# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.990 2 E 0.009 0.020 0.001 0.055 0.006 0.007 0.901 3 L 0.002 0.002 0.007 0.927 0.009 0.012 0.042 4 K 0.001 0.001 0.013 0.951 0.007 0.010 0.018 5 D 0.002 0.001 0.012 0.963 0.004 0.006 0.012 6 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 7 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.001 8 H 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.010 0.001 9 I 0.001 0.001 0.016 0.950 0.002 0.027 0.004 10 L 0.002 0.003 0.082 0.831 0.013 0.058 0.012 11 E 0.001 0.001 0.089 0.437 0.013 0.450 0.008 12 D 0.002 0.001 0.089 0.092 0.056 0.737 0.023 13 M 0.018 0.003 0.010 0.003 0.425 0.047 0.493 14 K 0.036 0.003 0.006 0.001 0.333 0.065 0.557 15 V 0.684 0.009 0.005 0.001 0.069 0.020 0.214 16 G 0.939 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.049 17 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 18 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 19 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 20 T 0.942 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.046 21 L 0.672 0.025 0.001 0.001 0.037 0.013 0.251 22 D 0.262 0.013 0.008 0.002 0.124 0.157 0.433 23 E 0.021 0.005 0.023 0.002 0.157 0.692 0.101 24 Y 0.022 0.010 0.022 0.002 0.254 0.557 0.133 25 G 0.031 0.017 0.012 0.003 0.445 0.164 0.329 26 N 0.056 0.024 0.004 0.002 0.211 0.020 0.682 27 P 0.171 0.040 0.030 0.021 0.172 0.127 0.439 28 H 0.456 0.048 0.026 0.017 0.124 0.092 0.237 29 A 0.588 0.052 0.009 0.012 0.059 0.012 0.268 30 R 0.655 0.018 0.006 0.009 0.049 0.010 0.254 31 H 0.623 0.011 0.047 0.082 0.045 0.043 0.149 32 A 0.594 0.008 0.057 0.057 0.055 0.088 0.142 33 H 0.563 0.010 0.056 0.034 0.077 0.092 0.168 34 I 0.770 0.011 0.014 0.017 0.022 0.016 0.151 35 T 0.875 0.012 0.012 0.013 0.014 0.012 0.063 36 A 0.820 0.009 0.029 0.027 0.018 0.029 0.068 37 A 0.759 0.011 0.038 0.037 0.036 0.059 0.060 38 N 0.487 0.013 0.079 0.037 0.072 0.178 0.133 39 E 0.123 0.004 0.074 0.007 0.121 0.580 0.092 40 E 0.041 0.001 0.025 0.001 0.259 0.586 0.087 41 G 0.369 0.004 0.012 0.001 0.258 0.248 0.108 42 I 0.948 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.041 43 F 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 44 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 M 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.051 46 T 0.566 0.023 0.001 0.001 0.041 0.002 0.367 47 S 0.043 0.008 0.001 0.001 0.120 0.009 0.818 48 P 0.002 0.001 0.014 0.008 0.104 0.834 0.037 49 E 0.002 0.002 0.027 0.028 0.121 0.763 0.056 50 T 0.012 0.017 0.047 0.170 0.327 0.094 0.334 51 H 0.028 0.034 0.028 0.343 0.089 0.106 0.372 52 F 0.028 0.020 0.030 0.674 0.030 0.073 0.145 53 Y 0.011 0.004 0.022 0.889 0.010 0.023 0.041 54 D 0.006 0.001 0.040 0.907 0.010 0.023 0.013 55 Q 0.012 0.001 0.038 0.906 0.006 0.025 0.012 56 L 0.016 0.006 0.056 0.832 0.011 0.064 0.014 57 M 0.018 0.006 0.052 0.580 0.020 0.306 0.019 58 G 0.010 0.003 0.026 0.149 0.050 0.733 0.029 59 D 0.020 0.003 0.008 0.006 0.299 0.053 0.613 60 Q 0.031 0.004 0.037 0.006 0.336 0.318 0.268 61 R 0.298 0.011 0.034 0.003 0.154 0.218 0.281 62 V 0.843 0.006 0.004 0.001 0.016 0.005 0.125 63 A 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 64 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 65 T 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 66 A 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.039 67 I 0.803 0.025 0.001 0.002 0.051 0.006 0.111 68 S 0.207 0.008 0.001 0.001 0.108 0.006 0.668 69 E 0.018 0.002 0.038 0.013 0.181 0.687 0.060 70 E 0.005 0.002 0.033 0.009 0.063 0.869 0.020 71 G 0.030 0.006 0.053 0.010 0.401 0.323 0.176 72 Y 0.230 0.103 0.012 0.006 0.114 0.057 0.478 73 L 0.563 0.076 0.011 0.003 0.079 0.039 0.230 74 I 0.599 0.007 0.019 0.002 0.142 0.031 0.201 75 Q 0.791 0.002 0.011 0.003 0.096 0.009 0.089 76 V 0.939 0.002 0.003 0.002 0.012 0.002 0.040 77 V 0.975 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 78 R 0.969 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 79 V 0.930 0.002 0.001 0.002 0.004 0.011 0.050 80 E 0.801 0.001 0.002 0.001 0.048 0.054 0.092 81 G 0.764 0.002 0.002 0.001 0.076 0.055 0.101 82 T 0.828 0.009 0.001 0.001 0.012 0.008 0.142 83 A 0.755 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.232 84 R 0.770 0.012 0.001 0.001 0.011 0.002 0.204 85 P 0.691 0.022 0.001 0.002 0.038 0.002 0.245 86 V 0.322 0.011 0.004 0.008 0.220 0.054 0.381 87 E 0.128 0.037 0.010 0.014 0.220 0.080 0.512 88 N 0.027 0.005 0.055 0.134 0.129 0.063 0.587 89 D 0.004 0.001 0.129 0.566 0.081 0.177 0.042 90 Y 0.013 0.008 0.100 0.664 0.032 0.156 0.027 91 L 0.025 0.005 0.020 0.864 0.011 0.027 0.048 92 K 0.034 0.004 0.010 0.876 0.009 0.015 0.053 93 T 0.067 0.005 0.027 0.836 0.017 0.018 0.031 94 V 0.034 0.002 0.051 0.859 0.011 0.028 0.015 95 F 0.036 0.006 0.092 0.760 0.018 0.072 0.017 96 A 0.027 0.005 0.101 0.523 0.040 0.274 0.030 97 D 0.017 0.004 0.063 0.385 0.114 0.348 0.069 98 N 0.014 0.006 0.029 0.118 0.308 0.038 0.486 99 P 0.005 0.004 0.170 0.296 0.066 0.341 0.118 100 Y 0.022 0.017 0.196 0.221 0.064 0.388 0.092 101 Y 0.071 0.020 0.201 0.396 0.048 0.073 0.192 102 Q 0.083 0.004 0.180 0.517 0.030 0.060 0.125 103 H 0.129 0.007 0.183 0.507 0.032 0.071 0.071 104 I 0.141 0.013 0.196 0.453 0.028 0.099 0.068 105 Y 0.157 0.031 0.085 0.439 0.085 0.101 0.102 106 K 0.152 0.026 0.038 0.315 0.111 0.117 0.241 107 D 0.034 0.007 0.026 0.082 0.224 0.051 0.576 108 E 0.009 0.004 0.079 0.071 0.148 0.570 0.119 109 S 0.010 0.007 0.074 0.018 0.184 0.577 0.130 110 S 0.026 0.007 0.046 0.004 0.401 0.056 0.461 111 D 0.039 0.002 0.046 0.008 0.391 0.248 0.266 112 T 0.417 0.023 0.036 0.007 0.139 0.242 0.135 113 M 0.842 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.139 114 Q 0.954 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.029 115 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 116 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 117 Q 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 118 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 119 Y 0.868 0.003 0.001 0.001 0.015 0.005 0.107 120 A 0.318 0.002 0.029 0.006 0.178 0.306 0.160 121 G 0.128 0.002 0.035 0.002 0.287 0.444 0.101 122 H 0.648 0.023 0.040 0.004 0.084 0.061 0.141 123 G 0.819 0.009 0.007 0.003 0.056 0.024 0.083 124 F 0.893 0.005 0.006 0.003 0.021 0.014 0.059 125 Y 0.898 0.010 0.009 0.010 0.008 0.012 0.052 126 H 0.807 0.008 0.012 0.011 0.037 0.028 0.097 127 S 0.629 0.011 0.012 0.009 0.045 0.049 0.245 128 L 0.292 0.013 0.015 0.009 0.142 0.043 0.486 129 T 0.162 0.013 0.016 0.010 0.138 0.082 0.579 130 Q 0.064 0.006 0.046 0.023 0.285 0.289 0.286 131 G 0.106 0.007 0.029 0.015 0.196 0.181 0.466 132 H 0.317 0.015 0.023 0.012 0.152 0.056 0.425 133 K 0.620 0.020 0.010 0.009 0.065 0.017 0.260 134 Y 0.832 0.008 0.005 0.008 0.024 0.006 0.117 135 I 0.925 0.006 0.003 0.009 0.009 0.003 0.045 136 F 0.929 0.004 0.003 0.009 0.008 0.004 0.044 137 S 0.873 0.007 0.003 0.010 0.014 0.012 0.081 138 I 0.582 0.020 0.010 0.018 0.044 0.064 0.262 139 G 0.230 0.017 0.014 0.013 0.157 0.240 0.330 140 Q 0.065 0.011 0.029 0.013 0.255 0.330 0.296 141 G 0.042 0.011 0.028 0.019 0.304 0.253 0.342 142 E 0.058 0.023 0.036 0.039 0.155 0.190 0.499 143 H 0.070 0.022 0.049 0.118 0.162 0.074 0.506 144 S 0.082 0.010 0.091 0.248 0.093 0.114 0.364 145 E 0.119 0.012 0.102 0.401 0.077 0.076 0.212 146 V 0.141 0.021 0.140 0.363 0.071 0.072 0.192 147 R 0.131 0.019 0.092 0.238 0.115 0.152 0.253 148 A 0.071 0.019 0.031 0.112 0.020 0.097 0.651 149 L 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991