# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.773 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.144 0.022 0.015 0.005 2 E 0.001 0.016 0.867 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.002 0.035 3 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.016 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 7 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.039 0.687 0.001 0.001 0.001 0.011 0.250 0.001 0.001 12 D 0.001 0.001 0.028 0.001 0.038 0.276 0.001 0.001 0.001 0.040 0.615 0.001 0.001 13 M 0.001 0.003 0.643 0.001 0.014 0.026 0.001 0.001 0.006 0.245 0.055 0.002 0.004 14 K 0.001 0.008 0.580 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.019 0.279 0.054 0.007 0.010 15 V 0.013 0.007 0.209 0.016 0.008 0.002 0.036 0.051 0.423 0.100 0.012 0.023 0.100 16 G 0.093 0.002 0.092 0.037 0.004 0.001 0.100 0.191 0.328 0.016 0.003 0.088 0.044 17 V 0.175 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.197 0.289 0.221 0.004 0.001 0.030 0.051 18 F 0.183 0.001 0.018 0.008 0.001 0.001 0.142 0.399 0.176 0.002 0.001 0.040 0.031 19 A 0.240 0.001 0.045 0.004 0.001 0.001 0.110 0.238 0.223 0.004 0.002 0.056 0.075 20 T 0.235 0.010 0.112 0.005 0.001 0.002 0.063 0.073 0.200 0.010 0.003 0.120 0.168 21 L 0.089 0.047 0.253 0.016 0.014 0.009 0.022 0.012 0.089 0.044 0.027 0.064 0.314 22 D 0.016 0.007 0.381 0.012 0.087 0.020 0.003 0.006 0.023 0.165 0.176 0.033 0.070 23 E 0.004 0.008 0.122 0.007 0.108 0.020 0.001 0.001 0.004 0.244 0.431 0.019 0.032 24 Y 0.001 0.009 0.189 0.004 0.046 0.023 0.001 0.001 0.001 0.161 0.549 0.006 0.012 25 G 0.001 0.008 0.357 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.492 0.119 0.006 0.005 26 N 0.001 0.019 0.578 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.327 0.023 0.026 0.017 27 P 0.006 0.066 0.481 0.014 0.012 0.008 0.002 0.001 0.004 0.103 0.067 0.004 0.233 28 H 0.040 0.026 0.322 0.027 0.022 0.009 0.010 0.001 0.005 0.073 0.058 0.375 0.033 29 A 0.066 0.034 0.226 0.003 0.022 0.019 0.017 0.002 0.015 0.060 0.029 0.016 0.490 30 R 0.036 0.017 0.295 0.014 0.011 0.020 0.006 0.001 0.010 0.087 0.010 0.458 0.035 31 H 0.024 0.009 0.282 0.018 0.026 0.040 0.005 0.001 0.007 0.042 0.038 0.011 0.498 32 A 0.112 0.009 0.199 0.225 0.039 0.041 0.012 0.001 0.009 0.043 0.062 0.156 0.094 33 H 0.213 0.010 0.121 0.016 0.018 0.032 0.011 0.001 0.009 0.029 0.024 0.297 0.218 34 I 0.285 0.004 0.081 0.020 0.013 0.021 0.011 0.001 0.005 0.019 0.011 0.099 0.431 35 T 0.391 0.004 0.053 0.022 0.006 0.019 0.011 0.001 0.004 0.007 0.006 0.338 0.139 36 A 0.362 0.007 0.024 0.007 0.007 0.025 0.013 0.001 0.003 0.011 0.013 0.110 0.419 37 A 0.247 0.009 0.073 0.030 0.019 0.037 0.013 0.001 0.002 0.041 0.112 0.115 0.301 38 N 0.119 0.013 0.075 0.016 0.028 0.023 0.005 0.001 0.001 0.111 0.305 0.172 0.131 39 E 0.005 0.002 0.080 0.005 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.151 0.681 0.025 0.028 40 E 0.003 0.001 0.066 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.647 0.006 0.013 41 G 0.181 0.005 0.139 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.130 0.136 0.258 0.131 42 I 0.494 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.005 0.001 0.074 0.366 43 F 0.715 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.081 44 F 0.678 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.142 45 M 0.537 0.002 0.025 0.004 0.001 0.001 0.045 0.001 0.004 0.008 0.002 0.169 0.203 46 T 0.229 0.019 0.135 0.005 0.001 0.001 0.026 0.001 0.009 0.036 0.005 0.133 0.401 47 S 0.006 0.009 0.661 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.145 0.044 0.043 0.076 48 P 0.001 0.001 0.070 0.001 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.120 0.765 0.001 0.004 49 E 0.001 0.003 0.125 0.001 0.054 0.030 0.001 0.001 0.001 0.138 0.645 0.003 0.002 50 T 0.001 0.007 0.322 0.001 0.045 0.121 0.001 0.001 0.001 0.406 0.092 0.003 0.003 51 H 0.001 0.024 0.298 0.001 0.043 0.356 0.001 0.001 0.002 0.123 0.135 0.003 0.014 52 F 0.009 0.062 0.098 0.001 0.040 0.616 0.002 0.001 0.004 0.044 0.082 0.010 0.029 53 Y 0.007 0.008 0.045 0.003 0.034 0.845 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 0.006 0.010 54 D 0.002 0.001 0.017 0.001 0.035 0.919 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.003 0.004 55 Q 0.002 0.001 0.008 0.001 0.035 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.002 0.003 56 L 0.001 0.002 0.011 0.001 0.038 0.883 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.001 0.003 57 M 0.001 0.004 0.027 0.001 0.044 0.695 0.001 0.001 0.001 0.011 0.212 0.002 0.004 58 G 0.001 0.003 0.059 0.002 0.040 0.288 0.001 0.001 0.001 0.061 0.542 0.002 0.003 59 D 0.001 0.001 0.570 0.002 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.307 0.085 0.002 0.003 60 Q 0.001 0.003 0.422 0.027 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.359 0.151 0.002 0.004 61 R 0.006 0.007 0.377 0.030 0.014 0.002 0.004 0.001 0.026 0.316 0.108 0.050 0.060 62 V 0.164 0.009 0.122 0.003 0.002 0.001 0.065 0.018 0.148 0.017 0.001 0.112 0.336 63 A 0.456 0.004 0.039 0.018 0.001 0.001 0.113 0.029 0.078 0.002 0.001 0.167 0.092 64 M 0.566 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.108 0.024 0.037 0.001 0.001 0.085 0.151 65 T 0.623 0.001 0.020 0.023 0.001 0.001 0.078 0.024 0.045 0.003 0.001 0.088 0.092 66 A 0.473 0.002 0.037 0.004 0.001 0.001 0.063 0.007 0.048 0.010 0.004 0.178 0.172 67 I 0.302 0.015 0.109 0.008 0.002 0.001 0.037 0.007 0.063 0.047 0.020 0.083 0.306 68 S 0.040 0.023 0.432 0.005 0.005 0.003 0.004 0.003 0.038 0.127 0.062 0.111 0.149 69 E 0.006 0.002 0.088 0.001 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.152 0.663 0.017 0.024 70 E 0.001 0.001 0.034 0.002 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.121 0.787 0.004 0.006 71 G 0.006 0.004 0.116 0.006 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.379 0.379 0.048 0.017 72 Y 0.036 0.035 0.327 0.004 0.018 0.012 0.006 0.001 0.003 0.115 0.072 0.040 0.332 73 L 0.124 0.072 0.148 0.036 0.020 0.018 0.019 0.001 0.003 0.066 0.037 0.161 0.296 74 I 0.114 0.008 0.140 0.116 0.038 0.027 0.007 0.001 0.002 0.063 0.027 0.197 0.260 75 Q 0.142 0.002 0.147 0.248 0.019 0.016 0.008 0.001 0.003 0.039 0.015 0.108 0.253 76 V 0.330 0.003 0.052 0.031 0.006 0.010 0.026 0.001 0.006 0.009 0.006 0.124 0.395 77 V 0.559 0.001 0.017 0.011 0.001 0.003 0.033 0.001 0.003 0.003 0.002 0.235 0.130 78 R 0.698 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.046 0.002 0.004 0.002 0.002 0.060 0.168 79 V 0.554 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.034 0.001 0.005 0.007 0.004 0.256 0.109 80 E 0.505 0.001 0.065 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.034 0.018 0.078 0.245 81 G 0.462 0.001 0.044 0.010 0.001 0.001 0.022 0.001 0.015 0.068 0.017 0.226 0.134 82 T 0.419 0.002 0.061 0.003 0.002 0.001 0.037 0.001 0.017 0.027 0.020 0.210 0.199 83 A 0.325 0.007 0.054 0.003 0.001 0.001 0.058 0.002 0.026 0.013 0.002 0.032 0.476 84 R 0.066 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.023 0.008 0.001 0.822 0.019 85 P 0.013 0.010 0.103 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.019 0.006 0.001 0.002 0.840 86 V 0.011 0.024 0.436 0.124 0.007 0.004 0.004 0.001 0.015 0.032 0.030 0.272 0.041 87 E 0.008 0.010 0.216 0.004 0.026 0.018 0.002 0.001 0.007 0.346 0.171 0.031 0.161 88 N 0.002 0.003 0.242 0.004 0.072 0.124 0.001 0.001 0.002 0.340 0.160 0.017 0.032 89 D 0.003 0.002 0.073 0.004 0.085 0.509 0.001 0.001 0.001 0.097 0.205 0.011 0.008 90 Y 0.015 0.013 0.084 0.002 0.072 0.597 0.003 0.001 0.003 0.047 0.108 0.015 0.041 91 L 0.054 0.013 0.073 0.014 0.046 0.625 0.006 0.001 0.007 0.014 0.031 0.028 0.088 92 K 0.058 0.008 0.089 0.043 0.043 0.628 0.003 0.001 0.003 0.021 0.013 0.044 0.047 93 T 0.025 0.003 0.035 0.001 0.052 0.746 0.004 0.001 0.004 0.013 0.017 0.029 0.071 94 V 0.021 0.003 0.024 0.001 0.058 0.798 0.004 0.002 0.003 0.012 0.024 0.021 0.028 95 F 0.012 0.009 0.030 0.002 0.048 0.780 0.002 0.001 0.002 0.025 0.061 0.006 0.023 96 A 0.003 0.003 0.035 0.001 0.037 0.651 0.001 0.001 0.001 0.027 0.229 0.006 0.006 97 D 0.001 0.002 0.064 0.001 0.026 0.421 0.001 0.001 0.001 0.088 0.392 0.001 0.003 98 N 0.001 0.002 0.478 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.001 0.436 0.031 0.002 0.002 99 P 0.001 0.006 0.236 0.001 0.132 0.203 0.001 0.001 0.001 0.071 0.344 0.001 0.005 100 Y 0.006 0.045 0.134 0.002 0.176 0.251 0.002 0.001 0.009 0.119 0.219 0.015 0.023 101 Y 0.007 0.015 0.116 0.005 0.367 0.328 0.001 0.001 0.008 0.036 0.052 0.006 0.058 102 Q 0.008 0.003 0.049 0.059 0.332 0.415 0.001 0.001 0.004 0.031 0.063 0.020 0.013 103 H 0.016 0.004 0.062 0.013 0.292 0.349 0.002 0.001 0.011 0.030 0.103 0.041 0.076 104 I 0.039 0.009 0.101 0.013 0.158 0.344 0.008 0.003 0.024 0.029 0.056 0.022 0.193 105 Y 0.070 0.045 0.122 0.025 0.014 0.146 0.017 0.005 0.046 0.044 0.035 0.339 0.093 106 K 0.053 0.031 0.171 0.009 0.021 0.129 0.009 0.003 0.017 0.101 0.093 0.045 0.319 107 D 0.005 0.006 0.549 0.014 0.027 0.042 0.001 0.001 0.004 0.161 0.118 0.034 0.039 108 E 0.001 0.004 0.196 0.003 0.059 0.024 0.001 0.001 0.001 0.165 0.522 0.006 0.019 109 S 0.001 0.003 0.178 0.004 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.150 0.603 0.004 0.005 110 S 0.001 0.004 0.410 0.003 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.454 0.074 0.014 0.010 111 D 0.003 0.006 0.389 0.019 0.021 0.014 0.001 0.001 0.002 0.307 0.192 0.009 0.037 112 T 0.123 0.029 0.225 0.010 0.009 0.008 0.033 0.003 0.025 0.099 0.061 0.099 0.277 113 M 0.351 0.007 0.103 0.004 0.002 0.003 0.065 0.007 0.028 0.009 0.002 0.153 0.265 114 Q 0.534 0.002 0.022 0.007 0.001 0.003 0.068 0.005 0.017 0.003 0.001 0.253 0.086 115 V 0.537 0.001 0.016 0.024 0.001 0.002 0.061 0.003 0.009 0.002 0.001 0.055 0.290 116 F 0.552 0.001 0.016 0.134 0.001 0.002 0.062 0.004 0.008 0.003 0.001 0.134 0.084 117 Q 0.528 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.054 0.001 0.007 0.002 0.001 0.224 0.156 118 I 0.250 0.003 0.041 0.012 0.002 0.002 0.042 0.001 0.008 0.007 0.003 0.052 0.577 119 Y 0.168 0.006 0.089 0.223 0.008 0.003 0.014 0.001 0.009 0.029 0.018 0.294 0.138 120 A 0.045 0.003 0.102 0.067 0.037 0.006 0.003 0.001 0.005 0.192 0.237 0.097 0.206 121 G 0.047 0.002 0.141 0.039 0.028 0.005 0.003 0.001 0.004 0.201 0.326 0.071 0.131 122 H 0.330 0.005 0.105 0.026 0.003 0.001 0.019 0.001 0.008 0.053 0.025 0.168 0.254 123 G 0.576 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.004 0.004 0.001 0.217 0.156 124 F 0.739 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.079 0.138 125 Y 0.680 0.001 0.017 0.012 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.123 0.136 126 H 0.588 0.002 0.031 0.033 0.003 0.003 0.027 0.001 0.003 0.015 0.010 0.098 0.187 127 S 0.226 0.005 0.131 0.020 0.004 0.002 0.014 0.001 0.004 0.041 0.025 0.297 0.231 128 L 0.078 0.013 0.267 0.013 0.016 0.004 0.006 0.001 0.003 0.116 0.129 0.050 0.304 129 T 0.024 0.023 0.304 0.008 0.028 0.009 0.003 0.001 0.005 0.232 0.214 0.080 0.071 130 Q 0.004 0.005 0.113 0.006 0.055 0.015 0.001 0.001 0.001 0.296 0.456 0.028 0.021 131 G 0.005 0.003 0.261 0.013 0.033 0.007 0.001 0.001 0.002 0.241 0.381 0.010 0.042 132 H 0.057 0.018 0.330 0.016 0.017 0.006 0.008 0.001 0.008 0.176 0.051 0.174 0.138 133 K 0.134 0.013 0.225 0.011 0.005 0.006 0.020 0.002 0.023 0.045 0.007 0.105 0.405 134 Y 0.205 0.011 0.108 0.034 0.003 0.008 0.052 0.006 0.051 0.013 0.002 0.300 0.207 135 I 0.322 0.009 0.048 0.051 0.002 0.008 0.079 0.009 0.031 0.006 0.003 0.062 0.370 136 F 0.302 0.003 0.055 0.024 0.003 0.012 0.070 0.019 0.043 0.012 0.008 0.350 0.099 137 S 0.316 0.007 0.088 0.009 0.007 0.013 0.062 0.018 0.052 0.028 0.028 0.111 0.261 138 I 0.198 0.013 0.178 0.012 0.013 0.019 0.035 0.014 0.044 0.085 0.067 0.154 0.168 139 G 0.053 0.014 0.285 0.011 0.022 0.027 0.008 0.007 0.020 0.196 0.186 0.076 0.094 140 Q 0.006 0.009 0.286 0.008 0.036 0.031 0.002 0.001 0.006 0.311 0.259 0.016 0.029 141 G 0.004 0.014 0.318 0.004 0.062 0.057 0.001 0.001 0.003 0.282 0.215 0.020 0.021 142 E 0.005 0.025 0.382 0.003 0.079 0.125 0.001 0.001 0.007 0.170 0.147 0.013 0.042 143 H 0.004 0.015 0.297 0.006 0.102 0.305 0.001 0.001 0.005 0.114 0.115 0.014 0.019 144 S 0.006 0.009 0.232 0.003 0.077 0.417 0.002 0.002 0.005 0.085 0.119 0.016 0.026 145 E 0.021 0.011 0.125 0.003 0.086 0.549 0.004 0.001 0.007 0.066 0.064 0.030 0.034 146 V 0.027 0.014 0.136 0.007 0.087 0.513 0.005 0.001 0.007 0.048 0.052 0.019 0.085 147 R 0.031 0.011 0.156 0.015 0.049 0.383 0.006 0.001 0.008 0.068 0.120 0.108 0.045 148 A 0.019 0.014 0.405 0.003 0.024 0.232 0.003 0.001 0.007 0.047 0.132 0.014 0.099 149 L 0.001 0.003 0.921 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.008 0.009