# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.010 0.004 0.025 0.151 0.792 2 E 0.034 0.022 0.004 0.075 0.079 0.785 3 L 0.013 0.007 0.038 0.704 0.065 0.173 4 K 0.016 0.004 0.043 0.782 0.062 0.093 5 D 0.011 0.002 0.049 0.858 0.043 0.037 6 I 0.003 0.001 0.013 0.967 0.009 0.008 7 M 0.003 0.001 0.010 0.970 0.009 0.007 8 H 0.007 0.001 0.017 0.945 0.020 0.010 9 I 0.012 0.002 0.024 0.896 0.040 0.026 10 L 0.018 0.006 0.042 0.774 0.143 0.017 11 E 0.020 0.002 0.054 0.608 0.280 0.036 12 D 0.019 0.002 0.038 0.401 0.392 0.148 13 M 0.124 0.017 0.025 0.148 0.411 0.274 14 K 0.317 0.006 0.007 0.025 0.125 0.520 15 V 0.810 0.008 0.005 0.014 0.043 0.120 16 G 0.919 0.001 0.002 0.006 0.022 0.051 17 V 0.959 0.001 0.001 0.003 0.009 0.028 18 F 0.961 0.001 0.001 0.004 0.008 0.024 19 A 0.946 0.002 0.001 0.005 0.010 0.035 20 T 0.918 0.004 0.001 0.007 0.017 0.052 21 L 0.696 0.019 0.007 0.014 0.073 0.190 22 D 0.278 0.015 0.027 0.020 0.479 0.181 23 E 0.071 0.008 0.092 0.030 0.686 0.113 24 Y 0.028 0.008 0.074 0.035 0.724 0.131 25 G 0.031 0.016 0.029 0.020 0.612 0.293 26 N 0.032 0.013 0.013 0.014 0.376 0.553 27 P 0.039 0.020 0.085 0.064 0.388 0.404 28 H 0.092 0.023 0.177 0.103 0.368 0.237 29 A 0.254 0.023 0.135 0.102 0.296 0.190 30 R 0.432 0.014 0.068 0.094 0.159 0.233 31 H 0.508 0.012 0.039 0.102 0.146 0.193 32 A 0.506 0.005 0.030 0.120 0.167 0.173 33 H 0.618 0.005 0.018 0.098 0.119 0.143 34 I 0.763 0.006 0.011 0.085 0.056 0.078 35 T 0.820 0.006 0.007 0.080 0.030 0.057 36 A 0.813 0.007 0.012 0.063 0.054 0.051 37 A 0.648 0.015 0.023 0.059 0.137 0.118 38 N 0.379 0.012 0.037 0.035 0.353 0.184 39 E 0.283 0.010 0.042 0.025 0.468 0.172 40 E 0.377 0.007 0.031 0.018 0.343 0.225 41 G 0.625 0.008 0.016 0.009 0.185 0.157 42 I 0.830 0.007 0.006 0.006 0.053 0.098 43 F 0.936 0.005 0.003 0.005 0.018 0.033 44 F 0.936 0.007 0.003 0.004 0.017 0.032 45 M 0.824 0.011 0.004 0.005 0.051 0.105 46 T 0.419 0.019 0.005 0.009 0.173 0.375 47 S 0.059 0.013 0.005 0.009 0.493 0.421 48 P 0.015 0.010 0.035 0.085 0.595 0.260 49 E 0.017 0.009 0.054 0.187 0.531 0.201 50 T 0.024 0.009 0.083 0.327 0.442 0.115 51 H 0.030 0.016 0.046 0.518 0.174 0.216 52 F 0.021 0.012 0.042 0.813 0.050 0.062 53 Y 0.013 0.002 0.031 0.907 0.026 0.021 54 D 0.009 0.001 0.042 0.896 0.032 0.019 55 Q 0.006 0.002 0.034 0.908 0.032 0.018 56 L 0.007 0.003 0.021 0.865 0.083 0.021 57 M 0.004 0.003 0.016 0.685 0.228 0.064 58 G 0.003 0.002 0.015 0.266 0.435 0.278 59 D 0.011 0.004 0.006 0.028 0.522 0.430 60 Q 0.087 0.005 0.018 0.065 0.381 0.444 61 R 0.615 0.010 0.015 0.062 0.138 0.160 62 V 0.911 0.002 0.004 0.028 0.027 0.028 63 A 0.961 0.001 0.001 0.019 0.006 0.011 64 M 0.950 0.001 0.001 0.028 0.006 0.014 65 T 0.895 0.001 0.002 0.045 0.015 0.042 66 A 0.830 0.004 0.004 0.030 0.033 0.098 67 I 0.651 0.032 0.012 0.030 0.103 0.173 68 S 0.339 0.015 0.049 0.029 0.500 0.069 69 E 0.130 0.006 0.107 0.025 0.664 0.069 70 E 0.050 0.003 0.059 0.014 0.808 0.067 71 G 0.228 0.006 0.014 0.002 0.584 0.167 72 Y 0.737 0.011 0.001 0.001 0.044 0.206 73 L 0.969 0.004 0.001 0.001 0.006 0.021 74 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 75 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 76 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 77 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 78 R 0.972 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 79 V 0.898 0.003 0.001 0.001 0.035 0.062 80 E 0.608 0.006 0.002 0.004 0.179 0.200 81 G 0.372 0.010 0.007 0.007 0.350 0.254 82 T 0.338 0.017 0.010 0.014 0.289 0.332 83 A 0.371 0.022 0.016 0.031 0.189 0.370 84 R 0.395 0.015 0.022 0.065 0.164 0.340 85 P 0.340 0.016 0.056 0.205 0.124 0.258 86 V 0.313 0.019 0.069 0.293 0.121 0.184 87 E 0.235 0.017 0.040 0.482 0.086 0.141 88 N 0.082 0.005 0.022 0.561 0.132 0.197 89 D 0.014 0.001 0.019 0.901 0.041 0.024 90 Y 0.006 0.001 0.012 0.963 0.011 0.006 91 L 0.004 0.001 0.011 0.970 0.010 0.004 92 K 0.003 0.001 0.012 0.973 0.008 0.004 93 T 0.003 0.001 0.012 0.976 0.006 0.003 94 V 0.003 0.001 0.013 0.958 0.013 0.012 95 F 0.004 0.001 0.035 0.886 0.059 0.014 96 A 0.005 0.003 0.019 0.841 0.099 0.034 97 D 0.003 0.003 0.012 0.723 0.117 0.141 98 N 0.004 0.006 0.006 0.173 0.337 0.475 99 P 0.002 0.001 0.081 0.632 0.192 0.092 100 Y 0.012 0.006 0.134 0.644 0.168 0.036 101 Y 0.022 0.004 0.143 0.699 0.108 0.024 102 Q 0.028 0.002 0.090 0.759 0.076 0.044 103 H 0.059 0.005 0.062 0.736 0.075 0.064 104 I 0.088 0.018 0.028 0.696 0.082 0.087 105 Y 0.088 0.018 0.023 0.537 0.163 0.171 106 K 0.031 0.005 0.062 0.445 0.264 0.192 107 D 0.030 0.008 0.109 0.231 0.429 0.193 108 E 0.033 0.012 0.161 0.164 0.456 0.174 109 S 0.044 0.017 0.082 0.106 0.478 0.273 110 S 0.053 0.008 0.114 0.076 0.533 0.216 111 D 0.121 0.005 0.106 0.042 0.481 0.245 112 T 0.552 0.022 0.042 0.029 0.205 0.151 113 M 0.813 0.005 0.012 0.008 0.071 0.091 114 Q 0.935 0.002 0.004 0.004 0.019 0.037 115 V 0.970 0.001 0.002 0.005 0.006 0.016 116 F 0.969 0.001 0.001 0.006 0.006 0.018 117 Q 0.973 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 118 I 0.916 0.005 0.001 0.008 0.016 0.055 119 Y 0.706 0.010 0.003 0.011 0.109 0.162 120 A 0.412 0.016 0.011 0.013 0.274 0.275 121 G 0.170 0.013 0.032 0.011 0.498 0.276 122 H 0.199 0.017 0.048 0.018 0.497 0.221 123 G 0.210 0.013 0.047 0.020 0.457 0.252 124 F 0.326 0.032 0.054 0.047 0.335 0.207 125 Y 0.393 0.043 0.061 0.055 0.248 0.200 126 H 0.403 0.033 0.064 0.054 0.243 0.203 127 S 0.326 0.026 0.065 0.041 0.302 0.239 128 L 0.177 0.045 0.058 0.037 0.318 0.365 129 T 0.119 0.032 0.028 0.023 0.560 0.238 130 Q 0.050 0.007 0.026 0.021 0.707 0.190 131 G 0.036 0.004 0.032 0.024 0.700 0.204 132 H 0.232 0.032 0.023 0.021 0.493 0.199 133 K 0.522 0.018 0.014 0.023 0.166 0.257 134 Y 0.741 0.010 0.008 0.020 0.077 0.144 135 I 0.870 0.004 0.005 0.013 0.035 0.071 136 F 0.893 0.008 0.004 0.014 0.021 0.060 137 S 0.783 0.008 0.005 0.017 0.068 0.119 138 I 0.459 0.014 0.012 0.022 0.181 0.312 139 G 0.208 0.009 0.015 0.014 0.346 0.407 140 Q 0.156 0.014 0.021 0.025 0.379 0.404 141 G 0.143 0.026 0.022 0.026 0.293 0.490 142 E 0.208 0.030 0.049 0.058 0.275 0.379 143 H 0.101 0.013 0.313 0.200 0.223 0.150 144 S 0.122 0.010 0.264 0.232 0.235 0.137 145 E 0.145 0.008 0.358 0.193 0.189 0.107 146 V 0.196 0.021 0.162 0.204 0.176 0.241 147 R 0.171 0.022 0.102 0.210 0.166 0.329 148 A 0.113 0.021 0.046 0.135 0.145 0.539 149 L 0.058 0.013 0.009 0.039 0.111 0.769