# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.345 0.137 0.087 0.115 0.077 0.059 0.077 0.044 0.033 0.016 0.010 2 E 0.097 0.531 0.091 0.148 0.066 0.035 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 3 L 0.035 0.036 0.028 0.095 0.160 0.201 0.213 0.107 0.072 0.035 0.018 4 K 0.586 0.206 0.094 0.068 0.027 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.007 0.062 0.197 0.431 0.190 0.074 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 6 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.017 0.100 0.152 0.254 0.256 0.202 7 M 0.003 0.007 0.058 0.139 0.203 0.284 0.205 0.055 0.030 0.012 0.003 8 H 0.013 0.052 0.675 0.182 0.049 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.011 0.014 0.032 0.088 0.298 0.203 0.178 0.113 0.063 10 L 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.016 0.088 0.140 0.236 0.269 0.232 11 E 0.026 0.080 0.479 0.240 0.110 0.044 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 12 D 0.105 0.147 0.431 0.174 0.079 0.042 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 13 M 0.010 0.008 0.006 0.015 0.016 0.035 0.138 0.153 0.231 0.232 0.156 14 K 0.170 0.230 0.093 0.174 0.131 0.094 0.065 0.020 0.013 0.006 0.004 15 V 0.014 0.016 0.022 0.035 0.039 0.053 0.116 0.143 0.217 0.183 0.161 16 G 0.009 0.011 0.009 0.035 0.055 0.103 0.206 0.183 0.176 0.121 0.091 17 V 0.003 0.008 0.006 0.036 0.048 0.084 0.207 0.182 0.189 0.137 0.101 18 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.047 0.091 0.189 0.269 0.380 19 A 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.026 0.091 0.136 0.225 0.244 0.251 20 T 0.003 0.012 0.011 0.036 0.040 0.051 0.131 0.156 0.216 0.190 0.156 21 L 0.002 0.005 0.004 0.021 0.036 0.060 0.145 0.158 0.214 0.192 0.163 22 D 0.070 0.113 0.076 0.267 0.196 0.128 0.092 0.031 0.016 0.007 0.004 23 E 0.392 0.204 0.077 0.178 0.089 0.034 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 24 Y 0.075 0.087 0.040 0.149 0.131 0.133 0.148 0.080 0.069 0.048 0.039 25 G 0.257 0.144 0.043 0.128 0.111 0.100 0.089 0.044 0.037 0.026 0.021 26 N 0.179 0.290 0.076 0.214 0.117 0.061 0.037 0.012 0.007 0.004 0.003 27 P 0.024 0.017 0.010 0.032 0.049 0.073 0.129 0.139 0.195 0.184 0.149 28 H 0.069 0.122 0.058 0.245 0.202 0.133 0.093 0.034 0.022 0.012 0.009 29 A 0.016 0.019 0.012 0.041 0.045 0.058 0.122 0.148 0.202 0.190 0.148 30 R 0.039 0.060 0.060 0.145 0.152 0.146 0.153 0.090 0.076 0.048 0.030 31 H 0.048 0.046 0.036 0.097 0.092 0.101 0.160 0.130 0.132 0.098 0.060 32 A 0.023 0.025 0.021 0.047 0.049 0.064 0.134 0.145 0.195 0.174 0.122 33 H 0.037 0.047 0.051 0.141 0.119 0.125 0.177 0.105 0.096 0.062 0.041 34 I 0.014 0.017 0.028 0.043 0.038 0.047 0.106 0.123 0.188 0.205 0.190 35 T 0.018 0.033 0.052 0.096 0.101 0.115 0.170 0.123 0.130 0.094 0.069 36 A 0.025 0.028 0.042 0.074 0.068 0.095 0.167 0.130 0.156 0.119 0.095 37 A 0.026 0.031 0.037 0.077 0.093 0.120 0.191 0.134 0.127 0.095 0.070 38 N 0.101 0.180 0.139 0.216 0.127 0.089 0.076 0.029 0.023 0.012 0.008 39 E 0.229 0.150 0.098 0.179 0.112 0.073 0.066 0.032 0.027 0.019 0.016 40 E 0.306 0.208 0.092 0.200 0.102 0.046 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 41 G 0.004 0.022 0.018 0.130 0.202 0.214 0.219 0.100 0.056 0.025 0.009 42 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.021 0.083 0.148 0.247 0.259 0.226 43 F 0.001 0.005 0.006 0.034 0.062 0.111 0.247 0.196 0.157 0.105 0.078 44 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.068 0.138 0.247 0.286 0.231 45 M 0.003 0.008 0.006 0.044 0.069 0.091 0.186 0.173 0.197 0.138 0.084 46 T 0.002 0.005 0.003 0.018 0.028 0.042 0.113 0.166 0.248 0.216 0.158 47 S 0.052 0.108 0.043 0.232 0.211 0.152 0.117 0.045 0.026 0.010 0.005 48 P 0.229 0.167 0.054 0.184 0.142 0.099 0.077 0.027 0.014 0.006 0.002 49 E 0.508 0.171 0.046 0.130 0.073 0.037 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 50 T 0.149 0.170 0.054 0.172 0.149 0.121 0.100 0.042 0.026 0.012 0.006 51 H 0.241 0.271 0.078 0.151 0.090 0.069 0.054 0.023 0.014 0.006 0.003 52 F 0.016 0.025 0.015 0.064 0.105 0.150 0.224 0.155 0.133 0.075 0.039 53 Y 0.009 0.013 0.016 0.040 0.061 0.099 0.206 0.150 0.181 0.131 0.093 54 D 0.042 0.091 0.203 0.409 0.157 0.054 0.026 0.008 0.005 0.003 0.001 55 Q 0.012 0.034 0.061 0.116 0.127 0.156 0.225 0.130 0.082 0.039 0.018 56 L 0.005 0.009 0.022 0.034 0.034 0.049 0.126 0.143 0.207 0.193 0.177 57 M 0.019 0.049 0.093 0.187 0.201 0.195 0.162 0.050 0.029 0.012 0.004 58 G 0.148 0.157 0.285 0.227 0.093 0.051 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 59 D 0.088 0.125 0.083 0.168 0.134 0.114 0.134 0.066 0.045 0.027 0.017 60 Q 0.111 0.089 0.034 0.108 0.115 0.140 0.185 0.093 0.065 0.038 0.022 61 R 0.084 0.164 0.087 0.309 0.201 0.091 0.044 0.012 0.006 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.044 0.114 0.270 0.300 0.258 63 A 0.004 0.029 0.024 0.173 0.194 0.197 0.202 0.084 0.053 0.024 0.015 64 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.046 0.104 0.221 0.310 0.302 65 T 0.003 0.009 0.009 0.056 0.088 0.106 0.196 0.180 0.163 0.113 0.079 66 A 0.002 0.006 0.004 0.020 0.032 0.052 0.129 0.178 0.234 0.199 0.143 67 I 0.003 0.010 0.008 0.077 0.132 0.151 0.207 0.154 0.138 0.080 0.041 68 S 0.037 0.109 0.043 0.238 0.219 0.160 0.117 0.044 0.022 0.008 0.003 69 E 0.267 0.195 0.075 0.217 0.121 0.064 0.036 0.013 0.007 0.004 0.002 70 E 0.525 0.213 0.060 0.125 0.046 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 71 G 0.251 0.194 0.062 0.194 0.115 0.079 0.058 0.022 0.014 0.007 0.003 72 Y 0.023 0.057 0.023 0.104 0.123 0.152 0.206 0.137 0.101 0.051 0.023 73 L 0.030 0.035 0.030 0.071 0.085 0.111 0.168 0.130 0.144 0.108 0.088 74 I 0.020 0.029 0.044 0.136 0.190 0.173 0.158 0.095 0.080 0.048 0.028 75 Q 0.047 0.079 0.105 0.279 0.187 0.128 0.097 0.037 0.023 0.012 0.006 76 V 0.008 0.018 0.025 0.091 0.103 0.132 0.209 0.157 0.128 0.085 0.045 77 V 0.004 0.003 0.006 0.010 0.010 0.017 0.065 0.108 0.219 0.264 0.294 78 R 0.008 0.046 0.075 0.228 0.226 0.159 0.131 0.057 0.038 0.022 0.010 79 V 0.001 0.003 0.006 0.011 0.015 0.024 0.074 0.113 0.214 0.247 0.292 80 E 0.060 0.134 0.079 0.337 0.210 0.097 0.058 0.015 0.006 0.002 0.001 81 G 0.018 0.021 0.012 0.043 0.062 0.111 0.230 0.176 0.156 0.107 0.062 82 T 0.098 0.267 0.163 0.324 0.109 0.027 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 83 A 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.076 0.212 0.288 0.371 84 R 0.054 0.236 0.124 0.371 0.143 0.046 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 85 P 0.103 0.087 0.026 0.092 0.093 0.105 0.167 0.116 0.105 0.067 0.039 86 V 0.106 0.102 0.051 0.131 0.126 0.131 0.140 0.081 0.063 0.039 0.030 87 E 0.274 0.338 0.086 0.140 0.066 0.038 0.030 0.011 0.009 0.005 0.004 88 N 0.126 0.160 0.062 0.167 0.146 0.117 0.110 0.052 0.035 0.017 0.008 89 D 0.629 0.142 0.068 0.084 0.036 0.018 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 90 Y 0.058 0.086 0.077 0.171 0.148 0.140 0.157 0.075 0.050 0.024 0.012 91 L 0.012 0.014 0.016 0.036 0.055 0.105 0.218 0.184 0.181 0.118 0.061 92 K 0.036 0.055 0.152 0.292 0.227 0.128 0.071 0.021 0.012 0.005 0.002 93 T 0.058 0.123 0.428 0.199 0.093 0.053 0.030 0.008 0.005 0.002 0.001 94 V 0.006 0.012 0.027 0.057 0.074 0.122 0.247 0.178 0.155 0.086 0.037 95 F 0.008 0.013 0.022 0.030 0.042 0.071 0.200 0.189 0.203 0.141 0.082 96 A 0.025 0.085 0.356 0.208 0.153 0.086 0.054 0.017 0.010 0.004 0.002 97 D 0.238 0.154 0.195 0.198 0.105 0.062 0.034 0.008 0.004 0.002 0.001 98 N 0.026 0.045 0.016 0.068 0.081 0.118 0.229 0.175 0.139 0.073 0.029 99 P 0.168 0.068 0.032 0.056 0.058 0.083 0.156 0.126 0.126 0.084 0.042 100 Y 0.047 0.069 0.038 0.110 0.140 0.156 0.203 0.104 0.078 0.039 0.017 101 Y 0.004 0.005 0.004 0.013 0.018 0.032 0.100 0.150 0.249 0.232 0.194 102 Q 0.051 0.073 0.068 0.308 0.229 0.131 0.080 0.030 0.019 0.008 0.003 103 H 0.095 0.157 0.129 0.210 0.155 0.115 0.086 0.031 0.015 0.006 0.002 104 I 0.004 0.008 0.014 0.026 0.037 0.066 0.170 0.184 0.220 0.168 0.103 105 Y 0.005 0.014 0.022 0.056 0.087 0.137 0.284 0.171 0.129 0.067 0.028 106 K 0.061 0.150 0.287 0.289 0.129 0.049 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 107 D 0.157 0.174 0.116 0.195 0.133 0.097 0.077 0.025 0.015 0.007 0.004 108 E 0.412 0.100 0.030 0.088 0.070 0.079 0.086 0.050 0.041 0.028 0.017 109 S 0.582 0.200 0.054 0.084 0.036 0.021 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 110 S 0.103 0.180 0.092 0.185 0.136 0.104 0.095 0.047 0.033 0.017 0.009 111 D 0.302 0.211 0.073 0.155 0.100 0.072 0.050 0.019 0.011 0.005 0.002 112 T 0.020 0.053 0.037 0.258 0.285 0.186 0.110 0.029 0.014 0.005 0.002 113 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.052 0.123 0.262 0.293 0.248 114 Q 0.003 0.029 0.041 0.333 0.309 0.166 0.085 0.022 0.008 0.002 0.001 115 V 0.001 0.004 0.003 0.010 0.013 0.027 0.101 0.176 0.260 0.239 0.166 116 F 0.002 0.003 0.005 0.022 0.037 0.065 0.178 0.202 0.231 0.165 0.090 117 Q 0.006 0.020 0.028 0.093 0.108 0.125 0.223 0.160 0.130 0.071 0.036 118 I 0.002 0.007 0.009 0.026 0.029 0.033 0.078 0.126 0.217 0.257 0.215 119 Y 0.010 0.040 0.043 0.187 0.191 0.179 0.186 0.079 0.052 0.023 0.010 120 A 0.072 0.094 0.047 0.169 0.138 0.121 0.138 0.090 0.067 0.043 0.021 121 G 0.125 0.091 0.063 0.161 0.139 0.119 0.123 0.072 0.057 0.034 0.017 122 H 0.056 0.096 0.054 0.191 0.158 0.133 0.144 0.069 0.052 0.030 0.016 123 G 0.030 0.021 0.012 0.029 0.029 0.040 0.088 0.126 0.207 0.227 0.190 124 F 0.040 0.080 0.054 0.168 0.162 0.147 0.152 0.078 0.063 0.034 0.022 125 Y 0.018 0.022 0.022 0.049 0.049 0.061 0.120 0.142 0.198 0.177 0.142 126 H 0.026 0.040 0.038 0.118 0.145 0.153 0.196 0.115 0.092 0.052 0.025 127 S 0.098 0.138 0.073 0.165 0.127 0.105 0.115 0.068 0.059 0.033 0.018 128 L 0.031 0.023 0.016 0.046 0.050 0.061 0.118 0.130 0.188 0.186 0.151 129 T 0.215 0.256 0.084 0.177 0.105 0.064 0.052 0.022 0.015 0.007 0.004 130 Q 0.364 0.200 0.073 0.163 0.084 0.050 0.036 0.014 0.009 0.004 0.002 131 G 0.450 0.156 0.041 0.096 0.065 0.052 0.051 0.030 0.027 0.019 0.014 132 H 0.111 0.127 0.067 0.215 0.172 0.130 0.097 0.038 0.024 0.012 0.006 133 K 0.033 0.052 0.047 0.152 0.155 0.135 0.149 0.102 0.088 0.056 0.031 134 Y 0.012 0.031 0.048 0.115 0.150 0.190 0.219 0.112 0.071 0.035 0.017 135 I 0.010 0.025 0.040 0.157 0.166 0.153 0.191 0.114 0.081 0.044 0.021 136 F 0.003 0.003 0.004 0.011 0.015 0.025 0.090 0.143 0.245 0.257 0.204 137 S 0.031 0.124 0.156 0.291 0.196 0.097 0.063 0.022 0.013 0.005 0.002 138 I 0.008 0.010 0.008 0.023 0.025 0.040 0.120 0.157 0.242 0.219 0.147 139 G 0.095 0.147 0.059 0.182 0.154 0.126 0.119 0.055 0.036 0.018 0.009 140 Q 0.249 0.218 0.084 0.178 0.104 0.064 0.055 0.024 0.015 0.007 0.004 141 G 0.218 0.109 0.036 0.093 0.093 0.090 0.115 0.077 0.073 0.056 0.039 142 E 0.282 0.347 0.080 0.159 0.069 0.033 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 143 H 0.215 0.131 0.056 0.138 0.125 0.109 0.102 0.052 0.040 0.022 0.010 144 S 0.457 0.164 0.090 0.098 0.061 0.045 0.038 0.019 0.016 0.008 0.005 145 E 0.111 0.073 0.075 0.134 0.113 0.121 0.153 0.088 0.068 0.041 0.023 146 V 0.067 0.048 0.062 0.086 0.085 0.103 0.159 0.119 0.119 0.091 0.062 147 R 0.105 0.130 0.272 0.218 0.123 0.070 0.042 0.017 0.013 0.007 0.003 148 A 0.149 0.149 0.188 0.172 0.115 0.089 0.068 0.029 0.023 0.013 0.006 149 L 0.192 0.114 0.077 0.108 0.079 0.081 0.105 0.075 0.078 0.055 0.034