# TARGET T0331 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.027 0.014 0.015 0.006 0.009 0.033 0.003 0.001 0.002 0.812 2 E 0.084 0.012 0.005 0.011 0.010 0.011 0.237 0.005 0.001 0.005 0.620 3 L 0.193 0.014 0.022 0.010 0.002 0.005 0.084 0.001 0.001 0.008 0.661 4 K 0.009 0.030 0.001 0.014 0.003 0.005 0.144 0.001 0.001 0.001 0.791 5 D 0.035 0.038 0.001 0.003 0.002 0.002 0.298 0.001 0.001 0.004 0.617 6 I 0.063 0.483 0.001 0.008 0.003 0.007 0.135 0.002 0.001 0.003 0.295 7 M 0.019 0.837 0.001 0.005 0.004 0.009 0.035 0.003 0.001 0.002 0.086 8 H 0.040 0.864 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.003 0.001 0.001 0.069 9 I 0.031 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 10 L 0.036 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 11 E 0.041 0.879 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.055 12 D 0.114 0.642 0.005 0.002 0.002 0.005 0.005 0.094 0.001 0.001 0.130 13 M 0.465 0.306 0.028 0.006 0.005 0.004 0.010 0.074 0.001 0.003 0.099 14 K 0.195 0.116 0.101 0.032 0.045 0.028 0.101 0.031 0.001 0.008 0.344 15 V 0.034 0.028 0.193 0.103 0.044 0.082 0.051 0.004 0.001 0.003 0.458 16 G 0.011 0.008 0.006 0.414 0.207 0.246 0.030 0.001 0.001 0.001 0.076 17 V 0.006 0.006 0.002 0.409 0.199 0.237 0.038 0.001 0.001 0.002 0.100 18 F 0.002 0.005 0.001 0.427 0.201 0.297 0.011 0.001 0.001 0.001 0.054 19 A 0.001 0.002 0.001 0.542 0.163 0.262 0.010 0.001 0.001 0.001 0.019 20 T 0.003 0.003 0.001 0.223 0.252 0.292 0.037 0.001 0.001 0.002 0.188 21 L 0.003 0.002 0.002 0.226 0.233 0.341 0.035 0.001 0.001 0.003 0.154 22 D 0.003 0.004 0.001 0.137 0.161 0.282 0.167 0.001 0.001 0.004 0.240 23 E 0.041 0.009 0.001 0.050 0.055 0.084 0.193 0.002 0.001 0.025 0.542 24 Y 0.181 0.026 0.007 0.028 0.030 0.050 0.303 0.003 0.001 0.035 0.335 25 G 0.205 0.037 0.009 0.021 0.025 0.034 0.202 0.005 0.001 0.030 0.432 26 N 0.142 0.041 0.018 0.024 0.030 0.047 0.199 0.002 0.001 0.012 0.485 27 P 0.004 0.004 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.965 28 H 0.039 0.019 0.002 0.022 0.061 0.139 0.203 0.001 0.001 0.008 0.506 29 A 0.151 0.054 0.004 0.021 0.062 0.132 0.099 0.001 0.001 0.009 0.466 30 R 0.056 0.194 0.001 0.081 0.189 0.253 0.057 0.002 0.001 0.003 0.164 31 H 0.038 0.151 0.004 0.021 0.026 0.082 0.035 0.001 0.001 0.002 0.639 32 A 0.042 0.220 0.003 0.119 0.120 0.260 0.034 0.006 0.001 0.003 0.192 33 H 0.081 0.220 0.007 0.041 0.054 0.131 0.063 0.015 0.001 0.008 0.381 34 I 0.088 0.241 0.022 0.061 0.172 0.163 0.022 0.009 0.001 0.002 0.220 35 T 0.033 0.145 0.005 0.061 0.168 0.231 0.036 0.007 0.001 0.002 0.312 36 A 0.061 0.082 0.008 0.038 0.196 0.223 0.039 0.007 0.001 0.003 0.343 37 A 0.053 0.117 0.007 0.046 0.177 0.295 0.085 0.005 0.001 0.004 0.210 38 N 0.039 0.119 0.003 0.045 0.147 0.168 0.155 0.009 0.001 0.008 0.306 39 E 0.127 0.072 0.006 0.017 0.037 0.046 0.162 0.008 0.001 0.028 0.497 40 E 0.179 0.032 0.012 0.013 0.036 0.035 0.322 0.008 0.001 0.054 0.310 41 G 0.311 0.012 0.042 0.034 0.036 0.038 0.200 0.006 0.001 0.062 0.259 42 I 0.068 0.008 0.146 0.100 0.196 0.173 0.117 0.001 0.001 0.013 0.178 43 F 0.001 0.001 0.002 0.199 0.368 0.345 0.035 0.001 0.001 0.001 0.048 44 F 0.001 0.001 0.001 0.138 0.242 0.487 0.018 0.001 0.001 0.001 0.112 45 M 0.001 0.001 0.001 0.188 0.303 0.476 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 46 T 0.004 0.001 0.001 0.150 0.137 0.262 0.084 0.001 0.001 0.002 0.357 47 S 0.006 0.001 0.002 0.189 0.108 0.150 0.094 0.001 0.001 0.004 0.446 48 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.008 0.046 0.001 0.001 0.001 0.928 49 E 0.015 0.001 0.001 0.017 0.007 0.018 0.458 0.001 0.001 0.024 0.460 50 T 0.514 0.006 0.001 0.010 0.002 0.004 0.142 0.001 0.001 0.037 0.284 51 H 0.124 0.057 0.002 0.006 0.002 0.002 0.191 0.001 0.001 0.005 0.609 52 F 0.065 0.077 0.004 0.009 0.007 0.016 0.284 0.001 0.001 0.009 0.530 53 Y 0.064 0.328 0.002 0.020 0.024 0.057 0.149 0.002 0.001 0.006 0.348 54 D 0.030 0.386 0.001 0.002 0.016 0.026 0.087 0.004 0.001 0.003 0.445 55 Q 0.098 0.621 0.002 0.002 0.019 0.018 0.027 0.006 0.001 0.002 0.205 56 L 0.145 0.697 0.003 0.003 0.012 0.019 0.025 0.018 0.001 0.004 0.073 57 M 0.083 0.676 0.008 0.008 0.021 0.035 0.018 0.059 0.001 0.003 0.089 58 G 0.169 0.429 0.008 0.008 0.009 0.012 0.012 0.130 0.001 0.002 0.221 59 D 0.608 0.101 0.026 0.007 0.007 0.007 0.019 0.080 0.001 0.004 0.140 60 Q 0.039 0.003 0.074 0.010 0.004 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.854 61 R 0.014 0.001 0.036 0.074 0.029 0.050 0.297 0.001 0.001 0.005 0.494 62 V 0.090 0.001 0.014 0.304 0.114 0.196 0.086 0.001 0.001 0.011 0.182 63 A 0.005 0.004 0.001 0.526 0.125 0.219 0.039 0.001 0.001 0.001 0.080 64 M 0.002 0.002 0.001 0.410 0.217 0.246 0.019 0.001 0.001 0.001 0.102 65 T 0.003 0.003 0.001 0.508 0.163 0.231 0.013 0.001 0.001 0.001 0.077 66 A 0.003 0.002 0.001 0.178 0.257 0.418 0.023 0.001 0.001 0.002 0.115 67 I 0.005 0.002 0.001 0.120 0.241 0.444 0.049 0.001 0.001 0.004 0.131 68 S 0.011 0.004 0.001 0.069 0.243 0.316 0.137 0.001 0.001 0.006 0.211 69 E 0.008 0.002 0.001 0.014 0.028 0.033 0.091 0.001 0.001 0.006 0.817 70 E 0.032 0.003 0.001 0.007 0.017 0.026 0.423 0.001 0.001 0.029 0.460 71 G 0.547 0.006 0.004 0.008 0.012 0.010 0.153 0.002 0.001 0.074 0.184 72 Y 0.287 0.035 0.032 0.023 0.042 0.035 0.248 0.001 0.001 0.026 0.271 73 L 0.018 0.016 0.008 0.069 0.206 0.267 0.147 0.001 0.001 0.005 0.263 74 I 0.005 0.008 0.001 0.066 0.175 0.474 0.037 0.001 0.001 0.002 0.232 75 Q 0.004 0.005 0.001 0.064 0.319 0.487 0.023 0.001 0.001 0.001 0.096 76 V 0.015 0.006 0.001 0.054 0.231 0.380 0.030 0.001 0.001 0.003 0.278 77 V 0.005 0.003 0.001 0.144 0.368 0.392 0.016 0.001 0.001 0.001 0.068 78 R 0.004 0.002 0.001 0.155 0.236 0.398 0.042 0.001 0.001 0.002 0.160 79 V 0.004 0.002 0.001 0.156 0.270 0.392 0.034 0.001 0.001 0.002 0.139 80 E 0.006 0.003 0.001 0.135 0.143 0.310 0.069 0.001 0.001 0.004 0.328 81 G 0.023 0.002 0.003 0.092 0.157 0.240 0.083 0.001 0.001 0.012 0.387 82 T 0.035 0.002 0.005 0.083 0.116 0.162 0.106 0.001 0.001 0.013 0.478 83 A 0.023 0.002 0.005 0.068 0.151 0.211 0.070 0.001 0.001 0.008 0.460 84 R 0.013 0.002 0.002 0.077 0.230 0.272 0.076 0.001 0.001 0.004 0.324 85 P 0.004 0.001 0.001 0.015 0.040 0.063 0.021 0.001 0.001 0.001 0.854 86 V 0.007 0.001 0.001 0.051 0.152 0.325 0.083 0.001 0.001 0.003 0.376 87 E 0.017 0.002 0.001 0.019 0.049 0.132 0.104 0.001 0.001 0.006 0.668 88 N 0.050 0.011 0.001 0.024 0.031 0.053 0.188 0.001 0.001 0.011 0.631 89 D 0.136 0.017 0.001 0.010 0.009 0.009 0.188 0.001 0.001 0.013 0.615 90 Y 0.120 0.057 0.003 0.009 0.010 0.013 0.285 0.001 0.001 0.012 0.489 91 L 0.086 0.152 0.007 0.010 0.021 0.063 0.248 0.001 0.001 0.009 0.404 92 K 0.048 0.310 0.003 0.010 0.023 0.072 0.060 0.002 0.001 0.003 0.468 93 T 0.047 0.344 0.001 0.002 0.014 0.027 0.033 0.002 0.001 0.001 0.528 94 V 0.097 0.495 0.001 0.003 0.022 0.017 0.016 0.004 0.001 0.001 0.345 95 F 0.097 0.676 0.002 0.006 0.016 0.029 0.014 0.010 0.001 0.002 0.149 96 A 0.121 0.573 0.011 0.006 0.010 0.043 0.028 0.019 0.001 0.003 0.185 97 D 0.305 0.397 0.009 0.007 0.008 0.013 0.019 0.051 0.001 0.001 0.190 98 N 0.545 0.188 0.014 0.006 0.003 0.003 0.022 0.028 0.001 0.001 0.188 99 P 0.004 0.007 0.015 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 100 Y 0.009 0.009 0.003 0.011 0.010 0.020 0.496 0.001 0.001 0.004 0.437 101 Y 0.473 0.057 0.005 0.021 0.009 0.026 0.126 0.002 0.001 0.017 0.264 102 Q 0.065 0.514 0.002 0.062 0.031 0.047 0.038 0.003 0.001 0.002 0.237 103 H 0.079 0.254 0.003 0.019 0.028 0.048 0.058 0.003 0.001 0.004 0.505 104 I 0.214 0.336 0.004 0.048 0.062 0.078 0.020 0.014 0.001 0.002 0.221 105 Y 0.125 0.236 0.010 0.046 0.146 0.225 0.027 0.024 0.001 0.004 0.157 106 K 0.061 0.088 0.014 0.033 0.123 0.161 0.053 0.019 0.001 0.003 0.445 107 D 0.111 0.051 0.007 0.048 0.104 0.135 0.084 0.019 0.001 0.005 0.435 108 E 0.059 0.015 0.008 0.011 0.016 0.017 0.141 0.004 0.001 0.007 0.721 109 S 0.062 0.007 0.003 0.008 0.011 0.014 0.394 0.003 0.001 0.031 0.467 110 S 0.549 0.009 0.011 0.012 0.007 0.008 0.160 0.002 0.001 0.053 0.188 111 D 0.145 0.014 0.012 0.018 0.022 0.012 0.241 0.001 0.001 0.017 0.518 112 T 0.030 0.006 0.009 0.046 0.065 0.116 0.229 0.001 0.001 0.011 0.488 113 M 0.016 0.003 0.003 0.119 0.221 0.499 0.055 0.001 0.001 0.005 0.078 114 Q 0.002 0.002 0.001 0.152 0.396 0.384 0.024 0.001 0.001 0.001 0.037 115 V 0.001 0.002 0.001 0.091 0.273 0.500 0.012 0.001 0.001 0.001 0.119 116 F 0.001 0.001 0.001 0.280 0.316 0.383 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 117 Q 0.001 0.002 0.001 0.263 0.207 0.341 0.025 0.001 0.001 0.001 0.159 118 I 0.002 0.002 0.001 0.264 0.250 0.380 0.026 0.001 0.001 0.002 0.074 119 Y 0.006 0.004 0.001 0.178 0.167 0.348 0.088 0.001 0.001 0.004 0.203 120 A 0.006 0.004 0.001 0.051 0.056 0.109 0.079 0.001 0.001 0.006 0.688 121 G 0.041 0.007 0.002 0.043 0.067 0.100 0.201 0.001 0.001 0.024 0.515 122 H 0.243 0.022 0.008 0.029 0.046 0.060 0.159 0.002 0.001 0.029 0.401 123 G 0.066 0.048 0.008 0.075 0.155 0.167 0.096 0.002 0.001 0.008 0.375 124 F 0.024 0.032 0.004 0.062 0.202 0.312 0.084 0.001 0.001 0.004 0.274 125 Y 0.029 0.039 0.003 0.063 0.216 0.388 0.036 0.002 0.001 0.003 0.222 126 H 0.016 0.029 0.002 0.070 0.242 0.400 0.043 0.002 0.001 0.002 0.194 127 S 0.028 0.017 0.002 0.039 0.183 0.251 0.110 0.004 0.001 0.006 0.360 128 L 0.048 0.012 0.011 0.062 0.086 0.131 0.090 0.003 0.001 0.009 0.547 129 T 0.033 0.009 0.003 0.040 0.054 0.073 0.368 0.003 0.001 0.013 0.404 130 Q 0.127 0.006 0.006 0.017 0.014 0.017 0.136 0.001 0.001 0.022 0.653 131 G 0.096 0.011 0.006 0.017 0.021 0.028 0.268 0.001 0.001 0.018 0.534 132 H 0.119 0.009 0.008 0.024 0.030 0.037 0.173 0.001 0.001 0.022 0.578 133 K 0.045 0.013 0.005 0.033 0.039 0.104 0.157 0.001 0.001 0.012 0.590 134 Y 0.056 0.012 0.003 0.089 0.263 0.274 0.075 0.001 0.001 0.006 0.220 135 I 0.039 0.020 0.003 0.092 0.156 0.252 0.054 0.001 0.001 0.004 0.380 136 F 0.006 0.010 0.001 0.126 0.318 0.429 0.020 0.001 0.001 0.001 0.087 137 S 0.009 0.015 0.001 0.162 0.173 0.333 0.042 0.001 0.001 0.001 0.262 138 I 0.020 0.019 0.002 0.136 0.176 0.315 0.053 0.003 0.001 0.004 0.272 139 G 0.039 0.017 0.004 0.125 0.120 0.207 0.120 0.004 0.001 0.008 0.355 140 Q 0.031 0.007 0.005 0.031 0.027 0.049 0.123 0.002 0.001 0.007 0.719 141 G 0.033 0.005 0.006 0.032 0.024 0.041 0.113 0.001 0.001 0.008 0.736 142 E 0.063 0.007 0.003 0.018 0.021 0.031 0.193 0.001 0.001 0.009 0.654 143 H 0.113 0.024 0.005 0.025 0.026 0.051 0.126 0.001 0.001 0.010 0.618 144 S 0.037 0.040 0.002 0.019 0.031 0.040 0.092 0.001 0.001 0.003 0.735 145 E 0.067 0.067 0.001 0.015 0.032 0.051 0.172 0.002 0.001 0.007 0.587 146 V 0.167 0.181 0.004 0.023 0.054 0.101 0.101 0.005 0.001 0.012 0.352 147 R 0.125 0.283 0.007 0.024 0.051 0.086 0.122 0.007 0.001 0.010 0.286 148 A 0.126 0.212 0.011 0.016 0.035 0.065 0.055 0.009 0.001 0.006 0.465 149 L 0.140 0.198 0.013 0.032 0.061 0.083 0.042 0.012 0.001 0.005 0.414