# TARGET T0331 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0331.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.019 0.610 0.002 0.013 0.052 0.001 0.001 0.005 0.205 0.043 0.037 0.011 2 E 0.001 0.032 0.722 0.001 0.018 0.084 0.001 0.001 0.005 0.049 0.041 0.004 0.043 3 L 0.001 0.008 0.132 0.002 0.112 0.602 0.001 0.001 0.004 0.032 0.098 0.003 0.005 4 K 0.001 0.004 0.075 0.002 0.100 0.639 0.001 0.001 0.005 0.069 0.092 0.007 0.005 5 D 0.001 0.005 0.099 0.001 0.096 0.657 0.001 0.001 0.007 0.064 0.056 0.003 0.010 6 I 0.001 0.003 0.038 0.001 0.050 0.868 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 0.002 0.005 7 M 0.001 0.001 0.014 0.002 0.045 0.910 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.002 0.002 8 H 0.002 0.001 0.010 0.001 0.036 0.918 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.003 0.003 9 I 0.003 0.001 0.013 0.001 0.029 0.917 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.005 10 L 0.001 0.002 0.043 0.001 0.020 0.882 0.001 0.001 0.002 0.012 0.031 0.002 0.004 11 E 0.001 0.002 0.016 0.004 0.046 0.692 0.001 0.001 0.001 0.024 0.209 0.004 0.002 12 D 0.001 0.001 0.051 0.005 0.051 0.364 0.001 0.001 0.002 0.065 0.453 0.001 0.005 13 M 0.003 0.007 0.439 0.003 0.036 0.197 0.001 0.002 0.022 0.172 0.081 0.018 0.019 14 K 0.009 0.018 0.416 0.019 0.021 0.075 0.011 0.007 0.113 0.141 0.058 0.025 0.087 15 V 0.032 0.007 0.139 0.025 0.009 0.029 0.041 0.051 0.349 0.099 0.016 0.126 0.078 16 G 0.144 0.005 0.150 0.047 0.008 0.020 0.074 0.088 0.252 0.027 0.013 0.074 0.098 17 V 0.184 0.008 0.067 0.005 0.003 0.013 0.145 0.122 0.231 0.010 0.004 0.076 0.132 18 F 0.282 0.004 0.056 0.063 0.003 0.013 0.126 0.121 0.139 0.010 0.007 0.065 0.112 19 A 0.156 0.005 0.112 0.014 0.003 0.013 0.082 0.125 0.182 0.026 0.009 0.178 0.095 20 T 0.082 0.017 0.251 0.014 0.008 0.026 0.030 0.048 0.142 0.045 0.019 0.078 0.240 21 L 0.042 0.072 0.231 0.029 0.050 0.077 0.017 0.018 0.080 0.105 0.072 0.068 0.139 22 D 0.011 0.010 0.312 0.010 0.154 0.101 0.002 0.006 0.019 0.116 0.186 0.024 0.047 23 E 0.003 0.010 0.119 0.004 0.144 0.069 0.001 0.001 0.005 0.162 0.460 0.006 0.017 24 Y 0.001 0.021 0.151 0.002 0.072 0.073 0.001 0.001 0.003 0.163 0.490 0.008 0.014 25 G 0.001 0.019 0.274 0.002 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.541 0.114 0.008 0.007 26 N 0.001 0.014 0.628 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.290 0.021 0.008 0.009 27 P 0.001 0.024 0.242 0.005 0.086 0.154 0.001 0.001 0.001 0.134 0.319 0.005 0.027 28 H 0.012 0.018 0.255 0.018 0.141 0.158 0.003 0.001 0.003 0.098 0.250 0.022 0.023 29 A 0.026 0.030 0.339 0.005 0.128 0.195 0.005 0.002 0.007 0.085 0.081 0.029 0.066 30 R 0.055 0.034 0.284 0.026 0.068 0.192 0.014 0.004 0.015 0.077 0.095 0.061 0.076 31 H 0.038 0.014 0.268 0.017 0.094 0.182 0.009 0.003 0.019 0.086 0.122 0.051 0.097 32 A 0.042 0.011 0.251 0.035 0.079 0.118 0.007 0.003 0.011 0.122 0.172 0.070 0.080 33 H 0.076 0.011 0.208 0.044 0.056 0.077 0.012 0.004 0.021 0.106 0.098 0.161 0.125 34 I 0.157 0.009 0.168 0.016 0.026 0.068 0.024 0.009 0.032 0.032 0.018 0.077 0.364 35 T 0.198 0.009 0.100 0.018 0.016 0.064 0.030 0.010 0.037 0.024 0.022 0.394 0.078 36 A 0.141 0.015 0.106 0.011 0.021 0.056 0.033 0.015 0.047 0.017 0.025 0.044 0.468 37 A 0.103 0.019 0.197 0.086 0.036 0.064 0.022 0.012 0.040 0.046 0.064 0.172 0.139 38 N 0.033 0.011 0.264 0.063 0.052 0.052 0.006 0.004 0.019 0.132 0.160 0.073 0.132 39 E 0.016 0.007 0.167 0.016 0.095 0.057 0.003 0.001 0.013 0.193 0.284 0.069 0.079 40 E 0.015 0.009 0.120 0.041 0.059 0.027 0.003 0.002 0.012 0.220 0.364 0.065 0.061 41 G 0.063 0.008 0.177 0.070 0.027 0.008 0.008 0.003 0.017 0.171 0.215 0.119 0.114 42 I 0.262 0.007 0.140 0.015 0.004 0.002 0.036 0.006 0.023 0.025 0.006 0.094 0.378 43 F 0.526 0.007 0.027 0.019 0.002 0.002 0.097 0.013 0.027 0.008 0.002 0.139 0.133 44 F 0.558 0.003 0.019 0.003 0.002 0.003 0.130 0.023 0.031 0.003 0.003 0.125 0.098 45 M 0.465 0.009 0.053 0.006 0.002 0.003 0.129 0.027 0.036 0.013 0.011 0.064 0.181 46 T 0.121 0.014 0.341 0.017 0.002 0.004 0.038 0.014 0.046 0.086 0.020 0.158 0.138 47 S 0.002 0.006 0.630 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.009 0.252 0.039 0.024 0.026 48 P 0.001 0.005 0.243 0.001 0.035 0.018 0.001 0.001 0.001 0.209 0.479 0.002 0.007 49 E 0.001 0.014 0.245 0.001 0.073 0.070 0.001 0.001 0.001 0.218 0.367 0.005 0.005 50 T 0.001 0.011 0.350 0.001 0.098 0.219 0.001 0.001 0.002 0.212 0.101 0.002 0.004 51 H 0.001 0.034 0.221 0.001 0.067 0.461 0.001 0.001 0.004 0.093 0.098 0.004 0.017 52 F 0.003 0.017 0.057 0.001 0.055 0.719 0.001 0.001 0.002 0.036 0.096 0.006 0.007 53 Y 0.001 0.005 0.022 0.001 0.037 0.895 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.002 0.004 54 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.033 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.002 55 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.043 0.891 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.001 0.002 56 L 0.002 0.006 0.045 0.001 0.054 0.775 0.001 0.001 0.001 0.023 0.087 0.002 0.004 57 M 0.001 0.004 0.047 0.001 0.030 0.427 0.001 0.001 0.001 0.017 0.470 0.002 0.002 58 G 0.001 0.004 0.071 0.001 0.023 0.223 0.001 0.001 0.001 0.091 0.584 0.002 0.002 59 D 0.001 0.004 0.451 0.001 0.019 0.117 0.001 0.001 0.001 0.273 0.127 0.002 0.005 60 Q 0.001 0.005 0.310 0.004 0.065 0.302 0.001 0.001 0.006 0.185 0.103 0.006 0.014 61 R 0.013 0.014 0.218 0.011 0.061 0.380 0.007 0.004 0.033 0.100 0.046 0.053 0.059 62 V 0.148 0.017 0.058 0.008 0.031 0.197 0.056 0.022 0.078 0.023 0.013 0.087 0.260 63 A 0.306 0.006 0.053 0.065 0.010 0.140 0.057 0.036 0.065 0.009 0.011 0.150 0.092 64 M 0.441 0.004 0.045 0.012 0.012 0.096 0.039 0.016 0.028 0.009 0.015 0.098 0.185 65 T 0.346 0.003 0.060 0.028 0.014 0.089 0.033 0.013 0.026 0.025 0.055 0.203 0.106 66 A 0.248 0.010 0.130 0.012 0.015 0.058 0.023 0.007 0.018 0.035 0.047 0.081 0.315 67 I 0.078 0.028 0.361 0.022 0.016 0.058 0.011 0.006 0.022 0.080 0.039 0.134 0.146 68 S 0.016 0.013 0.512 0.021 0.036 0.064 0.003 0.002 0.011 0.081 0.087 0.043 0.113 69 E 0.011 0.006 0.166 0.009 0.175 0.145 0.001 0.001 0.003 0.111 0.295 0.034 0.041 70 E 0.002 0.003 0.042 0.013 0.101 0.091 0.001 0.001 0.002 0.100 0.626 0.011 0.010 71 G 0.004 0.002 0.088 0.023 0.048 0.034 0.001 0.001 0.002 0.129 0.632 0.019 0.018 72 Y 0.083 0.022 0.266 0.010 0.011 0.031 0.016 0.005 0.021 0.078 0.044 0.142 0.271 73 L 0.218 0.032 0.067 0.013 0.003 0.009 0.048 0.007 0.036 0.012 0.007 0.124 0.426 74 I 0.335 0.004 0.060 0.078 0.005 0.017 0.056 0.009 0.036 0.009 0.008 0.214 0.169 75 Q 0.348 0.002 0.048 0.070 0.007 0.019 0.044 0.007 0.033 0.025 0.011 0.219 0.167 76 V 0.377 0.002 0.023 0.032 0.004 0.008 0.052 0.006 0.031 0.010 0.005 0.110 0.340 77 V 0.470 0.002 0.026 0.025 0.001 0.004 0.066 0.005 0.026 0.004 0.002 0.196 0.172 78 R 0.406 0.004 0.037 0.012 0.001 0.005 0.055 0.006 0.030 0.006 0.003 0.178 0.257 79 V 0.275 0.006 0.077 0.029 0.003 0.009 0.063 0.006 0.039 0.012 0.010 0.137 0.335 80 E 0.170 0.008 0.145 0.086 0.007 0.011 0.031 0.004 0.035 0.057 0.077 0.182 0.187 81 G 0.049 0.007 0.220 0.032 0.010 0.009 0.011 0.002 0.029 0.202 0.201 0.102 0.126 82 T 0.023 0.015 0.365 0.008 0.011 0.014 0.009 0.001 0.038 0.143 0.111 0.087 0.174 83 A 0.028 0.041 0.463 0.013 0.006 0.018 0.013 0.002 0.023 0.105 0.024 0.042 0.222 84 R 0.006 0.014 0.537 0.002 0.002 0.024 0.003 0.001 0.025 0.081 0.009 0.272 0.022 85 P 0.003 0.027 0.534 0.002 0.008 0.082 0.003 0.001 0.012 0.029 0.019 0.003 0.277 86 V 0.005 0.025 0.416 0.013 0.063 0.252 0.004 0.001 0.007 0.059 0.099 0.044 0.013 87 E 0.003 0.007 0.246 0.002 0.069 0.350 0.002 0.001 0.010 0.109 0.157 0.011 0.033 88 N 0.001 0.002 0.180 0.001 0.041 0.597 0.001 0.001 0.002 0.101 0.065 0.005 0.005 89 D 0.001 0.001 0.043 0.001 0.015 0.876 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.002 0.002 90 Y 0.001 0.004 0.013 0.001 0.014 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.001 0.003 91 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 92 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.002 93 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.003 94 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 95 F 0.001 0.003 0.013 0.001 0.021 0.888 0.001 0.001 0.001 0.008 0.066 0.001 0.001 96 A 0.001 0.002 0.018 0.001 0.057 0.717 0.001 0.001 0.001 0.015 0.187 0.001 0.001 97 D 0.001 0.002 0.028 0.001 0.035 0.654 0.001 0.001 0.001 0.037 0.242 0.001 0.001 98 N 0.001 0.004 0.503 0.001 0.004 0.078 0.001 0.001 0.001 0.390 0.018 0.001 0.001 99 P 0.001 0.005 0.226 0.001 0.090 0.252 0.001 0.001 0.001 0.057 0.367 0.001 0.001 100 Y 0.001 0.015 0.061 0.001 0.174 0.262 0.001 0.001 0.002 0.063 0.415 0.002 0.003 101 Y 0.002 0.016 0.133 0.002 0.301 0.351 0.001 0.001 0.004 0.072 0.107 0.003 0.008 102 Q 0.005 0.009 0.085 0.005 0.180 0.515 0.001 0.001 0.006 0.040 0.128 0.009 0.016 103 H 0.012 0.009 0.087 0.002 0.145 0.469 0.002 0.002 0.008 0.058 0.158 0.021 0.029 104 I 0.015 0.026 0.147 0.002 0.102 0.404 0.003 0.002 0.012 0.083 0.131 0.014 0.060 105 Y 0.005 0.025 0.393 0.008 0.041 0.229 0.001 0.001 0.006 0.134 0.084 0.045 0.028 106 K 0.003 0.017 0.234 0.005 0.098 0.195 0.001 0.001 0.002 0.126 0.274 0.011 0.033 107 D 0.002 0.007 0.311 0.003 0.105 0.114 0.001 0.001 0.001 0.108 0.322 0.011 0.015 108 E 0.002 0.015 0.269 0.002 0.106 0.094 0.001 0.001 0.001 0.176 0.310 0.006 0.019 109 S 0.001 0.011 0.324 0.003 0.074 0.119 0.001 0.001 0.001 0.178 0.272 0.006 0.011 110 S 0.001 0.004 0.187 0.005 0.085 0.127 0.001 0.001 0.001 0.327 0.250 0.008 0.004 111 D 0.007 0.012 0.269 0.007 0.057 0.166 0.002 0.001 0.006 0.187 0.218 0.018 0.051 112 T 0.074 0.035 0.154 0.015 0.039 0.169 0.019 0.005 0.030 0.078 0.074 0.057 0.250 113 M 0.246 0.010 0.135 0.024 0.013 0.120 0.035 0.009 0.043 0.029 0.020 0.194 0.121 114 Q 0.398 0.005 0.050 0.014 0.006 0.089 0.048 0.011 0.030 0.017 0.006 0.173 0.153 115 V 0.495 0.003 0.018 0.019 0.003 0.054 0.050 0.010 0.018 0.005 0.003 0.073 0.251 116 F 0.475 0.002 0.028 0.053 0.004 0.071 0.055 0.011 0.016 0.007 0.008 0.170 0.101 117 Q 0.456 0.005 0.037 0.009 0.005 0.063 0.053 0.013 0.026 0.008 0.012 0.128 0.184 118 I 0.386 0.008 0.074 0.015 0.011 0.063 0.039 0.012 0.020 0.014 0.019 0.074 0.264 119 Y 0.209 0.015 0.182 0.030 0.027 0.082 0.021 0.007 0.022 0.054 0.073 0.164 0.114 120 A 0.034 0.013 0.164 0.021 0.039 0.069 0.005 0.003 0.011 0.161 0.350 0.036 0.094 121 G 0.016 0.011 0.191 0.013 0.025 0.034 0.003 0.001 0.006 0.221 0.398 0.043 0.039 122 H 0.017 0.023 0.267 0.012 0.023 0.030 0.002 0.002 0.007 0.329 0.188 0.051 0.048 123 G 0.036 0.030 0.304 0.010 0.038 0.038 0.005 0.003 0.011 0.177 0.169 0.062 0.118 124 F 0.066 0.036 0.231 0.012 0.057 0.064 0.012 0.006 0.017 0.108 0.150 0.112 0.129 125 Y 0.120 0.041 0.218 0.024 0.076 0.065 0.017 0.004 0.011 0.069 0.089 0.041 0.225 126 H 0.083 0.023 0.217 0.021 0.065 0.066 0.011 0.003 0.012 0.112 0.086 0.223 0.077 127 S 0.043 0.027 0.335 0.010 0.054 0.054 0.007 0.002 0.008 0.084 0.115 0.042 0.219 128 L 0.020 0.038 0.483 0.013 0.040 0.039 0.003 0.001 0.003 0.147 0.107 0.039 0.066 129 T 0.004 0.016 0.598 0.005 0.028 0.027 0.001 0.001 0.002 0.165 0.096 0.026 0.033 130 Q 0.001 0.006 0.255 0.005 0.055 0.041 0.001 0.001 0.001 0.231 0.385 0.008 0.012 131 G 0.002 0.007 0.299 0.009 0.046 0.025 0.001 0.001 0.001 0.170 0.414 0.011 0.015 132 H 0.012 0.021 0.442 0.008 0.038 0.031 0.002 0.001 0.007 0.222 0.090 0.058 0.069 133 K 0.053 0.029 0.342 0.013 0.023 0.046 0.010 0.003 0.032 0.097 0.035 0.100 0.217 134 Y 0.107 0.027 0.174 0.028 0.017 0.040 0.026 0.009 0.066 0.055 0.017 0.235 0.199 135 I 0.189 0.032 0.095 0.030 0.015 0.043 0.043 0.018 0.073 0.020 0.016 0.091 0.333 136 F 0.207 0.017 0.105 0.032 0.020 0.049 0.041 0.027 0.063 0.024 0.039 0.248 0.126 137 S 0.202 0.015 0.149 0.017 0.022 0.037 0.032 0.018 0.052 0.047 0.109 0.090 0.208 138 I 0.106 0.016 0.192 0.011 0.032 0.036 0.017 0.010 0.024 0.108 0.228 0.111 0.110 139 G 0.028 0.014 0.249 0.013 0.028 0.025 0.004 0.003 0.011 0.181 0.331 0.069 0.045 140 Q 0.010 0.011 0.292 0.010 0.043 0.028 0.002 0.001 0.007 0.238 0.287 0.019 0.052 141 G 0.025 0.019 0.366 0.009 0.068 0.055 0.005 0.002 0.006 0.158 0.152 0.066 0.070 142 E 0.039 0.042 0.366 0.007 0.059 0.102 0.009 0.005 0.013 0.102 0.076 0.075 0.105 143 H 0.024 0.028 0.274 0.017 0.119 0.234 0.007 0.003 0.016 0.080 0.062 0.026 0.111 144 S 0.025 0.009 0.219 0.040 0.100 0.236 0.010 0.003 0.012 0.094 0.119 0.081 0.054 145 E 0.031 0.011 0.191 0.008 0.105 0.268 0.008 0.004 0.018 0.094 0.104 0.051 0.108 146 V 0.027 0.018 0.327 0.013 0.056 0.195 0.005 0.002 0.013 0.114 0.043 0.080 0.108 147 R 0.018 0.018 0.409 0.009 0.035 0.154 0.004 0.001 0.010 0.063 0.105 0.105 0.068 148 A 0.012 0.021 0.455 0.007 0.034 0.126 0.003 0.001 0.007 0.058 0.156 0.013 0.106 149 L 0.002 0.010 0.781 0.004 0.013 0.031 0.001 0.001 0.002 0.082 0.025 0.035 0.015