# TARGET T0331 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.140 0.055 0.015 0.066 0.015 0.016 0.508 0.075 0.035 0.027 2 E 0.016 0.028 0.018 0.006 0.016 0.005 0.004 0.778 0.081 0.036 0.012 3 L 0.010 0.023 0.011 0.002 0.011 0.002 0.002 0.864 0.060 0.010 0.005 4 K 0.003 0.015 0.006 0.003 0.007 0.003 0.002 0.903 0.047 0.009 0.002 5 D 0.006 0.014 0.006 0.002 0.011 0.002 0.005 0.882 0.058 0.011 0.003 6 I 0.003 0.007 0.003 0.002 0.005 0.003 0.008 0.824 0.121 0.023 0.002 7 M 0.005 0.023 0.006 0.009 0.014 0.011 0.028 0.724 0.135 0.039 0.005 8 H 0.013 0.033 0.014 0.011 0.022 0.013 0.047 0.537 0.145 0.134 0.031 9 I 0.020 0.033 0.014 0.007 0.034 0.020 0.053 0.347 0.180 0.249 0.044 10 L 0.082 0.114 0.026 0.008 0.177 0.011 0.028 0.286 0.151 0.086 0.033 11 E 0.014 0.025 0.016 0.020 0.027 0.070 0.213 0.320 0.208 0.078 0.010 12 D 0.188 0.092 0.056 0.015 0.199 0.007 0.016 0.067 0.064 0.208 0.087 13 M 0.131 0.216 0.038 0.009 0.248 0.008 0.024 0.102 0.103 0.080 0.041 14 K 0.046 0.066 0.053 0.050 0.074 0.073 0.151 0.195 0.111 0.160 0.022 15 V 0.326 0.094 0.014 0.007 0.355 0.004 0.008 0.036 0.024 0.058 0.072 16 G 0.212 0.112 0.018 0.014 0.537 0.016 0.012 0.020 0.008 0.019 0.032 17 V 0.382 0.036 0.008 0.001 0.538 0.005 0.003 0.004 0.002 0.002 0.019 18 F 0.338 0.056 0.006 0.005 0.496 0.007 0.004 0.006 0.006 0.010 0.067 19 A 0.346 0.128 0.033 0.016 0.360 0.024 0.017 0.011 0.005 0.012 0.047 20 T 0.106 0.396 0.071 0.002 0.369 0.003 0.005 0.004 0.002 0.016 0.026 21 L 0.062 0.413 0.035 0.038 0.353 0.013 0.002 0.004 0.003 0.026 0.050 22 D 0.001 0.040 0.927 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.014 0.071 0.520 0.375 0.001 0.001 24 Y 0.001 0.797 0.193 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.004 0.006 0.003 0.005 0.006 0.003 0.003 0.003 0.007 0.494 0.466 26 N 0.053 0.544 0.095 0.003 0.244 0.017 0.018 0.010 0.004 0.006 0.006 27 P 0.309 0.115 0.015 0.007 0.353 0.009 0.018 0.007 0.009 0.014 0.144 28 H 0.143 0.039 0.033 0.080 0.136 0.086 0.148 0.040 0.070 0.154 0.072 29 A 0.173 0.219 0.048 0.013 0.449 0.003 0.006 0.009 0.015 0.033 0.032 30 R 0.112 0.204 0.089 0.018 0.520 0.003 0.005 0.005 0.003 0.010 0.032 31 H 0.244 0.108 0.016 0.002 0.571 0.003 0.008 0.008 0.005 0.013 0.022 32 A 0.264 0.150 0.020 0.002 0.520 0.003 0.004 0.006 0.002 0.004 0.026 33 H 0.241 0.165 0.031 0.007 0.464 0.015 0.009 0.010 0.004 0.011 0.044 34 I 0.335 0.090 0.017 0.006 0.417 0.004 0.003 0.012 0.007 0.015 0.094 35 T 0.135 0.196 0.060 0.031 0.312 0.047 0.051 0.071 0.023 0.038 0.035 36 A 0.138 0.282 0.049 0.004 0.421 0.004 0.007 0.028 0.008 0.022 0.037 37 A 0.241 0.104 0.042 0.036 0.148 0.053 0.042 0.117 0.071 0.048 0.098 38 N 0.045 0.117 0.324 0.194 0.063 0.059 0.033 0.065 0.047 0.034 0.019 39 E 0.017 0.115 0.075 0.123 0.031 0.076 0.131 0.231 0.145 0.044 0.014 40 E 0.027 0.143 0.114 0.085 0.049 0.023 0.022 0.030 0.040 0.374 0.094 41 G 0.053 0.289 0.135 0.109 0.193 0.037 0.017 0.018 0.017 0.081 0.051 42 I 0.253 0.123 0.010 0.002 0.571 0.001 0.003 0.005 0.003 0.006 0.021 43 F 0.255 0.114 0.019 0.007 0.536 0.008 0.013 0.006 0.002 0.004 0.035 44 F 0.261 0.122 0.019 0.002 0.549 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.032 45 M 0.329 0.093 0.021 0.005 0.366 0.009 0.010 0.011 0.007 0.031 0.117 46 T 0.080 0.267 0.198 0.117 0.177 0.030 0.022 0.028 0.019 0.031 0.030 47 S 0.053 0.145 0.136 0.090 0.093 0.057 0.051 0.129 0.101 0.105 0.041 48 P 0.027 0.061 0.022 0.024 0.045 0.038 0.092 0.371 0.242 0.060 0.018 49 E 0.040 0.035 0.031 0.052 0.033 0.035 0.036 0.109 0.113 0.423 0.093 50 T 0.039 0.280 0.172 0.059 0.122 0.021 0.030 0.139 0.066 0.059 0.016 51 H 0.080 0.091 0.039 0.015 0.100 0.013 0.033 0.387 0.119 0.080 0.044 52 F 0.032 0.098 0.045 0.011 0.045 0.014 0.032 0.524 0.135 0.050 0.013 53 Y 0.025 0.012 0.005 0.006 0.026 0.013 0.010 0.681 0.153 0.050 0.019 54 D 0.037 0.027 0.013 0.007 0.028 0.006 0.023 0.735 0.099 0.011 0.014 55 Q 0.020 0.015 0.011 0.004 0.024 0.006 0.014 0.700 0.139 0.060 0.007 56 L 0.016 0.029 0.003 0.005 0.041 0.006 0.013 0.647 0.204 0.031 0.005 57 M 0.009 0.029 0.010 0.015 0.019 0.016 0.074 0.634 0.168 0.022 0.003 58 G 0.018 0.014 0.011 0.008 0.019 0.033 0.102 0.285 0.213 0.270 0.028 59 D 0.196 0.271 0.055 0.006 0.313 0.001 0.001 0.017 0.021 0.032 0.086 60 Q 0.025 0.040 0.015 0.016 0.049 0.051 0.092 0.264 0.339 0.090 0.019 61 R 0.125 0.063 0.023 0.008 0.151 0.009 0.020 0.095 0.146 0.292 0.070 62 V 0.301 0.121 0.013 0.003 0.496 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.046 63 A 0.156 0.119 0.016 0.008 0.631 0.010 0.016 0.015 0.006 0.008 0.015 64 M 0.297 0.053 0.003 0.001 0.612 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.026 65 T 0.343 0.028 0.003 0.004 0.506 0.007 0.008 0.006 0.003 0.016 0.077 66 A 0.172 0.198 0.052 0.007 0.504 0.003 0.003 0.008 0.004 0.013 0.038 67 I 0.181 0.166 0.040 0.013 0.319 0.011 0.025 0.053 0.030 0.066 0.096 68 S 0.147 0.160 0.166 0.076 0.186 0.040 0.034 0.038 0.026 0.059 0.067 69 E 0.033 0.173 0.245 0.156 0.072 0.066 0.045 0.094 0.057 0.041 0.018 70 E 0.032 0.165 0.073 0.070 0.070 0.074 0.144 0.176 0.114 0.066 0.016 71 G 0.041 0.054 0.058 0.046 0.056 0.031 0.029 0.103 0.112 0.368 0.104 72 Y 0.084 0.145 0.051 0.020 0.159 0.030 0.053 0.162 0.105 0.147 0.044 73 L 0.183 0.118 0.046 0.014 0.252 0.014 0.034 0.114 0.069 0.098 0.059 74 I 0.268 0.116 0.038 0.019 0.266 0.015 0.021 0.059 0.041 0.066 0.090 75 Q 0.132 0.248 0.057 0.018 0.392 0.017 0.023 0.049 0.020 0.025 0.020 76 V 0.347 0.078 0.009 0.002 0.499 0.001 0.002 0.007 0.003 0.009 0.043 77 V 0.173 0.125 0.004 0.002 0.671 0.004 0.004 0.006 0.001 0.002 0.009 78 R 0.309 0.074 0.007 0.001 0.573 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.026 79 V 0.409 0.057 0.015 0.010 0.400 0.009 0.005 0.014 0.004 0.007 0.071 80 E 0.148 0.058 0.027 0.104 0.146 0.074 0.066 0.057 0.035 0.156 0.129 81 G 0.045 0.272 0.264 0.119 0.159 0.014 0.006 0.016 0.012 0.064 0.028 82 T 0.137 0.245 0.090 0.011 0.391 0.004 0.007 0.027 0.018 0.035 0.035 83 A 0.246 0.219 0.052 0.008 0.367 0.007 0.009 0.019 0.012 0.018 0.041 84 R 0.041 0.483 0.158 0.005 0.274 0.004 0.007 0.012 0.005 0.005 0.007 85 P 0.197 0.290 0.109 0.003 0.294 0.003 0.005 0.014 0.009 0.021 0.055 86 V 0.066 0.408 0.213 0.018 0.210 0.013 0.012 0.019 0.008 0.012 0.020 87 E 0.016 0.549 0.247 0.020 0.069 0.012 0.011 0.039 0.014 0.016 0.008 88 N 0.048 0.048 0.031 0.011 0.078 0.008 0.009 0.506 0.191 0.048 0.022 89 D 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.801 0.157 0.014 0.003 90 Y 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.850 0.096 0.028 0.002 91 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.879 0.092 0.017 0.001 92 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.851 0.123 0.010 0.001 93 T 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 0.848 0.104 0.009 0.003 94 V 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 0.004 0.036 0.777 0.129 0.035 0.003 95 F 0.012 0.007 0.001 0.001 0.017 0.003 0.030 0.624 0.236 0.060 0.009 96 A 0.005 0.010 0.003 0.004 0.011 0.013 0.086 0.625 0.200 0.041 0.003 97 D 0.016 0.032 0.019 0.012 0.033 0.023 0.142 0.354 0.132 0.222 0.016 98 N 0.085 0.231 0.202 0.034 0.158 0.015 0.026 0.098 0.049 0.060 0.043 99 P 0.081 0.205 0.111 0.031 0.131 0.019 0.038 0.208 0.090 0.046 0.039 100 Y 0.023 0.108 0.050 0.023 0.062 0.036 0.068 0.300 0.220 0.097 0.013 101 Y 0.065 0.069 0.033 0.032 0.080 0.024 0.049 0.190 0.174 0.224 0.058 102 Q 0.075 0.148 0.045 0.022 0.147 0.027 0.071 0.197 0.115 0.115 0.037 103 H 0.162 0.097 0.039 0.013 0.213 0.011 0.025 0.130 0.089 0.149 0.072 104 I 0.127 0.171 0.065 0.035 0.199 0.037 0.033 0.158 0.085 0.048 0.042 105 Y 0.119 0.166 0.111 0.034 0.201 0.015 0.017 0.106 0.078 0.089 0.066 106 K 0.107 0.186 0.093 0.026 0.195 0.019 0.029 0.166 0.089 0.053 0.038 107 D 0.082 0.170 0.091 0.020 0.209 0.013 0.030 0.170 0.079 0.099 0.037 108 E 0.068 0.158 0.095 0.057 0.123 0.035 0.039 0.151 0.096 0.135 0.042 109 S 0.044 0.266 0.196 0.051 0.149 0.023 0.038 0.119 0.046 0.052 0.017 110 S 0.043 0.175 0.083 0.024 0.091 0.021 0.040 0.244 0.148 0.105 0.026 111 D 0.055 0.089 0.041 0.013 0.107 0.017 0.049 0.275 0.151 0.155 0.048 112 T 0.093 0.158 0.058 0.016 0.144 0.013 0.028 0.153 0.100 0.167 0.069 113 M 0.062 0.391 0.080 0.005 0.290 0.004 0.009 0.102 0.031 0.018 0.010 114 Q 0.193 0.195 0.029 0.003 0.285 0.005 0.010 0.189 0.035 0.017 0.039 115 V 0.132 0.063 0.019 0.011 0.204 0.013 0.013 0.346 0.104 0.046 0.049 116 F 0.016 0.075 0.040 0.016 0.044 0.023 0.037 0.629 0.093 0.019 0.009 117 Q 0.074 0.117 0.048 0.007 0.087 0.004 0.009 0.379 0.075 0.159 0.039 118 I 0.006 0.009 0.003 0.003 0.012 0.006 0.006 0.789 0.143 0.020 0.004 119 Y 0.002 0.008 0.003 0.002 0.004 0.003 0.007 0.892 0.068 0.007 0.003 120 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.898 0.062 0.021 0.001 121 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.055 0.009 0.001 122 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.055 0.004 0.001 123 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.946 0.036 0.003 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.937 0.046 0.006 0.001 125 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.908 0.071 0.009 0.001 126 H 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.898 0.074 0.005 0.001 127 S 0.003 0.005 0.003 0.001 0.005 0.003 0.022 0.857 0.078 0.021 0.003 128 L 0.005 0.016 0.007 0.003 0.012 0.005 0.025 0.715 0.173 0.036 0.003 129 T 0.015 0.033 0.007 0.006 0.024 0.006 0.035 0.553 0.232 0.076 0.012 130 Q 0.011 0.051 0.024 0.011 0.036 0.017 0.094 0.468 0.179 0.098 0.010 131 G 0.035 0.047 0.024 0.017 0.061 0.030 0.148 0.356 0.119 0.142 0.022 132 H 0.113 0.187 0.139 0.030 0.183 0.017 0.027 0.092 0.053 0.098 0.062 133 K 0.026 0.114 0.123 0.118 0.068 0.095 0.102 0.233 0.066 0.041 0.014 134 Y 0.058 0.142 0.080 0.041 0.121 0.031 0.055 0.131 0.081 0.213 0.047 135 I 0.044 0.114 0.136 0.113 0.089 0.037 0.039 0.062 0.059 0.253 0.055 136 F 0.123 0.280 0.158 0.022 0.245 0.007 0.012 0.032 0.026 0.051 0.044 137 S 0.041 0.445 0.270 0.020 0.153 0.007 0.013 0.016 0.012 0.011 0.011 138 I 0.076 0.399 0.240 0.010 0.206 0.004 0.009 0.014 0.008 0.010 0.024 139 G 0.071 0.366 0.169 0.023 0.195 0.025 0.045 0.035 0.023 0.021 0.028 140 Q 0.070 0.318 0.227 0.049 0.171 0.020 0.018 0.037 0.032 0.025 0.032 141 G 0.051 0.080 0.053 0.046 0.073 0.100 0.135 0.146 0.189 0.095 0.032 142 E 0.084 0.095 0.071 0.030 0.111 0.016 0.032 0.063 0.123 0.309 0.065 143 H 0.162 0.136 0.048 0.017 0.202 0.015 0.027 0.051 0.053 0.173 0.117 144 S 0.063 0.136 0.128 0.108 0.149 0.047 0.033 0.048 0.049 0.172 0.066 145 E 0.105 0.202 0.146 0.113 0.277 0.019 0.011 0.023 0.016 0.050 0.037 146 V 0.181 0.169 0.017 0.002 0.602 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.013 147 R 0.114 0.193 0.014 0.001 0.657 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.010 148 A 0.347 0.060 0.007 0.001 0.510 0.001 0.003 0.010 0.002 0.005 0.056 149 L 0.178 0.142 0.038 0.020 0.356 0.043 0.050 0.053 0.015 0.037 0.069