# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.263 0.265 0.100 0.210 0.016 0.021 0.016 0.009 0.012 0.001 2 E 0.054 0.185 0.497 0.026 0.085 0.086 0.018 0.006 0.028 0.015 0.001 3 L 0.914 0.012 0.024 0.027 0.002 0.013 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 4 K 0.969 0.005 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.982 0.001 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.947 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.856 0.008 0.018 0.108 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 11 E 0.914 0.003 0.024 0.045 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.193 0.009 0.010 0.737 0.006 0.012 0.013 0.011 0.011 0.001 0.001 13 M 0.013 0.183 0.657 0.045 0.012 0.045 0.016 0.002 0.026 0.001 0.001 14 K 0.135 0.223 0.325 0.048 0.050 0.109 0.069 0.008 0.028 0.005 0.001 15 V 0.021 0.677 0.144 0.037 0.080 0.016 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 16 G 0.017 0.393 0.134 0.016 0.389 0.012 0.006 0.007 0.014 0.011 0.001 17 V 0.004 0.820 0.087 0.002 0.067 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 18 F 0.013 0.711 0.180 0.006 0.020 0.038 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 19 A 0.010 0.704 0.143 0.003 0.085 0.027 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 20 T 0.007 0.749 0.080 0.010 0.119 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 21 L 0.038 0.515 0.249 0.067 0.039 0.053 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 22 D 0.069 0.140 0.505 0.038 0.097 0.040 0.028 0.006 0.022 0.056 0.001 23 E 0.561 0.081 0.037 0.171 0.022 0.027 0.056 0.019 0.022 0.004 0.001 24 Y 0.199 0.046 0.109 0.574 0.011 0.009 0.034 0.003 0.013 0.002 0.001 25 G 0.018 0.004 0.025 0.017 0.034 0.001 0.043 0.739 0.001 0.118 0.001 26 N 0.024 0.171 0.640 0.003 0.020 0.022 0.018 0.001 0.098 0.003 0.001 27 P 0.178 0.004 0.721 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 28 H 0.272 0.191 0.249 0.145 0.065 0.037 0.011 0.011 0.012 0.007 0.001 29 A 0.081 0.452 0.247 0.042 0.127 0.020 0.004 0.003 0.019 0.004 0.001 30 R 0.079 0.647 0.123 0.012 0.068 0.025 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 31 H 0.156 0.211 0.431 0.025 0.011 0.118 0.008 0.001 0.035 0.001 0.003 32 A 0.218 0.345 0.162 0.084 0.129 0.026 0.009 0.005 0.017 0.004 0.001 33 H 0.218 0.275 0.179 0.050 0.080 0.069 0.076 0.010 0.038 0.004 0.001 34 I 0.230 0.470 0.162 0.031 0.045 0.029 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 35 T 0.318 0.419 0.136 0.051 0.030 0.026 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 36 A 0.214 0.350 0.226 0.060 0.067 0.040 0.009 0.004 0.027 0.003 0.001 37 A 0.349 0.269 0.185 0.074 0.036 0.034 0.014 0.003 0.029 0.008 0.001 38 N 0.368 0.124 0.129 0.215 0.048 0.030 0.042 0.004 0.028 0.012 0.001 39 E 0.343 0.068 0.094 0.158 0.073 0.018 0.138 0.048 0.016 0.043 0.002 40 E 0.087 0.070 0.102 0.520 0.046 0.010 0.121 0.028 0.009 0.005 0.001 41 G 0.015 0.033 0.093 0.017 0.209 0.004 0.132 0.241 0.005 0.252 0.001 42 I 0.006 0.700 0.217 0.004 0.047 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 F 0.008 0.790 0.117 0.007 0.025 0.022 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 44 F 0.007 0.719 0.181 0.004 0.044 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 45 M 0.009 0.667 0.154 0.007 0.081 0.046 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 46 T 0.064 0.464 0.191 0.139 0.098 0.026 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 47 S 0.008 0.269 0.493 0.002 0.116 0.019 0.004 0.001 0.080 0.008 0.001 48 P 0.751 0.002 0.183 0.041 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 49 E 0.300 0.038 0.040 0.440 0.014 0.040 0.056 0.038 0.032 0.001 0.001 50 T 0.181 0.294 0.337 0.103 0.038 0.014 0.008 0.003 0.018 0.003 0.001 51 H 0.377 0.057 0.240 0.059 0.020 0.045 0.158 0.027 0.011 0.006 0.001 52 F 0.660 0.137 0.100 0.046 0.018 0.020 0.003 0.003 0.011 0.002 0.001 53 Y 0.946 0.015 0.015 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 D 0.947 0.013 0.010 0.019 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 55 Q 0.954 0.009 0.011 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 L 0.879 0.016 0.022 0.075 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 M 0.662 0.061 0.087 0.151 0.011 0.009 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 58 G 0.358 0.023 0.059 0.162 0.050 0.006 0.056 0.172 0.007 0.109 0.001 59 D 0.084 0.114 0.282 0.178 0.024 0.140 0.082 0.002 0.090 0.002 0.001 60 Q 0.170 0.196 0.297 0.206 0.059 0.025 0.025 0.007 0.012 0.002 0.002 61 R 0.048 0.342 0.312 0.084 0.073 0.062 0.038 0.004 0.032 0.003 0.001 62 V 0.002 0.702 0.241 0.002 0.020 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 63 A 0.005 0.740 0.182 0.003 0.015 0.032 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 64 M 0.002 0.714 0.209 0.001 0.028 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 65 T 0.005 0.854 0.033 0.006 0.066 0.014 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 66 A 0.006 0.617 0.124 0.007 0.216 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 67 I 0.027 0.630 0.186 0.035 0.042 0.046 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 68 S 0.016 0.326 0.370 0.014 0.171 0.027 0.006 0.001 0.042 0.027 0.001 69 E 0.654 0.028 0.080 0.123 0.019 0.015 0.036 0.017 0.011 0.016 0.002 70 E 0.318 0.033 0.111 0.436 0.017 0.007 0.046 0.016 0.007 0.008 0.001 71 G 0.095 0.015 0.058 0.038 0.059 0.005 0.153 0.493 0.004 0.080 0.001 72 Y 0.332 0.197 0.294 0.075 0.039 0.026 0.008 0.003 0.018 0.006 0.001 73 L 0.296 0.334 0.195 0.059 0.032 0.043 0.008 0.003 0.028 0.002 0.001 74 I 0.418 0.229 0.217 0.061 0.036 0.014 0.007 0.001 0.013 0.004 0.001 75 Q 0.242 0.288 0.219 0.065 0.120 0.031 0.018 0.003 0.012 0.001 0.001 76 V 0.085 0.546 0.227 0.045 0.038 0.025 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 77 V 0.016 0.714 0.168 0.020 0.034 0.020 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 78 R 0.007 0.589 0.288 0.003 0.022 0.058 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 79 V 0.014 0.821 0.057 0.008 0.056 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 80 E 0.024 0.538 0.199 0.033 0.045 0.057 0.020 0.001 0.082 0.001 0.001 81 G 0.011 0.086 0.128 0.009 0.646 0.005 0.029 0.031 0.005 0.048 0.001 82 T 0.012 0.751 0.148 0.014 0.051 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 83 A 0.009 0.542 0.325 0.010 0.064 0.024 0.003 0.001 0.018 0.003 0.001 84 R 0.003 0.821 0.071 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 85 P 0.009 0.033 0.895 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 86 V 0.048 0.595 0.189 0.011 0.043 0.038 0.005 0.001 0.070 0.001 0.001 87 E 0.098 0.139 0.603 0.024 0.015 0.089 0.006 0.002 0.013 0.009 0.002 88 N 0.217 0.154 0.308 0.042 0.108 0.076 0.019 0.003 0.064 0.006 0.001 89 D 0.922 0.003 0.007 0.045 0.001 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.957 0.004 0.005 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.963 0.005 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 K 0.983 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 T 0.984 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.984 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.953 0.007 0.008 0.024 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 96 A 0.947 0.008 0.008 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.544 0.017 0.020 0.395 0.005 0.009 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 98 N 0.023 0.068 0.329 0.010 0.007 0.052 0.011 0.001 0.498 0.001 0.001 99 P 0.911 0.001 0.056 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 100 Y 0.746 0.026 0.069 0.110 0.009 0.021 0.006 0.006 0.005 0.003 0.001 101 Y 0.640 0.040 0.087 0.189 0.006 0.021 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 102 Q 0.790 0.042 0.075 0.049 0.009 0.007 0.016 0.003 0.006 0.003 0.001 103 H 0.691 0.063 0.112 0.055 0.028 0.018 0.019 0.004 0.008 0.001 0.001 104 I 0.595 0.097 0.090 0.199 0.005 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 105 Y 0.243 0.304 0.246 0.052 0.058 0.039 0.012 0.005 0.035 0.005 0.001 106 K 0.427 0.129 0.262 0.093 0.011 0.042 0.012 0.002 0.017 0.004 0.001 107 D 0.246 0.228 0.222 0.112 0.082 0.037 0.017 0.005 0.045 0.005 0.001 108 E 0.601 0.045 0.134 0.134 0.021 0.017 0.023 0.006 0.012 0.007 0.001 109 S 0.322 0.043 0.082 0.401 0.022 0.038 0.048 0.018 0.022 0.004 0.001 110 S 0.150 0.186 0.343 0.134 0.087 0.026 0.025 0.008 0.032 0.010 0.001 111 D 0.341 0.084 0.294 0.161 0.029 0.025 0.039 0.011 0.009 0.006 0.003 112 T 0.076 0.558 0.153 0.102 0.079 0.013 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 113 M 0.005 0.674 0.223 0.004 0.060 0.010 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 114 Q 0.003 0.676 0.256 0.001 0.013 0.033 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 115 V 0.004 0.782 0.163 0.001 0.014 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 F 0.007 0.816 0.094 0.002 0.030 0.018 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 117 Q 0.005 0.531 0.334 0.001 0.010 0.081 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 118 I 0.048 0.531 0.285 0.016 0.010 0.070 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 119 Y 0.066 0.535 0.212 0.022 0.076 0.035 0.007 0.002 0.039 0.006 0.001 120 A 0.131 0.156 0.291 0.164 0.055 0.027 0.117 0.007 0.038 0.015 0.001 121 G 0.036 0.032 0.056 0.027 0.243 0.006 0.122 0.372 0.003 0.102 0.001 122 H 0.056 0.522 0.149 0.119 0.108 0.016 0.008 0.002 0.016 0.002 0.001 123 G 0.017 0.381 0.194 0.014 0.327 0.011 0.008 0.010 0.011 0.026 0.001 124 F 0.015 0.747 0.093 0.010 0.106 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 125 Y 0.027 0.709 0.122 0.019 0.074 0.022 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 126 H 0.036 0.569 0.117 0.029 0.165 0.033 0.010 0.002 0.035 0.003 0.001 127 S 0.044 0.279 0.305 0.051 0.135 0.101 0.021 0.003 0.057 0.004 0.001 128 L 0.333 0.177 0.170 0.199 0.039 0.035 0.016 0.006 0.022 0.003 0.001 129 T 0.223 0.261 0.198 0.158 0.072 0.025 0.016 0.006 0.032 0.008 0.001 130 Q 0.256 0.097 0.196 0.203 0.055 0.019 0.104 0.021 0.029 0.019 0.001 131 G 0.108 0.030 0.148 0.051 0.095 0.007 0.072 0.263 0.005 0.220 0.002 132 H 0.146 0.250 0.362 0.105 0.055 0.039 0.015 0.004 0.017 0.003 0.004 133 K 0.068 0.424 0.379 0.027 0.023 0.041 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 134 Y 0.033 0.610 0.234 0.012 0.045 0.035 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 135 I 0.036 0.741 0.141 0.015 0.019 0.025 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 136 F 0.023 0.568 0.224 0.010 0.110 0.028 0.005 0.001 0.029 0.002 0.001 137 S 0.033 0.541 0.251 0.012 0.057 0.057 0.008 0.001 0.039 0.002 0.001 138 I 0.115 0.443 0.193 0.138 0.050 0.024 0.004 0.001 0.032 0.002 0.001 139 G 0.049 0.022 0.066 0.025 0.141 0.005 0.050 0.141 0.005 0.494 0.001 140 Q 0.154 0.066 0.245 0.231 0.065 0.033 0.116 0.033 0.027 0.027 0.003 141 G 0.193 0.047 0.223 0.046 0.104 0.010 0.069 0.169 0.006 0.132 0.002 142 E 0.349 0.168 0.202 0.157 0.027 0.047 0.015 0.005 0.025 0.003 0.002 143 H 0.320 0.190 0.262 0.087 0.054 0.035 0.015 0.004 0.023 0.010 0.001 144 S 0.563 0.114 0.139 0.083 0.039 0.019 0.020 0.009 0.009 0.004 0.001 145 E 0.608 0.147 0.120 0.057 0.030 0.016 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 146 V 0.565 0.149 0.145 0.078 0.013 0.027 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 147 R 0.590 0.090 0.093 0.112 0.029 0.026 0.033 0.005 0.016 0.004 0.001 148 A 0.421 0.130 0.163 0.147 0.046 0.027 0.030 0.009 0.021 0.003 0.001 149 L 0.433 0.154 0.238 0.101 0.019 0.020 0.013 0.003 0.015 0.004 0.001