F 0.243 0.168 0.079 0.164 0.114 0.080 0.064 0.036 0.026 0.016 0.010 137 S 0.105 0.068 0.032 0.075 0.084 0.098 0.142 0.122 0.114 0.096 0.064 138 I 0.086 0.078 0.025 0.092 0.093 0.097 0.147 0.124 0.112 0.084 0.061 139 G 0.120 0.062 0.023 0.059 0.066 0.073 0.124 0.116 0.129 0.115 0.112 140 Q 0.196 0.127 0.047 0.147 0.108 0.088 0.090 0.061 0.055 0.044 0.035 141 G 0.335 0.159 0.059 0.125 0.091 0.071 0.061 0.037 0.030 0.019 0.013 142 E 0.213 0.146 0.062 0.181 0.116 0.091 0.077 0.045 0.034 0.022 0.014 143 H 0.037 0.041 0.026 0.069 0.081 0.095 0.149 0.135 0.140 0.120 0.107 144 S 0.038 0.048 0.028 0.088 0.087 0.097 0.176 0.146 0.133 0.096 0.062 145 E 0.052 0.069 0.040 0.158 0.170 0.166 0.152 0.079 0.053 0.036 0.024 146 V 0.010 0.013 0.013 0.032 0.031 0.043 0.101 0.149 0.214 0.211 0.181 147 R 0.014 0.026 0.023 0.112 0.140 0.161 0.201 0.132 0.099 0.058 0.034 148 A 0.009 0.014 0.014 0.025 0.023 0.029 0.078 0.122 0.214 0.248 0.226 149 L 0.008 0.014 0.011 0.059 0.091 0.113 0.175 0.175 0.179 0.109 0.067