# TARGET T0331 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.863 0.106 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 2 E 0.724 0.185 0.062 0.023 0.006 0.001 0.001 3 L 0.271 0.229 0.245 0.172 0.069 0.013 0.001 4 K 0.577 0.283 0.099 0.030 0.009 0.002 0.001 5 D 0.226 0.371 0.251 0.110 0.035 0.007 0.001 6 I 0.017 0.030 0.093 0.293 0.388 0.172 0.007 7 M 0.061 0.207 0.349 0.276 0.090 0.017 0.001 8 H 0.330 0.527 0.119 0.021 0.003 0.001 0.001 9 I 0.034 0.092 0.250 0.422 0.176 0.025 0.001 10 L 0.021 0.027 0.059 0.241 0.476 0.172 0.004 11 E 0.244 0.441 0.227 0.074 0.012 0.001 0.001 12 D 0.471 0.391 0.107 0.028 0.004 0.001 0.001 13 M 0.055 0.154 0.256 0.303 0.178 0.052 0.002 14 K 0.126 0.304 0.280 0.189 0.077 0.022 0.003 15 V 0.027 0.077 0.145 0.256 0.287 0.178 0.031 16 G 0.005 0.020 0.052 0.139 0.268 0.392 0.123 17 V 0.003 0.009 0.030 0.083 0.204 0.423 0.247 18 F 0.005 0.008 0.014 0.028 0.082 0.367 0.496 19 A 0.013 0.022 0.038 0.078 0.167 0.356 0.325 20 T 0.012 0.034 0.069 0.138 0.233 0.343 0.171 21 L 0.017 0.037 0.069 0.187 0.334 0.280 0.076 22 D 0.128 0.287 0.253 0.205 0.090 0.031 0.006 23 E 0.314 0.342 0.190 0.107 0.035 0.009 0.001 24 Y 0.338 0.286 0.188 0.128 0.047 0.012 0.001 25 G 0.455 0.282 0.144 0.081 0.029 0.008 0.001 26 N 0.290 0.337 0.214 0.113 0.036 0.009 0.001 27 P 0.054 0.104 0.155 0.235 0.261 0.170 0.022 28 H 0.045 0.130 0.209 0.259 0.207 0.126 0.025 29 A 0.017 0.044 0.085 0.175 0.274 0.302 0.102 30 R 0.021 0.064 0.115 0.194 0.240 0.259 0.108 31 H 0.030 0.070 0.110 0.163 0.206 0.274 0.148 32 A 0.021 0.043 0.071 0.135 0.224 0.333 0.172 33 H 0.035 0.077 0.132 0.210 0.230 0.224 0.093 34 I 0.030 0.052 0.069 0.122 0.209 0.354 0.164 35 T 0.025 0.073 0.119 0.183 0.225 0.281 0.093 36 A 0.038 0.083 0.133 0.247 0.276 0.193 0.031 37 A 0.076 0.185 0.246 0.261 0.168 0.059 0.006 38 N 0.301 0.354 0.197 0.106 0.035 0.007 0.001 39 E 0.312 0.366 0.190 0.092 0.032 0.007 0.001 40 E 0.184 0.370 0.260 0.141 0.037 0.007 0.001 41 G 0.007 0.038 0.135 0.309 0.347 0.154 0.010 42 I 0.001 0.004 0.010 0.037 0.173 0.620 0.154 43 F 0.001 0.008 0.033 0.097 0.224 0.448 0.190 44 F 0.002 0.005 0.011 0.031 0.117 0.472 0.363 45 M 0.004 0.018 0.048 0.136 0.277 0.385 0.131 46 T 0.006 0.038 0.102 0.240 0.331 0.252 0.030 47 S 0.043 0.171 0.266 0.281 0.178 0.055 0.007 48 P 0.367 0.357 0.166 0.081 0.023 0.005 0.001 49 E 0.368 0.329 0.188 0.085 0.023 0.006 0.001 50 T 0.270 0.299 0.237 0.141 0.044 0.009 0.001 51 H 0.308 0.373 0.193 0.086 0.033 0.007 0.001 52 F 0.030 0.091 0.171 0.290 0.286 0.126 0.007 53 Y 0.011 0.044 0.133 0.306 0.351 0.146 0.009 54 D 0.118 0.433 0.290 0.120 0.032 0.006 0.001 55 Q 0.018 0.110 0.260 0.349 0.197 0.063 0.003 56 L 0.005 0.011 0.030 0.141 0.412 0.380 0.021 57 M 0.051 0.229 0.327 0.273 0.100 0.018 0.001 58 G 0.347 0.408 0.164 0.065 0.013 0.002 0.001 59 D 0.076 0.331 0.328 0.190 0.061 0.013 0.001 60 Q 0.035 0.151 0.262 0.316 0.180 0.053 0.004 61 R 0.024 0.107 0.218 0.301 0.241 0.099 0.011 62 V 0.001 0.005 0.015 0.065 0.241 0.545 0.129 63 A 0.002 0.009 0.044 0.134 0.270 0.386 0.156 64 M 0.002 0.007 0.011 0.023 0.079 0.417 0.461 65 T 0.005 0.013 0.028 0.078 0.177 0.368 0.331 66 A 0.005 0.019 0.044 0.114 0.231 0.404 0.183 67 I 0.019 0.052 0.110 0.239 0.338 0.211 0.030 68 S 0.084 0.236 0.299 0.250 0.103 0.026 0.002 69 E 0.401 0.309 0.163 0.082 0.032 0.010 0.002 70 E 0.564 0.279 0.100 0.041 0.013 0.004 0.001 71 G 0.287 0.268 0.208 0.154 0.065 0.017 0.001 72 Y 0.137 0.171 0.197 0.227 0.179 0.081 0.007 73 L 0.076 0.109 0.135 0.202 0.242 0.203 0.033 74 I 0.087 0.145 0.184 0.231 0.199 0.128 0.026 75 Q 0.074 0.165 0.207 0.238 0.181 0.109 0.026 76 V 0.021 0.066 0.132 0.220 0.262 0.238 0.061 77 V 0.009 0.023 0.042 0.104 0.233 0.444 0.144 78 R 0.011 0.068 0.176 0.280 0.228 0.179 0.057 79 V 0.003 0.012 0.027 0.083 0.247 0.464 0.163 80 E 0.019 0.132 0.220 0.290 0.203 0.111 0.026 81 G 0.009 0.038 0.090 0.194 0.312 0.309 0.048 82 T 0.017 0.138 0.319 0.326 0.149 0.047 0.004 83 A 0.007 0.016 0.036 0.134 0.366 0.390 0.050 84 R 0.068 0.269 0.338 0.225 0.078 0.021 0.002 85 P 0.051 0.140 0.212 0.293 0.216 0.083 0.006 86 V 0.151 0.251 0.279 0.210 0.085 0.023 0.002 87 E 0.516 0.315 0.112 0.044 0.011 0.002 0.001 88 N 0.409 0.286 0.182 0.090 0.027 0.005 0.001 89 D 0.506 0.308 0.120 0.049 0.014 0.003 0.001 90 Y 0.160 0.223 0.258 0.222 0.108 0.027 0.002 91 L 0.096 0.124 0.175 0.273 0.236 0.091 0.006 92 K 0.235 0.333 0.236 0.134 0.048 0.012 0.002 93 T 0.214 0.282 0.222 0.159 0.080 0.037 0.006 94 V 0.056 0.111 0.165 0.249 0.244 0.154 0.020 95 F 0.052 0.078 0.136 0.256 0.275 0.179 0.023 96 A 0.199 0.284 0.217 0.165 0.088 0.038 0.009 97 D 0.161 0.280 0.233 0.182 0.092 0.044 0.008 98 N 0.053 0.159 0.252 0.251 0.182 0.093 0.010 99 P 0.075 0.151 0.164 0.188 0.205 0.177 0.040 100 Y 0.017 0.070 0.159 0.259 0.269 0.193 0.033 101 Y 0.004 0.012 0.033 0.126 0.332 0.419 0.074 102 Q 0.059 0.302 0.335 0.212 0.072 0.018 0.002 103 H 0.079 0.278 0.329 0.211 0.080 0.022 0.001 104 I 0.012 0.028 0.068 0.231 0.413 0.240 0.010 105 Y 0.015 0.067 0.229 0.426 0.236 0.027 0.001 106 K 0.399 0.476 0.105 0.018 0.002 0.001 0.001 107 D 0.441 0.387 0.134 0.034 0.004 0.001 0.001 108 E 0.598 0.209 0.102 0.060 0.025 0.006 0.001 109 S 0.658 0.256 0.064 0.018 0.003 0.001 0.001 110 S 0.230 0.356 0.277 0.115 0.020 0.002 0.001 111 D 0.301 0.400 0.186 0.079 0.029 0.005 0.001 112 T 0.028 0.134 0.305 0.335 0.168 0.029 0.001 113 M 0.004 0.014 0.045 0.166 0.405 0.338 0.028 114 Q 0.010 0.069 0.210 0.358 0.251 0.093 0.010 115 V 0.007 0.027 0.066 0.135 0.242 0.395 0.128 116 F 0.005 0.016 0.026 0.058 0.143 0.455 0.297 117 Q 0.004 0.014 0.050 0.137 0.244 0.352 0.199 118 I 0.007 0.020 0.034 0.085 0.200 0.388 0.266 119 Y 0.022 0.059 0.091 0.181 0.266 0.283 0.099 120 A 0.067 0.143 0.167 0.173 0.165 0.189 0.096 121 G 0.050 0.104 0.146 0.201 0.217 0.211 0.072 122 H 0.055 0.098 0.170 0.231 0.212 0.173 0.061 123 G 0.040 0.043 0.052 0.100 0.202 0.363 0.200 124 F 0.047 0.084 0.142 0.214 0.232 0.219 0.063 125 Y 0.136 0.127 0.127 0.162 0.185 0.197 0.066 126 H 0.115 0.153 0.178 0.231 0.188 0.112 0.023 127 S 0.151 0.272 0.260 0.192 0.087 0.032 0.005 128 L 0.116 0.136 0.178 0.257 0.216 0.087 0.010 129 T 0.421 0.330 0.144 0.069 0.025 0.008 0.002 130 Q 0.474 0.272 0.138 0.076 0.028 0.009 0.002 131 G 0.317 0.268 0.172 0.138 0.074 0.028 0.003 132 H 0.125 0.244 0.258 0.227 0.107 0.035 0.004 133 K 0.097 0.229 0.254 0.222 0.136 0.054 0.008 134 Y 0.056 0.126 0.193 0.252 0.226 0.131 0.017 135 I 0.031 0.087 0.183 0.273 0.254 0.150 0.021 136 F 0.030 0.043 0.068 0.150 0.284 0.345 0.080 137 S 0.087 0.185 0.236 0.243 0.154 0.080 0.016 138 I 0.081 0.092 0.118 0.197 0.232 0.220 0.058 139 G 0.179 0.212 0.202 0.195 0.129 0.071 0.012 140 Q 0.438 0.263 0.153 0.097 0.037 0.011 0.001 141 G 0.470 0.254 0.150 0.084 0.032 0.008 0.001 142 E 0.626 0.243 0.085 0.033 0.010 0.003 0.001 143 H 0.412 0.258 0.177 0.103 0.038 0.011 0.001 144 S 0.530 0.249 0.113 0.067 0.030 0.010 0.001 145 E 0.295 0.242 0.188 0.159 0.082 0.031 0.003 146 V 0.232 0.169 0.189 0.225 0.132 0.049 0.003 147 R 0.502 0.284 0.136 0.060 0.015 0.003 0.001 148 A 0.644 0.213 0.085 0.041 0.013 0.003 0.001 149 L 0.546 0.211 0.125 0.077 0.030 0.010 0.001